单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26961	2024-08-09	Genomic expansion of domain archaea highlights roles for organisms from new phyla in anaerobic carbon cycling 2015-Mar-16, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2015.01.014 PMID:25702576	研究论文	本研究通过基因组解析的宏基因组分析，探讨了古菌在陆地地下生物地球化学循环中的多样性、基因组大小、代谢能力和潜在作用	首次使用无培养方法重建了古菌的完整基因组，并解析了两个新的古菌门，揭示了古菌在碳和氢代谢中的重要作用	NA	研究古菌在陆地地下生物地球化学循环中的作用	古菌的多样性、基因组大小、代谢能力和潜在作用	基因组学	NA	宏基因组分析	NA	DNA	从科罗拉多河附近的含水层采集的复杂沉积物和浮游生物群落样本，以及151个新的古菌序列
26962	2024-08-09	Brain structure. Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq 2015-Mar-06, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaa1934 PMID:25700174	研究论文	本文利用大规模单细胞RNA测序技术对小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞进行分类	发现了47个分子上独特的亚类，包括皮层中所有已知的主要细胞类型，并识别出许多标记基因，这些基因与已知的细胞类型、形态和位置相匹配	NA	揭示小鼠皮层和海马中的细胞类型	小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	大规模单细胞样本
26963	2024-08-09	The coexistence of Sjögren's syndrome and primary biliary cirrhosis: a comprehensive review 2015-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-015-8471-1 PMID:25682089	综述	本文全面回顾了干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化共存的情况	探讨了B细胞、细胞毒性T细胞和辅助T细胞在慢性炎症中的作用，以及雌激素受体在疾病中的潜在影响	尽管有现有数据，治疗方案仍然不尽如人意，且近期研究（如使用利妥昔单抗的B细胞耗竭）仅部分有益	探讨干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化共存的机制及治疗策略	干燥综合征与原发性胆汁性肝硬化	NA	自身免疫性疾病	NA	NA	NA	NA
26964	2024-08-09	Sexual cell-fate reprogramming in the ovary by DMRT1 2015-Mar-16, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2015.01.034 PMID:25683803	研究论文	本文研究了DMRT1转录因子在卵巢中对细胞性别命运重编程的影响	首次展示了DMRT1在卵巢中不仅必要而且足以指定雄性细胞身份，并通过单细胞RNA测序识别了动态表达的候选介质	NA	探讨DMRT1在卵巢中对细胞性别命运重编程的作用及其在人类性别发育障碍中的潜在影响	DMRT1转录因子及其在卵巢中的表达对细胞性别命运的影响	NA	性别发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26965	2024-08-09	A multi-scale approach reveals that NF-κB cRel enforces a B-cell decision to divide 2015-Feb-13, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20145554 PMID:25680807	研究论文	本文通过多尺度方法研究NF-κB cRel在B细胞分裂决策中的作用	构建了一个基于单细胞时间轨迹、转录组和免疫荧光分析的代理多模块计算模型，模拟淋巴细胞群体动态	NA	理解多细胞器官功能与细胞内分子网络之间的关系，预测表型从基因型	B淋巴细胞的群体动态及其在免疫反应和疫苗有效性中的作用	生物信息学	NA	单细胞转录组分析、免疫荧光分析	代理多模块计算模型	时间轨迹数据、转录组数据、免疫荧光图像	数百个B细胞
26966	2024-08-09	Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics 2015-Mar, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg3833 PMID:25628217	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学中的计算和分析挑战	本文强调了单细胞RNA测序数据分析所需的新计算策略	需要克服特定的计算和分析挑战	探讨单细胞转录组学中的计算和分析问题	单细胞转录组学数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	大量单细胞
26967	2024-08-09	Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell 2015-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3129 PMID:25599178	研究论文	本文介绍了一种准线性扩增策略，用于从同一细胞中定量测序基因组DNA和mRNA，无需在扩增前物理分离核酸	提出了一种集成基因组和转录组测序的新方法，能够在同一细胞中同时测序基因组DNA和mRNA	NA	旨在解决从同一细胞中同时测序基因组DNA和mRNA的挑战	单细胞基因组和转录组	基因组学	NA	基因组和转录组测序	NA	基因组DNA和mRNA	单个细胞
