单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26741	2024-08-09	Dosage compensation in the process of inactivation/reactivation during both germ cell development and early embryogenesis in mouse 2017-06-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-03829-z PMID:28623283	研究论文	本研究通过获取小鼠在生殖细胞发育和早期胚胎发生过程中经历失活/再激活的细胞的RNA-seq数据，特别是单细胞RNA-seq数据，计算X:A比率，以探讨哺乳动物中X染色体的上调机制。	本研究提供了直接证据，表明单个活跃的X染色体的平均基因剂量被上调，以达到与两个活跃的X染色体和两份常染色体相似的水平。	NA	探讨哺乳动物中X染色体的失活和上调机制。	小鼠在生殖细胞发育和早期胚胎发生过程中经历失活/再激活的细胞。	NA	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据，特别是单细胞RNA-seq数据	多个小鼠预植入胚胎的单个细胞
26742	2024-08-09	Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing 2017-Jun-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.05.035 PMID:28622514	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了肝癌患者肿瘤浸润T细胞的转录组特征	首次详细描述了肝癌中11种T细胞亚群的分子和功能特性及其发育轨迹，并鉴定了各亚群的特征基因	研究样本仅来自六名肝细胞癌患者，可能影响结果的普遍性	揭示肝癌中浸润T细胞的景观，为免疫治疗和临床反应预测提供依据	肝细胞癌患者的肿瘤浸润T细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	5,063个单个T细胞，来自六名肝细胞癌患者的外周血、肿瘤和邻近正常组织
26743	2024-08-09	Single-cell transcriptome of early embryos and cultured embryonic stem cells of cynomolgus monkeys 2017, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2017.67 PMID:28649393	研究论文	本文提供了食蟹猴早期胚胎和培养的胚胎干细胞的单细胞转录组数据集	首次提供了食蟹猴早期胚胎和胚胎干细胞的单细胞转录组数据，填补了灵长类动物胚胎发育研究的空白	NA	研究灵长类动物，包括人类的发育生物学过程	食蟹猴的早期胚胎细胞、原始生殖细胞和胚胎干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
26744	2024-08-09	Somatosensory Neuron Typing with High-Coverage Single-Cell RNA Sequencing and Functional Analysis 2018-Feb, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-017-0147-9 PMID:28612318	综述	本文综述了基于单细胞RNA测序和功能分析的背根神经节（DRG）神经元分类方法及其在体感神经元研究中的应用	介绍了基于单细胞RNA测序和功能分析的DRG神经元分类方法	NA	探讨体感神经元的基因表达谱及其在体感信号生成、传递和调控中的作用	背根神经节（DRG）神经元的基因表达和功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26745	2024-08-09	Single-cell RNA-sequencing of the brain 2017-Dec, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1186/s40169-017-0150-9 PMID:28597408	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解析大脑细胞异质性及其特定功能和状态中的应用	scRNA-seq技术使得研究人员能够在大脑多个区域中识别出多种细胞亚群，确定基因特征和新细胞标记物，并解决功能差异	由于大脑的复杂性，仍有许多工作需要完成，包括定义特定的大脑细胞类型和功能	旨在通过scRNA-seq技术深入理解大脑细胞的基因组、转录组和表观基因组景观，以及它们在发育、健康和疾病中的整体功能	哺乳动物大脑中的细胞异质性及其特定功能和状态	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及多个小鼠大脑区域的研究
26746	2024-08-09	Multilineage communication regulates human liver bud development from pluripotency 2017-06-22, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature22796 PMID:28614297	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，从多能性细胞出发，在二维和三维培养系统中重建肝细胞样谱系进展，并探讨异型细胞间相互作用对肝芽发育的影响	首次通过三维肝芽类器官模型，揭示了肝细胞前体细胞在肝芽发育中的谱系分化和迁移特征，以及血管内皮生长因子在促进内皮网络形成和肝细胞前体分化中的作用	NA	探讨多谱系细胞间通信在人肝芽从多能性细胞发育过程中的作用	肝细胞样谱系进展、肝芽类器官发育	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
