单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26761	2024-08-09	Digital Assays Part II: Digital Protein and Cell Assays 2017-08, SLAS technology IF:2.5Q3 DOI:10.1177/2472630317705681 PMID:28548029	综述	本文是关于数字分析技术的第二部分，重点介绍了数字蛋白质和细胞分析方法	数字分析技术通过将样本分隔成多个容器，每个容器包含离散数量的生物实体，从而提高了核酸定量、蛋白质及其酶活性测量以及单细胞基因型和表型探测的精确度	NA	旨在为有兴趣将数字分析技术纳入其工作流程的科学家提供广泛的视角	数字酶分析、数字酶联免疫分析（ELISA）和数字细胞分析	生物技术	NA	数字分析技术	NA	蛋白质和细胞	NA
26762	2024-08-09	Plant genetics: Spatial transcriptomics in plants 2017-07, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2017.41 PMID:28529334	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26763	2024-08-09	Identification of innate lymphoid cells in single-cell RNA-Seq data 2017-07, Immunogenetics IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s00251-017-1002-x PMID:28534222	研究论文	本文提出并验证了一种新的框架，用于使用单细胞RNA测序数据在转录组水平上研究先天淋巴细胞（ILCs）	该框架结合了无监督聚类和基于小鼠ILC基因表达数据训练的新型细胞类型分类器，仅依赖于跨脊椎动物保守的基因，因此原则上适用于任何脊椎动物物种	NA	研究ILC2细胞在单细胞转录组数据中的识别及其在远缘脊椎动物物种中的保守性	先天淋巴细胞（ILCs）及其亚型ILC2细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	无监督聚类和细胞类型分类器	基因表达数据	小鼠和人类ILC基因表达数据
26764	2024-08-09	Lineage Establishment and Progression within the Inner Cell Mass of the Mouse Blastocyst Requires FGFR1 and FGFR2 2017-06-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2017.05.003 PMID:28552559	研究论文	本文研究了在小鼠胚泡的内细胞团（ICM）中，纤维母细胞生长因子受体1（FGFR1）和FGFR2在原始内胚层（PrE）和多能外胚层（EPI）分化中的作用	通过单细胞分辨率的定量成像和单细胞转录组学，结合野生型和Fgf受体突变胚胎的研究，揭示了FGFR1和FGFR2在ICM细胞中的独特和加性活动	NA	探究FGF4信号在小鼠胚泡ICM细胞中的受体响应机制	小鼠胚泡的内细胞团（ICM）中的FGFR1和FGFR2	NA	NA	单细胞分辨率定量成像，单细胞转录组学	NA	转录组数据	534个单ICM细胞
26765	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq unveils tumor microenvironment 2017-Jun, BMB reports IF:2.9Q3 DOI:10.5483/bmbrep.2017.50.6.086 PMID:28539161	研究论文	本文利用单细胞转录组分析技术揭示肿瘤微环境	本文通过单细胞RNA测序技术，深入解析了肿瘤微环境中复杂的细胞类型和亚群	NA	研究肿瘤微环境的组成和功能，探索其作为抗癌靶点的潜力	肿瘤微环境中的细胞类型和亚群	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26766	2024-08-09	DTWscore: differential expression and cell clustering analysis for time-series single-cell RNA-seq data 2017-May-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-017-1647-3 PMID:28535748	研究论文	本文介绍了一种基于动态时间规整评分（DTWscore）的算法，用于时间序列单细胞RNA测序数据中的差异表达和细胞聚类分析	提出了一种结合动态时间规整评分和时间序列数据的算法，用于检测单细胞RNA测序样本中的基因表达变化并恢复潜在的细胞类型	研究仅限于在R框架内实现和可用的方法	开发一种新算法，用于分析时间序列单细胞RNA测序数据中的基因表达模式和细胞类型	时间序列单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	动态时间规整评分	时间序列数据	多个时间点的单细胞RNA测序数据
26767	2024-08-09	Gene length and detection bias in single cell RNA sequencing protocols 2017, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.11290.1 PMID:28529717	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中基因长度偏差的影响，并探讨了不同测序协议对基因检测率的影响。	发现使用UMI的scRNA-seq协议不显示基因长度偏差，而全长转录本协议则显示出与bulk RNA-seq数据类似的基因长度偏差。	研究主要集中在小鼠胚胎干细胞（mESCs）的数据集上，可能需要进一步验证其他细胞类型和物种。	探讨scRNA-seq技术中的基因长度偏差及其对基因检测率的影响。	研究对象包括不同捕获技术、文库准备、细胞类型和物种的scRNA-seq数据集。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	研究涉及四个不同的小鼠胚胎干细胞（mESCs）scRNA-seq数据集