26968	2024-08-09	Quantification of cell identity from single-cell gene expression profiles 2015-Jan-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0580-x PMID:25608970	研究论文	本文利用细胞类型特异性转录组数据库，从单细胞RNA测序数据中量化细胞身份，准确分类了拟南芥根尖和人类胶质母细胞瘤肿瘤中的细胞	本文提出了一种新方法，通过使用细胞类型特异性转录组数据库，从单细胞RNA测序数据中量化细胞身份，揭示了之前未被描述的远离损伤部位的身份崩溃的短暂现象	NA	定义细胞身份是生物学中的核心问题，本文旨在开发更好的方法来映射细胞身份，特别是在发育过渡期间	拟南芥根尖和人类胶质母细胞瘤肿瘤中的细胞	生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26969	2024-08-09	Reconstructing each cell's genome within complex microbial communities-dream or reality? 2014, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2014.00771 PMID:25620966	研究论文	本文探讨了在复杂微生物群落中重建每个细胞基因组的方法及其挑战	介绍了单细胞基因组学作为解决微生物生态学和环境微生物学中未培养微生物基因组信息获取问题的新方法	讨论了方法学限制和固有偏差，基于环境和基准数据评估了实现目标的距离	旨在从环境中每个细胞中恢复基因组序列，以更好地理解群落代谢潜力并提供实验工作基础	复杂微生物群落中的每个细胞基因组	环境微生物学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
26970	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals dynamic changes in lncRNA expression during reprogramming 2015-Jan-08, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2014.11.005 PMID:25575081	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了在细胞重编程过程中长非编码RNA（lncRNA）表达的动态变化	首次详细探讨了lncRNA在细胞重编程中的潜在功能，并揭示了其在调控细胞命运中的作用	NA	探究lncRNA在细胞重编程过程中的表达模式及其功能	lncRNA在细胞重编程中的表达和作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	自组织映射（SOM）	转录组数据	包括437个lncRNA在内的超过16,000个基因
26971	2024-08-09	[Recent progress in single-cell RNA-Seq analysis] 2014-Nov, Yi chuan = Hereditas DOI:10.3724/SP.J.1005.2014.1069 PMID:25567865	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在方法学和应用方面的最新进展	介绍了多种cDNA扩增方法、技术的灵敏度和噪声定量分析，以及低覆盖率高通量单细胞RNA测序和原位RNA测序技术的发展	NA	探讨单细胞RNA测序技术的方法学和应用进展	单细胞RNA测序技术	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	单个细胞
26972	2024-08-09	Applications for single cell trajectory analysis in inner ear development and regeneration 2015-Jul, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-014-2079-2 PMID:25532874	研究论文	本文讨论了单细胞轨迹分析在耳内发育和再生中的应用，介绍了三种不同的方法：主成分分析、'Monocle'算法和自组织映射，并使用先前发表的qRT-PCR数据集进行分析	本文展示了单细胞轨迹分析在耳内发育和再生研究中的独特优势	每种方法都有其局限性，如数据处理复杂性和对细胞数量的依赖	探讨单细胞轨迹分析在耳内发育和再生中的应用	耳内发育和再生的单神经母细胞	生物信息学	NA	单细胞轨迹分析	主成分分析、'Monocle'算法、自组织映射	基因表达数据	从发育中的小鼠内耳分离的单神经母细胞
26973	2024-08-09	Lineage-negative progenitors mobilize to regenerate lung epithelium after major injury 2015-Jan-29, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature14112 PMID:25533958	研究论文	本文研究了在重大肺损伤后，未分化的肺上皮干细胞/祖细胞（LNEP）在肺组织再生中的作用	首次定义了在正常远端肺中存在的稀有LNEP细胞的再生作用，并展示了其在肺损伤后的激活和分化过程	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类中验证LNEP细胞的作用	探讨肺组织再生的机制，特别是LNEP细胞在肺损伤后的作用	肺上皮干细胞/祖细胞（LNEP）及其在肺损伤后的再生能力	数字病理学	肺疾病	单细胞测序	NA	细胞	小鼠模型
26974	2024-08-09	Biased allelic expression in human primary fibroblast single cells 2015-Jan-08, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2014.12.001 PMID:25557783	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术检测了203个人类初级成纤维细胞中133,633个独特的杂合单核苷酸变异（hetSNVs）的等位基因特异性mRNA水平	发现了大多数基因在单细胞中的转录主要来自一个等位基因，且相邻的hetSNVs显示出一致的等位基因比例，而远距离的位点则与单倍型结构无关	NA	研究哺乳动物单细胞中基因表达的等位基因模式	人类初级成纤维细胞中的等位基因特异性表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	203个人类初级成纤维细胞
26975	2024-08-09	[Single-cell sequencing and tumour heterogeneity] 2014-Dec, Medecine sciences : M/S DOI:10.1051/medsci/20143012023 PMID:25537050	研究论文	本文通过单细胞新一代测序技术精确记录肿瘤异质性	首次通过单细胞测序技术详细展示了乳腺癌细胞中每个细胞独特的点突变模式	NA	研究肿瘤异质性及其对治疗抵抗的影响	乳腺癌细胞的遗传多样性	数字病理学	乳腺癌	单细胞新一代测序	NA	基因组数据	多个乳腺癌细胞样本
26976	2024-08-09	The importance of study design for detecting differentially abundant features in high-throughput experiments 2014-Dec-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-014-0527-7 PMID:25517037	研究论文	本文介绍了EDDA工具，用于优化高通量实验中的差异丰度检测，通过合理选择统计测试和预测性能来减少资源浪费	EDDA工具引入了基于模式的归一化方法，提高了检测差异丰度的鲁棒性和精确度	NA	优化高通量实验中的差异丰度检测，减少资源浪费	RNA-seq、Nanostring和宏基因组分析	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	测序数据	NA
26977	2024-08-09	Polar bodies in assisted reproductive technology: current progress and future perspectives 2015-Jan, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1095/biolreprod.114.125575 PMID:25472922	综述	本文综述了极体在辅助生殖技术中的新角色，主要关注单细胞测序技术在极体基因组分析中的应用及其在预防线粒体DNA相关疾病传递中的作用	探讨了极体在辅助生殖技术中的新应用，如单细胞测序技术分析极体基因组和极体转移预防线粒体DNA相关疾病	NA	探索极体在人类生殖健康中的新角色及其在辅助生殖技术中的应用	极体及其在辅助生殖技术中的应用	辅助生殖技术	生殖健康	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
26978	2024-08-09	Comparison of multiple displacement amplification (MDA) and multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC) in single-cell sequencing 2014, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0114520 PMID:25485707	研究论文	本文比较了两种广泛应用于单细胞测序的扩增方法：多重置换扩增（MDA）和基于多重退火和循环扩增的环化（MALBAC）	MALBAC作为一种结合了改进的MDA和调整后的PCR的方法，具有更高的均匀性、特异性和可重复性	NA	比较不同扩增方法在单细胞测序中的效果	单细胞测序中的扩增方法	基因组学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	单个精子样本
26979	2024-08-09	Single-cell transcriptomics for microbial eukaryotes 2014-Nov-17, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2014.10.026 PMID:25458215	研究论文	本文介绍了一种简单且可重复的单细胞转录组学方法，用于从五种模型纤毛虫物种中手动分离的细胞，并评估了扩增偏差和污染的影响，以及与传统基于培养的转录组学在基因发现效率上的比较	提出了针对未培养真核微生物的单细胞转录组学方法，该方法能够保留细胞身份、形态和微生物群落内活动的分配信息	尚未测试单细胞转录组学的效率和偏差	探索单细胞转录组学在未培养真核微生物中的应用潜力	五种模型纤毛虫物种的单细胞	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	五种模型纤毛虫物种的单细胞
26980	2024-08-09	Single-cell sequencing technologies: current and future 2014-Oct-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2014.09.005 PMID:25438696	review	本文综述了单细胞测序技术的发展现状及其在基因转录、胚胎发育和癌变等生物现象中的应用	单细胞测序技术相较于传统测序方法，在解决生物异质性和生物材料数量有限的问题上具有显著优势	单细胞测序技术面临高扩增偏差、低准确性和可重复性等内在问题的挑战	总结单细胞分离技术，并回顾当前用于单细胞基因组、转录组和表观基因组测序的技术	单细胞测序技术及其在生物学领域的应用	NA	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	NA