单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27271 篇文献，本页显示第 26801 - 26820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26801 | 2024-08-09 |
Functional Enhancer Screening in Single Cells
2017-Apr-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2017.03.018
PMID:28431229
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research paper | 本文介绍了一种名为Mosaic-seq的技术，结合CRISPRi和单细胞RNA测序，用于高吞吐量评估增强子对基因调控的贡献 | Mosaic-seq技术结合了CRISPRi和单细胞RNA测序，实现了对增强子功能的高通量评估 | NA | 开发和应用新技术以评估增强子在基因调控中的作用 | 增强子在基因调控中的功能 | 基因组学 | NA | CRISPRi, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 单细胞 |
| 26802 | 2024-08-09 |
ST Pipeline: an automated pipeline for spatial mapping of unique transcripts
2017-Aug-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btx211
PMID:28398467
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研究论文 | 本文介绍了一种用于空间转录组学实验中自动高效处理RNA-seq数据以生成下游分析数据集的管道 | 提出了空间转录组学这一基于RNA-seq的新技术，并开发了新的工具和算法以应对其增加的空间分辨率复杂性 | NA | 开发一种自动化的管道，用于处理空间转录组学实验中的RNA-seq数据 | 空间转录组学实验中的RNA-seq数据 | 转录组学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 26803 | 2024-08-09 |
SCODE: an efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation
2017-Aug-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btx194
PMID:28379368
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCODE的新型高效算法，用于从单细胞RNA-Seq数据中推断调控网络，特别是在细胞分化过程中的应用 | SCODE算法基于常微分方程，能够高效地从大规模单细胞RNA-Seq数据中推断出调控网络，且运行时间显著短于现有方法 | NA | 开发一种新型算法以从单细胞RNA-Seq数据中高效推断出细胞分化过程中的调控网络 | 单细胞RNA-Seq数据在细胞分化过程中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 常微分方程 | RNA-Seq数据 | 三个单细胞RNA-Seq数据集 |
| 26804 | 2024-08-09 |
An immunoaffinity-based method for isolating ultrapure adult astrocytes based on ATP1B2 targeting by the ACSA-2 antibody
2017-05-26, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.M116.765313
PMID:28373281
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研究论文 | 本文介绍了一种基于ACSA-2抗体靶向ATP1B2的免疫亲和方法，用于从成年大脑中分离超纯星形胶质细胞 | 首次展示了ACSA-2抗体在成年组织中分离细胞的实用性，并首次鉴定了ACSA-2表位为ATP1B2 | NA | 探索星形胶质细胞的分子机制及其在中枢神经系统中的作用 | 星形胶质细胞及其在中枢神经系统中的分布和表达 | NA | NA | 单细胞测序、过表达和敲降实验、免疫印迹和免疫组织化学 | NA | 细胞 | 多个中枢神经系统损伤和疾病模型中的星形胶质细胞 |
| 26805 | 2024-08-09 |
Measuring Signaling and RNA-Seq in the Same Cell Links Gene Expression to Dynamic Patterns of NF-κB Activation
2017-04-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2017.03.010
PMID:28396000
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研究论文 | 本文通过整合活细胞成像和单细胞测序技术，研究了脂多糖诱导的NF-κB激活动态与基因表达输出之间的关系 | 本文首次在同一细胞内同时测量NF-κB激活动态和全局转录反应，揭示了NF-κB动态在决定细胞表型中的功能作用 | NA | 探索信号蛋白动态响应的异质性及其对基因表达输出的影响 | NF-κB激活动态与基因表达输出之间的关系 | 基因表达 | NA | RNA-Seq | NA | 图像和文本 | 单个细胞 |
| 26806 | 2024-08-09 |
Spatial transcriptomics: paving the way for tissue-level systems biology
2017-08, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2017.02.004
PMID:28346891
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的最新进展，及其在组织水平系统生物学中的应用 | 介绍了空间转录组学技术如何帮助解析细胞在组织中的空间分工，从而揭示组织功能优化的设计原理 | NA | 探讨空间转录组学技术在组织水平系统生物学中的应用 | 组织中的细胞类型及其空间分工 | 转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26807 | 2024-08-09 |
Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq
2017-03-31, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aai8478
PMID:28360267
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了IDH突变型胶质瘤中的遗传、谱系和微环境因素 | 首次通过大规模单细胞RNA测序数据揭示了IDH突变型胶质瘤中不同肿瘤亚类的遗传和微环境差异 | NA | 解析IDH突变型胶质瘤中遗传、谱系和微环境的影响 | IDH突变型胶质瘤 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 14,226个单细胞RNA测序数据来自16名患者，165名患者的批量RNA测序数据 |
