单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26921	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of Human Pancreatic Islets-New Kids on the Block 2016-10-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2016.09.012 PMID:27732832	研究论文	本文报道了从非糖尿病和2型糖尿病供体中分离出的单个胰腺细胞的转录组	首次对人类胰腺胰岛的单细胞进行RNA测序，提供了对胰岛转录组的深入了解	NA	探索人类胰腺胰岛中单个细胞的转录组	非糖尿病和2型糖尿病供体的胰腺细胞	基因组学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
26922	2024-08-09	Dynamic ASXL1 Exon Skipping and Alternative Circular Splicing in Single Human Cells 2016, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0164085 PMID:27736885	研究论文	本研究通过靶向删除、高分辨率剪接检测和单细胞测序技术，深入探究了ASXL1环状剪接的机制	发现环状剪接的有效性依赖于典型的转录起始位点和倒置的AluSx元件，并揭示了环状和线性ASXL1异构体在单细胞中的偏好表达	NA	探究环状RNA的生成机制及其在细胞生物学中的作用	ASXL1环状剪接及其异构体	分子生物学	NA	单细胞测序	NA	RNA序列	单个人类细胞
26923	2024-08-09	Predicting the functional states of human iPSC-derived neurons with single-cell RNA-seq and electrophysiology 2016-11, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/mp.2016.158 PMID:27698428	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和电生理学技术，预测人诱导多能干细胞衍生的神经元的功能状态	本文提出了一种多模态机器学习策略，用于识别预测单个神经元生理状态的新分子特征，无需考虑其在体外培养的时间	尽管电生理学是功能评估的金标准，但它通常缺乏疾病模型研究所需的扩展性	定义分化神经元的电生理功能状态的连续体，并探索其在体外脑疾病研究中的应用	人诱导多能干细胞衍生的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，电生理学	机器学习	基因表达数据，电生理数据	单个人神经元
26924	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Human Pancreas 2016-10-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2016.09.002 PMID:27693023	研究论文	本文开发了一种自动化平台，利用FACS、机器人技术和CEL-Seq2协议，从已故器官捐赠者的胰腺中获取数千个单细胞的转录组，实现了胰腺主要细胞类型的虚拟纯化。	本文首次通过单细胞转录组学方法，对人类胰腺的细胞类型及其标记基因进行了全面的分析，揭示了细胞类型特异的转录因子及亚群。	NA	深入理解胰腺生物学和糖尿病的病理生理学。	人类胰腺的细胞类型及其标记基因。	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组	数千个单胰腺细胞
26925	2024-08-09	Je, a versatile suite to handle multiplexed NGS libraries with unique molecular identifiers 2016-Oct-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1284-2 PMID:27717304	研究论文	本文介绍了Je工具套件，用于处理带有唯一分子标识符（UMI）的多种NGS文库，支持复杂的条码策略，提取UMI并过滤考虑UMI的读取重复	Je工具套件能够处理复杂的条码配置，提取UMI并过滤读取重复，这在现有工具中是不支持的	NA	开发一个能够处理复杂条码策略的工具套件，以提高NGS数据分析的准确性	带有UMI的多种NGS文库	生物信息学	NA	NGS	NA	序列数据	使用公开可用的scRNA-seq和iCLIP数据进行验证
26926	2024-08-09	Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells 2016-Oct-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.09.027 PMID:27716510	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了人鼠胚胎腹侧中脑发育的分子多样性，并开发了一种评估人多能干细胞衍生的多巴胺能神经元真实性的方法	发现了25种分子定义的人类细胞类型，包括五种子类型的放射状胶质样细胞和四种前体细胞，以及在鼠中两种成熟的胎儿多巴胺能神经元亚型在成年后分化为五种类别。此外，开发了一种在单细胞水平上定量评估人多能干细胞衍生的多巴胺能神经元真实性的方法	NA	理解人类胚胎腹侧中脑发育，特别是与帕金森病相关的细胞类型和基因表达动态	人类和鼠的胚胎腹侧中脑发育，以及人多能干细胞衍生的多巴胺能神经元	NA	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类和鼠的胚胎腹侧中脑细胞
