单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26881	2024-08-09	Human organomics: a fresh approach to understanding human development using single-cell transcriptomics 2017-05-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.150458 PMID:28465333	research paper	本文总结了利用单细胞转录组学技术在类器官上进行的研究方法，并讨论了将这些技术应用于生成人体发育和疾病的器官水平机制模型的机遇与挑战	利用创新的单细胞转录组学技术，从多能干细胞重现人体器官发生过程，解析类器官的组成部分并重建细胞分化过程中的谱系轨迹	NA	探索人体发育生物学，生成人体发育和疾病的器官水平机制模型	人体器官发育过程及疾病机制	digital pathology	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26882	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis Maps Development of Human Germline Cells and Gonadal Niche Interactions 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.03.007 PMID:28457750	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了超过2,000个人类胚胎的性腺细胞及其性腺微环境细胞，揭示了人类胎儿生殖细胞（FGCs）的发育轨迹和异质性	发现了女性FGCs经历四个不同的连续阶段，以及男性FGCs的发育阶段，并观察到FGCs与其性腺微环境细胞之间的相互信号作用	NA	探讨人类胎儿生殖细胞的发育轨迹和异质性	人类胎儿生殖细胞及其性腺微环境细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	超过2,000个人类胚胎的性腺细胞及其性腺微环境细胞
26883	2024-08-09	Prospective isolation of NKX2-1-expressing human lung progenitors derived from pluripotent stem cells 2017-Jun-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI89950 PMID:28463226	研究论文	本文通过工程化和体外发育分化NKX2-1GFP报告的多能干细胞，生成并分离出表达NKX2-1的人类原始肺前体细胞，这些细胞最初缺乏分化肺谱系标记，并在特定3D培养中展示肺上皮成熟。	首次成功分离并追踪NKX2-1表达的人类肺前体细胞，并进行了实时成像和时间序列全局转录组分析，揭示了早期肺发育的进化保守基因签名。	NA	验证人类胎儿发育期间肺上皮细胞是否全部源自表达NKX2-1的胚胎内胚层前体细胞的假设。	人类肺前体细胞及其在肺发育中的作用。	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26884	2024-08-09	Conditional knockin of Dnmt3a R878H initiates acute myeloid leukemia with mTOR pathway involvement 2017-05-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1703476114 PMID:28461508	research paper	本文通过生成Dnmt3a R878H条件性敲入小鼠，研究了R882H突变在人类急性髓系白血病（AML）中的特征。	首次通过条件性敲入技术生成Dnmt3a R878H小鼠模型，揭示了该突变在AML中的分子和表观遗传学变化。	NA	探索Dnmt3a R878H突变在急性髓系白血病中的作用及其分子机制。	Dnmt3a R878H条件性敲入小鼠及其在AML中的表型和分子特征。	NA	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组和DNA甲基化数据	Dnmt3a R878H条件性敲入小鼠
26885	2024-08-09	A Gene Regulatory Network Balances Neural and Mesoderm Specification during Vertebrate Trunk Development 2017-05-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2017.04.002 PMID:28457792	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术，识别神经中胚层前体细胞（NMPs）的分子特征，并逆向工程其分化调控机制	揭示了一个转录调控网络，该网络整合了相互对抗的视黄酸（RA）和Wnt信号，以决定细胞进入和退出NMP状态的速率	NA	研究脊椎动物躯干发育过程中神经和中胚层分化平衡的基因调控网络	神经中胚层前体细胞（NMPs）及其分化调控机制	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26886	2024-08-09	Heterogeneity of hypothalamic pro-opiomelanocortin-expressing neurons revealed by single-cell RNA sequencing 2017-05, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2017.02.007 PMID:28462073	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了下丘脑中表达前阿片黑素皮质素原（POMC）神经元的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分类了POMC神经元的不同亚型，并分析了它们的基因表达特征	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人类研究来验证结果	探索下丘脑中POMC神经元的异质性及其在体重控制中的作用	下丘脑中的POMC神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	163个神经元样本
26887	2024-08-09	SCALE: modeling allele-specific gene expression by single-cell RNA sequencing 2017-04-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1200-8 PMID:28446220	研究论文	本文提出了一种名为SCALE的方法，用于通过单细胞RNA测序分析基因组范围内的等位基因特异性爆发	SCALE方法能够调整技术变异性，检测表现出等位基因爆发参数差异的基因以及等位基因非独立爆发的基因	NA	研究等位基因特异性表达及其爆发特性	小鼠囊胚和人类成纤维细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	SCALE	基因表达数据	小鼠囊胚和人类成纤维细胞样本
26888	2024-08-09	Principles of Systems Biology, No. 16 2017-04-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2017.04.002 PMID:28448794	review	本篇文章回顾了系统生物学领域的几个关键进展，包括T细胞的二元信号传导、交互作用图谱的进展、单细胞RNA测序等	NA	NA	回顾系统生物学领域的最新进展	T细胞信号传导、细胞间交互作用、单细胞RNA测序等	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
26889	2024-08-09	Single-cell genomic profiling of acute myeloid leukemia for clinical use: A pilot study 2017-Mar, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2017.5669 PMID:28454300	研究论文	本研究探讨了单细胞基因组学在临床诊断中的应用，特别是针对急性髓系白血病的单细胞RNA测序。	通过单细胞基因组学技术，能够区分肿瘤异质性，并可能通过识别和表征潜在的亚克隆群体来改善临床诊断。	研究中识别的局限性包括显著的随机RNA丢失和当前提议平台的相对低通量。	验证单细胞基因组学在临床诊断中的应用概念。	急性髓系白血病骨髓样本中的单个细胞。	数字病理学	血液病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	20个细胞
26890	2024-08-09	Single-cell sequencing and tumorigenesis: improved understanding of tumor evolution and metastasis 2017-Dec, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1186/s40169-017-0145-6 PMID:28405930	综述	本文综述了单细胞测序技术在理解肿瘤演化和转移中的应用及其最新进展	单细胞测序技术提供了高分辨率的基因组和基因表达图谱，有助于研究癌症中的复杂分子异质性	单细胞测序技术在临床应用前仍需克服重大障碍	探讨单细胞测序技术在改善患者护理中的临床应用前景	单细胞测序技术及其在肿瘤基因组和转录组异质性研究中的应用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组和转录组数据	NA
26891	2024-08-09	Removal of batch effects using distribution-matching residual networks 2017-Aug-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx196 PMID:28419223	研究论文	本文提出了一种基于残差神经网络的深度学习方法，用于去除系统性批次效应	该方法通过训练残差神经网络来最小化两个不同批次复制品的多变量分布之间的最大均值差异	NA	去除实验数据中的系统性批次效应	质量细胞测量和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	NA	残差神经网络	数据	NA
26892	2024-08-09	SCnorm: robust normalization of single-cell RNA-seq data 2017-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4263 PMID:28418000	研究论文	本文介绍了SCnorm方法，用于准确和高效地归一化单细胞RNA测序数据	SCnorm解决了现有归一化方法在单细胞RNA测序数据中不适用的假设问题，避免了引入偏差	NA	开发适用于单细胞RNA测序数据的归一化方法	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
26893	2024-08-09	JingleBells: A Repository of Immune-Related Single-Cell RNA-Sequencing Datasets 2017-05-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1700272 PMID:28416714	研究论文	本文介绍了JingleBells数据库，该数据库收集并标准化了免疫相关的单细胞RNA测序数据，便于分析和可视化	JingleBells数据库提供了统一格式的单细胞RNA测序数据，并附带可视化教程，使得非计算生物学家也能利用这些数据	NA	旨在促进免疫相关单细胞RNA测序数据的重用和可视化	免疫相关的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	多个公开可用的免疫相关单细胞RNA测序数据集
26894	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors 2017-04-21, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aah4573 PMID:28428369	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了人类血液中树突状细胞和单核细胞的新亚型及其相互关系	发现了六种新的树突状细胞亚型和四种单核细胞亚型，并重新定义了浆细胞样树突状细胞的特性	NA	深入理解树突状细胞和单核细胞的亚型及其在免疫反应中的作用	人类血液中的树突状细胞和单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	约2400个细胞
26895	2024-08-09	Epithelial-Mesenchymal Micro-niches Govern Stem Cell Lineage Choices 2017-04-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.03.038 PMID:28413068	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了毛囊中干细胞和过渡放大细胞的意外异质性，并追踪这种异质性源于上皮-间质界面的微环境	发现了干细胞和过渡放大细胞在毛囊中的异质性，并揭示了这种异质性由上皮-间质界面的微环境调控	NA	探究干细胞在组织中的行为及其对形态发生和再生的影响	成人组织干细胞及其微环境	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个毛囊中的单个细胞
26896	2024-08-09	Functional Enhancer Screening in Single Cells 2017-Apr-20, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.03.018 PMID:28431229	research paper	本文介绍了一种名为Mosaic-seq的技术，结合CRISPRi和单细胞RNA测序，用于高吞吐量评估增强子对基因调控的贡献	Mosaic-seq技术结合了CRISPRi和单细胞RNA测序，实现了对增强子功能的高通量评估	NA	开发和应用新技术以评估增强子在基因调控中的作用	增强子在基因调控中的功能	基因组学	NA	CRISPRi, 单细胞RNA测序	NA	RNA	单细胞
26897	2024-08-09	ST Pipeline: an automated pipeline for spatial mapping of unique transcripts 2017-Aug-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx211 PMID:28398467	研究论文	本文介绍了一种用于空间转录组学实验中自动高效处理RNA-seq数据以生成下游分析数据集的管道	提出了空间转录组学这一基于RNA-seq的新技术，并开发了新的工具和算法以应对其增加的空间分辨率复杂性	NA	开发一种自动化的管道，用于处理空间转录组学实验中的RNA-seq数据	空间转录组学实验中的RNA-seq数据	转录组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
26898	2024-08-09	SCODE: an efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation 2017-Aug-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx194 PMID:28379368	研究论文	本文介绍了一种名为SCODE的新型高效算法，用于从单细胞RNA-Seq数据中推断调控网络，特别是在细胞分化过程中的应用	SCODE算法基于常微分方程，能够高效地从大规模单细胞RNA-Seq数据中推断出调控网络，且运行时间显著短于现有方法	NA	开发一种新型算法以从单细胞RNA-Seq数据中高效推断出细胞分化过程中的调控网络	单细胞RNA-Seq数据在细胞分化过程中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	常微分方程	RNA-Seq数据	三个单细胞RNA-Seq数据集
26899	2024-08-09	An immunoaffinity-based method for isolating ultrapure adult astrocytes based on ATP1B2 targeting by the ACSA-2 antibody 2017-05-26, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.M116.765313 PMID:28373281	研究论文	本文介绍了一种基于ACSA-2抗体靶向ATP1B2的免疫亲和方法，用于从成年大脑中分离超纯星形胶质细胞	首次展示了ACSA-2抗体在成年组织中分离细胞的实用性，并首次鉴定了ACSA-2表位为ATP1B2	NA	探索星形胶质细胞的分子机制及其在中枢神经系统中的作用	星形胶质细胞及其在中枢神经系统中的分布和表达	NA	NA	单细胞测序、过表达和敲降实验、免疫印迹和免疫组织化学	NA	细胞	多个中枢神经系统损伤和疾病模型中的星形胶质细胞
26900	2024-08-09	Measuring Signaling and RNA-Seq in the Same Cell Links Gene Expression to Dynamic Patterns of NF-κB Activation 2017-04-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2017.03.010 PMID:28396000	研究论文	本文通过整合活细胞成像和单细胞测序技术，研究了脂多糖诱导的NF-κB激活动态与基因表达输出之间的关系	本文首次在同一细胞内同时测量NF-κB激活动态和全局转录反应，揭示了NF-κB动态在决定细胞表型中的功能作用	NA	探索信号蛋白动态响应的异质性及其对基因表达输出的影响	NF-κB激活动态与基因表达输出之间的关系	基因表达	NA	RNA-Seq	NA	图像和文本	单个细胞