| 26808 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies distinct mouse medial ganglionic eminence cell types
2017-03-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep45656
PMID:28361918
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）中的两种不同细胞类型 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了小鼠胚胎MGE发育程序，并提出了皮质中间神经元（CINs）的指定机制 | 未能在MGE前体细胞中识别出可能对应不同CINs前体的细胞 | 探究小鼠皮质中间神经元多样性的生成机制 | 小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）细胞及从胚胎干细胞分化出的MGE样细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 小鼠胚胎MGE细胞及MGE样细胞 |
| 26809 | 2024-08-09 |
CIDR: Ultrafast and accurate clustering through imputation for single-cell RNA-seq data
2017-03-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-017-1188-0
PMID:28351406
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CIDR的超快速算法，通过隐式插补和降维方法处理单细胞RNA测序数据中的丢失数据，以提高聚类准确性 | CIDR采用了一种新颖且简单的隐式插补方法来减轻单细胞RNA测序数据中丢失数据的影响 | NA | 开发一种快速且准确的算法用于单细胞RNA测序数据的聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数百到数千个细胞的数据集 |
| 26810 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Hypothalamic Cell Diversity
2017-03-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2017.03.004
PMID:28355573
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠下丘脑的细胞多样性 | 首次通过单细胞RNA测序定义了下丘脑中11种非神经元和34种神经元细胞群，并揭示了它们独特的转录特征 | NA | 旨在理解下丘脑的功能及其相关疾病，通过定义细胞组成和细胞类型特异性的转录特征 | 成年小鼠的下丘脑细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠的下丘脑样本 |
| 26811 | 2024-08-09 |
Advanced Methodologies in High-Throughput Sequencing of Immune Repertoires
2017-03, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2016.09.010
PMID:28341036
|
综述 | 本文详细概述了用于测序适应性免疫库的高级方法学，特别关注减少测序错误和偏差以及实现高吞吐量配对可变区域的策略 | 本文介绍了最新的单细胞转录组测序技术，这些技术可以与免疫库整合 | NA | 探讨高级免疫库测序技术在基础免疫学、生物制药药物发现与开发以及癌症免疫治疗中的应用 | 适应性免疫库的测序方法和技术 | 生物信息学 | NA | 高吞吐量测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26812 | 2024-08-09 |
Identification of unipotent megakaryocyte progenitors in human hematopoiesis
2017-06-22, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2016-09-741611
PMID:28336526
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析，识别出在未成熟造血干细胞和祖细胞群中特异性表达与巨核细胞系相关基因的细胞簇，并将其定义为单能巨核细胞祖细胞（MegP）。 | 本文首次定义了单能巨核细胞祖细胞（MegP），并发现其在骨髓增生性肿瘤患者中的扩增与Janus激酶2突变的高负担相关。 | NA | 阐明人类巨核细胞发育途径，并定义纯单能巨核细胞祖细胞。 | 人类巨核细胞祖细胞及其在正常和恶性造血中的作用。 | NA | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 未具体说明样本数量 |
| 26813 | 2024-08-09 |
Obesity Modulates Inflammation and Lipid Metabolism Oocyte Gene Expression: A Single-Cell Transcriptome Perspective
2017-06-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/jc.2016-3524
PMID:28323970
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，比较了超重/肥胖女性与正常体重女性在生育治疗过程中的卵母细胞基因表达谱及卵泡液内容物 | 首次从单细胞转录组角度探讨肥胖对卵母细胞基因表达的影响，并揭示了肥胖女性卵母细胞中炎症和氧化应激相关基因表达的变化 | 样本量较小，且仅包括接受生育治疗的女性，可能限制了研究结果的普遍性 | 比较超重/肥胖女性与正常体重女性在生育治疗过程中的卵母细胞基因表达谱及卵泡液内容物 | 超重/肥胖女性与正常体重女性的卵母细胞基因表达及卵泡液内容物 | NA | NA | 单细胞转录组分析，RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11名超重/肥胖女性和13名正常体重女性 |
| 26814 | 2024-08-09 |
Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors
2017-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/ng.3818
PMID:28319088
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析结直肠肿瘤及其微环境的转录异质性，并开发了一种名为参考成分分析（RCA）的算法来提高单细胞转录组聚类的准确性 | 开发了参考成分分析（RCA）算法，显著提高了单细胞转录组聚类的准确性，并发现了两种不同的癌相关成纤维细胞（CAFs）亚型 | NA | 阐明人类结直肠肿瘤中的细胞异质性 | 结直肠肿瘤及其微环境的转录异质性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 参考成分分析（RCA） | 转录组 | 11个结直肠肿瘤及匹配的正常黏膜样本 |
| 26815 | 2024-08-09 |
Mechanism for microbial population collapse in a fluctuating resource environment
2017-03-20, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20167058
PMID:28320772
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研究论文 | 研究了微生物群落在波动资源环境中的基因调控机制及其对生态稳定性的影响 | 发现单一调控突变能防止微生物群落崩溃的现象 | 研究仅限于特定的硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用 | 探究微生物群落在波动资源环境中的适应性和稳定性 | 硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用及其基因调控 | NA | NA | RNA-seq分析, 蛋白质组学, 微量热法, 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 多个微生物培养物 |
| 26816 | 2024-08-09 |
Phylogeny, classification and diversity of Choreotrichia and Oligotrichia (Ciliophora, Spirotrichea)
2017-07, Molecular phylogenetics and evolution
IF:3.6Q2
DOI:10.1016/j.ympev.2017.03.010
PMID:28286224
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研究论文 | 本文通过分析GenBank中的核糖体DNA序列，研究了纤毛原生生物Choreotrichia和Oligotrichia的系统发育、分类和多样性 | 提出了一个非正式的命名系统用于incertae sedis分类群，并更新了这两个亚纲的分类学分类，包括重新建立的Favellidae科 | 研究结果表明公共数据库中存在大量同义词和未描述的分类群，提示在使用和贡献这些独特资源时需谨慎 | 改进Choreotrichia和Oligotrichia亚纲的系统发育推断，并探索其潜在的新多样性 | 纤毛原生生物Choreotrichia和Oligotrichia亚纲的分类群 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 核糖体DNA序列 | 近4000个rDNA序列 |
| 26817 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptional Analysis
2017-06-12, Annual review of analytical chemistry (Palo Alto, Calif.)
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组分析技术的发展现状，包括样本制备方法、技术平台和计算分析方法 | 单细胞转录组分析技术通过高通量测序，已在数百项研究中取得丰硕成果，推动了生物学领域的重大发现 | NA | 介绍单细胞RNA测序技术的最新进展，并强调设计、执行和解释单细胞RNA测序研究的关键考虑因素 | 单细胞转录组分析技术及其在生物学研究中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26818 | 2024-08-09 |
Dynamics of embryonic stem cell differentiation inferred from single-cell transcriptomics show a series of transitions through discrete cell states
2017-03-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.20487
PMID:28296635
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研究论文 | 本研究利用统计框架分析单细胞转录组数据，推断早期小鼠胚胎干细胞分化的基因表达动态，揭示了跨越九种细胞状态的离散转变 | 本研究提供了一个框架，从单细胞转录组数据推断分化动态，并构建驱动发育过程中细胞命运决策序列的基因调控网络的预测模型 | NA | 理解导致多能细胞获得不同细胞命运的基因调控网络的复杂性，并量化分化过程 | 早期小鼠胚胎干细胞的分化过程及其基因表达动态 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | 概率模型 | 转录组数据 | 九种细胞状态的单细胞样本 |
| 26819 | 2024-08-09 |
Planarian Epidermal Stem Cells Respond to Positional Cues to Promote Cell-Type Diversity
2017-03-13, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2017.02.008
PMID:28292427
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研究论文 | 本文研究了扁形虫表皮干细胞如何响应位置信号以促进细胞类型的多样性 | 首次揭示了扁形虫表皮干细胞在再生过程中通过位置信号激活区域化转录程序，从而促进细胞类型多样性的机制 | NA | 探究扁形虫再生过程中不同谱系的前体细胞如何形成适当的缺失细胞类型 | 扁形虫表皮干细胞及其在再生过程中的功能身份获取 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 26820 | 2024-08-09 |
Principles of Reconstructing the Subclonal Architecture of Cancers
2017-Aug-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a026625
PMID:28270531
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研究论文 | 本文描述了通过单核苷酸变异（SNVs）或拷贝数变异（CNAs）从批量或单细胞测序数据中重建肿瘤亚克隆结构的原则 | 应用亚克隆重建方法为肿瘤进化、亚克隆驱动突变、平行进化模式、细胞群体间突变特征差异以及治疗抵抗、扩散和转移的机制提供了关键见解 | NA | 研究肿瘤亚克隆结构的重建原则及其在理解肿瘤进化和治疗抵抗中的应用 | 肿瘤的亚克隆结构及其相关的突变和进化模式 | 数字病理学 | 癌症 | 大规模并行测序 | NA | 测序数据 | NA |