26927	2024-08-09	Out of Many, One: Computational Reconstruction of Mouse Skin using Single-Cell Transcriptomics 2016-10-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.09.009 PMID:27716520	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术对小鼠皮肤进行计算重建	揭示了不同皮肤区域转录程序的空间和伪时间差异，以及皮肤干细胞群体中的共同基础程序	NA	全面重建哺乳动物皮肤的复杂性	小鼠皮肤及其干细胞群体	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26928	2024-08-09	Genomic Aberrations in Multiple Myeloma 2016, Cancer treatment and research DOI:10.1007/978-3-319-40320-5_3 PMID:27696256	综述	本文综述了多发性骨髓瘤的基因组异常情况	介绍了下一代测序技术在多发性骨髓瘤研究中的应用，包括全外显子、全基因组、RNA和单细胞测序以及全基因组关联研究	NA	全面回顾多发性骨髓瘤的基因组景观	多发性骨髓瘤的基因组异常	数字病理学	多发性骨髓瘤	下一代测序（NGS）	NA	基因组数据	NA
26929	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Bioinformatics and Computational Challenges 2016, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2016.00163 PMID:27708664	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术的生物信息学工具和方法，并讨论了该领域面临的关键分析挑战	NA	NA	探讨单细胞RNA测序技术在疾病和生物过程理解中的应用及其分析方法	单细胞RNA测序数据及其分析方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
26930	2024-08-09	Robust classification of single-cell transcriptome data by nonnegative matrix factorization 2017-01-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw607 PMID:27663498	研究论文	本文通过非负矩阵分解（NMF）方法对单细胞转录组数据进行分类，以识别细胞亚群	采用细胞中心的NMF方法，识别细胞亚型（'metacells'），而不是传统的基因中心的NMF方法	NA	研究如何通过非负矩阵分解（NMF）方法准确且稳健地识别单细胞转录组数据中的细胞亚群	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解（NMF）	非负矩阵分解（NMF）	转录组数据	数千个单细胞转录组
26931	2024-08-09	Analysis of allelic expression patterns in clonal somatic cells by single-cell RNA-seq 2016-11, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/ng.3678 PMID:27668657	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了克隆性体细胞中的等位基因表达模式	首次详细区分了体细胞中随机单等位基因表达的克隆性和动态性模式	研究主要集中在小鼠成纤维细胞和新鲜分离的人类CD8 T细胞，可能不适用于所有体细胞类型	探讨体细胞中随机单等位基因表达的遗传模式	小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞的克隆样本
26932	2024-08-09	Computational methods for trajectory inference from single-cell transcriptomics 2016-11, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.201646347 PMID:27682842	综述	本文综述了单细胞转录组学中用于轨迹推断的计算方法，并分析了这些方法的优缺点	提出了一种新的方法分类框架，并概述了这些方法在细胞分化中的应用	轨迹推断领域仍处于起步阶段，存在进一步发展的空间	探讨单细胞转录组学在免疫学动态过程中的应用	单细胞转录组学数据及其在细胞发育路径重建中的应用	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26933	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptomic Map of the Human and Mouse Pancreas Reveals Inter- and Intra-cell Population Structure 2016-10-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2016.08.011 PMID:27667365	研究论文	本文采用基于液滴的单细胞RNA测序方法，分析了来自四个人类供体和两种小鼠品系的超过12,000个胰腺细胞的转录组	首次详细描绘了人类和小鼠胰腺的单细胞转录组图谱，揭示了细胞间和细胞内的群体结构	NA	揭示胰腺中不同细胞类型的复杂相互作用及其基因表达模式	人类和小鼠的胰腺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12,000个胰腺细胞
26934	2024-08-09	Protein C receptor (PROCR) is a negative regulator of Th17 pathogenicity 2016-10-17, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20151118 PMID:27670590	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析病原性与非病原性Th17细胞，发现蛋白C受体（PROCR）作为Th17细胞表面分子，通过调控Th17细胞分化和病原性基因表达，影响Th17细胞在自身免疫疾病中的作用	首次揭示PROCR作为Th17细胞的负调控因子，通过调控Th17细胞分化和病原性基因表达，影响Th17细胞在自身免疫疾病中的作用	NA	探讨蛋白C受体（PROCR）在Th17细胞分化和病原性中的作用	Th17细胞及其在自身免疫疾病中的作用	NA	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	病原性与非病原性Th17细胞
