单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2661	2025-03-30	Single-cell profiling reveals the trajectories of natural killer cell differentiation in bone marrow and a stress signature induced by acute myeloid leukemia 2021-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00574-8 PMID:33239726	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹以及急性髓系白血病对其功能的影响	首次在人类骨髓中鉴定出三个NK细胞亚群，并发现AML对NK细胞功能有显著影响	研究样本可能有限，且仅关注了AML对NK细胞的影响	探究骨髓中NK细胞的分化轨迹及AML对其功能的影响	人类骨髓和脾脏中的NK细胞，以及AML患者的骨髓NK细胞	单细胞转录组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	人类骨髓和脾脏中的NK细胞样本，以及AML患者的骨髓NK细胞样本
2662	2025-03-29	Endothelial PPARδ Ablation Exacerbates Vascular Hyperpermeability via STAT1/CXCL10 Signaling in Acute Lung Injury 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325855 PMID:39996324	研究论文	本研究探讨了PPARδ在维持血管内皮屏障完整性中的作用及其在急性肺损伤中的机制	揭示了PPARδ通过抑制STAT1/CXCL10信号通路减轻血管高通透性的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	阐明PPARδ在急性肺损伤中维持血管内皮屏障功能的分子机制	内皮细胞特异性PPARδ敲除小鼠和同窝对照小鼠	分子病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用内皮细胞特异性PPARδ敲除小鼠和对照小鼠
2663	2025-03-29	Dynamic cellular composition and immune landscape revealed by single-cell transcriptome profiling in a brain arteriovenous malformation 2025-Mar-27, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01590-5 PMID:40146346	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示脑动静脉畸形中的动态细胞组成和免疫景观	首次在脑动静脉畸形（bAVM）中应用单细胞RNA测序技术，揭示了细胞组成和基因表达景观的变化，特别是单核细胞与内皮细胞相互作用的抑制和NK细胞相互作用的促进	研究仅基于一个bAVM样本和三个健康对照样本，样本量较小	探索脑动静脉畸形的免疫机制和细胞功能变化	脑动静脉畸形（bAVM）和健康对照（HC）样本	单细胞转录组学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1个bAVM样本和3个健康对照样本
2664	2025-03-29	New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data 2025-Mar-27, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf027 PMID:40151001	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究宫颈癌发病机制中肿瘤微环境与人乳头瘤病毒（HPV）整合的关系	开发了一种从单细胞RNA测序数据中识别HPV整合事件的方法，并发现了新的HPV反复整合基因	未提及样本量是否足够大以覆盖所有可能的HPV整合模式	探索宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联	正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量，包括正常患者及三个疾病阶段的组织样本
2665	2025-03-29	scMUSCL: Multi-Source Transfer Learning for Clustering scRNA-seq Data 2025-Mar-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf137 PMID:40152244	research paper	提出了一种名为scMUSCL的新型迁移学习方法，用于利用多个注释参考数据集对单细胞RNA测序数据进行聚类	scMUSCL通过深度神经网络提取域和批次不变的细胞表示，无需目标数据集的聚类数量先验知识，也无需源和目标数据集之间的批次校正	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类性能，识别具有生物学意义的细胞簇	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	deep neural network	RNA sequencing data	20个真实数据集
2666	2025-03-29	Identification and characterization of human retinal stem cells capable of retinal regeneration 2025-Mar-26, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adp6864 PMID:40138453	研究论文	本文通过单细胞多组学和空间转录组学技术，鉴定并表征了人类视网膜中的一种新型干细胞亚群——人类神经视网膜干细胞样细胞(hNRSCs)，并探讨其在视网膜再生和移植治疗中的潜力	首次在人类胎儿视网膜中鉴定出hNRSCs这一新型干细胞亚群，并证明其具有自我更新、多向分化和视网膜再生能力	研究主要基于胎儿视网膜样本，在成人视网膜中的存在和功能需要进一步验证	探索人类视网膜干细胞的鉴定、表征及其在视网膜再生医学中的应用	人类胎儿视网膜和视网膜类器官(hROs)	再生医学	视网膜色素变性	单细胞多组学、空间转录组学	rd10小鼠模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据	人类胎儿视网膜样本和视网膜类器官
2667	2025-03-29	Stressed hepatocyte sustains alcohol-associated hepatitis progression by producing leukocyte cell-derived chemotaxin 2 2025-Mar-26, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334318 PMID:40139745	研究论文	本研究探讨了白细胞源性趋化因子2（LECT2）在肝细胞-中性粒细胞相互作用中的调节作用及其对酒精性肝炎（AH）进展的影响	发现了LECT2通过与其相互作用蛋白PHB2结合，促进活性氧（ROS）产生，从而加剧酒精性肝损伤的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	阐明LECT2在酒精性肝炎发病机制中的作用	酒精性肝炎患者样本、基因修饰小鼠及体外培养细胞	肝脏病理学	酒精性肝炎	RNA测序（bulk和single-cell）、基因修饰技术	基因敲除小鼠模型、过表达小鼠模型	RNA测序数据、血清和肝脏样本数据	酒精性肝炎患者样本及多组基因修饰小鼠
