单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26961	2024-08-09	Identifying T Cell Receptors from High-Throughput Sequencing: Dealing with Promiscuity in TCRα and TCRβ Pairing 2017-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1005313 PMID:28103239	研究论文	本文描述了一种算法（alphabetr），用于从高吞吐量测序数据中准确、全面且经济地恢复T细胞受体（TCR）序列，该算法考虑了CDR3α和CDR3β共享、细胞表达两个TCRα链以及多种测序错误	提出了一种新的算法alphabetr，能够处理CDR3α和CDR3β共享问题，同时考虑了细胞表达两个TCRα链和多种测序错误，并能准确估计克隆频率	目前使用的高吞吐量单细胞测序方法成本高且可能遗漏小克隆	开发一种准确、全面且经济的算法，用于从高吞吐量测序数据中恢复T细胞受体序列，以支持疫苗设计和免疫疗法	T细胞受体（TCR）序列及其在免疫反应中的作用	生物信息学	癌症, 自身免疫疾病	高吞吐量单细胞测序	算法（alphabetr）	序列数据	NA
26962	2024-08-09	Dissecting inherent intratumor heterogeneity in patient-derived glioblastoma culture models 2017-06-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/now253 PMID:28062830	研究论文	研究分析了源自患者的胶质母细胞瘤培养模型中的固有肿瘤内异质性	揭示了胶质母细胞瘤中固有的肿瘤内分子亚型异质性，并提供了一种研究表型可塑性的方法	NA	探讨胶质母细胞瘤中的肿瘤内异质性及其对治疗的影响	源自患者的胶质母细胞瘤干细胞样细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	源自患者的胶质母细胞瘤干细胞样细胞样本
26963	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of small microbial eukaryotes: limitations and potential 2017-05, The ISME journal DOI:10.1038/ismej.2016.190 PMID:28060364	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在小型微生物真核生物研究中的局限性和潜力	单细胞转录组学在微生物真核生物研究中具有巨大的未开发潜力	在小型微生物真核生物中，单细胞转录组学的转录恢复率较低，且基因表达水平的随机性较高	探讨单细胞RNA-seq在小型微生物真核生物研究中的应用	小型微生物真核生物	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	转录组	两个小型原生生物（8和15 μm）
26964	2024-08-09	Molecular diversity of corticotropin-releasing hormone mRNA-containing neurons in the hypothalamus 2017-03, The Journal of endocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1530/JOE-16-0256 PMID:28057867	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序和电路图谱技术，探讨下丘脑中含皮质释放激素（CRH）mRNA神经元的分子多样性	提出CRH的产生反映了下丘脑神经元的状态转换，而非表型分离神经元的身份标志	NA	探讨下丘脑中CRH神经元的功能和分子多样性	下丘脑中含CRH mRNA的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26965	2024-08-09	The nature and nurture of cell heterogeneity: accounting for macrophage gene-environment interactions with single-cell RNA-Seq 2017-01-07, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3445-0 PMID:28061811	研究论文	本文介绍了使用单细胞RNA测序技术研究巨噬细胞基因与环境相互作用的方法	引入了可编程的Polaris™微流控芯片实验室进行单细胞测序，同时进行活细胞成像并控制每个细胞的培养微环境	单细胞RNA测序在描述更高功能表型和蛋白质事件方面存在局限性	研究高度可塑性细胞如巨噬细胞的基因和环境修饰对异质性的影响及其在时间上的细胞群体动态变化	巨噬细胞的基因敲除效应及其在氧化应激反应中的旁分泌信号成分	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	基因编辑的巨噬细胞
26966	2024-08-09	Batch effects and the effective design of single-cell gene expression studies 2017-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep39921 PMID:28045081	研究论文	研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术处理人类诱导多能干细胞（iPSC）样本，探讨基因表达数据中的技术变异来源	提出了一个有效进行scRNA-seq研究的框架，并发现UMI计数并非基因表达水平的无偏估计	研究主要集中在技术变异上，未深入探讨生物学变异的其他方面	探讨scRNA-seq中的技术变异来源及其对基因表达数据的影响	人类诱导多能干细胞（iPSC）的基因表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个C1重复样本来自三个人类诱导多能干细胞（iPSC）系
26967	2024-08-09	Understanding development and stem cells using single cell-based analyses of gene expression 2017-01-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.133058 PMID:28049689	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在哺乳动物发育和干细胞生物学中的应用及其提供的深入见解	单细胞RNA测序技术使得能够全面量化地记录细胞类型多样性和发育动态	NA	探讨单细胞RNA测序技术在理解发育和干细胞分子机制中的应用	哺乳动物的发育过程和干细胞生物学	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数千个单个细胞
