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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2661 | 2025-11-14 |
Exploring Sex Differences in Type 2 Diabetes via a Male-Dominant Beta-Cell Cluster from Single-Cell Pancreatic Sequencing of Public Datasets
2025-Oct, Endocrinology and metabolism (Seoul, Korea)
DOI:10.3803/EnM.2025.2297
PMID:40389209
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研究论文 | 通过分析公共单细胞数据集发现男性主导的β细胞簇,揭示2型糖尿病性别差异的分子机制 | 首次在2型糖尿病患者中鉴定出男性主导的β细胞亚群,该亚群具有独特的基因表达模式和细胞通讯特征 | 基于公共数据集进行二次分析,样本来源和数量受原始数据限制 | 探索2型糖尿病性别差异的分子基础 | 2型糖尿病患者的胰腺β细胞 | 单细胞基因组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序,轨迹推断,差异基因表达分析,基因集富集分析,细胞通讯分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | 来自四个公共数据集的2型糖尿病患者胰腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 2662 | 2025-11-14 |
Expression of marker genes to assess the spermatogenic capacity in patients with idiopathic non-obstructive azoospermia
2025-Oct, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03584-5
PMID:40681857
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研究论文 | 本研究开发了一种基于单细胞RNA测序的定量方法,用于评估特发性非梗阻性无精子症患者的睾丸生精能力 | 利用单细胞RNA测序技术开发了生精能力评分系统,并鉴定了与生精潜能相关的关键基因标记物 | 样本量相对较小(18名iNOA患者),需要在更大群体中进一步验证 | 开发评估特发性非梗阻性无精子症患者睾丸生精能力的可靠定量方法 | 特发性非梗阻性无精子症患者 | 单细胞测序分析 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 模糊聚类, 基因表达趋势分析 | 单细胞基因表达数据 | 18名iNOA患者,近4000个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2663 | 2025-11-14 |
Hepatocyte-Specific MET Deletion Exacerbates Acetaminophen-Induced Hepatotoxicity in Mice
2025-Sep-30, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.09.010
PMID:41038273
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研究论文 | 本研究通过肝细胞特异性MET基因敲除小鼠模型,揭示了MET在乙酰氨基酚诱导肝损伤中的保护作用机制 | 首次阐明MET在乙酰氨基酚肝损伤模型中的具体作用机制,发现MET通过抑制JNK线粒体转位和细胞死亡信号通路减轻肝毒性 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性仍需进一步验证 | 明确MET在乙酰氨基酚诱导肝损伤中的具体作用机制 | 肝细胞特异性MET基因敲除小鼠和乙酰氨基酚肝损伤模型 | 分子病理学 | 药物性肝损伤 | RNA测序,免疫印迹,单核RNA测序,空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 基因敲除小鼠模型及人类急性肝衰竭患者数据 | NA | RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2664 | 2025-11-14 |
Tick Extracellular Vesicles Alter Epidermal Keratinocyte Function
2025-Sep-05, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.08.037
PMID:40915408
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研究论文 | 本研究揭示蜱类通过细胞外囊泡改变表皮角质形成细胞功能,破坏皮肤伤口愈合机制以维持吸血行为的策略 | 首次发现蜱类通过细胞外囊泡调控宿主伤口愈合通路的新机制,涉及PI3K活性、角质形成细胞GF1和TGF-β水平的改变 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 探索吸血节肢动物如何通过细胞外囊泡调控宿主伤口愈合机制以维持吸血生存 | 三种医学相关蜱种(包括肩板硬蜱)及其与宿主表皮角质形成细胞的相互作用 | 分子生物学 | 节肢动物传播疾病 | 单细胞RNA测序, 小鼠遗传学, 体外划痕实验 | NA | 基因表达数据, 细胞功能数据 | 野生型动物模型和体外角质形成细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2665 | 2025-11-14 |
Squidiff: Predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model
2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.16.623974
PMID:40909548
|
研究论文 | 提出基于扩散模型的生成框架Squidiff,用于预测细胞在不同环境变化下的转录组变化 | 首次将扩散模型应用于预测细胞转录组变化,能够学习瞬态细胞状态并预测高分辨率转录组景观 | NA | 预测细胞在环境变化下的转录组变化,促进精准医学发展 | 细胞分化、基因扰动、药物反应、血管类器官发育、中子辐射和生长因子反应 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 扩散模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2666 | 2025-11-14 |
CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.29.667333
PMID:40766487
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38+内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式 | 首次发现CD38+内皮细胞在快速进展性口腔炎症中的空间特异性重塑模式,并开发了三重空间分析方法 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 揭示快速进展性口腔炎症的细胞机制和空间结构特征 | 种植体周围炎和重度牙周炎患者的口腔组织样本 | 单细胞生物学 | 口腔炎症疾病 | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据 | 总计59个样本,包括36个scRNA-seq样本(121,395个细胞),15个空间蛋白质组学样本(337,260个细胞),8个黏膜活检样本(225,137个细胞) | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 2667 | 2025-11-14 |
CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data
2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.12.632553
PMID:39868198
|
研究论文 | 提出CellSP计算框架,用于识别、可视化和表征亚细胞空间转录组数据中的功能相关模式 | 引入“基因-细胞模块”新概念,能够识别多个细胞中具有协调亚细胞转录分布模式的基因集 | NA | 开发用于亚细胞空间转录组数据分析的计算工具 | 小鼠脑组织、肾脏癌和健康样本、阿尔茨海默病小鼠模型 | 空间转录组学 | 肾脏癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2668 | 2025-11-14 |
TransST: Transfer Learning Embedded Spatial Factor Modeling of Spatial Transcriptomics Data
2025-Apr-15, ArXiv
PMID:40321945
|
研究论文 | 提出一种名为TransST的新型迁移学习框架,用于改善空间转录组数据的细胞水平异质性推断 | 开发了自适应利用外部细胞标记信息的迁移学习框架,显著提升细胞亚群识别能力 | 未在摘要中明确说明 | 提高空间转录组数据中细胞水平异质性的推断准确性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组技术 | 迁移学习框架 | 空间转录组数据 | 多个真实研究和模拟设置 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2669 | 2025-11-14 |
Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping
2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.01.18.25320755
PMID:40093202
|
研究论文 | 提出了一种基于计数模型的高效单细胞eQTL定位框架jaxQTL,用于大规模单细胞转录组数据分析 | 开发了首个专门针对单细胞RNA-seq稀疏计数数据的高效eQTL定位框架,能够识别低表达eGenes和远端eQTLs | NA | 提高大规模单细胞eQTL定位的效率和准确性 | 单细胞转录组数据中的表达数量性状位点 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | 负二项模型 | 单细胞转录组计数数据 | 982个样本(OneK1K数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2670 | 2025-11-14 |
Screening of Candidate Inflammatory Markers of Epithelial Cells in Hepatocellular Carcinoma based on Integration Analysis of TCGA/ICGC Databases and Single-cell Sequencing
2025, Recent patents on anti-cancer drug discovery
IF:2.5Q3
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研究论文 | 本研究通过整合分析TCGA/ICGC数据库和单细胞测序数据,筛选肝细胞癌中上皮细胞的炎症标志物并探索潜在治疗药物 | 首次结合TCGA/ICGC数据库和单细胞测序数据系统分析肝细胞癌上皮细胞炎症标志物,并通过虚拟筛选发现NADH和Deferoxamine可与炎症蛋白VIP稳定结合 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要进一步体内实验确认药物疗效 | 研究肝细胞癌中上皮细胞在炎症刺激下的表达谱,识别潜在治疗药物 | 肝细胞癌患者样本数据、上皮细胞、HCC细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、转录组分析、虚拟筛选、分子动力学模拟、体外细胞实验 | 预后模型、分子对接模型 | 转录组数据、单细胞测序数据、化合物数据库 | TCGA、ICGC和GEO数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq、转录组测序 | NA | NA |
| 2671 | 2025-11-14 |
Repetitive Trans-spinal Magnetic Stimulation Suppresses Microglia to Engulf Synapse and Promotes Nerve Repairment via cGAS-STING Signaling Pathway after Spinal Cord Injury
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.114428
PMID:41208875