2668	2025-03-29	Single-cell RNA sequencing reveals an IL1R2+Treg subset driving immunosuppressive microenvironment in HNSCC 2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04015-1 PMID:40131478	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，发现了一种IL1R2+Treg亚群在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中促进肿瘤进展，并验证了其临床诊断价值	首次识别了IL1R2+Treg亚群在HNSCC中的免疫抑制功能，并探索了联合靶向IL1R2和CTLA4的抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型和临床样本验证，人体内的具体机制还需进一步研究	探究Treg亚群在HNSCC肿瘤微环境中的免疫抑制机制及其临床意义	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的调节性T细胞（Tregs）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、组织微阵列（TMA）、酶联免疫吸附试验（ELISA）	肿瘤负荷小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本和小鼠模型
2669	2025-03-29	DNA methylation-regulated HLA-C expression modulates immune responses and metabolic alterations to influence prognosis in mesothelioma 2025-Mar-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04012-4 PMID:40131544	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了HLA-C在间皮瘤中的表达及其对免疫反应和代谢的影响	首次全面揭示了HLA-C通过DNA甲基化调控在间皮瘤预后中的作用机制，并识别了关键的中介因子	研究主要基于TCGA数据，需要进一步实验验证	阐明HLA-C在间皮瘤进展中的作用及其调控机制	间皮瘤肿瘤微环境中的免疫细胞和代谢物	肿瘤免疫学	间皮瘤	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化	孟德尔随机化模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	TCGA间皮瘤队列数据（具体样本量未明确说明）
2670	2025-03-29	Applying integrated transcriptome and single-cell sequencing analysis to develop a prognostic signature based on M2-like tumor-associated macrophages for breast cancer 2025-Mar-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02161-7 PMID:40131644	research paper	本研究通过整合转录组和单细胞测序分析，开发了一个基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征	首次基于M2样肿瘤相关巨噬细胞相关基因构建乳腺癌预后模型，并结合单细胞转录组数据进行验证	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模临床样本验证	开发乳腺癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点	乳腺癌患者和细胞系	digital pathology	breast cancer	transcriptome sequencing, scRNA-seq, qRT-PCR	RiskScore model, nomogram	gene expression data	TCGA-BRCA、GSE20685和GSE176078数据集中的样本
2671	2025-03-29	Ginsenoside Rb1 and Berberine Synergistically Protect Against Type 2 Diabetes Mellitus via GDF15/HAMP Pathway Throughout the Liver Lobules: Insights from Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Mar-25, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107711 PMID:40147680	研究论文	本研究探讨了人参皂苷Rb1和小檗碱通过GDF15/HAMP通路在肝小叶中对2型糖尿病的协同保护作用	首次利用空间转录组学揭示了Rb1和BBR组合治疗在肝小叶各区域对代谢的全面调控作用，并提出了GDF15/HAMP通路作为关键机制	研究仅基于db/db小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究人参皂苷Rb1和小檗碱组合治疗对2型糖尿病的保护作用及其分子机制	db/db小鼠模型	代谢组学	2型糖尿病	空间转录组学分析	db/db小鼠模型	转录组数据	NA
2672	2025-03-29	Coordinated regulation of cortical astrocyte maturation by OLIG1 and OLIG2 through BMP7 signaling modulation 2025-Mar-24, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.03.008 PMID:40139307	研究论文	本研究揭示了bHLH转录因子Olig1和Olig2通过调节Bmp7表达协同调控皮质星形胶质细胞成熟的关键机制	首次发现Olig1和Olig2通过直接结合Bmp7增强子抑制其表达来促进星形胶质细胞成熟	研究主要聚焦于皮质星形胶质细胞，其他脑区星形胶质细胞的成熟机制仍需进一步探索	阐明调控皮质星形胶质细胞成熟的分子机制	皮质星形胶质细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序、基因敲除	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（使用基因修饰小鼠模型）
2673	2025-03-29	Integrated single-cell transcriptome and comparative genome analysis reveals the origin of intermuscular bones in zebrafish 2025-Mar-22, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142397 PMID:40127795	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和比较基因组分析，揭示了斑马鱼肌间骨的起源	首次结合单细胞转录组和比较基因组分析，鉴定了与肌间骨发育相关的保守基因，并揭示了BMP信号通路在肌间骨形成中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，结果在其他鱼类中的普适性需要进一步验证	探究鱼类肌间骨的分子调控机制和进化过程	斑马鱼肌间骨组织	基因组学	NA	单细胞转录组测序、比较基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	15种鱼类（4种有肌间骨，11种无肌间骨）的基因组数据及斑马鱼肌间骨组织的单细胞转录组数据
