单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26741	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals metallothionein heterogeneity during hESC differentiation to definitive endoderm 2018-04, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2018.01.015 PMID:29427839	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人胚胎干细胞向确定性内胚层分化过程中金属硫蛋白的异质性	本研究首次通过单细胞RNA测序和X射线荧光显微镜及多同位素质谱分析，揭示了金属硫蛋白基因在未能分化为确定性内胚层的细胞中的高表达与细胞内高锌水平的相关性	NA	提高体外定向分化过程中确定性内胚层分化的效率	人胚胎干细胞向确定性内胚层的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	在4天的确定性内胚层分化过程中，收集了四个时间点的单细胞样本
26742	2024-08-09	Single-cell gene expression reveals a landscape of regulatory T cell phenotypes shaped by the TCR 2018-03, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-018-0051-0 PMID:29434354	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、激活报告和T细胞受体（TCR）分析，研究了小鼠淋巴器官和人类血液中CD4调节性T细胞（T）和常规CD4FoxP3 T细胞（T）的表型异质性	揭示了TCR信号强度对激活T细胞程序的影响，并展示了小鼠和人类血液中T细胞异质性的显著保守性	NA	理解CD4调节性T细胞的表型异质性	CD4调节性T细胞和常规CD4FoxP3 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个T细胞和常规CD4FoxP3 T细胞
26743	2024-08-09	Inertial-ordering-assisted droplet microfluidics for high-throughput single-cell RNA-sequencing 2018-02-27, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c7lc01284e PMID:29423464	研究论文	本文开发了一种基于惯性排序辅助的液滴微流控平台，用于高通量单细胞RNA测序，显著提高了通量并减少了条形码错误。	通过惯性效应在螺旋通道中自发排序高浓度含寡核苷酸条形码的珠子，实现了珠子的确定性封装，从而提高了单珠液滴的比例，减少了条形码错误。	NA	开发一种新的液滴微流控平台，以提高单细胞RNA测序的精确性和效率。	单细胞RNA测序中的条形码错误和通量问题。	微流控	NA	RNA测序	NA	微流控液滴	高浓度珠子（1000 μl）
26744	2024-08-09	A molecular atlas of cell types and zonation in the brain vasculature 2018-02-22, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25739 PMID:29443965	研究论文	本文利用血管单细胞转录组学技术，为成年小鼠大脑中的主要血血管和血管相关细胞类型提供了分子定义	揭示了沿动静脉轴的渐进性表型变化（分区）的转录基础，并发现了内皮细胞和壁细胞在细胞类型差异上的不同连续性	NA	深入理解构成大脑血管的细胞类型及其分子机制	成年小鼠大脑中的血血管和血管相关细胞	数字病理学	脑血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组	成年小鼠大脑血管细胞
26745	2024-08-09	A Macrophage Colony-Stimulating-Factor-Producing γδ T Cell Subset Prevents Malarial Parasitemic Recurrence 2018-02-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.01.009 PMID:29426701	研究论文	本文研究了γδ T细胞在疟疾感染中的作用，特别是在急性寄生虫血症缓解后，γδ T细胞的快速扩张及其对寄生虫血症复发的预防作用	发现了一种产生巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF）的γδ T细胞亚群，该亚群在疟疾感染后期发挥特殊的保护作用	NA	探究γδ T细胞在疟疾感染中的具体作用及其对寄生虫血症复发的预防机制	γδ T细胞在疟疾感染中的功能及作用机制	NA	疟疾	单细胞测序	NA	细胞	小鼠和人类样本
26746	2024-08-09	Deciphering Cell Lineage Specification during Male Sex Determination with Single-Cell RNA Sequencing 2018-02-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.01.043 PMID:29425512	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在性别决定期间的XY小鼠性腺中，揭示了体细胞前体细胞的身份及其驱动细胞分化的转录事件	本研究首次在性别决定期间的小鼠性腺中，通过单细胞RNA测序技术，识别出单一的体细胞前体细胞群，并详细分析了这些细胞分化为Sertoli细胞和胎儿Leydig细胞的转录变化	NA	研究性腺中性细胞命运决定的细胞谱系特化过程	XY小鼠性腺中的体细胞前体细胞及其分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26747	2024-08-09	Three-step transcriptional priming that drives the commitment of multipotent progenitors toward B cells 2018-01-15, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.309575.117 PMID:29440259	研究论文	本研究通过使用含有tamoxifen诱导型Id3的多能前体细胞体外系统，揭示了B细胞系承诺过程中转录因子网络的“时间流逝”动态变化	发现了在关键转录因子程序启动之前存在的意外转录前激活现象，并提出了三步转录因子网络模型	NA	揭示B细胞系承诺过程中转录因子网络的动态变化	多能前体细胞向B细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组, 蛋白质相互作用组, 表观基因组	NA
