单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2681	2025-03-08	The Hydractinia cell atlas reveals cellular and molecular principles of cnidarian coloniality 2025-Mar-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57168-z PMID:40032860	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，构建了Hydractinia symbiolongicarpus的细胞图谱，揭示了刺胞动物群体性的细胞和分子机制	发现了与生物矿化和几丁质合成相关的新型匍匐茎特异性细胞类型，以及介导自我/非自我识别的新细胞类型	NA	探究刺胞动物群体性结构的功能和生成机制	Hydractinia symbiolongicarpus的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	约200,000个Hydractinia细胞
2682	2025-03-08	Fuzzy-Based Identification of Transition Cells to Infer Cell Trajectory for Single-Cell Transcriptomics 2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0432 PMID:39670822	研究论文	本文提出了一种基于模糊聚类的新型单细胞轨迹推断方法scFCTI，用于识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并重构包含过渡路径的单细胞轨迹	引入模糊聚类和量化细胞不确定性，能够识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并获得更精确的单细胞轨迹重构	未提及具体局限性	开发一种新的单细胞轨迹推断方法，以更准确地识别细胞发育过程中的过渡细胞并重构细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	模糊聚类	单细胞RNA测序数据	五个真实数据集和四个不同结构的模拟数据集
2683	2025-03-08	A creatine efflux transporter in oligodendrocytes 2025-Mar, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.17382 PMID:39792585	研究论文	本文研究了转运蛋白SLC22A15在少突胶质细胞中控制肌酸释放的功能	首次确定SLC22A15为少突胶质细胞中控制肌酸释放的关键转运蛋白，填补了脑内肌酸代谢理解的关键空白	研究主要基于体外实验，尚未在体内验证SLC22A15的功能	探索肌酸从产生细胞释放的机制	少突胶质细胞和SLC22A15转运蛋白	生物医学	NA	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、质谱数据	293细胞、人类和小鼠的mRNA数据
2684	2025-03-08	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	综述	本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点介绍了数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，空间转录组学技术提供了传统转录组学方法无法获得的组织结构和细胞相互作用的关键见解	NA	总结空间转录组学领域的最新发展及其在过敏和炎症研究中的应用	过敏和炎症相关疾病	数字病理学	过敏和炎症	空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据	NA
2685	2025-03-08	Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis 2025-Mar, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02508-z PMID:39774796	研究论文	本文描述了一种模拟GATA2缺陷的小鼠模型，特别是R396Q突变对正常造血功能的影响	本研究首次创建了一种模拟GATA2缺陷中与白血病进展相关的R396Q突变的小鼠模型，揭示了该突变对造血干细胞功能和特定干细胞亚群的内在偏好的影响	尽管该模型揭示了GATA2缺陷的一些关键机制，但仍需进一步研究以验证这些发现是否适用于人类患者	研究GATA2缺陷中R396Q突变对造血功能的影响及其与白血病进展的关联	GATA2缺陷小鼠模型	生物医学研究	白血病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
2686	2025-03-08	Topical TYK2 inhibitor ameliorates psoriasis-like dermatitis via the AKT-SP1-NGFR-AP1 pathway in keratinocytes 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70256 PMID:40038877	研究论文	本研究探讨了局部应用TYK2抑制剂对银屑病的疗效及其作用机制	揭示了TYK2抑制剂通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路调节角质形成细胞炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	研究局部应用TYK2抑制剂对银屑病的治疗效果及其作用机制	银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞	皮肤病学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA测序、双荧光素酶报告基因检测、ChIP-qPCR	NA	基因表达数据、细胞表型数据	银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞
2687	2025-03-08	Deep learning-based cell-specific gene regulatory networks inferred from single-cell multiome data 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf138 PMID:40037709	研究论文	本文介绍了一种名为scMultiomeGRN的深度学习框架，用于从单细胞多组学数据中推断细胞特异性基因调控网络	scMultiomeGRN通过独特整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，构建了转录因子网络图结构，并利用模态特定的邻居聚合器和跨模态注意力模块学习转录因子的潜在表示	单细胞测序数据的高丢失率可能影响基因调控网络的推断	开发一种深度学习框架，以从单细胞多组学数据中推断细胞特异性基因调控网络	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	深度学习框架	单细胞多组学数据	多个基准数据集
