单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26821	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals specific RNA editing signatures in the human brain 2017-06, RNA (New York, N.Y.) DOI:10.1261/rna.058271.116 PMID:28258159	研究论文	本文通过分析活体人脑皮质中单细胞的RNA编辑谱，揭示了特定于人脑的RNA编辑特征	首次在单细胞水平上研究了人脑中的RNA编辑，并发现RNA编辑水平在细胞中呈双峰分布，能够区分不同的大脑细胞类型	NA	研究人脑中单细胞的RNA编辑特征	人脑皮质中的单细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	来自活体人脑皮质的多细胞样本
26822	2024-08-09	Visualization and analysis of single-cell RNA-seq data by kernel-based similarity learning 2017-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4207 PMID:28263960	研究论文	本文介绍了通过多核学习（SIMLR）对单细胞RNA测序数据进行相似性度量学习的分析框架和软件，用于降维、聚类和可视化	SIMLR方法在七个已发表的数据集上与最先进的方法进行了基准测试，显示出其可扩展性，并显著提高了聚类性能，同时改善了单细胞测序数据的可视化和可解释性	NA	开发一种新的分析框架和软件，用于从单细胞RNA测序数据中学习相似性度量，以进行数据降维、聚类和可视化	单细胞RNA测序数据	计算机视觉	NA	RNA-seq	多核学习（SIMLR）	RNA测序数据	七个已发表的数据集
26823	2024-08-09	Single-cell transcriptome conservation in cryopreserved cells and tissues 2017-03-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1171-9 PMID:28249587	研究论文	本文描述了一种样本保存方法，该方法能够在活单细胞中维持转录本，使得采样时间和地点与后续处理步骤分离	本文介绍了一种新的样本保存方法，能够在冷冻保存的细胞和组织中保持单细胞转录组的完整性	NA	验证冷冻保存方法对单细胞转录组的影响	单细胞转录组	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过1000个新鲜和冷冻保存的细胞
26824	2024-08-09	Early transcriptional and epigenetic regulation of CD8+ T cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing 2017-04, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3688 PMID:28218746	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了病毒感染过程中CD8+ T细胞分化的早期转录和表观遗传调控机制	发现了CD8+ T细胞在第一次分裂后显著的转录分化，并识别了控制CD8+ T细胞命运指定的先前未知的分子决定因素	NA	阐明微生物感染过程中CD8+ T细胞分化背后的动态转录变化	CD8+ T细胞在病毒感染过程中的分化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个CD8+ T细胞
26825	2024-08-09	Converting Adult Pancreatic Islet α Cells into β Cells by Targeting Both Dnmt1 and Arx 2017-03-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2017.01.009 PMID:28215845	研究论文	本文研究了在小鼠中通过靶向Dnmt1和Arx将胰腺α细胞转化为β细胞的机制，并探讨了这一转化在人类1型糖尿病中的相关性	首次揭示了通过调控Arx和Dnmt1实现成年胰腺α细胞向β细胞转化的途径	NA	探索胰腺α细胞转化为β细胞的分子机制及其在1型糖尿病治疗中的潜在应用	小鼠和人类的胰腺α细胞	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26826	2024-08-09	High-throughput screening of rare metabolically active tumor cells in pleural effusion and peripheral blood of lung cancer patients 2017-03-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1612229114 PMID:28223509	研究论文	本文描述了一种高灵敏度的方法，通过利用肿瘤细胞与良性细胞之间葡萄糖代谢的改变，快速检测恶性胸腔积液中的代谢活跃肿瘤细胞	该方法通过高吞吐量的荧光筛选技术，在一个包含200,000个可寻址微孔的芯片中识别并收集代谢活跃的肿瘤细胞，用于恶性确认	NA	开发一种新的诊断方法，用于准确检测恶性胸腔积液中的肿瘤细胞，并帮助识别驱动致癌基因和导致耐药的突变	恶性胸腔积液和外周血中的肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	图像	分析了一组肺癌患者的恶性胸腔积液样本
26827	2024-08-09	Exploratory bioinformatics investigation reveals importance of "junk" DNA in early embryo development 2017-02-23, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-3566-0 PMID:28231763	研究论文	本研究通过探索性数据分析重新分析大量基因组数据，探讨了小鼠植入前发育中复杂的基因调控机制	发现转座元件在早期胚胎发育中的基因表达调控中起重要作用，特别是长末端重复序列和SINE元件的作用	NA	探索性数据分析以发现数据中的信息，特别是转座元件在早期胚胎发育中的作用	小鼠植入前发育阶段的基因表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	259个来自小鼠从受精卵到囊胚阶段的胚胎细胞
26828	2024-08-09	Position- and Hippo signaling-dependent plasticity during lineage segregation in the early mouse embryo 2017-02-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.22906 PMID:28226240	研究论文	本文研究了小鼠早期胚胎中由位置依赖的Hippo信号传导决定的滋养层（TE）与内细胞团（ICM）的分化过程	通过单细胞RNA测序揭示了TE转录组比ICM更早稳定，且在胚泡形成之前	Hippo信号传导的响应窗口、谱系承诺的确切时间和细胞承诺与全局基因表达变化之间的关系仍不清楚	探讨Hippo信号传导在小鼠早期胚胎谱系分离中的作用及其与基因表达动态的关系	小鼠早期胚胎中的滋养层（TE）和内细胞团（ICM）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	个体胚细胞
26829	2024-08-09	[Advances in Classification and Research Methods of Lung Epithelial Stem  and Progenitor Cells] 2017-Feb-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2017.02.08 PMID:28228225	综述	本文综述了肺上皮干细胞和祖细胞的分类及研究方法的最新进展	总结了肺上皮干细胞和祖细胞的区域特异性分类以及多种研究方法，如肺损伤模型、谱系追踪实验、三维培养、移植、慢性标记细胞和单细胞转录组分析	NA	探讨肺上皮干细胞和祖细胞在肺生理病理中的特定作用，以及它们在预防和控制肺疾病中的应用	肺上皮干细胞和祖细胞	NA	肺癌	单细胞转录组分析	NA	NA	NA
26830	2024-08-09	cgCorrect: a method to correct for confounding cell-cell variation due to cell growth in single-cell transcriptomics 2017-05-11, Physical biology IF:2.0Q3 DOI:10.1088/1478-3975/aa609a PMID:28198357	研究论文	本文介绍了一种名为cgCorrect的统计框架，用于校正单细胞转录组数据中由于细胞生长引起的细胞间变异	cgCorrect框架能够基于细胞周期中细胞体积与转录本数量成比例增加的假设，校正细胞大小差异带来的影响	NA	开发一种方法来校正单细胞转录组数据中由于细胞生长引起的细胞间变异	单细胞转录组数据中的细胞大小差异	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	转录组数据	模拟数据和小鼠血液干细胞及前体细胞的单细胞定量实时PCR数据，以及小鼠胚胎干细胞的单细胞RNA测序数据
26831	2024-08-09	Seq-Well: portable, low-cost RNA sequencing of single cells at high throughput 2017-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4179 PMID:28192419	研究论文	本文介绍了一种便携式、低成本的高通量单细胞RNA测序平台Seq-Well	Seq-Well平台通过使用条形码mRNA捕获珠和单细胞密封在亚纳升孔阵列中，实现了高效的细胞裂解和转录本捕获	NA	开发一种适用于低输入样本的高通量单细胞RNA测序方法	主要研究了暴露于结核分枝杆菌的人类巨噬细胞	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个
26832	2024-08-09	Advances in understanding tumour evolution through single-cell sequencing 2017-Apr, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2017.02.001 PMID:28193548	综述	本文综述了通过单细胞测序技术理解肿瘤演化的最新进展	介绍了通过单细胞测序分析肿瘤演化历史和伴随异质性的新计算挑战和建模框架	NA	探讨如何通过单细胞测序数据理解肿瘤的亚克隆组成和突变历史，以设计针对个体患者的治疗方案	肿瘤的亚克隆组成和突变历史	数字病理学	NA	下一代测序(NGS)	NA	单细胞测序数据	大量肿瘤样本
26833	2024-08-09	Modeling the Genetic Regulation of Cancer Metabolism: Interplay between Glycolysis and Oxidative Phosphorylation 2017-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-16-2074 PMID:28202516	研究论文	本研究采用系统生物学方法，解析了癌症细胞中糖酵解和氧化磷酸化之间的调控原理	提出了癌症细胞中糖酵解和氧化磷酸化共存的混合状态，并开发了量化这两种代谢活性的特征	NA	揭示癌症代谢的调控原理，并设计针对代谢的癌症治疗策略	癌症细胞中的糖酵解和氧化磷酸化调控	数字病理学	癌症	系统生物学	NA	转录组数据	多癌症类型的癌症基因组图谱患者转录组数据及肺腺癌的单细胞RNA测序数据
26834	2024-08-09	Detection of Imprinted Genes by Single-Cell Allele-Specific Gene Expression 2017-Mar-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2017.01.028 PMID:28190458	研究论文	本文报道了一种结合单细胞RNA测序和全基因组测序的原创且稳健的方法，用于分析特定细胞类型和不同个体中的基因组印记	本文提出的单细胞方法相较于传统的批量RNA测序，能更有效地识别印记基因	NA	验证已知印记基因的印记状态并发现新的印记基因	人类和小鼠模型中的印记基因	基因组学	糖尿病, 癌症	单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	RNA序列	1,084个初级成纤维细胞样本
26835	2024-08-09	Spatial transcriptomic analysis of cryosectioned tissue samples with Geo-seq 2017-03, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.003 PMID:28207000	研究论文	本文介绍了使用Geo-seq方法结合激光捕获显微切割（LCM）和单细胞RNA测序技术进行空间转录组分析的过程	Geo-seq方法能够同时解析细胞异质性和空间变异，保留了细胞的原生空间信息	数据分析时间较长，取决于数据量和处理器速度	探索细胞特性的生物学和病理学问题，如潜在的细胞命运、生物学功能和基因调控网络	小鼠早期胚胎、小鼠大脑、病理肝脏和精子组织的空间转录组	数字病理学	NA	Geo-seq	NA	转录组数据	少量细胞
26836	2024-08-09	The impact of melanoma genetics on treatment response and resistance in clinical and experimental studies 2017-03, Cancer metastasis reviews DOI:10.1007/s10555-017-9657-1 PMID:28210865	研究论文	本文探讨了黑色素瘤遗传学对治疗反应和耐药性的影响，特别是在临床和实验研究中	利用高通量测序技术识别了新的黑色素瘤相关基因和通路，并探讨了肿瘤异质性对治疗反应的影响	目前的研究主要集中在大量肿瘤的测序上，未充分考虑肿瘤内的小部分耐药细胞	旨在理解黑色素瘤的分子发病机制、治疗反应和耐药性	黑色素瘤的遗传变异及其对治疗反应和耐药性的影响	数字病理学	黑色素瘤	高通量测序技术	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
26837	2024-08-09	Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods 2017-Feb-16, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2017.01.023 PMID:28212749	研究论文	本文通过比较六种单细胞RNA测序方法在583个小鼠胚胎干细胞中的表现，评估了各方法的性能	首次系统性地比较了六种主要的单细胞RNA测序方法的性能	仅限于小鼠胚胎干细胞样本，未涵盖其他细胞类型或物种	评估和比较不同单细胞RNA测序方法的性能	六种单细胞RNA测序方法在583个小鼠胚胎干细胞中的表现	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	583个小鼠胚胎干细胞
26838	2024-08-09	Dpath software reveals hierarchical haemato-endothelial lineages of Etv2 progenitors based on single-cell transcriptome analysis 2017-02-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14362 PMID:28181481	research paper	本文开发了一种名为dpath的算法，利用metagene熵概念对细胞进行基于其分化潜能的排序，并结合自组织映射（SOM）和随机游走重启（RWR）算法，从分化细胞中分离出前体细胞并重建无偏的谱系层次结构。	提出了一种新的算法dpath，结合SOM和RWR算法，能够无偏地评估单细胞RNA-seq数据集中的前体细胞和分化状态。	NA	旨在通过单细胞转录组分析揭示Etv2前体细胞的血细胞-内皮细胞谱系层次结构。	Etv2-EYFP转基因小鼠胚胎的单细胞。	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing	SOM, RWR	transcriptome	Etv2-EYFP转基因小鼠胚胎的单细胞
26839	2024-08-09	Expression of β-globin by cancer cells promotes cell survival during blood-borne dissemination 2017-02-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14344 PMID:28181495	研究论文	本文通过比较乳腺癌、前列腺癌和肺癌中单细胞RNA测序（RNA-Seq）的CTCs（循环肿瘤细胞），观察到β-globin（HBB）的一致诱导现象，并探讨了其在肿瘤细胞血液传播中的生存机制。	首次发现并证实了β-globin在肿瘤细胞中的特异性表达，及其在循环肿瘤细胞中的保护作用。	研究主要集中在乳腺癌、前列腺癌和肺癌的CTCs上，可能不适用于所有类型的癌症。	探讨循环肿瘤细胞在血液中生存的机制，特别是β-globin的作用。	乳腺癌、前列腺癌和肺癌的循环肿瘤细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及乳腺癌、前列腺癌和肺癌的循环肿瘤细胞
26840	2024-08-09	New RNA-seq approaches for the study of bacterial pathogens 2017-02, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2017.01.001 PMID:28214646	研究论文	本文探讨了利用新型RNA测序方法研究细菌病原体的基因表达和调控	介绍了超越标准mRNA分析的新型RNA测序方法，包括捕获由小RNA控制的转录后网络和发现相关的RNA结合蛋白，以及同时分析病原体和宿主的双RNA测序和单细胞RNA测序	NA	深入了解细菌如何引发疾病，特别是基因表达和调控在感染过程中的作用	细菌病原体的基因表达和调控	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	NA