单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26781	2024-08-09	FastProject: a tool for low-dimensional analysis of single-cell RNA-Seq data 2016-Aug-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1176-5 PMID:27553427	研究论文	介绍了一种名为FastProject的软件工具，用于单细胞RNA-Seq数据的低维分析和可视化	FastProject提供了一种新的方法来对每个细胞进行基因签名评分，以最小化遗漏转录本的影响，并提供了一种方法来排序签名-投影配对，以便快速识别有意义的关联	在分析单细胞数据时，细胞之间的关系可能会被技术混杂因素（如基因捕获率的变异）所掩盖	开发一种工具，帮助分析和解释单细胞RNA-Seq数据，并提供生物学相关的低维数据可视化	单细胞RNA-Seq数据	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达矩阵	单细胞数据
26782	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals novel regulators of human embryonic stem cell differentiation to definitive endoderm 2016-08-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1033-x PMID:27534536	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了人类胚胎干细胞衍生的谱系特异性前体细胞的转录组，揭示了决定性内胚层分化的关键时间窗口和分子机制	本文开发了两种新的统计工具SCPattern和Wave-Crest，用于识别阶段特异性基因和重构分化轨迹，并验证了KLF8在调节中内胚层向决定性内胚层分化中的关键作用	NA	研究人类胚胎干细胞分化为决定性内胚层的细胞和分子机制	人类胚胎干细胞及其衍生的谱系特异性前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1776个细胞
26783	2024-08-09	scphaser: haplotype inference using single-cell RNA-seq data 2016-10-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw484 PMID:27497440	研究论文	本文介绍了scphaser，一个用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断单倍型的R包	scphaser能够有效地重建已知单倍型，并能推断罕见和新生变异以及基因内相距较远的变异	NA	利用单细胞RNA测序数据推断单倍型，以模拟遗传变异对二倍体生物表型的影响	单细胞RNA测序数据中的单倍型推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及人类和小鼠的基因
26784	2024-08-09	Characterizing polymorphic inversions in human genomes by single-cell sequencing 2016-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.201160.115 PMID:27472961	研究论文	本文通过结合单细胞DNA模板链测序（Strand-seq）与定制分析软件，快速发现、映射和基因型化高分辨率的基因组重排，研究了异质细胞群中倒位的分布和频率	本文开发了一种新的框架，用于在单细胞样本中研究结构变异和基因组异质性	NA	揭示驱动表型和疾病易感性的功能性变异	人类基因组中的多态性倒位	基因组学	NA	单细胞测序	NA	DNA	两个无关个体的整个基因组倒位
26785	2024-08-09	End Sequence Analysis Toolkit (ESAT) expands the extractable information from single-cell RNA-seq data 2016-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207902.116 PMID:27470110	研究论文	本文介绍了End Sequence Analysis Toolkit (ESAT)，该工具能够从单细胞RNA-seq数据中提取更多信息	ESAT能够检测到传统计算方法无法识别的LPS刺激下3'-isoform的缩短，并能识别出复杂的细胞类型和激素分泌与血管化的相互作用	NA	开发一种新的计算工具，用于分析RNA-seq数据中的转录末端信息	单细胞和批量RNA-seq数据	基因组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	1000个单个胰腺胰岛细胞的cDNA文库
26786	2024-08-09	Single-cell analyses of X Chromosome inactivation dynamics and pluripotency during differentiation 2016-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.201954.115 PMID:27486082	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，系统分析了小鼠胚胎干细胞在不同发育阶段的X染色体失活动态和多能性变化	首次揭示了X染色体失活状态在不同发育阶段的显著变异性，并发现了与女性胚胎干细胞延迟进展相关的新通路	NA	探讨胚胎发育过程中多能性、分化和X染色体失活之间的关系及其机制	小鼠胚胎干细胞在不同发育阶段的X染色体失活动态和多能性变化	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26787	2024-08-09	Single-Cell RNAseq Reveals That Pancreatic β-Cells From Very Old Male Mice Have a Young Gene Signature 2016-09, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2016-1235 PMID:27466694	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析了老年小鼠胰腺β细胞的基因表达特征，发现其与年轻小鼠的β细胞基因表达特征相似	发现老年小鼠的胰腺β细胞功能随年龄增长而改善，这与通常认为的衰老导致功能下降的观点相反	研究仅限于雄性小鼠，且样本量较小	探讨年龄增长如何通过基因表达变化影响胰腺β细胞功能	3个月和26个月大的小鼠胰腺β细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3个月和26个月大的小鼠各若干只
