单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2661	2025-03-09	PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer 2025-Mar, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250173 PMID:40051782	研究论文	本研究探讨了前列腺癌（PCa）中与免疫逃逸相关的基因（CIERGs），并开发了用于预测生化复发（BCR）的签名	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定了48个与BCR显著相关的CIERGs，并开发了一个基于CIERGs的风险签名，揭示了PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进PCa细胞增殖、迁移和侵袭的机制	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能缺乏实验验证的广泛性	探索前列腺癌中与免疫逃逸相关的基因，并开发预测生化复发的签名	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO回归	RNA测序数据	TCGA-PRAD和GSE70769队列的数据
2662	2025-03-09	Prognostic and Therapeutic Significance of Cancer-Associated Fibroblasts Genes in Osteosarcoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70424 PMID:40045162	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了癌症相关成纤维细胞（CAF）基因在骨肉瘤中的预后和治疗意义	构建了一个基于11个CAF相关基因的风险模型，用于预测骨肉瘤患者的预后，并提供了新的治疗策略	研究样本量较小，仅包含6名骨肉瘤患者和46,544个细胞	发现新的风险模型以更准确地预测和改善骨肉瘤患者的预后	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	Lasso-Cox回归分析	RNA测序数据	6名骨肉瘤患者和46,544个细胞
2663	2025-03-09	Single-cell RNA sequencing defines distinct disease subtypes and reveals hypo-responsiveness to interferon in asymptomatic Waldenstrom's Macroglobulinemia 2025-Feb-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56323-w PMID:39929803	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，定义了无症状Waldenstrom's Macroglobulinemia (WM)的不同疾病亚型，并揭示了其对干扰素的低反应性	首次在无症状WM患者中通过单细胞RNA测序揭示了免疫失调和干扰素低反应性，并提出了分子分类和疾病进展标志	样本量相对较小，且仅针对特定类型的骨髓瘤进行研究	探讨WM肿瘤内在和免疫机制，特别是无症状WM的疾病进展机制	30名AWM/WM患者、26名Smoldering Myeloma患者和23名健康捐赠者的骨髓肿瘤和免疫细胞	数字病理学	骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	294,206个骨髓肿瘤和免疫细胞，来自79名个体
2664	2025-03-09	Interaction of the endogenous antibody response with activating FcγRs enhance control of Mayaro virus through monocytes 2025-Feb, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012944 PMID:39993025	研究论文	本文研究了内源性抗体反应与激活型FcγRs的相互作用如何通过单核细胞增强对Mayaro病毒的控制	首次评估了在自然感染过程中FcγRs对保护作用的需求，并揭示了抗体Fc与激活型FcγRs的相互作用在MAYV感染中的保护性反应	研究主要基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨抗体Fc效应功能在MAYV感染中的保护机制	小鼠和Mayaro病毒	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2665	2025-03-09	Spatiotemporal transcriptome and metabolome landscapes of cotton somatic embryos 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55870-6 PMID:39833155	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，探索了棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢模式	首次在棉花中应用单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了体细胞胚胎发生过程中的关键基因和代谢物的时空表达模式	研究主要集中在棉花体细胞胚胎发生过程的特定阶段，可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	研究棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢模式，以促进作物育种和改良	棉花体细胞胚胎	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、空间代谢组学（SM）	NA	基因表达数据、代谢物数据	NA
2666	2025-03-09	Herpesviruses mimic zygotic genome activation to promote viral replication 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55928-5 PMID:39814710	研究论文	本文揭示了疱疹病毒通过模仿合子基因组激活（ZGA）来促进病毒复制的新机制	首次发现疱疹病毒通过诱导DUX4表达来模拟合子基因组激活，从而促进病毒转录和复制	研究主要基于HSV-1病毒，其他疱疹病毒的机制可能有所不同	探讨疱疹病毒如何利用宿主细胞的合子基因组激活机制来促进自身复制	疱疹病毒、乳头瘤病毒和Merkel细胞多瘤病毒	病毒学	病毒感染	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、纳米抗体构建	NA	单细胞测序数据	患者单细胞测序数据集
2667	2025-03-09	AI applications in HIV research: advances and future directions 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942 PMID:40051479	综述	本文探讨了人工智能（AI）在HIV研究中的应用进展及未来方向	整合AI与单细胞测序等技术，实现精确生物标志物识别和改进治疗靶向	数据限制和模型可解释性等挑战	探索AI技术在HIV研究中的应用进展	人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）和获得性免疫缺陷综合征（AIDS）	医学研究	HIV/AIDS	单细胞测序	NA	NA	NA
2668	2025-03-09	Single-cell genomics and spatial transcriptomics in islet transplantation for diabetes treatment: advancing towards personalized therapies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1554876 PMID:40051625	review	本文综述了单细胞和空间转录组学在胰岛移植治疗糖尿病中的应用，强调了这些技术在糖尿病管理中的革命性潜力	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面解析胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	需要解决伦理和技术挑战，以成功将这些集成方法应用于研究和临床实践	通过单细胞和空间转录组学技术，提升胰岛移植的效果，改善糖尿病患者的治疗结果	胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	digital pathology	diabetes	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	gene expression data	NA
2669	2025-03-09	Development of a prognostic model for hepatocellular carcinoma based on microvascular invasion characteristic genes by spatial transcriptomics sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529569 PMID:40051627	研究论文	本研究通过空间转录组测序，基于微血管侵犯（MVI）特征基因开发了一种新的肝细胞癌（HCC）预后预测模型	首次基于MVI特征基因构建HCC预后预测模型，并通过外部验证队列验证其预测性能优于现有模型	研究样本量较小，仅包含4个不同分级的MVI样本	开发一种基于MVI特征基因的HCC预后预测模型，用于区分高风险和低风险患者并评估患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间转录组测序，单核RNA测序	Cox回归分析，LASSO回归分析，随机生存森林	基因表达数据	4个不同分级的MVI样本
2670	2025-03-09	Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma 2024-Oct-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05754-y PMID:39434164	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了线粒体相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后意义，并开发了个性化治疗策略	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，开发了基于线粒体相关基因的人工智能预后签名（AIDPS）模型，并验证了其在多个独立数据集中的预后准确性	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	阐明线粒体相关基因在肺腺癌中的预后意义，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法、AIDPS模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自公开数据库的肺腺癌患者数据
2671	2025-03-09	The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005 PMID:39122180	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，探究了与年龄相关的腺体萎缩和Awat2基因敲除小鼠中腺体功能异常的细胞组成、分化和基因表达变化	首次使用单细胞和空间转录组学技术揭示了腺体功能异常的分子机制，包括脂质生成基因的分层表达和免疫细胞浸润的增加	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞组成、分化和基因表达的影响	野生型小鼠和Awat2基因敲除小鼠的睑板腺	生物医学	干眼病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	年轻（6个月）和老年（22个月）野生型C57Bl/6小鼠，年轻（3个月）和老年（13个月）Awat2 KO小鼠
2672	2025-03-09	Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling 2024-Sep-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015 PMID:39047740	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠胚胎在休眠状态下的转录动态和细胞存活机制	首次在单细胞分辨率下分子定义胚胎休眠，揭示了休眠胚胎的转录动态和细胞存活信号通路	研究仅限于小鼠胚胎，未涉及其他哺乳动物物种	研究胚胎休眠的分子机制和细胞存活信号通路	小鼠胚胎	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确提及样本数量
2673	2025-03-09	Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction 2024-Jul-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae075 PMID:38666458	研究论文	本研究探讨了丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的作用	首次揭示了SerpinA3n在调节基质功能和心肌梗死后心脏重塑中的因果作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	理解Serpins在心肌梗死后瘢痕形成中的调节作用	心肌梗死后的小鼠心脏	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学、组织学、蛋白质组学分析	SerpinA3n条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、组织学数据、蛋白质组数据	SerpinA3n条件性敲除小鼠