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研究论文 | 本研究探讨重复经脊髓磁刺激通过cGAS-STING信号通路调控小胶质细胞突触吞噬功能促进脊髓损伤后神经修复的机制 | 首次揭示rTSMS通过抑制cGAS-STING通路调控小胶质细胞突触吞噬功能促进神经修复的新机制 | 研究仅使用大鼠模型,未在更高阶物种中验证;机制研究主要聚焦cGAS-STING通路,可能存在其他调控途径 | 探究重复经脊髓磁刺激在脊髓损伤修复中的作用机制 | 脊髓损伤模型大鼠 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,蛋白质印迹,免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,组织图像数据 | 研究使用大鼠脊髓损伤模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2672 | 2025-11-14 |
DPP7 promotes fatty acid β-oxidation in tumor-associated macrophages and determines immunosuppressive microenvironment in colorectal cancer
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.117909
PMID:41208881
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研究论文 | 本研究揭示DPP7通过增强脂肪酸β-氧化促进肿瘤相关巨噬细胞的M2极化,从而塑造结直肠癌免疫抑制微环境 | 首次发现DPP7通过结合CPT1A减少其泛素化降解,增强脂肪酸氧化代谢重编程,驱动免疫抑制表型 | 研究主要基于临床队列和动物模型,需要进一步验证在人类患者中的治疗潜力 | 探索肿瘤相关巨噬细胞中调控免疫抑制微环境的关键基因及其机制 | 结直肠癌患者样本、肿瘤相关巨噬细胞、骨髓来源巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,飞行时间流式细胞术,液相色谱-串联质谱,靶向脂质代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据,代谢组数据,免疫荧光图像 | 华东医院和TCGA数据库的多个临床队列 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,蛋白质组学,代谢组学 | NA | NA |
| 2673 | 2025-11-14 |
TTC36-Mediated Tumor Suppression via YBX3/SPRED1 Axis Paradoxically Reduces Sorafenib Sensitivity in Hepatocellular Carcinoma
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.115727
PMID:41208883
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研究论文 | 本研究揭示了TTC36通过YBX3/SPRED1轴抑制肝细胞癌增殖但意外导致索拉非尼耐药的机制 | 首次发现TTC36通过稳定YBX3上调SPRED1抑制Ras/MAPK信号通路,同时揭示TTC36高表达通过PI3K/Akt过度激活导致索拉非尼耐药的新机制 | 未明确说明样本量具体数值,动物模型细节描述有限 | 探究TTC36在肝细胞癌中的肿瘤抑制功能及其对靶向治疗反应的影响 | 肝细胞癌组织、细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 质谱分析, 分子对接, RNA pulldown, 双荧光素酶报告基因检测, IHC染色, TUNEL染色 | 动物模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2674 | 2025-11-14 |
Comparative transcriptomic analysis of tumor- infiltrating canine natural killer cells and candidate biomarkers from first-in-dog NK immunotherapy trials
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1646849
PMID:41208961
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较犬类和人类肉瘤中肿瘤浸润自然杀伤细胞的转录组特征,并分析犬类NK免疫疗法临床试验中的候选生物标志物 | 首次在犬类模型中整合血液、组织和肿瘤样本进行单细胞RNA测序分析,建立犬类肉瘤浸润NK细胞特征,并将犬类组织特征用于解析首批犬类免疫疗法临床试验中的NK细胞变化 | 研究样本量有限,主要聚焦于肉瘤类型,需要进一步验证在其他癌症类型中的普适性 | 改善自然杀伤细胞在实体癌中的免疫治疗效果,并识别潜在的生物标志物 | 犬类和人类捐赠者的血液、组织和肿瘤样本中的自然杀伤细胞 | 单细胞转录组学 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 犬类和人类捐赠者的多组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2675 | 2025-11-14 |
Identification of CAF signature genes and construction of CAF-based risk signature in hepatocellular carcinoma by multi-omics analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1690174
PMID:41208981
|
研究论文 | 通过多组学分析识别肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞特征基因并构建基于CAF的风险预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学识别CAF特征基因,并构建具有预后预测价值的CAF风险模型 | 研究样本量有限,需要更大规模验证 | 开发基于CAF的风险特征模型用于预测肝细胞癌预后和识别潜在治疗靶点 | 肝细胞癌组织和HepG2细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学,多变量Cox回归 | 多变量Cox回归模型 | 基因表达数据,空间分布数据,蛋白质表达数据 | 使用数据集GSE242889的样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2676 | 2025-11-14 |
Identification of sex- and inflammation-associated heterogeneity in the mouse omentum