26788	2024-08-09	Virtual microfluidics for digital quantification and single-cell sequencing 2016-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.3955 PMID:27479330	研究论文	本文开发了一种基于水凝胶的虚拟微流体系统，用于核酸扩增反应的隔离，并应用于单细胞全基因组测序。	该系统提供了一种简单且稳健的替代方案，用于替代复杂的工程微流体系统，并展示了与液体MDA反应相比，单细胞MDA产物具有更好的覆盖均匀性和显著降低的嵌合现象。	NA	开发一种新型的虚拟微流体系统，用于单细胞全基因组测序。	水凝胶基虚拟微流体系统，核酸扩增反应，单细胞全基因组测序。	数字病理学	NA	数字多重位移扩增（dMDA）	NA	DNA	包括纯化的DNA模板、培养的细菌细胞和人类微生物组样本。
26789	2024-08-09	Single-cell TCRseq: paired recovery of entire T-cell alpha and beta chain transcripts in T-cell receptors from single-cell RNAseq 2016-07-27, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-016-0335-7 PMID:27460926	研究论文	本文介绍了一种名为single-cell TCRseq（scTCRseq）的新方法，用于从配对末端单细胞RNA测序读取中识别和组装全长重排的T细胞受体序列	该方法具有从配对末端单细胞RNA测序读取中恢复配对α和β片段的新颖能力	NA	准确表征T细胞受体α和β链的谱系，以理解适应性免疫	T细胞受体α和β链的全长重排序列	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
26790	2024-08-09	Identification of key factors conquering developmental arrest of somatic cell cloned embryos by combining embryo biopsy and single-cell sequencing 2016, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/celldisc.2016.10 PMID:27462457	研究论文	本文通过结合胚胎活检和单细胞测序技术，研究了体细胞克隆胚胎发育停滞的关键因素	首次开发了体细胞核转移胚胎的活检系统，并利用单细胞转录组测序技术，发现了Kdm4b和Kdm5b的失活是克隆胚胎发育停滞的关键因素	NA	探索体细胞克隆胚胎发育停滞的分子机制	体细胞克隆胚胎的发育过程	生物技术	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	不同发育命运的体细胞核转移胚胎
26791	2024-08-09	Single-cell RNA-sequencing: The future of genome biology is now 2017-05-04, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2016.1201618 PMID:27442339	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在基因组学研究中的应用及其对未来科学和社会的影响	介绍了更敏感和自动化的方法，提高了数据质量和通量，减少了操作时间	NA	探索单细胞RNA测序技术在基因组学研究中的应用及其对未来科学和社会的影响	单细胞RNA测序技术及其在复杂多细胞生物中的转录组景观研究	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数千个单细胞
26792	2024-08-09	Cellular Taxonomy of the Mouse Striatum as Revealed by Single-Cell RNA-Seq 2016-07-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.06.059 PMID:27425622	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示小鼠纹状体的细胞分类	首次通过微流控和FACS技术进行单细胞RNA测序，详细分类了小鼠纹状体的细胞多样性，并发现了多种标记基因和特定功能状态的细胞亚型	NA	揭示小鼠纹状体的细胞类型及其功能多样性	小鼠纹状体的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠纹状体的多种细胞类型
26793	2024-08-09	Single-cell Sequencing of Thiomargarita Reveals Genomic Flexibility for Adaptation to Dynamic Redox Conditions 2016, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2016.00964 PMID:27446006	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了Thiomargarita的基因组，揭示了其在动态氧化还原条件下适应性的基因组灵活性	发现了Thiomargarita nelsonii Thio36的新陈代谢途径，包括硝酸盐呼吸、硫氧化和无机碳固定，以及一种新的基于黄素的能量分支途径	NA	探索Thiomargarita在动态氧化还原条件下的适应性和其基因组的独特特征	Thiomargarita nelsonii Thio36的单细胞基因组及其与其他Beggiatoaceae成员的比较	NA	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	一个链状的'Candidatus Thiomargarita nelsonii Thio36'样本，以及五个其他Beggiatoaceae成员的草图基因组和一个完整基因组