2688	2025-03-08	Increased ocular plasma cells induce damaging α-synuclein+ microglia in autoimmune uveitis 2025-Feb-25, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.007 PMID:40015479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中α-突触核蛋白阳性小胶质细胞的主要损伤作用，并发现眼内浸润的浆细胞通过表达炎症因子促进这些细胞的产生	首次识别出MUC1浆细胞作为主要致病亚型，并揭示了Rab1A小G蛋白在浆细胞生存和炎症反应中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究较少，可能限制了结果的普适性	探索自身免疫性葡萄膜炎中免疫细胞亚群及其对视网膜损伤的贡献，以开发有效治疗方法	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）患者的浆细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序，免疫荧光	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	EAU小鼠模型和VKH患者的浆细胞样本
2689	2025-03-08	Pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for spermatogenesis and primordial germ cell development 2025-Feb-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57165-2 PMID:39988597	研究论文	本文研究了睾丸特异性转录因子Tex10在精子发生和原始生殖细胞发育中的作用	揭示了Tex10通过调控Wnt信号通路在精子发生和原始生殖细胞发育中的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨Tex10在精子发生和原始生殖细胞发育中的分子机制	小鼠模型和胚胎干细胞	生殖生物学	男性不育	条件性基因敲除、dTAG-degron技术、RNA测序、单细胞RNA测序、染色质占据研究	NA	基因表达数据、染色质数据	Tex10敲除小鼠模型和dTAG-degron胚胎干细胞
2690	2025-03-08	Single-cell transcriptomic analysis reveals distinct plasma cell populations in chronic thromboembolic pulmonary hypertension 2025-Feb-16, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH IF:5.5Q1 DOI:10.1016/j.jtha.2025.02.010 PMID:39965671	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）中浆细胞的不同群体	新发现了AHNAK和IGLC3浆细胞亚群，并揭示了它们在CTEPH中的独特分化和功能特征	样本量相对较小，仅包括5名CTEPH患者和6名正常肺动脉样本	识别CTEPH中浆细胞的表型和分化模式的变化	CTEPH患者的肺动脉内膜切除术组织和正常肺动脉组织	单细胞转录组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5名CTEPH患者和6名正常肺动脉样本，以及273名CTEPH患者、259名IPAH患者和251名健康对照的血清免疫球蛋白数据
2691	2025-03-08	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1 PMID:39989953	研究论文	本文研究了环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并开发了一种新的模拟器ambisim来评估这些方法	开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成现实的联合snRNA/snATAC数据，用于评估解复用方法	研究主要基于模拟数据，实际应用中的效果可能需要进一步验证	评估环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并提高解复用算法的灵敏度和特异性	单核多组学实验中的解复用方法	生物信息学	NA	单核多组学测序	NA	测序数据	两个联合snRNA/snATAC数据集
2692	2025-03-08	Single-Cell Transcriptomics Identifies Selective Lineage-Specific Regulation of Genes in Aortic Smooth Muscle Cells in Mice 2025-Feb, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321482 PMID:39744838	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，识别了小鼠主动脉平滑肌细胞中特定谱系基因的选择性调控	首次揭示了在正常近端胸主动脉中，心脏神经嵴（CNC）和第二心区（SHF）来源的平滑肌细胞之间存在有限的但独特的转录组差异	研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他动物模型中验证	探索近端胸主动脉平滑肌细胞中不同谱系来源的细胞在转录组水平上的差异	14周龄的SHF追踪（Mef2c-Cre+/0-Yfp+/0）和CNC追踪（Wnt1-Cre+/0-Yfp+/0）雄性小鼠的主动脉根部和升主动脉细胞	单细胞转录组学	胸主动脉疾病	单细胞RNA测序、单核转座酶可及染色质测序、RNA原位杂交	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	14周龄的SHF追踪和CNC追踪雄性小鼠的主动脉细胞
2693	2025-03-08	Specialized pericyte subtypes in the pulmonary capillaries 2025-Feb, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00349-1 PMID:39806101	研究论文	本文通过生物信息学分析和RNAscope技术，鉴定了Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并生成了Higd1b-CreERT2敲入小鼠系，揭示了肺部和心脏中周细胞的两种亚型及其在缺氧条件下的功能差异	首次鉴定出Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并揭示了两种不同的Higd1b+周细胞亚型及其在缺氧条件下的功能差异	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本的研究相对较少	研究周细胞在肺部和心脏中的生物学特性及其在缺氧诱导的肺动脉高压中的作用	小鼠和人类肺部的周细胞	生物信息学	肺动脉高压	生物信息学分析, RNAscope, 单细胞RNA测序	Higd1b-CreERT2敲入小鼠	基因表达数据	小鼠和人类肺部的周细胞样本