26768	2024-08-09	Between a Pod and a Hard Test: The Deep Evolution of Amoebae 2017-09-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msx162 PMID:28505375	研究论文	本文基于广泛的分类单元集，在系统基因组框架下提出了Amoebozoa的稳健系统发育树	本研究通过使用基于培养和单细胞转录组学的61个分类单元的样本，揭示了Amoebozoa的两个主要分支，并推翻了之前的研究	NA	探讨Amoebozoa的系统发育关系及其进化模式	Amoebozoa的系统发育和进化	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因组数据	61个分类单元
26769	2024-08-09	Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 2017-08, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.12684 PMID:28524227	研究论文	本文讨论了利用高维数据挖掘技术对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行分析的方法	介绍了针对scRNA-seq数据的聚类、伪时间推断、分支推断和基因水平分析等计算分析方法	NA	探索和描述适用于scRNA-seq数据分析的工具和技术	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
26770	2024-08-09	Recruited Monocytes and Type 2 Immunity Promote Lung Regeneration following Pneumonectomy 2017-07-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.03.024 PMID:28506464	研究论文	研究免疫细胞在肺再生的作用，使用单侧肺切除模型促进剩余肺叶中新肺泡的形成	揭示了骨髓来源的巨噬细胞通过CCL2-CCR2趋化因子轴迁移至肺部，对肺再生至关重要，并发现2型先天淋巴细胞是IL-13的来源，促进肺再生	NA	探讨免疫细胞在肺再生中的作用	肺再生过程中的免疫细胞和细胞因子	NA	NA	免疫荧光和单细胞RNA测序	NA	细胞和分子数据	小鼠模型
26771	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing: Unraveling the Brain One Cell at a Time 2017-06, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.molmed.2017.04.006 PMID:28501348	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析中枢神经系统复杂性和动态性方面的应用	scRNA-seq技术能够分析单个细胞的转录组，为神经系统研究提供了新的视角	文章提到了应用scRNA-seq技术面临的挑战，但未具体说明	推动对神经系统的理解，并探索神经退行性疾病的治疗新方法	中枢神经系统及其在神经退行性疾病中的分子机制	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	单个细胞
26772	2024-08-09	Identification of preoptic sleep neurons using retrograde labelling and gene profiling 2017-05-25, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature22350 PMID:28514446	研究论文	本文通过逆行标记和基因分析技术，识别了视前区睡眠神经元的投射目标及其分子标记	首次通过光遗传学和药理遗传学方法，确定了视前区GABA能神经元投射到结节乳头体核的睡眠活性和促进睡眠的作用，并鉴定了这些神经元的候选分子标记	文章未提及具体的局限性	旨在揭示视前区在睡眠生成中的电路机制	视前区睡眠神经元及其分子标记	神经科学	NA	光遗传学、药理遗传学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
26773	2024-08-09	Lineage-dependent spatial and functional organization of the mammalian enteric nervous system 2017-05-19, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aam7511 PMID:28522527	研究论文	本文研究了哺乳动物肠神经系统（ENS）的谱系依赖性空间和功能组织	揭示了ENS由迁移后神经嵴来源的祖细胞形成的重叠克隆单元组成，并展示了克隆相关肠神经元在网络刺激下的同步活动	NA	探讨肠神经系统的组织结构及其功能机制	哺乳动物的肠神经系统	神经科学	NA	单细胞转录组学和突变分析	NA	转录组数据	小鼠ENS的多个样本
26774	2024-08-09	Cell fixation and preservation for droplet-based single-cell transcriptomics 2017-05-19, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-017-0383-5 PMID:28526029	研究论文	本文研究了使用化学固定方法来稳定和保存细胞，以便进行基于液滴的单细胞转录组测序	提出了一种简单的细胞固定方法，可以稳定和保存细胞数周，而不影响单细胞RNA测序数据的质量	未提及	开发一种新的细胞固定和保存方法，以便进行基于液滴的单细胞转录组测序	人源和鼠源的细胞，以及果蝇胚胎、小鼠后脑和 cerebellum 细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个单细胞
