单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26721	2024-08-09	Phylogenomic analysis of Balantidium ctenopharyngodoni (Ciliophora, Litostomatea) based on single-cell transcriptome sequencing 2017, Parasite (Paris, France) DOI:10.1051/parasite/2017043 PMID:29134943	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，对来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni进行了转录组数据分析，并基于超矩阵和SSU rDNA进行了系统发生分析	首次为Trichostomatia亚纲的Balantidium ctenopharyngodoni提供了omics数据，并为纤毛虫的系统发生分析及相关omics分析提供了良好的基础	NA	揭示六种纤毛虫类群（Colpodea、Oligohymenophorea、Litostomatea、Spirotrichea、Heterotrichea和Protocruziida）之间的进化关系	Balantidium ctenopharyngodoni的转录组数据	基因组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自草鱼后肠的Balantidium ctenopharyngodoni样本
26722	2024-08-09	Application of single-cell sequencing in human cancer 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx036 PMID:29106464	综述	本文综述了单细胞测序技术在人类癌症研究中的应用，并讨论了该领域当前面临的挑战	单细胞测序技术能够揭示肿瘤内部的细胞异质性，有助于识别影响临床结果的关键分子特性	单细胞测序技术在实验室中的应用仍面临一些挑战，包括数据分析的复杂性和成本问题	探讨单细胞测序技术在精准医学中的应用，以提供基于个体分子表型的靶向治疗	人类癌症细胞的分子表型和异质性	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	细胞	大量细胞
26723	2024-08-09	TH2 cell development and function 2018-02, Nature reviews. Immunology DOI:10.1038/nri.2017.118 PMID:29082915	综述	本文综述了T辅助2细胞（T2细胞）在调节保护性2型免疫反应中的作用及其在慢性炎症疾病中的影响	介绍了单细胞转录组学和单细胞蛋白质组学等新技术在研究T细胞多样性和疾病相关异质性中的应用	NA	探讨T2细胞的分化机制及其在哮喘和过敏治疗中的潜在应用	T2细胞及其在免疫反应中的作用	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26724	2024-08-09	Constructing cell lineages from single-cell transcriptomes 2018-02, Molecular aspects of medicine IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.mam.2017.10.004 PMID:29107741	研究论文	本文比较和对比了现有的计算方法，并展示了如何应用这些方法从大规模并行RNA单细胞测序数据中构建小鼠髓系祖细胞谱系	本文开发了计算算法来推断细胞类型之间的谱系关系，并构建沿着细胞重新排序的发展轨迹，以最大化连续细胞对之间的相似性	NA	揭示细胞分化过程中存在的细胞异质性水平，并构建细胞谱系	小鼠髓系祖细胞的谱系关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	计算算法	转录组数据	大规模并行RNA单细胞测序数据
26725	2024-08-09	IRF3 and type I interferons fuel a fatal response to myocardial infarction 2017-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4428 PMID:29106401	研究论文	研究揭示了心肌梗死（MI）中IRF3和I型干扰素通过激活炎症反应导致致命后果的机制	首次展示了心肌梗死后，缺血细胞死亡和细胞碎片被巨噬细胞摄取激活IRF3和I型干扰素产生的过程，并发现这一机制在心肌梗死后的炎症反应中起关键作用	研究主要在老鼠模型上进行，需要进一步在人类中验证这些发现	探讨心肌梗死后的炎症反应机制及其潜在的治疗靶点	心肌梗死后的炎症反应及其分子驱动因素	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	4215个从梗死和非梗死心脏分离的白细胞
26726	2024-08-09	Raman-Activated Droplet Sorting (RADS) for Label-Free High-Throughput Screening of Microalgal Single-Cells 2017-11-21, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.7b03884 PMID:29099582	研究论文	本文介绍了一种集成化的拉曼激活液滴分选（RADS）微流控系统，用于无标记和高通量地筛选活细胞	该系统通过使用AXT合成的工业微藻Haematococcus pluvialis作为模型，实现了比现有RACS系统更高的吞吐量，并保持了细胞的活力	NA	开发一种无标记和高通量的活细胞筛选方法	工业微藻Haematococcus pluvialis的单细胞	微流控技术	NA	拉曼微光谱分析	NA	细胞	混合了不同AXT水平的Haematococcus pluvialis细胞
