单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26901	2024-08-09	Regulatory Architecture of the LβT2 Gonadotrope Cell Underlying the Response to Gonadotropin-Releasing Hormone 2018, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2018.00034 PMID:29487567	研究论文	本研究整合了LβT2细胞在GnRH刺激下的转录组和全基因组染色质可及性状态，并使用Gel bead-in-Emulsion Drop-seq技术检测了细胞间转录反应的变异性。	首次进行了LβT2细胞的全基因组表观遗传和单细胞转录组学特征研究。	NA	研究LβT2细胞在GnRH刺激下的基因调控机制和单细胞转录组反应变异性。	LβT2小鼠垂体细胞系在GnRH刺激下的表观遗传和转录组学响应。	数字病理学	NA	ATAC-seq, RNA-seq, Gel bead-in-Emulsion Drop-seq	NA	基因组, 转录组	1,992个未处理细胞和1,889个GnRH处理细胞
26902	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Using SINCERA Pipeline 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7710-9_15 PMID:29508300	研究论文	本文介绍了SINCERA分析流程，用于处理来自整个器官或已分类细胞的单细胞RNA-Seq数据	SINCERA是一个通用的分析流程，支持识别主要细胞类型、细胞类型特异性基因签名及特定细胞类型的驱动因素	NA	开发计算方法或分析流程以促进大量单细胞RNA-Seq数据分析	单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自整个器官或已分类细胞的单细胞数据
26903	2024-08-09	Bias, robustness and scalability in single-cell differential expression analysis 2018-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4612 PMID:29481549	研究论文	评估了36种方法在单细胞RNA测序数据中差异基因表达分析的表现，并介绍了conquer数据库，该数据库提供了一致处理的、分析就绪的公共单细胞RNA测序数据集。	发现批量RNA测序分析方法在单细胞RNA测序数据分析中并不一定表现更差，并介绍了conquer数据库，简化了方法评估和已发表结果的重分析。	NA	评估不同方法在单细胞差异基因表达分析中的性能。	单细胞RNA测序数据中的差异基因表达。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用了实验和合成数据集
26904	2024-08-09	Pulmonary alveolar type I cell population consists of two distinct subtypes that differ in cell fate 2018-03-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1719474115 PMID:29463737	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肺泡I型细胞（AT1细胞）在成年期的发育和异质性	首次发现成年AT1细胞群体包含两种不同亚型，具有不同的细胞命运	NA	探究AT1细胞在肺发育和再生中的细胞命运机制	肺泡I型细胞（AT1细胞）及其亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用-CreER小鼠模型进行研究
26905	2024-08-09	Rare Cell Detection by Single-Cell RNA Sequencing as Guided by Single-Molecule RNA FISH 2018-Feb-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.01.014 PMID:29454938	研究论文	本文使用单分子RNA荧光原位杂交作为金标准，评估单细胞RNA测序数据在检测稀有细胞表达变异性时的权衡	本文通过量化26个基因的表达分布，发现跨平台估计的一致性随着转录组覆盖度和分析细胞数量的增加而提高	NA	评估单细胞RNA测序在检测稀有细胞表达变异性时的准确性	26个从普遍到稀有表达的基因	基因组学	NA	单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交	NA	基因表达数据	26个基因
26906	2024-08-09	Observation weights unlock bulk RNA-seq tools for zero inflation and single-cell applications 2018-02-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1406-4 PMID:29478411	研究论文	本文介绍了一种基于零膨胀负二项模型的加权策略，用于解锁批量RNA测序差异表达分析管道，以处理零膨胀数据，提高单细胞RNA测序性能	提出了一种新的加权策略，基于零膨胀负二项模型，识别过多的零计数并生成基因和细胞特异性权重，以解锁批量RNA测序差异表达分析管道，适用于零膨胀数据	NA	旨在解决单细胞RNA测序中由于丢弃事件导致的零计数过多问题，提高差异表达分析的性能	单细胞RNA测序数据中的零膨胀问题	基因组学	NA	RNA测序	负二项模型	RNA测序数据	NA
26907	2024-08-09	Single-cell RNA-seq of rheumatoid arthritis synovial tissue using low-cost microfluidic instrumentation 2018-02-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-02659-x PMID:29476078	research paper	本文开发了一种3D打印的低成本液滴微流控控制仪器，并在临床环境中使用该仪器对五名类风湿性关节炎患者的分散滑膜组织进行单细胞转录组分析	开发了一种3D打印的低成本液滴微流控仪器，解决了现有技术成本高和用户友好性不足的问题	NA	旨在解决液滴微流控技术在疾病组织细胞异质性解析中的成本和可操作性问题	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	digital pathology	类风湿性关节炎	single-cell RNA-seq	NA	text	20,387个单细胞