26747	2024-08-09	Generation of Single-Cell Transcript Variability by Repression 2017-Jun-19, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2017.05.028 PMID:28602650	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了Dictyostelium分化过程中转录变异性的产生机制，发现这种变异性主要由抑制而非激活驱动	本研究揭示了细胞间差异的产生可能是转录调控基本机制的直接结果，并提出了一个简单的转录产物生成模型，其中表达由转录事件的频率而非幅度控制	NA	探讨基因表达变异性的产生机制及其在细胞命运多样性中的作用	Dictyostelium分化过程中的单细胞转录变异性	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录数据	NA
26748	2024-08-09	Single-Cell mRNA Sequencing in Cancer Research: Integrating the Genomic Fingerprint 2017, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2017.00073 PMID:28620412	综述	本文综述了单细胞mRNA测序（scRNA-seq）在癌症研究中的最新进展，特别是其在评估肿瘤内异质性中的应用	scRNA-seq与DNA测序结合，能够推断基因组改变对基因表达的影响，并可靠地区分肿瘤细胞与非肿瘤细胞	讨论了scRNA-seq与DNA测序结合的挑战和前景	评估肿瘤内异质性	单细胞mRNA测序在癌症研究中的应用	数字病理学	癌症	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
26749	2024-08-09	Revealing allele-specific gene expression by single-cell transcriptomics 2017-09, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2017.05.029 PMID:28578186	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在常染色体和X染色体基因背景下研究等位基因特异性表达（ASE）的最新进展，并回顾了用于识别单倍型相位的生物信息学工具。	单细胞测序技术提供了前所未有的分辨率和规模，对生物学和医学产生了重大影响。	NA	探讨单细胞RNA测序技术在等位基因特异性表达研究中的应用。	常染色体和X染色体基因的等位基因特异性表达。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
26750	2024-08-09	The comparison of the performance of four whole genome amplification kits on ion proton platform in copy number variation detection 2017-08-31, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20170252 PMID:28572171	研究论文	本文比较了四种全基因组扩增试剂盒在Ion Proton平台上检测拷贝数变异的性能	首次针对Ion Proton平台进行不同全基因组扩增策略的性能比较研究	NA	评估四种商业化全基因组扩增试剂盒在Ion Proton平台上检测拷贝数变异的性能	六种不同核型的细胞系	基因组学	NA	全基因组扩增	NA	基因组数据	六种不同核型的细胞系
26751	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Expanded Clones of Islet Antigen-Reactive CD4+ T Cells in Peripheral Blood of Subjects with Type 1 Diabetes 2017-07-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1700172 PMID:28566371	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了1型糖尿病患者和健康对照组外周血中胰岛抗原反应性CD4+记忆T细胞的TCR克隆型和转录组特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了1型糖尿病患者外周血中胰岛抗原反应性CD4+ T细胞的扩展克隆，并发现这些克隆具有独特的抗原特异性和表型	研究样本量较小，且未涉及更广泛的疾病阶段和人群	探讨1型糖尿病患者外周血中胰岛抗原反应性CD4+ T细胞的特征及其在疾病进展中的作用	1型糖尿病患者和健康对照组的外周血中的胰岛抗原反应性CD4+记忆T细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及1型糖尿病患者和健康对照组的外周血样本
26752	2024-08-09	De Novo Gene Expression Reconstruction in Space 2017-07, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.molmed.2017.05.004 PMID:28571832	研究论文	本文讨论了空间中新基因表达重建的下一代方法，并提出了更有效的方法来检测基因表达的远距离空间变化	提出了更有效的方法来检测基因表达的远距离空间变化，并讨论了未来用于组织中生物途径和过程可视化的原位测序化学	NA	探讨空间中新基因表达重建的方法，以更好地应用于人类健康和疾病状况	基因表达的空间重建和远距离空间变化的检测	基因组学	NA	单细胞RNA测序，原位RNA成像	NA	基因组数据	NA
26753	2024-08-09	Defining epithelial cell dynamics and lineage relationships in the developing lacrimal gland 2017-07-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.150789 PMID:28576768	研究论文	本研究利用单细胞测序和其他分子工具，揭示了泪腺发育过程中的新型细胞身份和上皮细胞谱系动态	首次展示了泪腺从早期发育阶段开始由多种免疫、上皮和间充质细胞谱系组成，并揭示了上皮细胞谱系在发育过程中的转录状态变化	NA	探究泪腺发育过程中的细胞类型和谱系关系	泪腺的上皮细胞动态和谱系关系	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	多种免疫、上皮和间充质细胞谱系