26727	2024-08-09	Transcriptomes of major renal collecting duct cell types in mouse identified by single-cell RNA-seq 2017-11-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1710964114 PMID:29089413	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了小鼠肾脏集合管主要细胞类型的完整转录组	首次通过单细胞RNA测序技术，鉴定了小鼠肾脏集合管中A型和B型插入细胞以及主细胞的完整转录组，并创建了一个可自由访问的在线基因表达数据库	NA	旨在鉴定小鼠肾脏集合管主要细胞类型的完整转录组，并理解其在生理调节和病理生理学中的作用	小鼠肾脏集合管中的插入细胞和主细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及A型插入细胞、B型插入细胞和主细胞的丰富群体
26728	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals a signature of sexual commitment in malaria parasites 2017-11-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature24280 PMID:29094698	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，揭示了疟原虫在性分化过程中的转录变化特征	首次通过单细胞RNA测序技术，分析了AP2-G调控的性分化相关基因表达变化	研究仅限于特定的AP2-G敲降株系和NF54野生型疟原虫，可能不适用于所有疟原虫株系	探究疟原虫性分化过程中的转录调控机制	疟原虫的性分化过程及其相关基因表达	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过18,000个单个疟原虫转录组
26729	2024-08-09	Inferring Relevant Cell Types for Complex Traits by Using Single-Cell Gene Expression 2017-Nov-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2017.09.009 PMID:29106824	研究论文	本文介绍了一种名为RolyPoly的回归型多基因模型，用于从全基因组关联研究（GWAS）汇总统计数据和基因表达数据中优先考虑与复杂性状相关的细胞类型和基因	RolyPoly模型能够利用来自批量组织或单细胞RNA测序的表达数据，为理解常见变异对复杂性状贡献细胞类型的影响提供了一个强大的框架	以往研究受限于难以表征或稀有细胞群体的功能注释缺乏，导致细胞分辨率受限	解决单细胞RNA测序与感兴趣表型之间联系的不足	复杂性状相关的细胞类型和基因	基因组学	阿尔茨海默病，精神分裂症	单细胞RNA测序（RNA-seq）	回归模型	基因表达数据	NA
26730	2024-08-09	Combating subclonal evolution of resistant cancer phenotypes 2017-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01174-3 PMID:29093439	研究论文	本研究追踪了四种乳腺癌在多年治疗过程中的遗传和表型亚克隆进化，以更好地理解乳腺癌如何变得耐药	通过批量和单细胞RNA测序揭示了治疗后恶性表型的获得，包括增强的间质和生长因子信号传导，这可能促进耐药性，以及减少的抗原呈递和TNF-α信号传导，这可能使免疫系统逃避	研究仅追踪了四种乳腺癌样本，可能无法完全代表所有乳腺癌的耐药性进化情况	理解乳腺癌如何通过亚克隆进化变得耐药，并探索针对性的治疗策略	乳腺癌的遗传和表型亚克隆进化	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA	四种乳腺癌样本
26731	2024-08-09	The trajectory of microbial single-cell sequencing 2017-Oct-31, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4469 PMID:29088131	综述	本文综述了过去十年中微生物单细胞测序技术的发展及其在微生物群落研究中的应用	强调了单细胞基因组学相对于宏基因组学的新优势，并展示了其在细菌和古菌生命基因组树中的新发现	NA	探讨单细胞基因组测序的技术方面和挑战，并讨论其启发的科学研究	微生物单细胞的基因组	基因组学	NA	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	从深海热液喷口到昆虫肠道等各种环境样本中的单个微生物细胞
26732	2024-08-09	A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer 2017-Oct-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.10.015 PMID:29091754	研究论文	本文通过筛选三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs），识别出对EGFR抑制剂吉非替尼有反应的亚群，并利用单细胞RNA测序深入分析了这些细胞的生物学特征	发现EGFR表达升高的间质/干细胞样细胞簇在响应EGFR抑制剂的亚群中显著富集，并揭示了EGFR依赖的肿瘤扩展和状态转换机制	NA	研究EGFR依赖的肿瘤启动程序在乳腺癌中的作用及其对治疗反应的影响	三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型中的EGFR表达亚群	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	3,500个细胞
26733	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Infiltrating Neoplastic Cells at the Migrating Front of Human Glioblastoma 2017-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.10.030 PMID:29091775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人胶质母细胞瘤浸润性肿瘤细胞的基因表达特征	首次在单细胞水平上揭示了胶质母细胞瘤细胞在肿瘤核心及周边区域的基因表达差异，并识别出浸润性肿瘤细胞的共同基因特征	研究样本仅限于四名患者，可能影响结果的普遍性	探究胶质母细胞瘤细胞的基因表达特征及其在肿瘤形成和迁移中的作用	人胶质母细胞瘤的浸润性肿瘤细胞及其基因表达	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3,589个细胞，来自四名患者