2674	2025-03-09	Insights into midgut cell types and their crucial role in antiviral immunity in the lepidopteran model Bombyx mori 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1349428 PMID:38420120	综述	本文综述了鳞翅目模型家蚕中肠细胞类型及其在抗病毒免疫中的关键作用	揭示了昆虫中肠细胞类型与免疫防御机制之间的复杂相互作用，并利用单细胞转录组学技术发现了中肠细胞中以前未被识别的亚群	NA	探讨昆虫中肠细胞类型在消化和免疫中的复杂作用	家蚕的中肠细胞	昆虫免疫学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
2675	2024-08-07	[Research progress of single-cell RNA sequencing in airway type 2 inflammatory diseases] 2023-12-07, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery DOI:10.3760/cma.j.cn115330-20230413-00169 PMID:38186104	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2676	2025-03-08	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展，及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨神经祖细胞时间身份调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2677	2025-03-08	MicroRNA-mediated Ets1 repression in retinal endothelial cells: A novel anti-angiogenic mechanism in nonproliferative diabetic retinopathy 2025-Apr, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16182 PMID:39777974	研究论文	本研究旨在发现非增殖性糖尿病视网膜病变（NPDR）中血管生成的调控机制	发现了一种新的microRNA，通过靶向ETS原癌基因1（Ets1）在NPDR中发挥抗血管生成作用	研究主要基于2型糖尿病患者，未涉及其他类型的糖尿病	探索非增殖性糖尿病视网膜病变中血管生成的分子机制	2型糖尿病患者，包括有和无NPDR的患者	数字病理学	糖尿病视网膜病变	microRNA测序，单细胞测序	NA	血浆和视网膜样本	2型糖尿病患者（有和无NPDR）
2678	2025-03-08	Heterogeneities of Site-Specific N-Glycosylation in the Hippocampus of Depression-like Behavior Models in Mice Induced by Acute Stress and Chronic Stress 2025-Mar-07, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00655 PMID:39992808	研究论文	本文通过整合N-糖蛋白组学和蛋白质组学分析，研究了急性应激和慢性应激诱导的抑郁样行为模型小鼠海马中糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性	首次在抑郁样行为模型中系统分析了急性应激和慢性应激对海马糖基化的影响，并鉴定了与糖基化相关的基因	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未深入探讨糖基化变化与抑郁行为之间的因果关系	探讨急性应激和慢性应激对抑郁样行为模型小鼠海马糖基化的影响	小鼠海马组织	糖生物学	抑郁症	N-糖蛋白组学、蛋白质组学、ScRNA-seq	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	控制组、急性应激组和慢性应激组小鼠海马组织
2679	2025-03-08	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Mar-07, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增强对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病进展中的具体作用，为开发靶向治疗策略提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应克服这些限制，改进细胞类型注释，并扩展至纵向和临床数据	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增强对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
2680	2025-03-08	Transcriptomic profiling reveals mechanism, therapeutic potential, and prognostic value of cancer stemness characteristic in nasopharyngeal carcinoma 2025-Mar-07, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01561-w PMID:40053129	研究论文	本文通过生物信息学和机器学习技术，结合单细胞RNA测序和大规模转录组数据集，研究了鼻咽癌中的干细胞特性，并识别了与癌症干细胞相关的特征	首次在鼻咽癌中识别并验证了与癌症干细胞相关的特征（STEM-signature），并发现了四种与干细胞特性相关的miRNA，这些miRNA可能作为治疗靶点	研究主要依赖于生物信息学分析和实验室基础实验，临床验证和样本量可能有限	研究鼻咽癌中癌症干细胞特性的机制、治疗潜力和预后价值	鼻咽癌细胞及其干细胞特性	生物信息学	鼻咽癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、机器学习	LASSO Cox回归模型	RNA-seq数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了单细胞RNA测序和大规模转录组数据集