26775	2024-08-09	Alternative TSSs are co-regulated in single cells in the mouse brain 2017-05-11, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20167374 PMID:28495919	研究论文	本研究探讨了小鼠大脑中单细胞内替代转录起始位点（TSSs）的使用情况	首次研究了单细胞中替代TSSs的使用情况，发现这些TSSs并非独立表达，而是受到共同因素的调控	研究依赖于先前发表的单细胞RNA测序数据集	探究单细胞中替代TSSs的使用及其调控机制	小鼠大脑中的单细胞	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数千个细胞
26776	2024-08-09	Isolation of the Side Population in Myc-induced T-cell Acute Lymphoblastic Leukemia in Zebrafish 2017-05-04, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/55711 PMID:28518092	研究论文	本文描述了一种在斑马鱼中分离Myc诱导的T细胞急性淋巴母细胞白血病（T-ALL）旁系细胞群的方法	首次在斑马鱼T-ALL模型中描述了如何分离旁系细胞群，并提出了通过单细胞转录组学研究这些细胞遗传特征的可能性	目前尚无已知的斑马鱼细胞表面标记物来确认这些旁系细胞是否具有癌症干细胞样特性	研究斑马鱼T-ALL中的旁系细胞群	斑马鱼T-ALL中的旁系细胞群	NA	T细胞急性淋巴母细胞白血病	流式细胞术	NA	细胞	多个斑马鱼胚胎
26777	2024-08-09	Probabilistic modeling of bifurcations in single-cell gene expression data using a Bayesian mixture of factor analyzers 2017-Mar-15, Wellcome open research DOI:10.12688/wellcomeopenres.11087.1 PMID:28503665	研究论文	本文提出了一种基于贝叶斯层次混合因子分析器的生成式、完全概率模型，用于单细胞转录组数据中的分叉建模	本文首次提出了一个生成式、完全概率模型，用于从单细胞转录组数据中推断分叉结构，并具有独特的层次先验结构，能够自动确定驱动分叉过程的基因	文章讨论了这种统一概率方法在实际生物信息学分析中的优缺点	研究单细胞转录组数据中的分叉建模	单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	贝叶斯层次混合因子分析器	因子分析器	转录组数据	大样本数据集
26778	2024-08-09	Single-cell sequencing deciphers a convergent evolution of copy number alterations from primary to circulating tumor cells 2017-08, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.216788.116 PMID:28487279	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了原发肿瘤细胞和循环肿瘤细胞中的拷贝数变异，揭示了从原发肿瘤到循环肿瘤细胞的拷贝数变异的趋同进化过程	首次揭示了原发肿瘤细胞和循环肿瘤细胞中拷贝数变异的趋同进化机制，并发现了影响基因和基因的局灶性拷贝数变异在循环肿瘤细胞中的普遍存在	研究样本量较小，仅涉及23名患者，可能影响结果的普遍性	探究原发肿瘤细胞和循环肿瘤细胞中拷贝数变异的进化机制及其在癌症转移中的作用	原发肿瘤细胞和循环肿瘤细胞中的拷贝数变异	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	97个循环肿瘤细胞来自23名患者
26779	2024-08-09	Single-cell template strand sequencing by Strand-seq enables the characterization of individual homologs 2017-Jun, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.029 PMID:28492527	研究论文	本文介绍了一种名为Strand-seq的单细胞测序技术，该技术通过限制序列分析仅限于DNA复制过程中使用的模板链，从而能够在单个细胞中解析同源染色体的个体序列	Strand-seq技术通过仅测序模板链，保留了每个同源染色体的结构和身份，这是对传统单细胞测序协议的重要改进	NA	研究同源染色体在单细胞中的基因组序列，以支持无拷贝数基因组重排（如倒位和易位）、构建染色体长度单体型、改进基因组组装、映射姐妹染色单体交换事件和探索细胞异质性等研究	单细胞中的同源染色体基因组序列	基因组学	NA	Strand-seq	NA	DNA序列	单个细胞
26780	2024-08-09	Hierarchical Specification of Pruriceptors by Runt-Domain Transcription Factor Runx1 2017-05-31, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0094-17.2017 PMID:28476948	研究论文	本文研究了Runx1转录因子在背根神经节（DRG）感觉神经元中的作用，特别是其在瘙痒感受器发育中的功能	首次揭示了Runx1在瘙痒感受器发育中的双重作用，早期促进NPPB细胞形成，后期转变为基因抑制因子	NA	探讨Runx1在瘙痒感受器发育中的作用及其对感觉神经元形成不同感觉模式的控制机制	背根神经节中的感觉神经元及其在瘙痒信息传递中的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用雌雄两性的小鼠进行行为学研究