26968	2024-08-09	SLICE: determining cell differentiation and lineage based on single cell entropy 2017-04-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw1278 PMID:27998929	研究论文	开发了一种名为SLICE的新算法，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）基于单细胞熵定量测量细胞分化状态，并通过构建熵引导的细胞轨迹预测细胞分化谱系	SLICE算法通过单细胞熵定量测量细胞分化状态，并预测细胞分化谱系，具有创新性	NA	理解细胞的谱系和分化状态，以最终阐明器官形成和功能	单细胞的分化状态和谱系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了来自人类和鼠类的三个独立数据集，以及胚胎小鼠肺的scRNA-seq数据
26969	2024-08-09	switchde: inference of switch-like differential expression along single-cell trajectories 2017-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw798 PMID:28011787	research paper	本文介绍了一种名为switchde的统计框架和相应的R包，用于识别沿着伪时间轨迹的基因开关样差异表达	提出了一种新的统计框架switchde，用于模型拟合快速，提供可解释的参数估计，并报告支持拒绝恒定表达模型的P值	NA	开发一种方法来模拟沿着单细胞轨迹的基因差异表达	单细胞RNA-seq数据中的基因差异表达	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	统计模型	基因表达数据	NA
26970	2024-08-09	Quantitative approaches for investigating the spatial context of gene expression 2017-03, Wiley interdisciplinary reviews. Systems biology and medicine DOI:10.1002/wsbm.1369 PMID:28001340	研究论文	本文探讨了现代原位和单细胞遗传方法的基本原理，量化影响细胞决策的内在和外在力量的挑战，以及制作基因调控、形态和功能可视化图谱的技术要求	介绍了荧光原位测序（FISSEQ）等原位测序技术，尝试直接在显微镜图像中可视化遗传特征	量化影响细胞决策的内在和外在力量存在技术障碍	研究生长、发育和癌症进展过程中调控序列的功能进化	基因表达的空间信息及其在发育中的转录调控	NA	NA	荧光原位测序（FISSEQ）、单细胞RNA测序结合荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	NA
26971	2024-08-09	Falco: a quick and flexible single-cell RNA-seq processing framework on the cloud 2017-03-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw732 PMID:28025200	研究论文	介绍了一种基于云的单细胞RNA测序处理框架Falco，利用Apache Hadoop和Apache Spark技术实现大规模并行分析	Falco框架能够使现有的RNA测序处理流程并行化，处理速度比在高度优化的独立计算机上运行快2.6至145.4倍，并能利用亚马逊网络服务的低成本现货实例降低分析成本约65%	NA	开发一种快速且灵活的单细胞RNA测序处理框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个公开的单细胞RNA测序数据集
26972	2024-08-09	Single cell transcriptomics reveals unanticipated features of early hematopoietic precursors 2017-02-17, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw1214 PMID:28003475	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术分析了小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞在不同细胞周期阶段的分子特征	揭示了早期造血前体细胞的意外特征，并发现贫血诱导下细胞周期进展对前体细胞谱系特异性基因表达的影响	NA	探究干细胞分化过程中的分子变化	小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个小鼠造血干细胞及其后代MPP1细胞样本
26973	2024-08-09	Single cell transcriptomic profiling of mouse pancreatic progenitors 2017-02-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00114.2016 PMID:28011883	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胚胎期13.5天的小鼠胰腺，并结合成熟胰腺的单细胞数据，识别了新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体。	首次使用单细胞RNA测序技术在胚胎期13.5天的小鼠胰腺中识别出新的胰腺前体细胞标记基因和潜在的α细胞前体，并发现了SLC38A5作为早期α细胞系分化的标记基因。	研究仅限于胚胎期13.5天的小鼠胰腺，未涉及其他发育阶段或物种。	识别早期发育组织中的特征基因，特别是胰腺前体细胞和α细胞前体。	小鼠胚胎期13.5天的胰腺组织。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎期13.5天的小鼠胰腺细胞