26734	2024-08-09	SFRP2/DPP4 and FMO1/LSP1 Define Major Fibroblast Populations in Human Skin 2018-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2017.09.045 PMID:29080679	研究论文	通过单细胞RNA测序分析正常人皮肤中的不同成纤维细胞群体	发现了两个主要的成纤维细胞群体，分别由SFRP2和FMO1基因定义，并进一步定义了每个群体内的亚群	NA	探索人皮肤中不同成纤维细胞群体的特征	人皮肤中的成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6个皮肤活检样本
26735	2024-08-09	Polysome-profiling in small tissue samples 2018-01-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx940 PMID:29069469	研究论文	本文优化了一种非线性蔗糖梯度方法，用于在小组织样本中富集高效翻译的mRNA，减少了样本处理量，并结合smart-seq2单细胞RNA测序技术，实现了小组织样本的翻译组分析。	提出了一种优化的非线性蔗糖梯度方法，减少了样本处理量，适用于大规模研究设计、原代细胞和生物库中收集的冷冻组织样本。	NA	优化polysome-profiling技术，使其适用于小组织样本和大规模实验设计。	小组织样本中的高效翻译mRNA。	NA	NA	polysome-profiling, smart-seq2单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26736	2024-08-09	Neuromedin B Expression Defines the Mouse Retrotrapezoid Nucleus 2017-11-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2055-17.2017 PMID:29066557	研究论文	本文通过多重杂交和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠延髓旁面部区域的RTN神经元的表型多样性，发现Neuromedin B mRNA可以作为RTN神经元的单一特异性标记物。	本文首次证明了Neuromedin B mRNA可以作为小鼠RTN神经元的单一特异性标记物，并揭示了RTN神经元的表型多样性。	本文主要集中在小鼠模型上，未涉及其他物种，且对于高表达Neuromedin B mRNA的RTN神经元的功能尚未明确。	研究小鼠RTN神经元的表型多样性及其特异性标记物。	小鼠RTN神经元及其表型多样性。	神经科学	NA	单细胞RNA测序，多重杂交	NA	RNA	雄性和雌性小鼠
26737	2024-08-09	Cardiovascular homeostasis dependence on MICU2, a regulatory subunit of the mitochondrial calcium uniporter 2017-10-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1711303114 PMID:29073106	研究论文	本研究通过比较人类和小鼠心血管病理学中的转录组特征，发现MICU2（线粒体钙单向转运体复合物的调节亚单位）表达升高，并通过产生和表征MICU2突变小鼠，探讨其对心脏保护作用的影响。	本研究揭示了MICU2在调节血管紧张素II介导的高血压反应中的新作用，对保护腹主动脉免受损伤至关重要。	NA	探讨MICU2表达在心血管疾病中的保护作用及其机制。	人类和小鼠的心血管病理学转录组特征及MICU2突变小鼠的心脏功能。	心血管疾病	心血管疾病	RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	MICU2突变小鼠和野生型小鼠
26738	2024-08-09	Dynamics of lineage commitment revealed by single-cell transcriptomics of differentiating embryonic stem cells 2017-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01076-4 PMID:29061959	研究论文	本文通过单细胞转录组学方法研究了视黄酸驱动的胚胎干细胞从多能态到谱系承诺的基因表达动力学	首次系统地研究了单细胞水平上胚胎干细胞退出多能态和谱系承诺的过程，并揭示了该阶段的几个转录特征	NA	研究胚胎干细胞从多能态到谱系承诺的基因表达动态变化	小鼠胚胎干细胞的谱系承诺过程	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
26739	2024-08-09	Transcriptomic correlates of neuron electrophysiological diversity 2017-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1005814 PMID:29069078	研究论文	本文通过整合池化和单细胞转录组学与细胞内电生理学，研究了基因表达与神经元电生理多样性之间的关系	本文首次编译了包含34种神经元类型的脑部数据集，并识别了420个与生理参数变异性显著相关的基因，这些发现有助于理解神经元功能多样性的生成机制	本文的研究主要基于公开可获取的数据，且模型预测能力需要在更多不同类型的细胞中进一步验证	探讨神经元多样性如何从复杂的基因表达模式中产生	神经元的基因表达与电生理特性	神经科学	NA	转录组学、电生理学	统计模型	基因表达数据、电生理数据	34种神经元类型，12种视觉皮层细胞类型
26740	2024-08-09	Single-cell analysis identifies cellular markers of the HIV permissive cell 2017-Oct, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1006678 PMID:29073251	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，识别了HIV易感细胞的细胞标志物	本文通过单细胞RNA测序和功能性细胞标志物鉴定，提供了“HIV易感细胞”的特征	NA	探索HIV感染细胞易感性的基础	非感染的CD4+ T细胞	NA	HIV	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自高和低易感个体的CD4+ T细胞