26908	2024-08-09	Functionally distinct disease-associated fibroblast subsets in rheumatoid arthritis 2018-02-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-02892-y PMID:29476097	研究论文	本文研究了类风湿性关节炎中功能不同的疾病相关成纤维细胞亚群，通过批量转录组学和单细胞转录组学分析了人类滑膜组织中成纤维细胞亚群的功能和转录差异	本文首次识别了七个具有不同表面蛋白表型的成纤维细胞亚群，并将其整合为三个亚群，其中一个亚群在类风湿性关节炎患者中显著增加，具有促炎和侵袭性细胞特征	NA	研究类风湿性关节炎中成纤维细胞亚群的异质性及其与病理的关系	人类滑膜组织中的成纤维细胞亚群	NA	类风湿性关节炎	批量转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26909	2024-08-09	Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-Seq 2018-02-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.02.001 PMID:29474909	research paper	本文开发了Microwell-seq技术，用于构建小鼠细胞图谱（MCA），并分析了超过400,000个单细胞覆盖小鼠主要器官	开发了高吞吐量且低成本的Microwell-seq平台，用于单细胞RNA测序，并构建了小鼠细胞图谱	NA	构建基于转录组的小鼠细胞图谱	小鼠的单细胞RNA测序	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过400,000个单细胞
26910	2024-08-09	Analysis of cardiomyocyte clonal expansion during mouse heart development and injury 2018-02-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-02891-z PMID:29467410	研究论文	本文研究了小鼠心脏发育和损伤过程中心肌细胞克隆扩张的细胞机制	首次识别了小鼠发育和损伤后新心肌细胞的来源，并发现心脏前体细胞在发育过程中维持增殖潜能	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类心脏发育和损伤	探讨心脏组织形成的细胞机制	小鼠心脏发育和损伤过程中的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及早期胚胎和新生小鼠的心肌细胞
26911	2024-08-09	Exploring the Complexity of Cortical Development Using Single-Cell Transcriptomics 2018, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2018.00031 PMID:29456488	综述	本文综述了利用单细胞转录组技术探索哺乳动物大脑新皮质发育中细胞群体异质性的研究	利用新兴的单细胞技术在转录组水平上解码皮质发育过程中细胞群体的异质性及其分子细节	讨论了当前实施单细胞技术以全面理解新皮质发育的遗传和表观遗传机制所面临的挑战	综述单细胞转录组技术在脑研究中的应用潜力及其可能的生物学见解	哺乳动物大脑新皮质的发育过程中的细胞类型多样性及其基因调控机制	NA	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组	NA
26912	2024-08-09	States and Origins of Mammalian Embryonic Pluripotency In Vivo and in a Dish 2018, Current topics in developmental biology DOI:10.1016/bs.ctdb.2017.11.002 PMID:29477162	研究论文	本文讨论了哺乳动物早期胚胎多能性的状态和起源，并探讨了体外培养条件下的多能性细胞研究进展。	文章介绍了通过单细胞转录组学研究不同物种胚胎细胞相互作用和细胞命运决策的新方法，这些方法有助于理解多能性的出现。	NA	探讨哺乳动物早期胚胎多能性的理解和体外培养条件的改进。	哺乳动物早期胚胎的多能性细胞及其在不同物种中的差异。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及不同物种的胚胎
26913	2024-08-09	Spectral clustering based on learning similarity matrix 2018-06-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty050 PMID:29432517	研究论文	本文介绍了一种基于学习相似矩阵的谱聚类框架，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类	提出了一种新的谱聚类方法，通过多个双随机相似矩阵学习目标矩阵，并在目标矩阵上施加稀疏结构	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中的细胞聚类方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	谱聚类	基因表达数据	多种模拟和真实的单细胞RNA测序数据
26914	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analyses Reveal Endothelial Cell Heterogeneity in Tumors and Changes following Antiangiogenic Treatment 2018-05-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-17-2728 PMID:29449267	研究论文	通过单细胞转录组学分析，研究了肿瘤中内皮细胞的异质性及其在抗血管生成治疗后的变化	首次通过单细胞转录组学技术详细描述了肿瘤内皮细胞的异质性，并揭示了VEGF和Dll4-Notch信号通路在调控内皮细胞表型中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨肿瘤内皮细胞的异质性及其对抗血管生成治疗的响应	肿瘤内皮细胞及其他基质细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	包括小鼠异种移植肿瘤及成年正常心脏中的内皮细胞和其他基质细胞
