单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26881	2024-08-09	OEFinder: a user interface to identify and visualize ordering effects in single-cell RNA-seq data 2016-05-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw004 PMID:26743507	research paper	本文介绍了一种名为OEFinder的统计方法和软件，用于识别和可视化单细胞RNA测序数据中的排序效应基因	开发了OEFinder软件，提供了一个用户友好的图形界面，用于检测和处理由Fluidigm C1平台生成的单细胞RNA测序数据中的排序效应	NA	解决单细胞RNA测序数据中排序效应导致的偏差问题	单细胞RNA测序数据中的排序效应基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26882	2024-08-09	Does mouse embryo primordial germ cell activation start before implantation as suggested by single-cell transcriptomics dynamics? 2016-Mar, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gav072 PMID:26740066	研究论文	本研究通过单细胞转录组动力学分析，探讨了小鼠胚胎原生殖细胞（PGC）在植入前是否开始激活，以及转录因子TCFAP2C对DNA甲基转移酶3-样（Dnmt3l）的潜在调控作用。	发现了小鼠PGC标记物在植入前至少在胚胎日3.25开始激活，并识别出新的稳定PE和EPI标记物，这些发现对从多能细胞中衍生生殖细胞具有重要意义。	由于Dnmt3l受TCFAP2C调控的结果基于计算预测的DNA甲基化基序、Chip-Seq和转录组数据，需要功能性研究来验证这一结果。	评估早期植入前事件的时间，并更好地理解内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。	小鼠胚胎的原生殖细胞（PGC）和内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	基于三个独立的单细胞转录组数据集
26883	2024-08-09	Assessing similarity to primary tissue and cortical layer identity in induced pluripotent stem cell-derived cortical neurons through single-cell transcriptomics 2016-Mar-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddv637 PMID:26740550	研究论文	通过单细胞转录组学评估诱导多能干细胞衍生的皮层神经元与原代组织的相似性及皮层层身份	首次使用单细胞多重逆转录定量PCR技术，在细胞水平上详细分析了诱导多能干细胞衍生的皮层神经元的基因表达，并与人类胎儿和成人脑的单细胞RNA测序数据进行比较	目前的层标记虽然有效，但可能无法在所有细胞中区分皮层层身份	探索诱导多能干细胞衍生的皮层神经元与原代皮层神经元的相似性，并评估其在神经发育和神经疾病研究中的应用潜力	诱导多能干细胞衍生的皮层神经元及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞多重逆转录定量PCR	NA	基因表达数据	93.6%的单细胞来自诱导多能干细胞，其中68.4%的细胞表达至少一个层标记
26884	2024-08-09	Adult mouse cortical cell taxonomy revealed by single cell transcriptomics 2016-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4216 PMID:26727548	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类	首次构建了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类，并识别了49种转录组细胞类型	NA	揭示神经系统中细胞类型的多样性	成年小鼠的初级视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	49种转录组细胞类型，包括23种GABA能细胞、19种谷氨酸能细胞和7种非神经元细胞
26885	2024-08-09	A microfluidic platform enabling single-cell RNA-seq of multigenerational lineages 2016-Jan-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms10220 PMID:26732280	研究论文	本文介绍了一种微流控平台，能够在受控培养条件下进行多代谱系追踪后，实现离体单细胞RNA测序。	该平台能够直接测量单细胞中谱系和细胞周期依赖的转录组特征，为免疫学、癌症和发育生物学等领域提供了新的研究工具。	NA	研究多代谱系追踪后单细胞的转录组特征。	小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的转录组。	数字病理学	淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的多代谱系。
26886	2024-08-09	Integration of electrophysiological recordings with single-cell RNA-seq data identifies neuronal subtypes 2016-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.3443 PMID:26689544	研究论文	本文介绍了一种结合电生理记录和单细胞RNA测序数据识别神经元亚型的方法	提出了Patch-seq方法，该方法能够在进行全细胞膜片钳记录后，从单个新皮质锥体细胞和中间神经元中获取全转录组数据	NA	探索神经元身份参数与分子表型之间的直接关系	新皮质锥体细胞和中间神经元	神经科学	NA	Patch-seq	NA	RNA-seq数据	小鼠脑切片中的单个神经元
26887	2024-08-09	Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of human pancreatic islet cell types 2016-Feb, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.201540946 PMID:26691212	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了70个来自人类胰腺胰岛的细胞，揭示了不同胰岛细胞亚型的特征性转录组特征	本研究首次通过单细胞RNA测序技术全面解析了人类胰腺胰岛细胞的异质性，并验证了先前描述的标记基因，同时识别了特定表达的转录因子	研究样本量较小，仅包含70个细胞，可能无法完全代表所有人类胰腺胰岛细胞的多样性	解析人类胰腺胰岛细胞的细胞组成，并为所有主要细胞类型建立转录组	人类胰腺胰岛细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	70个来自人类胰腺胰岛的细胞
26888	2024-08-09	Hierarchical deconstruction of mouse olfactory sensory neurons: from whole mucosa to single-cell RNA-seq 2015-Dec-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep18178 PMID:26670777	研究论文	本文通过分层应用RNA测序技术，从整体黏膜样本到成熟的单一嗅觉感觉神经元，揭示了小鼠嗅觉黏膜中基因表达的详细情况	本文发现了成熟嗅觉感觉神经元中未知的二分法，并确立了一种新的神经元细胞类型，该类型由55个基因的差异高表达定义	NA	揭示小鼠嗅觉黏膜中基因表达的详细情况	小鼠嗅觉黏膜中的嗅觉感觉神经元	分子生物学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	21个单一成熟嗅觉感觉神经元
26889	2024-08-09	Human cerebral organoids recapitulate gene expression programs of fetal neocortex development 2015-Dec-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1520760112 PMID:26644564	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术比较了人脑类器官与胎儿新皮质中的细胞组成和神经前体细胞到神经元的谱系关系	揭示了脑类器官中与胎儿组织相似的基因表达程序，以及先前未被识别的神经前体细胞增殖和神经元分化过程中的基因相互作用	NA	研究人脑类器官在体外模拟胎儿新皮质发育的程度	人脑类器官和胎儿新皮质的细胞组成及基因表达程序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
26890	2024-08-09	Epigenomic Reprogramming of Adult Cardiomyocyte-Derived Cardiac Progenitor Cells 2015-Dec-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep17686 PMID:26657817	研究论文	本研究通过单细胞转录组和全基因组DNA甲基化分析，揭示了成年小鼠心肌细胞去分化为心脏祖细胞的分子机制	首次整合单细胞转录组和全基因组DNA甲基化分析，阐明了成年小鼠心肌细胞去分化为心脏祖细胞的分子机制	NA	探究成年小鼠心肌细胞去分化为心脏祖细胞的分子机制	成年小鼠心肌细胞及其去分化后的心脏祖细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析，全基因组DNA甲基化分析	NA	转录组数据，甲基化数据	成年小鼠心肌细胞及其去分化后的心脏祖细胞
26891	2024-08-09	MAST: a flexible statistical framework for assessing transcriptional changes and characterizing heterogeneity in single-cell RNA sequencing data 2015-Dec-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-015-0844-5 PMID:26653891	研究论文	本文提出了一种灵活的统计框架MAST，用于评估单细胞RNA测序数据中的转录变化和异质性	提出了一种两部分广义线性模型，专门处理单细胞数据中的双峰表达分布和随机丢失问题	未提及	开发一种新的统计方法来分析单细胞RNA测序数据中的转录变化和异质性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	未提及
26892	2024-08-09	Heal Thy Cell(f): A Single-Cell View of Regeneration 2015-Dec-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2015.11.019 PMID:26651286	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术研究涡虫细胞在再生伤口反应中的细胞类型特异性和时间动态	采用单细胞转录组测序技术深入研究再生过程中的细胞特异性和时间动态	NA	探究再生过程中细胞类型的特异性和时间动态	涡虫细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
26893	2024-08-09	CD5L/AIM Regulates Lipid Biosynthesis and Restrains Th17 Cell Pathogenicity 2015-Dec-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.10.068 PMID:26607793	研究论文	研究揭示了CD5L/AIM在调节Th17细胞致病性中的作用及其机制	首次发现CD5L/AIM作为非致病性Th17细胞的调节因子，通过调节脂质生物合成影响Th17细胞的功能状态	NA	探究Th17细胞致病性与非致病性状态的平衡机制	Th17细胞及其调节因子CD5L/AIM	免疫学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26894	2024-08-09	Single-Cell Genomics Unveils Critical Regulators of Th17 Cell Pathogenicity 2015-Dec-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.11.009 PMID:26607794	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了Th17细胞在自身免疫性脑脊髓炎（EAE）高峰期从中枢神经系统（CNS）和淋巴结（LN）分离出的分子机制，以及其在体外分化条件下的异质性和致病性	本研究揭示了调控Th17细胞致病性和疾病易感性的基因，并使用基因敲除小鼠验证了四个新基因	NA	研究Th17细胞的分子机制及其在自身免疫中的功能	Th17细胞的异质性和致病性	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从CNS和LN分离的Th17细胞，以及在体外分化条件下的Th17细胞
26895	2024-08-09	SINCERA: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Profiling Analysis 2015-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004575 PMID:26600239	研究论文	本文介绍了一种名为SINCERA的计算流程，用于处理和分析来自整个器官或已分类细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	SINCERA流程支持区分和识别主要细胞类型、识别细胞类型特异性基因签名以及确定特定细胞类型的驱动因素	NA	开发一种通用的分析流程，用于处理和分析单细胞RNA测序数据，以理解细胞异质性及其在生物系统中的作用	从胚胎小鼠肺中分离的单细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	从胚胎小鼠肺中分离的多个单细胞
26896	2024-08-09	Reference-free inference of tumor phylogenies from single-cell sequencing data 2015, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/1471-2164-16-S11-S7 PMID:26576947	研究论文	本文提出了一种无参考的单细胞测序数据肿瘤系统发育推断方法	该方法通过提取单细胞肿瘤基因组DNA序列中的k-mer计数，利用归一化k-mer频率差异作为细胞间进化距离的代理，简化了从序列读取中提取系统发育标记的过程，并能绕过肿瘤基因组大规模重排对基于参考方法的挑战	NA	研究如何从单细胞测序数据中推断肿瘤的系统发育	单细胞肿瘤基因组DNA序列	生物信息学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	使用公开的乳腺癌单细胞测序数据集
26897	2024-08-09	Design and Analysis of Single-Cell Sequencing Experiments 2015-Nov-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2015.10.039 PMID:26544934	研究论文	本文综述了单细胞测序实验的设计和分析方法	介绍了单细胞测序技术在生物系统研究中的高分辨率潜力	单细胞测序面临重大技术挑战并产生复杂的数据输出	提供单细胞测序实验设计和数据分析的指南	单细胞测序技术及其在生物系统中的应用	NA	NA	单细胞测序	NA	数据	个体细胞
26898	2024-08-09	Deciphering Transcriptional Dynamics In Vivo by Counting Nascent RNA Molecules 2015-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1004345 PMID:26544860	研究论文	本文提出通过测量细胞间新生RNA分子的数量变异性来解析细胞中转录起始机制的方法	提出了一种简单的转录起始和延伸动力学模型，并通过实验验证了该模型在解析转录起始机制中的有效性	仅测试了十二个组成型表达的酵母基因，可能需要进一步研究以验证其在其他基因和物种中的适用性	解析基因表达调控序列如何响应细胞内外信号的挑战	转录过程及其动态，特别是转录起始机制	基因组学	NA	单细胞测序和成像技术	动力学模型	单细胞测序数据，单分子成像和电子显微镜固定细胞图像	十二个组成型表达的酵母基因
26899	2024-08-09	Full-length single-cell RNA-seq applied to a viral human cancer: applications to HPV expression and splicing analysis in HeLa S3 cells 2015, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1186/s13742-015-0091-4 PMID:26550473	研究论文	本文开发了一种新的高通量平台，用于在纳升规模上制备单细胞RNA，并成功应用于HeLa S3细胞的HPV表达和剪接分析。	首次使用全长度单细胞RNA测序技术研究病毒诱导的肿瘤细胞异质性，并揭示了HPV-18在单细胞水平上的表达和剪接多样性。	仅限于HeLa S3细胞系的研究，样本量相对较小。	研究病毒感染细胞系的异质性，特别是HPV感染的宫颈癌细胞。	HeLa S3细胞系，一种HPV阳性的宫颈癌细胞系。	数字病理学	宫颈癌	全长度单细胞RNA测序	NA	RNA	669个单细胞样本，其中40个用于单细胞RNA测序
26900	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals receptor transformations during olfactory neurogenesis 2015-Dec-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aad2456 PMID:26541607	研究论文	本文利用单神经元RNA测序技术，探索了小鼠鼻腔嗅觉神经元成熟过程中塑造嗅觉能力的发育机制	发现成熟的嗅觉神经元仅表达约1000个气味受体基因中的一个，而未成熟的神经元则表达多个气味受体基因，且这些基因在鼻腔上皮中的定位存在区域性偏倚	NA	揭示嗅觉神经发生过程中受体转化的机制	小鼠鼻腔嗅觉神经元的发育过程	数字病理学	NA	单神经元RNA测序	NA	基因表达数据	多个小鼠鼻腔嗅觉神经元样本