26754	2024-08-09	Controlled Human Malaria Infection Leads to Long-Lasting Changes in Innate and Innate-like Lymphocyte Populations 2017-07-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1601989 PMID:28576979	研究论文	本研究通过分析坦桑尼亚人群中受控人类疟疾感染（CHMI）的血样，探讨了先天性淋巴细胞及其类似细胞群在感染后的长期变化	发现疟疾感染后，先天性淋巴细胞类似细胞群的变化持续数月，且这种变化由类似稳态扩增的机制介导	研究仅限于坦桑尼亚的特定人群，可能限制了结果的普遍性	探讨疟疾感染后人体先天性淋巴细胞群的长期变化及其对后续感染和疫苗设计的影响	先天性淋巴细胞及其类似细胞群在疟疾感染后的变化	NA	疟疾	单细胞RNA测序和TCR αβ链使用分析	NA	血液样本	坦桑尼亚的志愿者群体
26755	2024-08-09	Early Detection of Cancer in Blood Using Single-Cell Analysis: A Proposal 2017-07, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.molmed.2017.05.005 PMID:28587830	研究论文	本文探讨了利用单细胞基因组分析血液进行癌症早期检测的潜力	提出了一种基于稀疏单细胞测序的拷贝数变异模式筛查方法	目前仅基于模拟分析，实际应用中需进一步验证	研究单细胞基因组分析在血液中早期检测癌症的可行性	单细胞基因组数据和癌症拷贝数变异模式	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	多个已发表的肿瘤样本
26756	2024-08-09	Single-cell entropy for accurate estimation of differentiation potency from a cell's transcriptome 2017-06-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms15599 PMID:28569836	研究论文	本文通过计算单细胞转录组在交互网络中的信号混杂度（熵），展示了如何准确估计单细胞的分化潜能	提出了一种新的方法，通过计算信号熵来更准确和稳健地估计单细胞的分化潜能，无需特征选择	NA	研究如何量化单细胞的分化潜能	单细胞的分化潜能	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	转录组数据	超过7,000个单细胞
26757	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis Maps Development of Human Germline Cells and Gonadal Niche Interactions 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.05.009 PMID:28575695	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26758	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq of Defined Subsets of Retinal Ganglion Cells 2017-05-22, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/55229 PMID:28570514	研究论文	本文提出了一种新技术，用于在分离和测序前识别细胞的形态和功能，以便更容易地鉴定亚型特异性标记	该技术克服了单细胞RNA测序的许多障碍，并可能适用于非神经元细胞类型和具有微小变化的稀有细胞群体	需要严格的验证方法来确保聚类包含具有相同功能的细胞	旨在识别定义各种细胞亚群的基因表达，并研究与特定视觉功能相关的脑目标	视网膜神经节细胞的亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	许多单细胞的测序深度超过2000万读数
26759	2024-08-09	Single-Cell RNA-Sequencing: Assessment of Differential Expression Analysis Methods 2017, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2017.00062 PMID:28588607	研究论文	本文比较了四种单细胞RNA测序差异表达分析工具以及两种最初为批量RNA测序数据开发但广泛应用于单细胞数据的方法	探讨了单细胞差异表达分析的前景，并探索了方法在四种不同数据分布场景下的性能	研究结果表明难以确定最佳表现的工具，并指出需要改进单细胞RNA测序数据分析方法以提高结果的准确性	评估和比较单细胞RNA测序差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据分析工具	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个真实数据集和一个合成数据集
26760	2024-08-09	ASAP: a web-based platform for the analysis and interactive visualization of single-cell RNA-seq data 2017-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx337 PMID:28541377	研究论文	本文介绍了一个名为ASAP的网络平台，用于单细胞RNA测序数据的分析和交互式可视化	ASAP平台整合了多种常用算法和高级可视化工具，使缺乏计算专业知识的研究人员也能轻松处理和分析单细胞RNA测序数据	NA	开发一个用户友好的网络平台，用于单细胞RNA测序数据的全面分析和可视化	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	91个鼠细胞，涉及五种不同的细胞类型