26748	2024-08-09	Identification of Disease Susceptibility Alleles in the Next Generation Sequencing Era 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7471-9_1 PMID:29423790	研究论文	本文综述了下一代测序（NGS）技术在识别疾病易感等位基因中的应用	NGS技术的发展使得快速且经济地分析全基因组和外显子成为可能，并能解决如体细胞变异等特定问题	尽管NGS技术存在局限性，但其对识别致病变异的影响是显著的	探讨NGS技术如何与实验和计算策略结合，以识别对疾病发展和进展有因果效应的变异	研究对象包括罕见单基因疾病和常见异质性疾病中的致病变异	NA	NA	NGS	NA	基因组数据	NA
26749	2024-08-09	Using Fluidigm C1 to Generate Single-Cell Full-Length cDNA Libraries for mRNA Sequencing 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7471-9_11 PMID:29423800	研究论文	本文描述了一种使用微流控设备（C1™ IFC）合成单细胞全长cDNA的方法，用于mRNA测序	采用微流控技术自动化合成单细胞全长cDNA，提高了数据质量和实验效率	NA	研究单细胞RNA测序技术，以深入理解细胞异质性、细胞分化、疾病进展和基因调控	单细胞全长cDNA的合成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	单细胞
26750	2024-08-09	Gene Manipulation with Micro RNAs at Single-Human Cancer Cell 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7601-0_18 PMID:29435936	研究论文	本文描述了一种使用微小RNA（miRNA）在单个人类癌细胞中操纵多个与癌症相关基因的协议，以研究这些基因在致癌过程中的相互作用	首次提出使用miRNA在单个细胞水平上操纵多个癌症相关基因，以深入研究致癌过程中的基因交互作用	NA	研究多个基因在致癌过程中的相互作用	单个人类癌细胞中的多个癌症相关基因	NA	癌症	miRNA	NA	转录组	单个细胞
26751	2024-08-09	How to design a single-cell RNA-sequencing experiment: pitfalls, challenges and perspectives 2019-07-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bby007 PMID:29394315	综述	本文综述了单细胞RNA测序实验的设计方法、计算工具及其在不同实验设计和生物问题中的应用	提供了针对特定实验设计的分析框架建议，并评估了该领域的挑战和未来展望	大多数方法尚未进行性能基准测试，增加了选择最优实验和分析流程的难度	旨在概述当前可用于处理单细胞RNA测序数据的实验和计算方法	单细胞RNA测序实验的设计和数据分析方法	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26752	2024-08-09	scEpath: energy landscape-based inference of transition probabilities and cellular trajectories from single-cell transcriptomic data 2018-06-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty058 PMID:29415263	研究论文	本文介绍了scEpath算法，该算法通过计算能量景观和概率有向图来重建发育轨迹，从单细胞转录组数据中推断细胞状态转换路径和概率	scEpath算法通过结合单细胞能量和基于距离的度量，提供了比现有方法更稳健和准确的伪时间排序，并能高分辨率地揭示细胞状态转换的动态	NA	开发一种新算法，用于从单细胞转录组数据中推断细胞状态转换路径和概率	单细胞转录组数据中的细胞状态转换路径和概率	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
26753	2024-08-09	Single-cell Transcriptome Analyses Reveal Molecular Signals to Intrinsic and Acquired Paclitaxel Resistance in Esophageal Squamous Cancer Cells 2018-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2018.01.059 PMID:29410067	research paper	本研究通过低剂量长期处理紫杉醇诱导食管鳞状细胞癌KYSE-30细胞产生紫杉醇耐药性，并利用群体RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析基因表达谱，揭示了内在和获得性紫杉醇耐药的分子信号。	本研究首次发现卡非佐米（CFZ）通过激活HIF-1信号通路，能够减弱紫杉醇耐药性，为食管鳞状细胞癌等癌症的治疗提供了一种新的联合疗法。	NA	揭示食管鳞状细胞癌中紫杉醇耐药的分子机制，并探索新的联合疗法。	食管鳞状细胞癌KYSE-30细胞及其紫杉醇耐药细胞。	digital pathology	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	37个KYSE-30细胞和73个紫杉醇耐药KYSE-30细胞（Taxol-R）
26754	2024-08-09	High-throughput single-cell fate potential assay of murine hematopoietic progenitors in vitro 2018-04, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2018.01.005 PMID:29410050	research paper	本文详细介绍了开发一种体外高通量单细胞培养 assay，用于测量单个小鼠骨髓前体细胞向五个髓系分化的能力	本文开发了一种新的体外高通量单细胞培养 assay，用于评估小鼠造血前体细胞的命运潜力	NA	测试基于单细胞转录组学提出的高分辨率造血系统模型的预测	小鼠骨髓造血前体细胞的单细胞命运潜力	digital pathology	NA	flow cytometry	NA	single-cell transcriptomics	单个小鼠骨髓前体细胞
26755	2024-08-09	Graded Arrays of Spinal and Supraspinal V2a Interneuron Subtypes Underlie Forelimb and Hindlimb Motor Control 2018-02-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.01.023 PMID:29398364	research paper	本文研究了脊髓和脊上V2a中间神经元亚型的分级排列如何影响前肢和后肢的运动控制	发现了两种主要的V2a中间神经元类型，它们在发育过程中形成，并通过单细胞RNA测序揭示了这些神经元包含多个亚型	NA	揭示脊髓中V2a中间神经元的分子和解剖组织，以及它们如何影响特定区域的运动输出	脊髓和脊上V2a中间神经元及其在运动控制中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	NA
26756	2024-08-09	Chromatin Modification and Global Transcriptional Silencing in the Oocyte Mediated by the mRNA Decay Activator ZFP36L2 2018-02-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.01.006 PMID:29408237	研究论文	本文报道了在卵母细胞中，ZFP36L2这一mRNA降解激活因子介导的染色质修饰和全局转录沉默的机制	首次发现卵母细胞中的全局转录沉默依赖于一个mRNA降解激活因子ZFP36L2	NA	揭示ZFP36L2在卵母细胞生长过程中的作用及其对染色质修饰和全局转录的影响	卵母细胞中的ZFP36L2及其对转录和染色质修饰调控因子的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠卵母细胞
26757	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Glioblastoma Cells 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7659-1_12 PMID:29392698	研究论文	本文描述了使用C1 Fluidigm系统从单个患者来源的胶质母细胞瘤细胞生成和分析cDNA文库的方法	采用单细胞RNA测序技术（sc-RNASeq），相较于传统的批量RNASeq，能更好地理解高度异质性细胞群中的基因表达模式，并识别稀有细胞的转录特征	NA	探索单细胞RNA测序技术在胶质母细胞瘤细胞中的应用	单个患者来源的胶质母细胞瘤细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（sc-RNASeq）	NA	RNA	单个患者来源的胶质母细胞瘤细胞
26758	2024-08-09	Recent advances in understanding evolution of the placenta: insights from transcriptomics 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.13115.1 PMID:29416852	研究论文	本文通过转录组学研究探讨了哺乳动物胎盘的进化，特别是在真兽类和有袋类哺乳动物中的进化，并扩展到脊椎动物中胎生和胎盘形成的趋同进化	文章提出未来研究应关注胎盘早期发育阶段的基因表达，并尝试涵盖所有主要哺乳动物群体，以及通过单细胞转录组学技术在人类和老鼠以外的物种中进行研究	目前的研究主要集中在真兽类胎盘成熟期、真兽类和有袋类的繁殖策略以及子宫在植入期的蜕膜反应，尚未全面覆盖所有哺乳动物群体	旨在通过基因转录研究深入理解胎盘的结构与功能关系，以及其在不同哺乳动物中的进化	研究对象包括真兽类和有袋类哺乳动物的胎盘，以及脊椎动物中胎生和胎盘形成的趋同进化	转录组学	NA	转录组学	NA	基因表达数据	NA
26759	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of the Healthy and Diseased Heart Reveals Cytoskeleton-Associated Protein 4 as a New Modulator of Fibroblasts Activation 2018-07-10, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.117.030742 PMID:29386203	研究论文	本文介绍了一种从成年小鼠心脏组织中获取高质量RNA的方法，用于健康和病变心脏的自动单细胞测序。	本文首次将单细胞测序技术应用于成年心脏组织，揭示了细胞骨架相关蛋白4作为纤维母细胞激活的新调节因子。	NA	研究健康和病变心脏中转录组差异以及基因表达的细胞类型特异性变化。	成年小鼠心脏组织的单细胞RNA测序。	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	RNA	成年小鼠心脏组织
26760	2024-08-09	Epigenetic regulation in B-cell maturation and its dysregulation in autoimmunity 2018-07, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/cmi.2017.133 PMID:29375128	综述	本文综述了B细胞成熟过程中的表观遗传调控及其在自身免疫疾病中的失调	利用新一代测序、单细胞测序和DNA甲基化测序等现代技术，深入理解B细胞生物学及其在自身免疫发展中的作用	NA	总结表观遗传修饰在B细胞激活和分化中的研究进展，特别是在自身免疫条件下	B细胞的表观遗传调控及其在自身免疫疾病中的作用	NA	自身免疫疾病	下一代测序, 单细胞测序, DNA甲基化测序	NA	DNA	NA