2674	2025-03-29	Hepatic Growth Factor as a Potential Biomarker for Lung Adenocarcinoma: A Multimodal Study 2025-Mar-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030208 PMID:40136462	研究论文	本研究通过整合多种分析方法，探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系，并发现肝细胞生长因子（HGF）作为潜在生物标志物的重要临床意义	首次采用孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）数据的综合方法，揭示了HGF等炎症细胞因子与肺腺癌的因果关系及其在肿瘤微环境中的作用	研究未涉及具体干预措施或治疗效果的验证，且样本来源和数量未明确说明	探索炎症细胞因子与肺腺癌（LUAD）之间的因果关系及其分子机制	炎症细胞因子和肺腺癌患者	生物医学研究	肺腺癌	孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
2675	2025-03-29	Multi-Omics Profiling Reveals Glycerolipid Metabolism-Associated Molecular Subtypes and Identifies ALDH2 as a Prognostic Biomarker in Pancreatic Cancer 2025-Mar-18, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15030207 PMID:40137171	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了胰腺癌中甘油脂代谢相关的分子亚型，并鉴定ALDH2作为预后生物标志物	首次在胰腺癌中系统研究甘油脂代谢的分子特征，并发现新的预后生物标志物ALDH2	研究结果需要更多独立队列验证，ALDH2的功能机制有待进一步研究	探索甘油脂代谢在胰腺癌中的分子特征及其临床意义	胰腺癌患者样本	癌症研究	胰腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序、空间转录组学、脂质组学）、随机森林算法	随机森林(RF)	多组学数据（基因组、转录组、脂质组）	930例胰腺癌样本
2676	2025-03-29	K-Volume Clustering Algorithms for scRNA-Seq Data Analysis 2025-Mar-11, Biology DOI:10.3390/biology14030283 PMID:40136539	研究论文	本文提出了一种名为K-Volume的新型聚类算法，用于分析单细胞RNA测序数据	该算法使用由簇内点定义的总凸体积作为生物学相关且几何可解释的标准，同时通过非线性优化优化层次结构和每层的簇数	NA	解决计算生物学中高维和结构化数据聚类的关键挑战	单细胞和多组学数据集	计算生物学	NA	scRNA-Seq	K-Volume聚类算法	单细胞RNA测序数据	NA
2677	2025-03-29	The influence of age on cellular senescence in injured versus healthy muscle and its implications on rotator cuff injuries 2025-Mar-07, Journal of shoulder and elbow surgery IF:2.9Q1 DOI:10.1016/j.jse.2025.02.008 PMID:40057173	研究论文	研究年龄对受伤与健康肌肉中细胞衰老的影响及其在肩袖损伤中的意义	首次在肩袖肌肉组织中识别出六种主要细胞群，并发现老年患者的FAPs中衰老标志物及纤维化和炎症相关基因表达更高	样本来源仅限于接受手术的患者，可能无法完全代表一般人群	探讨年龄如何通过细胞衰老影响肩袖损伤的发生和修复	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本	生物医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年患者的肩袖肌肉组织样本（具体数量未提及）
2678	2025-03-29	Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding 2025-Mar-06, Biology DOI:10.3390/biology14030269 PMID:40136525	research paper	该研究探讨了烧伤后糖萼紊乱及MMP8在糖萼脱落中的新作用	首次提出MMP8在烧伤后糖萼脱落和肺损伤中的关键作用	样本量较小（28例患者），且为观察性研究	揭示烧伤后糖萼紊乱的分子机制及潜在治疗靶点	烧伤患者血清及体外肺组织模型	分子病理学	烧伤	scRNA-seq, 微阵列转录组分析	体外肺组织模型	转录组数据, 血清蛋白数据	28例烧伤患者
2679	2025-03-29	AJGM: joint learning of heterogeneous gene networks with adaptive graphical model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf096 PMID:40073230	研究论文	提出了一种自适应联合图形模型（AJGM），用于从具有未知异质性的单细胞或批量数据中估计多个基因网络	引入整体网络捕捉所有样本共享的关系，通过自适应权重连接子类型网络和整体网络，更有效地关注跨网络共享的基因关系，提高网络估计的准确性	未明确说明模型在处理非高斯分布数据时的具体表现，以及在实际应用中的计算复杂度	推断基因网络以揭示生物途径和基因间的功能关系	单细胞或批量基因表达数据	生物信息学	三阴性乳腺癌	自适应联合图形模型（AJGM）	GGM, AJGM	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
2680	2025-03-29	mastR: an R package for automated identification of tissue-specific gene signatures in multi-group differential expression analysis 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf114 PMID:40098239	research paper	介绍了一个名为mastR的R包，用于在多组差异表达分析中自动识别组织特异性基因标记	mastR是一种针对标记的批量RNA-seq数据设计的自动化标记识别方法，明确考虑了背景表达	虽然mastR在标记选择性能上与Seurat相当或更好，但未明确提及其在处理复杂数据集时的局限性	开发一种自动化方法，用于从标记的批量RNA-seq数据中识别组织特异性基因标记	标记的批量RNA-seq数据和模拟的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	edgeR, limma	RNA-seq数据	NA