26915	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals metallothionein heterogeneity during hESC differentiation to definitive endoderm 2018-04, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2018.01.015 PMID:29427839	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人胚胎干细胞向确定性内胚层分化过程中金属硫蛋白的异质性	本研究首次通过单细胞RNA测序和X射线荧光显微镜及多同位素质谱分析，揭示了金属硫蛋白基因在未能分化为确定性内胚层的细胞中的高表达与细胞内高锌水平的相关性	NA	提高体外定向分化过程中确定性内胚层分化的效率	人胚胎干细胞向确定性内胚层的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	在4天的确定性内胚层分化过程中，收集了四个时间点的单细胞样本
26916	2024-08-09	Single-cell gene expression reveals a landscape of regulatory T cell phenotypes shaped by the TCR 2018-03, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-018-0051-0 PMID:29434354	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、激活报告和T细胞受体（TCR）分析，研究了小鼠淋巴器官和人类血液中CD4调节性T细胞（T）和常规CD4FoxP3 T细胞（T）的表型异质性	揭示了TCR信号强度对激活T细胞程序的影响，并展示了小鼠和人类血液中T细胞异质性的显著保守性	NA	理解CD4调节性T细胞的表型异质性	CD4调节性T细胞和常规CD4FoxP3 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个T细胞和常规CD4FoxP3 T细胞
26917	2024-08-09	Inertial-ordering-assisted droplet microfluidics for high-throughput single-cell RNA-sequencing 2018-02-27, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c7lc01284e PMID:29423464	研究论文	本文开发了一种基于惯性排序辅助的液滴微流控平台，用于高通量单细胞RNA测序，显著提高了通量并减少了条形码错误。	通过惯性效应在螺旋通道中自发排序高浓度含寡核苷酸条形码的珠子，实现了珠子的确定性封装，从而提高了单珠液滴的比例，减少了条形码错误。	NA	开发一种新的液滴微流控平台，以提高单细胞RNA测序的精确性和效率。	单细胞RNA测序中的条形码错误和通量问题。	微流控	NA	RNA测序	NA	微流控液滴	高浓度珠子（1000 μl）
26918	2024-08-09	A molecular atlas of cell types and zonation in the brain vasculature 2018-02-22, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25739 PMID:29443965	研究论文	本文利用血管单细胞转录组学技术，为成年小鼠大脑中的主要血血管和血管相关细胞类型提供了分子定义	揭示了沿动静脉轴的渐进性表型变化（分区）的转录基础，并发现了内皮细胞和壁细胞在细胞类型差异上的不同连续性	NA	深入理解构成大脑血管的细胞类型及其分子机制	成年小鼠大脑中的血血管和血管相关细胞	数字病理学	脑血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组	成年小鼠大脑血管细胞
26919	2024-08-09	A Macrophage Colony-Stimulating-Factor-Producing γδ T Cell Subset Prevents Malarial Parasitemic Recurrence 2018-02-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.01.009 PMID:29426701	研究论文	本文研究了γδ T细胞在疟疾感染中的作用，特别是在急性寄生虫血症缓解后，γδ T细胞的快速扩张及其对寄生虫血症复发的预防作用	发现了一种产生巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF）的γδ T细胞亚群，该亚群在疟疾感染后期发挥特殊的保护作用	NA	探究γδ T细胞在疟疾感染中的具体作用及其对寄生虫血症复发的预防机制	γδ T细胞在疟疾感染中的功能及作用机制	NA	疟疾	单细胞测序	NA	细胞	小鼠和人类样本
26920	2024-08-09	Deciphering Cell Lineage Specification during Male Sex Determination with Single-Cell RNA Sequencing 2018-02-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.01.043 PMID:29425512	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在性别决定期间的XY小鼠性腺中，揭示了体细胞前体细胞的身份及其驱动细胞分化的转录事件	本研究首次在性别决定期间的小鼠性腺中，通过单细胞RNA测序技术，识别出单一的体细胞前体细胞群，并详细分析了这些细胞分化为Sertoli细胞和胎儿Leydig细胞的转录变化	NA	研究性腺中性细胞命运决定的细胞谱系特化过程	XY小鼠性腺中的体细胞前体细胞及其分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA