单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26841	2024-08-09	DNA copy number profiling using single-cell sequencing 2018-09-28, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbx004 PMID:28159966	研究论文	本文介绍了一种新的工具包SCNV，用于从单细胞DNA测序数据中检测拷贝数变异并构建全基因组拷贝数图谱	SCNV采用了一种高效的无需分箱的分割方法，提供了最高分辨率的断点检测和随后的拷贝数调用	NA	开发用于单细胞DNA测序数据中拷贝数变异检测和全基因组拷贝数图谱构建的软件工具	单细胞DNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	一组来自同一批次的正常细胞
26842	2024-08-09	Whole-genome single-cell copy number profiling from formalin-fixed paraffin-embedded samples 2017-Mar, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4279 PMID:28165479	研究论文	本文开发并验证了一种稳健准确的方法，用于从福尔马林固定石蜡包埋的临床肿瘤样本中获取的单个细胞核进行全基因组拷贝数分析	首次实现了从福尔马林固定石蜡包埋样本中进行单细胞全基因组拷贝数分析	NA	研究肿瘤内遗传异质性及其对精准医疗实施的挑战	从福尔马林固定石蜡包埋的临床肿瘤样本中获取的单个细胞核	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
26843	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the human placenta: inferring the cell communication network of the maternal-fetal interface 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207597.116 PMID:28174237	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，研究了胎盘滋养层细胞与母体子宫内膜基质细胞间的细胞互作网络	发现G蛋白偶联受体的高度细胞类型特异性表达，以及子宫蜕膜细胞作为细胞互作中心的特性	NA	探究人类胎盘中母胎界面的细胞通信网络	胎盘滋养层细胞与母体子宫内膜基质细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
26844	2024-08-09	BASIC: BCR assembly from single cells 2017-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw631 PMID:28172415	research paper	本文开发了一种名为BASIC的新软件工具，用于从单细胞RNA测序数据中组装B细胞受体序列	BASIC软件首次实现了从单细胞RNA测序数据中组装全长重链和轻链序列	NA	开发一种新的软件工具，用于从单细胞RNA测序数据中组装B细胞受体序列	单个人B细胞的B细胞受体序列	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA	近200个单个人B细胞
26845	2024-08-09	Human iPSC-Derived Cerebral Organoids Model Cellular Features of Lissencephaly and Reveal Prolonged Mitosis of Outer Radial Glia 2017-04-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.12.007 PMID:28111201	研究论文	本研究通过分析从正常和Miller-Dieker综合征（MDS）诱导的多能干细胞（iPSCs）衍生的脑类器官，探讨MDS对控制神经元输出和影响脑拓扑结构的人类前体细胞亚型的影响。	本研究首次揭示了MDS相关的外放射状胶质细胞的延长有丝分裂缺陷，并展示了脑类器官在模拟人类神经发育障碍方面的广泛应用。	NA	探讨Miller-Dieker综合征对人类前体细胞亚型的影响及其在神经发育障碍中的作用。	从正常和MDS诱导的多能干细胞衍生的脑类器官。	数字病理学	神经发育障碍	时间流逝成像、免疫染色和单细胞RNA测序。	NA	细胞	NA
26846	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing highlights transcription activity of autophagy-related genes during hematopoietic stem cell formation in mouse embryos 2017-Apr-03, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2016.1278093 PMID:28129010	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在小鼠胚胎发育过程中，造血干细胞形成期间自噬相关基因的转录活性动态变化	首次在单细胞水平上探讨了小鼠胚胎发育过程中造血干细胞形成期间自噬相关基因的动态表达	NA	探究自噬在胚胎造血干细胞形成中的作用	小鼠胚胎发育过程中的造血干细胞形成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5个与造血干细胞形成相关的细胞群体
26847	2024-08-09	Single-cell mRNA quantification and differential analysis with Census 2017-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4150 PMID:28114287	研究论文	本文介绍了Census算法，用于将单细胞RNA-seq的相对表达水平转换为相对转录本计数，无需实验中的spike-in对照	Census算法提高了单细胞RNA-seq数据分析的准确性，并启用了新的统计测试来识别发育调控基因	NA	开发和验证一种新的算法，用于改进单细胞基因表达数据的分析	单细胞RNA-seq数据，特别是发育和疾病研究中的数据	生物信息学	NA	RNA-seq	Census算法	基因表达数据	多个发育和疾病研究的单细胞数据
26848	2024-08-09	Xist-dependent imprinted X inactivation and the early developmental consequences of its failure 2017-03, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/nsmb.3365 PMID:28134930	research paper	本研究通过单细胞RNA测序分析早期胚胎，揭示了Xist依赖的印迹X染色体失活及其失败的早期发育后果。	首次发现印迹X染色体失活的启动绝对需要Xist，并揭示了Xist缺乏导致的基因组范围转录失调和胚外途径激活失败。	NA	探究Xist依赖的印迹X染色体失活及其失败的早期发育后果。	小鼠早期胚胎中的Xist依赖性X染色体失活。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	早期胚胎
26849	2024-08-09	Recent progress in single-cell cancer genomics 2017-Feb, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2017.01.002 PMID:28126650	研究论文	本文聚焦于最新的单细胞方法在癌症基因组学中的应用	单细胞分析技术能够揭示传统批量测序无法发现的信息，有助于深入理解癌症的复杂机制	NA	探讨单细胞测序技术在癌症基因组学中的最新进展及其在个性化治疗和非侵入性监测诊断中的应用	单细胞测序技术在癌症基因组学中的应用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
26850	2024-08-09	Transcriptomic and anatomic parcellation of 5-HT3AR expressing cortical interneuron subtypes revealed by single-cell RNA sequencing 2017-01-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14219 PMID:28134272	research paper	本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了表达5-HT3AR的皮质中间神经元亚型的转录组和解剖分区	首次识别出三种主要的Htr3a-GFP+中间神经元分子类型，并揭示了它们在基因表达上的独特发育动态	NA	探究表达5-HT3AR的皮质中间神经元在发育过程中的多样性及其分子机制	表达5-HT3AR的皮质中间神经元	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
26851	2024-08-09	Development of a facile droplet-based single-cell isolation platform for cultivation and genomic analysis in microorganisms 2017-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep41192 PMID:28112223	研究论文	本文开发了一种简便的基于液滴的单细胞分离平台，用于微生物的培养和基因组分析	该平台集成了细胞封装、液滴检查和排序以及芯片到管的毛细管接口，通过低成本的电磁微阀控制液滴排序，简化了单细胞分析的流程	NA	旨在开发一种易于使用且成本低廉的单细胞分离策略，以促进单细胞分析在微生物学研究中的应用	微藻和酵母细胞	生物技术	NA	液滴微流控技术	NA	DNA和RNA	单细胞分离成功率超过90%，单细胞培养成功率80%
26852	2024-08-09	Detecting heterogeneity in single-cell RNA-Seq data by non-negative matrix factorization 2017, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.2888 PMID:28133571	研究论文	本文研究了非负矩阵分解（NMF）方法在分析多种单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据集中的性能	NMF方法在分离相似群组方面比其他无监督聚类方法（如K-means和层次聚类）具有更高的准确性，并能独特地识别表达水平处于中间水平的基因	NA	探索NMF方法在分析单细胞RNA测序数据中的有效性	多种单细胞RNA测序数据集，包括小鼠造血干细胞和人类胶质母细胞瘤数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	多种数据集，具体样本数量未详述
26853	2024-08-09	Scater: pre-processing, quality control, normalization and visualization of single-cell RNA-seq data in R 2017-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw777 PMID:28088763	研究论文	本文介绍了R/Bioconductor包scater，用于单细胞RNA测序数据的前处理、质量控制、归一化和可视化	scater包提供了一个方便、灵活的工作流程，用于将原始测序读取数据处理成高质量的表达数据集，并提供了一套丰富的单细胞数据绘图工具	NA	开发一个工具，用于简化单细胞RNA测序数据的前处理、质量控制、归一化和可视化过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
26854	2024-08-09	Effective detection of variation in single-cell transcriptomes using MATQ-seq 2017-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4145 PMID:28092691	研究论文	本文介绍了一种名为MATQ-seq的高灵敏度和定量性的单细胞总RNA测序方法，用于有效检测单细胞转录组变异	MATQ-seq方法通过系统地确定技术噪声，能够捕捉单细胞整个转录组之间的真实生物变异	NA	开发和验证一种新的单细胞RNA测序技术，以提高转录变异的检测灵敏度和准确性	单细胞转录组变异	数字病理学	NA	MATQ-seq	NA	RNA序列	单细胞
26855	2024-08-09	UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.209601.116 PMID:28100584	研究论文	本文介绍了UMI-tools软件包，该软件包采用网络方法来处理UMI序列中的错误，以提高定量准确性	引入了网络方法来处理UMI序列中的错误，并展示了在模拟条件和实际数据集中的改进效果	NA	提高使用UMI的高通量测序实验的定量准确性	UMI序列中的错误处理方法	生物信息学	NA	高通量测序	网络方法	序列数据	涉及iCLIP和单细胞RNA-seq数据集
26856	2024-08-09	Single-Cell Multiomics: Multiple Measurements from Single Cells 2017-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2016.12.003 PMID:28089370	综述	本文综述了从单个细胞中并行检测多种分子类型的首批实验方法，并探讨了这些及未来技术带来的挑战与机遇	介绍了从同一单个细胞中同时测量多种分子类型（如RNA、甲基化DNA或开放染色质）的技术	文章主要讨论了现有技术的挑战，未详细说明具体的技术限制	探讨单细胞多组学技术的发展及其在生物学研究中的应用	单个细胞中的多种分子类型	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	单个细胞
26857	2024-08-09	Single-Cell Genomics: Approaches and Utility in Immunology 2017-02, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2016.12.001 PMID:28094102	review	本文综述了单细胞基因组学在免疫学中的应用，特别是通过计算分析单细胞RNA测序数据的方法和应用	单细胞基因组学提供了强大的工具来研究免疫细胞，能够观察到在群体水平上无法解析的罕见和中间细胞状态	免疫学家面临的挑战是如何利用计算将大量的定量数据转化为有意义的免疫学原理、预测模型和治疗策略	综述单细胞RNA测序数据的计算分析方法及其在免疫学中的应用，并强调未来研究的重要方向	单细胞RNA测序数据及其在免疫学中的应用	natural language processing	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	NA
26858	2024-08-09	The impact of microRNAs on transcriptional heterogeneity and gene co-expression across single embryonic stem cells 2017-01-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14126 PMID:28102192	研究论文	本研究探讨了微小RNA（microRNA）在单个胚胎干细胞中的多目标抑制作用及其对转录异质性和基因共表达的影响	首次揭示了微小RNA在单细胞水平上对多个目标基因的抑制作用及其对细胞群体转录异质性的影响	NA	研究微小RNA如何影响基因共表达和细胞命运	微小RNA在单个胚胎干细胞中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	Dgcr8敲除小鼠胚胎干细胞
26859	2024-08-09	Nematophagous fungus Arthrobotrys oligospora mimics olfactory cues of sex and food to lure its nematode prey 2017-01-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20023 PMID:28098555	研究论文	研究了捕食性真菌Arthrobotrys oligospora如何通过模拟性信息素和食物线索的气味来吸引线虫作为猎物	发现了一种化合物甲基3-甲基-2-丁烯酸酯（MMB），它不仅能模拟食物线索吸引线虫，还能干扰线虫的交配行为，表明MMB可能模拟了性信息素	NA	研究捕食者与猎物共同进化的分子基础	捕食性真菌Arthrobotrys oligospora及其猎物线虫	NA	NA	气相色谱-质谱分析	NA	挥发性代谢物	几种线虫物种
26860	2024-08-09	Erratum to: Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity 2017-01-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1154-x PMID:28100273	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA