单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26701	2024-08-09	Multimodal profiling of single-cell morphology, electrophysiology, and gene expression using Patch-seq 2017-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.120 PMID:29189773	研究论文	本文介绍了Patch-seq技术，该技术结合了全细胞膜片钳记录、免疫组织化学和单细胞RNA测序，用于全面分析小鼠脑切片中单个神经元的形态学、电生理学和基因表达特征	Patch-seq技术首次实现了对单个神经元的多模态分析，包括形态学、电生理学和基因表达	该技术需要熟练的电生理学家、分子生物学家和生物统计学家的共同努力，且整个过程需要约两周时间	探索神经元之间多维表型变异性的相关性，并在单细胞水平上关联基因表达与表型	小鼠脑切片中的单个神经元	NA	NA	Patch-seq, 全细胞膜片钳记录, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序	NA	形态学数据, 电生理数据, 转录组数据	单个神经元
26702	2024-08-09	Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell population reference data 2017-11-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01860-2 PMID:29187729	研究论文	本文开发了一个名为“iCpSc”的软件包，用于整合细胞群体RNA测序（cpRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以推断单细胞转录组的生物学分化时间	通过使用匹配的细胞群体数据作为参考，本文提出了一种无偏倚的方法来关联细胞周期检查点与单细胞内部分子计时器，并预测了M期在调控小鼠胚胎干细胞神经分化速度中的作用	NA	研究单细胞RNA测序数据中的细胞分化时间及其调控机制	小鼠胚胎干细胞的神经分化过程	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算模型	RNA测序数据	未具体说明
26703	2024-08-09	Genome-wide segregation of single nucleotide and structural variants into single cancer cells 2017-Nov-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4286-1 PMID:29178827	研究论文	本文介绍了一种新的微流控扩增子策略，用于在单个癌细胞中全面检测单核苷酸和结构变异	该方法通过检测结构变异断点序列而非相对读取深度来推断拷贝数变化，能够重建恶性肿瘤的克隆结构和突变历史	目前的单细胞测序策略在检测所有类型的单核苷酸和结构变异方面能力不足	开发一种能够在单个癌细胞中高效检测所有类别和大小的基因组变异的新方法	单个癌细胞中的单核苷酸和结构变异	数字病理学	白血病	微流控扩增子	NA	基因组数据	来自一名白血病患者的细胞
26704	2024-08-09	[The future of forensic DNA analysis for criminal justice] 2017-Nov, Medecine sciences : M/S DOI:10.1051/medsci/20173311014 PMID:29200395	综述	本文综述了法医DNA分析技术在刑事司法中的应用及其未来发展	介绍了高通量测序和单细胞测序等新技术在法医DNA分析中的应用	传统技术在解释复杂DNA样本（如降解DNA和混合DNA）时存在困难	强调新技术在法医DNA分析中的强大功能，并确保符合现有法国立法	法医DNA分析技术及其在刑事司法中的应用	NA	NA	高通量测序、单细胞测序	NA	DNA	约20个DNA微卫星
26705	2024-08-09	Progress and challenges of sequencing and analyzing circulating tumor cells 2018-10, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-017-9418-5 PMID:29168077	综述	本文综述了循环肿瘤细胞（CTCs）的测序和分析进展及其在临床中的应用	利用下一代测序（NGS）和单细胞测序（SCS）技术，科学家能够获取CTC的完整基因组，并与相应的原发和转移肿瘤进行比较	CTC的基因组和转录组测序相比癌症活检和循环肿瘤DNA测序更为复杂和技术上更具挑战性，包括从白细胞背景中纯化肿瘤细胞、无损收集细胞、获取无偏差的基因组和转录组扩增材料以及准确分析CTC测序数据	探讨CTC测序的生物学和潜在临床应用，以及未来的挑战和展望	循环肿瘤细胞（CTCs）的基因组和转录组	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）、单细胞测序（SCS）	NA	基因组、转录组	NA
26706	2024-08-09	CRISPR/Cas9 library screening for drug target discovery 2018-Feb, Journal of human genetics IF:2.6Q2 DOI:10.1038/s10038-017-0376-9 PMID:29158600	综述	本文综述了基于CRISPR/Cas9的工具在药物靶点发现中的应用	介绍了CRISPRa和CRISPRi在功能获得和功能丧失筛选中的优势，以及负选择在合成致死相互作用中的应用	NA	探讨CRISPR/Cas9技术在药物靶点发现中的应用和未来发展方向	CRISPR/Cas9库在药物靶点发现中的应用	基因编辑	NA	CRISPR/Cas9	NA	NA	NA
26707	2024-08-09	Unsupervised Trajectory Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Imaging Data Reveals Alternative Tuft Cell Origins in the Gut 2018-01-24, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2017.10.012 PMID:29153838	研究论文	本文介绍了一种无监督算法p-Creode，用于从单细胞数据中推断可重复的细胞状态发展过渡，并应用于多种数据类型以验证其在肠道特化细胞起源分析中的有效性	p-Creode算法能够从单细胞数据中生成多分支图，比较不同拓扑结构的图，并推断出统计上稳健的细胞状态过渡层次结构	NA	开发和验证一种新的计算工具，用于从单细胞数据中推断细胞状态的发展过渡	肠道中的特化细胞，特别是肠绒毛细胞的起源	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	无监督算法	图像数据	NA
26708	2024-08-09	Gene expression: Single-cell RNA sequencing of collecting duct cells 2018-01, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/nrneph.2017.163 PMID:29151598	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26709	2024-08-09	Multi-region and single-cell sequencing reveal variable genomic heterogeneity in rectal cancer 2017-Nov-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-017-3777-4 PMID:29169336	研究论文	本文通过多区域全外显子测序和单细胞全基因组测序，研究了直肠癌肿瘤内部的基因组异质性	首次在单细胞水平上揭示了直肠癌的基因组异质性，并发现单细胞测序能够揭示批量测序中隐藏的突变和体细胞拷贝数变异	研究样本仅限于两名直肠癌患者，可能无法全面代表所有直肠癌病例	研究直肠癌肿瘤内部的基因组异质性	两名具有相同分子分类的直肠癌患者的肿瘤	数字病理学	直肠癌	全外显子测序，单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	两名患者，共九个肿瘤区域和88个单细胞
26710	2024-08-09	Inferring gene regulatory networks from single-cell data: a mechanistic approach 2017-Nov-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-017-0487-0 PMID:29157246	研究论文	本文提出了一种基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的机械模型方法	本文提出的模型是内在随机的，不仅考虑了蛋白质水平，还考虑了mRNA水平，并且可以通过模块化实现各种生物化学假设，包括基因间的因果相互作用	直接的拟合过程在计算上是不可行的，需要通过适当的近似来推导出可行的过程	从单细胞数据中推断基因调控网络	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞转录组学	分段确定性马尔可夫过程	基因表达数据	多个简单的双基因网络模拟数据
26711	2024-08-09	Classifying Drosophila Olfactory Projection Neuron Subtypes by Single-Cell RNA Sequencing 2017-Nov-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2017.10.019 PMID:29149607	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，全面表征了果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的大部分类别转录组，并将转录组明确映射到六个类别的特定嗅觉功能	发现了在电路组装期间，密切相关的PN类别之间转录组差异最大，而在成年果蝇中变得无法区分，表明神经元亚型多样性在发育期间达到峰值	NA	探究神经元类型与转录组之间的关系	果蝇嗅觉投射神经元（PNs）的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及六个PN类别的转录组数据
26712	2024-08-09	New Developments in CRISPR/Cas-based Functional Genomics and their Implications for Research Using Zebrafish 2017, Current gene therapy IF:3.8Q2 DOI:10.2174/1566523217666171121164132 PMID:29173171	研究论文	本文介绍了基于CRISPR/Cas系统的功能基因组学在斑马鱼研究中的新进展及其应用	探讨了多种新技术如何提高斑马鱼基因组编辑的时间和空间精度，包括人工转录因子、药物诱导或光遗传驱动Cas9表达等	NA	提高基因组编辑的精确性和效率	斑马鱼	功能基因组学	NA	CRISPR/Cas9	NA	基因组数据	NA
26713	2024-08-09	Experimental design for single-cell RNA sequencing 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx035 PMID:29126257	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验设计的一般考虑因素和两种最流行的方法	scRNA-seq技术为细胞系统的异质性表征开辟了新途径	scRNA-seq是一项相对较新的技术，领域正在快速发展	探讨单细胞RNA测序实验设计的考虑因素和方法	单细胞RNA测序技术	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	NA
26714	2024-08-09	Tumour heterogeneity and resistance to cancer therapies 2018-02, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/nrclinonc.2017.166 PMID:29115304	综述	本文综述了肿瘤异质性及其对癌症治疗抵抗性的影响	探讨了多区域测序、单细胞测序、尸检样本分析和液体活检样本的纵向分析等新兴技术在解析癌症复杂克隆结构中的潜力	NA	探讨肿瘤异质性的驱动因素及其对开发有效个性化治疗的影响	肿瘤异质性及其对癌症治疗的影响	NA	癌症	多区域测序, 单细胞测序, 尸检样本分析, 液体活检样本的纵向分析	NA	NA	NA
26715	2024-08-09	Spatial Transcriptomics: Constructing a Single-Cell Resolution Transcriptome-Wide Expression Atlas 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7213-5_7 PMID:29130193	研究论文	本文描述了一种结合原位杂交（ISH）和单细胞mRNA测序（scRNAseq）的方法，旨在构建一个具有单细胞分辨率的基因表达图谱。	该方法通过一系列ISH实验和图像配准及基因表达平均化处理，实现了对感兴趣的动物或组织的高分辨率和中覆盖度的基因表达图谱的构建。	NA	构建一个具有单细胞分辨率的基因表达图谱。	动物或组织的基因表达。	数字病理学	NA	原位杂交（ISH），单细胞mRNA测序（scRNAseq）	NA	图像，基因表达数据	NA
26716	2024-08-09	The DNA Methyltransferase 1 (DNMT1) Controls the Shape and Dynamics of Migrating POA-Derived Interneurons Fated for the Murine Cerebral Cortex 2017-12-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhw341 PMID:29117290	研究论文	研究探讨了DNA甲基转移酶1（DNMT1）在调控由前脑区域POA衍生的GABA能中间神经元迁移形态和动态中的作用	首次揭示了DNMT1在维持迁移形态中的作用，并通过负调控Pak6影响神经突生成	研究主要集中在DNMT1的删除对迁移和成年皮质中间神经元数量的影响，可能需要进一步研究DNMT1在其他细胞类型或发育阶段的作用	识别调控中间神经元迁移过程的因素	由POA衍生的GABA能中间神经元	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及小鼠迁移GABA能POA衍生细胞
26717	2024-08-09	Single-cell transcriptomic analysis of oligodendrocyte lineage cells 2017-12, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2017.10.005 PMID:29126015	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示少突胶质细胞系细胞异质性方面的最新进展	提出少突胶质细胞及其前体细胞在中枢神经系统中具有不同的形态和区域功能差异，并涉及其他功能过程如与轴突的代谢耦合	NA	探讨少突胶质细胞系细胞的异质性及其与功能状态的关系	少突胶质细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26718	2024-08-09	Simultaneous enumeration of cancer and immune cell types from bulk tumor gene expression data 2017-11-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26476 PMID:29130882	研究论文	本文提出了一种高效算法，用于从大量肿瘤基因表达数据中同时估计癌症和免疫细胞类型的比例	该方法整合了来自肿瘤中主要非恶性细胞类型的新型基因表达谱，基于细胞类型特异性mRNA含量的重整化，并能够考虑未表征和可能高度可变的细胞类型	NA	提高从肿瘤基因表达数据中预测细胞绝对比例的准确性和范围	癌症和免疫细胞类型的比例	生物信息学	皮肤癌，结直肠癌	基因表达分析	算法	基因表达数据	人类黑色素瘤和结直肠肿瘤样本
26719	2024-08-09	Characteristics of allelic gene expression in human brain cells from single-cell RNA-seq data analysis 2017-Nov-10, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4261-x PMID:29126398	研究论文	本研究重新分析了先前发表的来自多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集，观察到个体细胞中普遍存在单等位基因表达，主要以随机方式进行	首次在单细胞和全基因组水平上研究人类脑细胞中的单等位基因表达，并发现许多脑细胞类型特异性的单等位基因表达基因	NA	探讨人类脑细胞中单等位基因表达的普遍性及其在细胞身份和神经多样性中的作用	人类脑细胞中的单等位基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个尸检人脑的单细胞RNA测序数据集
26720	2024-08-09	Coupling shRNA screens with single-cell RNA-seq identifies a dual role for mTOR in reprogramming-induced senescence 2017-10-15, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.297796.117 PMID:29138277	研究论文	本文通过结合shRNA筛选和单细胞RNA测序技术，研究了mTOR在重编程诱导的衰老中的双重作用	开发了一种创新方法，将单细胞RNA测序与shRNA筛选相结合，揭示了mTOR调控衰老的新机制	NA	识别重编程诱导衰老的调节因子，并研究mTOR在其中的作用机制	人类成纤维细胞中的重编程诱导衰老	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA