单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26881	2024-08-09	Molecular interrogation of hypothalamic organization reveals distinct dopamine neuronal subtypes 2017-02, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4462 PMID:27991900	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究者对下丘脑中的神经元身份进行了图谱绘制，区分了62种产生谷氨酸、多巴胺或GABA标记的神经元亚型，并发现了一种独特的多巴胺神经元亚型。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了下丘脑中神经元的多样性和功能，特别是发现了一种新型多巴胺神经元亚型。	NA	揭示下丘脑组织的分子结构，特别是神经元亚型的多样性及其功能。	下丘脑中的神经元亚型及其在神经传递和神经内分泌中的作用。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	62种神经元亚型
26882	2024-08-09	XACT Noncoding RNA Competes with XIST in the Control of X Chromosome Activity during Human Early Development 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.014 PMID:27989768	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和成像技术，揭示了长非编码RNA XACT和XIST在人类早期胚胎发育中的共激活和积累现象，并探讨了它们在调控X染色体活性中的作用。	发现了人类特有的调控X染色体活性的机制，并揭示了XIST RNA在早期胚胎中的非典型分布方式，以及XACT对XIST积累的影响。	NA	探讨人类早期胚胎发育中X染色体活性的调控机制。	长非编码RNA XACT和XIST在早期人类胚胎中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序和成像技术	NA	RNA	早期人类胚胎和人类胚胎干细胞
26883	2024-08-09	Intrinsic transcriptional heterogeneity in B cells controls early class switching to IgE 2017-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20161056 PMID:27994069	研究论文	本研究结合新型小鼠报告基因和单细胞RNA测序技术，揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录如何导致IgE类别转换	本研究首次揭示了IL-4诱导的I转录异质性，并阐明了早期Iε转录在较低激活阈值下指导IgE与IgG1选择的关键生理反应	NA	探究B细胞中IL-4诱导的I转录异质性及其对IgE类别转换的调控机制	B细胞中的I转录异质性及其对IgE类别转换的影响	免疫学	过敏和哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠样本
26884	2024-08-09	Perturb-Seq: Dissecting Molecular Circuits with Scalable Single-Cell RNA Profiling of Pooled Genetic Screens 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.038 PMID:27984732	研究论文	本文开发了Perturb-seq技术，结合单细胞RNA测序和CRISPR-based扰动，对大量细胞进行基因扰动分析	Perturb-seq技术能够在大规模细胞池中进行复杂的表型分析，如转录组轮廓	NA	研究基因功能及其在免疫细胞中的作用	免疫细胞和细胞系中的转录因子及其对脂多糖（LPS）反应的调控	基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq），CRISPR	NA	RNA	200,000个细胞
26885	2024-08-09	Dissecting Immune Circuits by Linking CRISPR-Pooled Screens with Single-Cell RNA-Seq 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.039 PMID:27984734	研究论文	本文介绍了一种名为CRISP-seq的集成方法，结合单细胞RNA测序和CRISPR池筛选技术，用于解析多细胞生物中的免疫调节电路	CRISP-seq方法能够在同一细胞中同时分析基因组扰动和转录组，从而揭示多个因子及其相互作用的功能	NA	探索多细胞生物中免疫调节电路的功能和相互作用	先天免疫调节电路中的发育和信号依赖因子	基因编辑	NA	CRISPR-Pooled Screens, 单细胞RNA-seq	NA	RNA	数万个体外和鼠类扰动细胞
26886	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies diverse roles of epithelial cells in idiopathic pulmonary fibrosis 2016-12-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.90558 PMID:27942595	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了特发性肺纤维化（IPF）中的上皮细胞类型及其在疾病发病机制中的生物学过程	研究首次识别了IPF中三种不同的上皮细胞亚型，并揭示了这些细胞在病理过程中的作用	研究主要集中在细胞水平，未涉及更广泛的组织或器官层面的分析	探索特发性肺纤维化中上皮细胞的多样性和其在疾病发展中的作用	特发性肺纤维化中的上皮细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及正常人肺上皮细胞和IPF细胞的单细胞RNA测序分析