26974	2024-08-09	Single-cell analysis of differences in transcriptomic profiles of oocytes and cumulus cells at GV, MI, MII stages from PCOS patients 2016-12-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep39638 PMID:28004769	研究论文	本文比较了多囊卵巢综合征（PCOS）患者与非PCOS患者的卵母细胞和卵丘细胞在GV、MI、MII阶段的转录组差异，并评估了辅助生殖技术（ARTs）对PCOS患者的治疗效果	通过单细胞RNA测序技术，首次详细分析了PCOS患者卵母细胞和卵丘细胞在不同成熟阶段的转录组差异，并探讨了这些差异基因在PCOS发病机制中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于特定阶段的卵母细胞和卵丘细胞，可能无法全面反映PCOS的复杂性	比较PCOS患者与非PCOS患者的卵母细胞和卵丘细胞的转录组差异，并评估ARTs的治疗效果	PCOS患者和非PCOS患者的卵母细胞及卵丘细胞	NA	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	16名PCOS患者和非PCOS患者
26975	2024-08-09	acdc - Automated Contamination Detection and Confidence estimation for single-cell genome data 2016-Dec-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1397-7 PMID:27998267	研究论文	本文介绍了一种名为acdc的工具，用于自动检测和评估单细胞基因组数据中的污染	acdc工具结合了监督和非监督方法，能够可靠地检测已知和新出现的污染物，并提供了无参考的检测方法	NA	开发一种新的工具，用于提高单细胞基因组数据质量控制过程中的污染检测效率	单细胞基因组数据中的污染检测	生物信息学	NA	16S rRNA基因预测、超快速精确比对技术、机器学习技术	机器学习模型	基因组数据	大量来自不同测序项目的样本
26976	2024-08-09	Molecular interrogation of hypothalamic organization reveals distinct dopamine neuronal subtypes 2017-02, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4462 PMID:27991900	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究者对下丘脑中的神经元身份进行了图谱绘制，区分了62种产生谷氨酸、多巴胺或GABA标记的神经元亚型，并发现了一种独特的多巴胺神经元亚型。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了下丘脑中神经元的多样性和功能，特别是发现了一种新型多巴胺神经元亚型。	NA	揭示下丘脑组织的分子结构，特别是神经元亚型的多样性及其功能。	下丘脑中的神经元亚型及其在神经传递和神经内分泌中的作用。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	62种神经元亚型
26977	2024-08-09	XACT Noncoding RNA Competes with XIST in the Control of X Chromosome Activity during Human Early Development 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.014 PMID:27989768	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和成像技术，揭示了长非编码RNA XACT和XIST在人类早期胚胎发育中的共激活和积累现象，并探讨了它们在调控X染色体活性中的作用。	发现了人类特有的调控X染色体活性的机制，并揭示了XIST RNA在早期胚胎中的非典型分布方式，以及XACT对XIST积累的影响。	NA	探讨人类早期胚胎发育中X染色体活性的调控机制。	长非编码RNA XACT和XIST在早期人类胚胎中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序和成像技术	NA	RNA	早期人类胚胎和人类胚胎干细胞
26978	2024-08-09	Intrinsic transcriptional heterogeneity in B cells controls early class switching to IgE 2017-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20161056 PMID:27994069	研究论文	本研究结合新型小鼠报告基因和单细胞RNA测序技术，揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录如何导致IgE类别转换	本研究首次揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录在较低激活阈值下指导IgE与IgG1选择的关键生理反应	NA	探究B细胞中IL-4诱导的I转录异质性及其对IgE类别转换的调控机制	B细胞中的I转录异质性及其对IgE类别转换的影响	免疫学	过敏和哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠样本
26979	2024-08-09	Perturb-Seq: Dissecting Molecular Circuits with Scalable Single-Cell RNA Profiling of Pooled Genetic Screens 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.038 PMID:27984732	研究论文	本文开发了Perturb-seq技术，结合单细胞RNA测序和CRISPR-based扰动，对大量细胞进行基因扰动分析	Perturb-seq技术能够在大规模细胞池中进行复杂的表型分析，如转录组轮廓	NA	研究基因功能及其在免疫细胞中的作用	免疫细胞和细胞系中的转录因子及其对脂多糖（LPS）反应的调控	基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq），CRISPR	NA	RNA	200,000个细胞
26980	2024-08-09	Dissecting Immune Circuits by Linking CRISPR-Pooled Screens with Single-Cell RNA-Seq 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.039 PMID:27984734	研究论文	本文介绍了一种名为CRISP-seq的集成方法，结合单细胞RNA测序和CRISPR池筛选技术，用于解析多细胞生物中的免疫调节电路	CRISP-seq方法能够在同一细胞中同时分析基因组扰动和转录组，从而揭示多个因子及其相互作用的功能	NA	探索多细胞生物中免疫调节电路的功能和相互作用	先天免疫调节电路中的发育和信号依赖因子	基因编辑	NA	CRISPR-Pooled Screens, 单细胞RNA-seq	NA	RNA	数万个体外和鼠类扰动细胞