2694	2025-03-08	iDog: a multi-omics resource for canids study 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1031 PMID:39526388	研究论文	iDog是一个为家犬和野生犬科动物研究设计的综合公共资源，整合了多组学数据，为全球犬类研究社区提供数据服务	iDog 2.0显著增加了基因组样本数量，包括来自1929个现代样本的29.55百万个单核苷酸多态性（SNPs）和16.54百万个插入/缺失（InDels），以及来自111个古代犬科样本的29.09百万个SNPs，并新增了13个分析工具	NA	为全球犬类研究社区提供综合的多组学数据资源	家犬（Canis lupus familiaris）和野生犬科动物	生物信息学	NA	多组学数据分析	NA	基因组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、DNA甲基化数据、染色质可及性数据	1929个现代样本、111个古代样本、105057个Beagle海马细胞、547个DNA甲基化样本、87个染色质可及性样本
2695	2025-03-08	Unveiling macrophage dynamics and efferocytosis-related targets in diabetic kidney disease: insights from single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521554 PMID:40046045	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序揭示了糖尿病肾病中巨噬细胞的动态变化和凋亡细胞清除相关靶点	首次阐明了糖尿病肾病中巨噬细胞亚型的动态转变，并识别出三个关键的巨噬细胞凋亡细胞清除调控基因	研究主要基于早期糖尿病肾病患者的测序数据，可能无法完全反映疾病晚期的变化	阐明糖尿病肾病中巨噬细胞的异质性和表型动态，并确定凋亡细胞清除中的关键靶点	糖尿病肾病患者的巨噬细胞	生物信息学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的测序数据
2696	2025-03-08	The role of tenascin-C in tumor microenvironments and its potential as a therapeutic target 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1554312 PMID:40046232	综述	本文综述了Tenascin-C（TNC）在肿瘤微环境（TME）中的多方面作用及其作为治疗靶点的潜力	整合了单细胞测序和空间组学的最新进展，提出了利用TNC进行个性化癌症治疗的创新策略	未提及具体的研究样本量或实验数据	探讨TNC在不同肿瘤微环境中的作用及其作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	Tenascin-C（TNC）及其在肿瘤微环境中的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，空间组学	NA	NA	NA
2697	2025-03-08	Integrating genome-wide association studies and transcriptomics prioritizes drug targets for meningioma 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf053 PMID:40046334	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究（GWAS）和转录组学分析，揭示了脑膜瘤的病理基础并发现了新的药物靶点	利用总结数据为基础的孟德尔随机化（SMR）、共定位分析和孟德尔随机化方法，确定了四个关键治疗靶点，并通过分子对接识别了潜在调节剂	NA	揭示脑膜瘤的分子基础并发现新的药物靶点	脑膜瘤	精准肿瘤学	脑膜瘤	GWAS, 转录组分析, SMR, 共定位分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 分子对接	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
2698	2025-03-08	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538498 PMID:37163077	研究论文	本文介绍了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在健康和疾病中的功能	开发了iAssembloids系统，结合CRISPRi筛选技术，首次在3D环境中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-4在阿尔茨海默病中的作用	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的普适性	研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在脑健康和疾病中的分子机制	神经元与胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学、免疫组织化学	iAssembloids（诱导多谱系组装体）	单细胞转录组数据、免疫组织化学数据	NA
2699	2025-03-08	Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults 2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.10.612119 PMID:39314416	研究论文	本文通过多组学分析（单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术）研究了300多名健康成年人的外周免疫系统，揭示了年龄相关的免疫细胞动态变化	利用多组学技术对健康成年人进行长期免疫分析，创建了包含超过1600万个PBMC的单细胞RNA测序数据集，并开发了新的免疫健康图谱	研究主要关注健康成年人，未涉及特定疾病状态下的免疫变化	研究健康免疫系统在生命周期中的基本变化，以开发针对年龄相关感染和疾病的干预措施	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪	免疫学	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 流式细胞数据	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪
2700	2025-03-08	Investigating gene functions and single-cell expression profiles of de novo variants in orofacial clefts 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100313 PMID:38807368	研究论文	本研究探讨了与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其单细胞表达谱，特别关注了未在OMIM数据库中列出的基因中的新生变异（DNVs）	通过结合路径分析和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了新生变异基因在OFC发展中的潜在作用，特别是在外胚层和内皮细胞中的表达模式	由于CPO相关的新生变异基因数量有限，未能在此类基因集中获得显著发现	探索与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其在细胞水平上的表达特征	853个基因中的960个新生变异（DNVs），以及从OMIM数据库中筛选的178个CL/P和277个CPO相关基因	基因组学	口面裂	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	960个新生变异（DNVs）来自853个基因