26935	2024-08-09	RNA Sequencing of Single Human Islet Cells Reveals Type 2 Diabetes Genes 2016-10-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2016.08.018 PMID:27667665	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了1,492个人类胰腺α、β、δ和PP细胞的转录组，以揭示2型糖尿病相关的基因	本研究发现的245个在2型糖尿病中表达失调的基因中，92%的基因此前未与胰岛细胞功能或生长相关联	NA	揭示2型糖尿病相关的基因	人类胰腺α、β、δ和PP细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1,492个细胞
26936	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling of Human Pancreatic Islets in Health and Type 2 Diabetes 2016-10-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2016.08.020 PMID:27667667	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，对健康和2型糖尿病患者的胰腺胰岛细胞进行了详细的转录特征分析	首次对人类胰腺胰岛中的各种内分泌和外分泌细胞类型进行了全面的基因表达程序定义，包括罕见的δ、γ、ε细胞和星形细胞	NA	研究胰腺胰岛细胞在健康和2型糖尿病状态下的转录特征	人类胰腺胰岛细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	数千个来自健康和2型糖尿病捐赠者的胰腺胰岛细胞
26937	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals dynamic changes in A-to-I RNA editome during early human embryogenesis 2016-Sep-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3115-2 PMID:27687780	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类早期胚胎发育过程中A-to-I RNA编辑组的动力学变化	首次揭示了人类早期胚胎发育中A-to-I RNA编辑活动的动态变化及其阶段特异性	NA	探究人类早期胚胎发育过程中A-to-I RNA编辑活动的变化	人类早期胚胎从卵母细胞到桑葚胚阶段的单细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	68个单细胞，来自29个人类胚胎
26938	2024-08-09	Single-cell SNP analyses and interpretations based on RNA-Seq data for colon cancer research 2016-Sep-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep34420 PMID:27677461	研究论文	本研究利用单细胞和批量结肠癌样本的RNA-Seq数据进行单细胞SNP分析，并探讨了与结肠癌相关通路的SNP富集模式及基因表达	本研究不仅重现了批量样本的SNP分析结果，还检测了细胞间和细胞与批量样本间的变异，有助于早期诊断和识别单细胞水平上癌症的确切机制	由于获取、扩增和分析单细胞遗传材料的困难，单细胞多样性评估如单核苷酸多态性（SNP）分析仍存在障碍	探索单细胞水平上的SNP分析在结肠癌研究中的应用	结肠癌样本的单细胞和批量RNA-Seq数据	数字病理学	结肠癌	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	单细胞和批量结肠癌样本
26939	2024-08-09	Identifying and removing the cell-cycle effect from single-cell RNA-Sequencing data 2016-Sep-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep33892 PMID:27670849	研究论文	本文介绍了一种名为ccRemover的新方法，用于识别并去除单细胞RNA测序数据中的细胞周期效应	ccRemover方法能够可靠地识别细胞周期效应并将其去除，同时保留数据中其他感兴趣的生物信号	NA	开发一种有效的方法来去除单细胞RNA测序数据中的细胞周期效应，以提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞周期效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用模拟数据和三个真实的单细胞RNA测序数据集进行验证
26940	2024-08-09	The Homeobox Transcription Factor RHOX10 Drives Mouse Spermatogonial Stem Cell Establishment 2016-09-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.08.090 PMID:27681428	研究论文	本文报道了转录因子RHOX10在鼠精子干细胞（SSCs）初始建立中的关键作用	首次识别出X连锁同源异型盒基因Rhox10在SSCs初始生成中的作用，揭示了X连锁基因簇进化的意义及影响成体干细胞生成的调控机制	NA	探究成体干细胞的发育起源，特别是精子干细胞的初始建立	鼠精子干细胞（SSCs）及转录因子RHOX10的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括Rhox10在内的33个基因的X连锁同源异型盒基因簇的条件性缺失实验