26794	2024-08-09	Comparison of methods to detect differentially expressed genes between single-cell populations 2017-09-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbw057 PMID:27373736	research paper	比较了五种统计方法在两个不同单细胞群体中检测差异表达基因的效果	探讨了原本为传统批量RNA-seq数据开发的差异表达方法是否适用于单细胞RNA-seq数据分析	未发现当前可用单细胞特异性方法的系统性优势	评估不同统计方法在单细胞RNA-seq数据中检测差异表达基因的有效性	两个不同的单细胞群体中的差异表达基因	NA	NA	RNA-seq	NA	single-cell RNA-seq data	三个不同的比较设置
26795	2024-08-09	Single-cell Sequencing Reveals Variants in ARID1A, GPRC5A and MLL2 Driving Self-renewal of Human Bladder Cancer Stem Cells 2017-01, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2016.06.025 PMID:27387124	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了59个细胞，包括膀胱癌干细胞、膀胱癌非干细胞、膀胱上皮干细胞和膀胱上皮非干细胞，以揭示人类膀胱癌干细胞的遗传基础和起源	首次通过单细胞测序技术全面揭示了人类膀胱癌干细胞的遗传基础，并通过进化分析展示了膀胱癌干细胞的双克隆起源	NA	揭示人类膀胱癌干细胞的遗传基础和起源	膀胱癌干细胞、膀胱癌非干细胞、膀胱上皮干细胞和膀胱上皮非干细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	NA	细胞	59个细胞，包括膀胱癌干细胞、膀胱癌非干细胞、膀胱上皮干细胞和膀胱上皮非干细胞
26796	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of the Human Endocrine Pancreas 2016-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db16-0405 PMID:27364731	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对来自不同年龄和糖尿病类型的捐献者的人类内分泌胰腺进行分析	首次展示了糖尿病患者α-和β-细胞的表达特征与儿童相似，表明存在部分去分化过程，并发现Sonic hedgehog信号通路在人类α-细胞增殖中的激活	NA	揭示人类内分泌胰腺细胞的异质性并检测稀有细胞状态	人类胰腺胰岛中的多种内分泌细胞类型	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个死亡器官捐献者的胰岛，包括儿童、健康成年人和1型或2型糖尿病患者
26797	2024-08-09	Single-cell pluripotency regulatory networks 2016-09, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.201500528 PMID:27357612	研究论文	本文讨论了使用新型单细胞转录组学和蛋白质组学重建单细胞中调控网络的方法，以扩展我们对多能性分子基础的理解	采用单细胞转录组学和蛋白质组学技术，以更精细的粒度研究多能干细胞中的调控网络	目前对多能干细胞中响应信号通路与核心转录调控网络的时空整合理解尚不完整	扩展对多能性分子基础的理解，包括多能干细胞群体中细胞间变异性的作用及调控网络的控制方法	多能干细胞中的调控网络	NA	NA	单细胞转录组学和蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
26798	2024-08-09	Single-cell RNA-seq technology lends a hand into HSC ontogeny 2016-Sep, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-016-5092-8 PMID:27376532	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26799	2024-08-09	A single-cell resolution map of mouse hematopoietic stem and progenitor cell differentiation 2016-08-25, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2016-05-716480 PMID:27365425	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，对超过1600个单个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）进行了分析，以揭示HSPC分化过程中的动态分子变化。	首次展示了单细胞分辨率的HSPC分化图谱，并开发了一个直观的网络界面作为社区资源，用于可视化任何选定基因在HSPCs中的单细胞分辨率表达。	NA	探索造血干细胞和祖细胞分化过程中的细胞命运决策和分子变化。	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化过程。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过1600个单个HSPCs
26800	2024-08-09	Laser capture microscopy coupled with Smart-seq2 for precise spatial transcriptomic profiling 2016-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms12139 PMID:27387371	研究论文	本文介绍了一种结合激光捕获显微镜（LCM）和全长mRNA测序（LCM-seq）的高效策略，用于单细胞转录组学研究	该方法无需组织解离，简化了实验流程并降低了技术噪声，适用于从单个捕获细胞中获取生物学见解	NA	开发一种高效且稳健的LCM-seq方法，用于精确的空间转录组学分析	从鼠组织和人类死后组织中分离的神经元	数字病理学	NA	LCM-seq	NA	转录组数据	单个捕获细胞