26887	2024-08-09	Mapping heterogeneity in patient-derived melanoma cultures by single-cell RNA-seq 2017-Jan-03, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.13666 PMID:27903987	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的细胞异质性	首次应用单细胞RNA测序技术分析黑色素瘤患者来源培养物的细胞异质性，并发现与患者生存相关的基因表达模块	研究仅限于短期培养的黑色素瘤细胞，可能无法完全反映肿瘤的长期动态	探索黑色素瘤细胞的异质性及其对患者生存的影响，并寻找新的治疗靶点	来自三位不同患者的黑色素瘤转移样本的单细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	自组织映射	基因表达数据	307个单细胞，来自三位患者的三个活检样本
26888	2024-08-09	Single-cell barcoding and sequencing using droplet microfluidics 2017-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2016.154 PMID:27929523	research paper	本文介绍了一种名为inDrops的方法，利用液滴微流控技术进行单细胞RNA测序，能够高效地捕获和处理数千个单个细胞进行全转录组或基因组分析。	inDrops方法能够在短时间内索引超过15,000个细胞，并且能够捕获和分析高达75%的细胞，即使在非常小的样本中也能进行大规模的细胞分析。	NA	开发一种高效、可扩展的单细胞RNA测序方法，用于捕获和分析细胞的多样性。	单个细胞的RNA测序。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	数千至数万个细胞
26889	2024-08-09	High-performance multiplexed fluorescence in situ hybridization in culture and tissue with matrix imprinting and clearing 2016-12-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1617699113 PMID:27911841	研究论文	本文开发了一种用于FISH测量的样本清除方法，通过嵌入样本于聚丙烯酰胺中，固定RNA并清除细胞蛋白和脂质，以减少非特异性探针结合和细胞自发荧光，从而提高检测效率和灵敏度	提出了通过矩阵印迹和清除技术来减少FISH探针的非特异性结合和细胞自发荧光，从而提高多重荧光原位杂交技术的性能	NA	旨在提高多重荧光原位杂交技术在细胞培养和组织样本中的性能	研究对象包括FISH探针的非特异性结合、细胞自发荧光以及RNA的检测	数字病理学	NA	多重荧光原位杂交（FISH）	NA	图像	在清除样本中测量了130种RNA物种的拷贝数，并使用矩阵印迹和清除方法对小鼠大脑复杂组织样本进行了MERFISH测量
26890	2024-08-09	Tracing the origin of disseminated tumor cells in breast cancer using single-cell sequencing 2016-12-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1109-7 PMID:27931250	研究论文	本研究利用单细胞测序技术追踪乳腺癌中扩散肿瘤细胞的起源	首次通过单细胞测序技术详细分析了扩散肿瘤细胞的遗传变异，并追踪了其起源	研究样本仅来自六名非转移性乳腺癌患者，可能限制了结果的普遍性	揭示扩散肿瘤细胞的分子特性及其在肿瘤中的起源	乳腺癌患者的扩散肿瘤细胞及其遗传变异	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	DNA	63个单细胞来自6名非转移性乳腺癌患者
26891	2024-08-09	Macrophage Colony Stimulating Factor Derived from CD4+ T Cells Contributes to Control of a Blood-Borne Infection 2016-Dec, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1006046 PMID:27923070	研究论文	本文研究了CD4+ T细胞分泌的巨噬细胞集落刺激因子（MCSF）在控制血液传播感染中的作用	首次揭示了CD4+ T细胞作为体内生理相关的MCSF来源，并阐明了T辅助细胞通过调节髓系细胞限制血液传播的细胞内病原体生长的机制	NA	探讨CD4+ T细胞和MCSF在控制血液传播感染中的作用	CD4+ T细胞、MCSF、髓系细胞和血液传播的病原体	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及感染P. chabaudi的CD4+ T细胞和髓系细胞亚群
26892	2024-08-09	Neurogenic Radial Glia-like Cells in Meninges Migrate and Differentiate into Functionally Integrated Neurons in the Neonatal Cortex 2017-03-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.020 PMID:27889318	研究论文	本文报道了围产期小鼠脑膜中含有在胚胎发育期间形成的一群神经发生性前体细胞，这些细胞迁移到尾侧皮质并分化为皮质II-IV层的Satb2神经元	首次发现脑膜中的胚胎来源的放射状胶质样细胞能在新生期的大脑皮质中迁移并分化为功能性神经元	NA	探讨出生后大脑皮质是否会增加新的神经元	围产期小鼠的脑膜和新生期大脑皮质中的神经发生性前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	围产期小鼠的脑膜细胞
26893	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals lincRNA expression differences in Hela-S3 cells 2017-Mar, Biotechnology letters IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s10529-016-2260-7 PMID:27878653	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析Hela-S3细胞中的长链非编码RNA（lincRNA）表达差异	首次在单细胞水平上揭示了Hela-S3细胞中lincRNA的表达特异性及其在细胞功能网络中的作用	NA	研究宫颈癌发展中lincRNA的功能验证和临床应用	Hela-S3细胞中的lincRNA	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	37个Hela-S3细胞
26894	2024-08-09	Cerebral cortical neuron diversity and development at single-cell resolution 2017-02, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2016.11.001 PMID:27888678	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在单细胞分辨率下研究大脑皮层神经元的多样性和发育的早期努力、未来挑战和机遇。	scRNA-seq技术为分类大脑皮层神经元的多样性提供了全基因组基因表达模式，有望揭示神经元身份在发育、分化、活动和疾病中的转变。	NA	探讨应用scRNA-seq技术阐明神经元亚型及其发育的未来挑战和机遇。	大脑皮层神经元的多样性和发育。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数百上千的单细胞转录组
26895	2024-08-09	Cancer genomics: Single-cell RNA-seq to decipher tumour architecture 2017-01, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.151 PMID:27890926	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26896	2024-08-09	TRACING CO-REGULATORY NETWORK DYNAMICS IN NOISY, SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME TRAJECTORIES 2017, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing DOI:10.1142/9789813207813_0053 PMID:27897008	研究论文	本文介绍了一种名为SCIMITAR的框架，用于从静态单细胞转录组数据中推断进展轨迹及其相关调控	SCIMITAR通过在高维曲线中采用高斯混合的连续参数化，从数据中生成丰富的模型，突出与推断进展相关的基因表达和共表达模式	NA	探索复杂生物过程如分化和肿瘤发生的分子基础	单细胞转录组数据中的基因调控网络重构	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	高斯混合模型	转录组数据	单细胞人类胎儿神经元数据集
26897	2024-08-09	Single-cell sequencing maps gene expression to mutational phylogenies in PDGF- and EGF-driven gliomas 2016-Nov-25, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20166969 PMID:27888226	研究论文	本文通过单细胞测序技术，将基因表达与突变系统发育联系起来，研究了PDGF和EGF驱动的胶质瘤	开发了一种新方法，将单细胞表达谱映射到从外显子测序中识别的顺序获得的突变上	NA	评估克隆异质性对基因表达的影响	PDGF和EGF驱动的胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	288个单细胞
26898	2024-08-09	Measuring intratumor heterogeneity by network entropy using RNA-seq data 2016-11-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep37767 PMID:27883053	研究论文	本文利用RNA测序数据，通过生物网络状态测量肿瘤内异质性（ITH）水平	提出了一种基于熵的距离度量nJSD，用于测量两个网络之间的ITH，并在多个数据集上验证了其有效性	NA	研究肿瘤内异质性的测量方法及其在临床应用中的重要性	肿瘤样本的RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	分析了TCGA泛癌6,320名患者的数据，并使用了人类癌细胞系和单细胞测序数据进行验证
26899	2024-08-09	p53 Regulates Progenitor Cell Quiescence and Differentiation in the Airway 2016-11-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.11.007 PMID:27880895	研究论文	本文研究了肿瘤抑制因子p53在气道上皮祖细胞的增殖和分化中的调控作用	首次证明了p53在气道上皮祖细胞的静止和分化中的关键作用，并揭示了p53水平对祖细胞行为的紧密调控	NA	探究p53在气道上皮祖细胞静止和分化中的调控机制	气道上皮祖细胞的增殖和分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26900	2024-08-09	Single-cell transcriptomes identify human islet cell signatures and reveal cell-type-specific expression changes in type 2 diabetes 2017-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.212720.116 PMID:27864352	研究论文	研究通过单细胞转录组分析，揭示了人类胰岛细胞的特征以及2型糖尿病中细胞类型特异性的表达变化	首次报道了来自非糖尿病和2型糖尿病人类胰岛样本的638个细胞的单细胞转录组，并识别了delta和PP/gamma细胞类型中与胰岛功能障碍和糖尿病相关的基因	研究主要集中在胰岛细胞的转录组分析，未涉及细胞功能的具体实验验证	识别胰腺胰岛功能障碍的基本细胞类型特异性特征，并提供理解胰岛生物学和糖尿病发病机制的关键资源	人类胰岛细胞及其在2型糖尿病中的表达变化	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组	NA	转录组数据	638个细胞