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1670112
PMID:41208978
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序系统解析小鼠大网膜在生理和激活状态下的细胞异质性 | 首次建立按性别和激活状态分层的大网膜细胞图谱,发现未表征的免疫和基质细胞亚群及性别二态性基因表达 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 系统定义大网膜的细胞组成异质性及其在炎症和免疫调节中的作用 | 小鼠大网膜组织(包括雄性和雌性) | 单细胞组学 | 炎症性疾病,卵巢癌转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠大网膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2677 | 2025-11-14 |
Single-cell and machine learning-based pyroptosis-related gene signature predicts prognosis and immunotherapy response in glioblastoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1693940
PMID:41208987
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法,开发了一个焦亡相关基因特征(PRGS),用于预测胶质母细胞瘤的预后和免疫治疗反应 | 首次系统性地将单细胞分析与机器学习相结合,构建胶质母细胞瘤焦亡相关基因特征,并验证其在预后预测和免疫治疗反应评估中的价值 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床研究验证 | 开发胶质母细胞瘤预后预测和免疫治疗反应评估的生物标志物 | 胶质母细胞瘤患者和肿瘤细胞 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 机器学习算法 | StepCox[both]+Ridge, 十种机器学习算法组合 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA-GBM、CGGA、GEO、GSE141383和GSE223063等多个数据库的样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | NA | NA |
| 2678 | 2025-11-14 |
Dysregulated arginine metabolism is associated with pro-tumor neutrophil polarization in liver cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1673665
PMID:41208994
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据揭示了精氨酸代谢在肝癌肿瘤微环境中调控中性粒细胞极化的机制 | 首次系统性地揭示了精氨酸代谢驱动的中性粒细胞功能异质性及其在肝癌进展中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证;样本来源有限 | 探究精氨酸代谢在肝癌肿瘤微环境中调控中性粒细胞极化的机制 | 肝细胞癌患者的中性粒细胞 | 生物信息学 | 肝癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习 | 多种机器学习算法 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库的多组数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2679 | 2025-11-14 |
Monocyte-driven IFN and TNF programs orchestrate inflammatory networks in antisynthetase syndrome-associated interstitial lung disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1652999
PMID:41209011
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了抗合成酶综合征相关间质性肺病中单核细胞驱动的干扰素和肿瘤坏死因子信号网络 | 首次在ASS-ILD中识别单核细胞特异性干扰素刺激基因活性,发现单核细胞亚群在炎症轨迹和免疫失调中的核心作用 | 样本量较小(仅3名患者),需更大队列验证发现 | 阐明ASS-ILD的免疫致病机制和细胞特异性干扰素特征 | 治疗初治ASS-ILD患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞基因组学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序 | AUCell, Seurat, Monocle, CellChat, decoupleR | 单细胞转录组数据 | 3名ASS-ILD患者和3名健康对照(共67,421个细胞),扩展队列126,026个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2680 | 2025-11-14 |
Integrated bioinformatic analysis and machine learning developed a prognostic model based on mitochondrial function for acute myeloid leukemia
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1597633
PMID:41209008
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研究论文 | 本研究通过整合线粒体基因表达数据和机器学习算法,开发了基于线粒体功能的急性髓系白血病预后模型MitoScore | 首次整合14种机器学习算法构建线粒体功能评分系统,并结合单细胞测序分析线粒体基因在免疫细胞中的表达模式 | 未明确说明样本来源和验证队列的具体信息 | 开发基于线粒体功能的AML预后评估工具 | 急性髓系白血病患者样本 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | bulk RNA测序, 单细胞测序 | 机器学习集成算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |