单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26681	2024-08-09	Greater than the sum of its parts: single-nucleus sequencing identifies convergent evolution of independent EGFR mutants in GBM 2014-Aug, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-14-0635 PMID:25092745	研究论文	本研究利用单核全基因组测序技术，结合批量肿瘤测序数据，识别出胶质母细胞瘤中独立EGFR突变体的趋同进化	开发了一种新的综合方法，通过联合检测克隆和亚克隆事件来识别肿瘤亚群，揭示了单个肿瘤中多个互斥的独立EGFR功能获得性变异的趋同进化	NA	探索复杂肿瘤的基因组多样性，揭示其进化路径，并提出更有效的治疗方法	胶质母细胞瘤中的EGFR突变体	数字病理学	脑肿瘤	单核全基因组测序	NA	基因组数据	NA
26682	2024-08-09	TITAN: inference of copy number architectures in clonal cell populations from tumor whole-genome sequence data 2014-Nov, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.180281.114 PMID:25060187	研究论文	本文介绍了一种名为TITAN的概率模型，用于从肿瘤全基因组测序数据中推断克隆细胞群体中的拷贝数结构变异和杂合性缺失事件	TITAN模型能够处理细胞群体混合，并估计携带每种事件的细胞比例，这在计算方法中是新颖的	NA	开发和评估一种新的计算方法，用于分析肿瘤全基因组测序数据中的拷贝数变异和杂合性缺失	肿瘤细胞群体中的拷贝数变异和杂合性缺失	数字病理学	卵巢癌, 乳腺癌	全基因组测序	概率模型	基因组数据	23个乳腺癌全基因组数据和来自同一卵巢癌患者的基因组异质性肿瘤位点的全基因组序列
26683	2024-08-09	Single-cell RNA-seq: advances and future challenges 2014-Aug, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gku555 PMID:25053837	review	本文综述了单细胞RNA测序技术的发展及其在生物学研究中的应用，并探讨了当前的挑战和未来的发展方向	单细胞RNA测序技术作为一种强大的工具，能够在大规模基因组水平上分析细胞间的变异性，对生物学过程的理解产生了重大影响	不同的单细胞RNA测序协议各有其优势和当前的局限性	综述单细胞RNA测序技术的发展及其在生物学研究中的应用，并探讨当前的挑战和未来的发展方向	单细胞RNA测序技术及其在生物学研究中的应用	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	transcriptomic landscape	NA
26684	2024-08-09	Single cell sequencing approaches for complex biological systems 2014-Jun, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2014.06.004 PMID:25016438	综述	本文综述了单细胞测序技术在复杂生物系统中的最新进展及其在揭示生物系统中的应用	讨论了单细胞测序技术带来的新颖生物学观察	NA	增强我们对生物系统背后原理的理解	单细胞的基因、表观遗传和转录状态	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
26685	2024-08-09	Preparation of Single-Cell RNA-Seq Libraries for Next Generation Sequencing 2014-Jul-01, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/0471142727.mb0422s107 PMID:24984854	研究论文	本文介绍了一种结合多种技术的高通量制备单细胞RNA-Seq文库的方法	利用单细胞RNA-Seq技术，能够在前所未有的深度上分析单个细胞的转录组响应，揭示细胞群体内的异质性	NA	开发一种高通量的单细胞RNA-Seq文库制备方法	单细胞RNA-Seq文库	基因组学	NA	单细胞RNA-Seq	NA	转录组数据	96个独特索引样本
26686	2024-08-09	Clonal architecture of secondary acute myeloid leukemia defined by single-cell sequencing 2014-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1004462 PMID:25010716	研究论文	本文通过单细胞测序技术验证了次级急性髓系白血病的克隆结构	本文通过单细胞突变分析，解决了最初不明确的单核苷酸变异的克隆归属，并发现了之前未被重视的复杂区域	NA	验证通过深度测序未分选材料分析肿瘤克隆性的关键假设	次级急性髓系白血病患者	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	基因组数据	3名患者
26687	2024-08-09	Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma 2014-Jun-20, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.1254257 PMID:24925914	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了五例原发性胶质母细胞瘤中的430个细胞，揭示了肿瘤内异质性及其对疾病生物学、预后和治疗的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了胶质母细胞瘤内部的多重调控程序异质性，并揭示了其对疾病预后的潜在影响	NA	揭示胶质母细胞瘤内部的异质性及其对疾病生物学、预后和治疗的影响	原发性胶质母细胞瘤中的细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	430个细胞，来自五例原发性胶质母细胞瘤
26688	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals dynamic paracrine control of cellular variation 2014-Jun-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature13437 PMID:24919153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠骨髓来源的树突状细胞在不同实验条件下的基因表达变异	揭示了细胞间旁分泌信号在控制细胞异质性中的重要作用，并展示了多细胞群体建立复杂动态响应的一般策略	NA	探索单细胞水平上基因表达变异的本质及其功能	小鼠骨髓来源的树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过1,700个单细胞样本
26689	2024-08-09	ExSPAnder: a universal repeat resolver for DNA fragment assembly 2014-Jun-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btu266 PMID:24931996	研究论文	本文介绍了一种名为ExSPAnder的算法，用于在标准和单细胞测序项目中准确解析重复序列	ExSPAnder算法能够有效利用来自单个或多个读对库的信息，解决了传统组装器在处理单细胞项目时假设均匀读覆盖的问题	NA	开发一种能够在单细胞测序项目中准确解析重复序列的算法	下一代测序技术中的重复序列解析问题	生物信息学	NA	NGS	NA	DNA序列	NA
26690	2024-08-09	EGFR variant heterogeneity in glioblastoma resolved through single-nucleus sequencing 2014-Aug, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-13-0879 PMID:24893890	研究论文	本文通过单核全基因组测序技术研究了EGFR扩增的胶质母细胞瘤中的基因组异质性	开发了一种新的单细胞测序方法，能够从存档的冷冻临床标本中识别独特的、非重叠的亚克隆改变	NA	研究EGFR扩增的胶质母细胞瘤中的基因组异质性及其对治疗抵抗的影响	EGFR扩增的胶质母细胞瘤	数字病理学	脑瘤	单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	约50%的新诊断病例
26691	2024-08-09	CD8+ TCR transgenic strains expressing public versus private TCR targeting the respiratory syncytial virus K(d)M2(82-90) epitope demonstrate similar functional profiles 2014, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0099249 PMID:24897427	研究论文	本文通过单细胞测序选择T细胞受体序列，生成针对呼吸道合胞病毒K(d)M2(82-90)表位的公共和私有T细胞受体转基因小鼠，并评估这些转基因小鼠的CD8+ T细胞的增殖、细胞因子和细胞溶解活性	本文生成了新的、特征明确的转基因小鼠品系，为研究CD8+ T细胞反应的分子机制提供了新的机会	NA	研究CD8+ T细胞反应的分子机制	针对呼吸道合胞病毒K(d)M2(82-90)表位的公共和私有T细胞受体转基因小鼠的CD8+ T细胞功能	NA	呼吸道疾病	单细胞测序	T细胞受体转基因小鼠	细胞	TRBV13-1（私有）和TRBV13-2（公共）TCR转基因小鼠的细胞
26692	2024-08-09	Deciphering developmental processes from single-cell transcriptomes 2014-May-12, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2014.04.032 PMID:24823374	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了小鼠肺部发育过程中的肺泡形成	首次应用单细胞RNA测序技术解析小鼠肺部发育中肺泡的胚胎起源	NA	探讨肺泡在肺部发育过程中的胚胎起源	小鼠肺部的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26693	2024-08-09	Methods, Challenges and Potentials of Single Cell RNA-seq 2012-Nov-16, Biology DOI:10.3390/biology1030658 PMID:24832513	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的当前进展，讨论了实验协议、挑战和潜力	单细胞RNA测序技术使得对细胞分化、细胞间变异和基因调控的深入生物学洞察成为可能	NA	探讨单细胞RNA测序技术在转录组学中的应用及其带来的新生物学见解	单细胞RNA测序技术及其在细胞分化、细胞间变异和基因调控中的应用	转录组学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
26694	2024-08-09	Behavioral abnormalities and circuit defects in the basal ganglia of a mouse model of 16p11.2 deletion syndrome 2014-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2014.03.036 PMID:24794428	研究论文	研究通过删除小鼠同源区域，揭示了16p11.2缺失综合征小鼠模型基底神经节的电路缺陷和行为异常	首次揭示了16p11.2缺失对基底神经节电路功能的影响，并通过行为实验验证了这些缺陷	NA	探讨16p11.2缺失综合征的神经生理机制及其与自闭症谱系障碍的关系	16p11.2缺失综合征小鼠模型的基底神经节和行为表现	NA	自闭症谱系障碍	MRI和高通量单细胞转录组学	NA	图像和转录组数据	幼年突变小鼠（16p11(+/-)）
26695	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals T helper cells synthesizing steroids de novo to contribute to immune homeostasis 2014-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2014.04.011 PMID:24813893	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和定量PCR分析，揭示了T辅助2细胞（Th2细胞）在体内外产生孕烯醇酮，并探讨了其在免疫抑制中的作用	首次报道了Th2细胞能够从头合成孕烯醇酮，并提出孕烯醇酮作为“淋巴类固醇”的概念	NA	探讨Th2细胞合成孕烯醇酮的机制及其在免疫调节中的作用	T辅助2细胞（Th2细胞）及其合成的孕烯醇酮	免疫学	NA	单细胞RNA测序，定量PCR	NA	RNA	NA
26696	2024-08-09	How to infer relative fitness from a sample of genomic sequences 2014-Jul, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1534/genetics.113.160986 PMID:24770330	研究论文	本文展示了通过分析从适应性多样但无结构的无性群体中随机抽取的中等数量基因组样本的重构谱系树形状，来预测样本内个体相对适应性的方法	提出了一种启发式算法，通过识别重构树中快速合并的谱系来推断适应性排序，并验证了其与实际适应性的强相关性	推断准确性随样本大小单调增加，但样本量达到200时性能接近饱和	开发一种方法来推断从单细胞测序肿瘤和监测病毒爆发中获得的基因组的相对适应性	基因组序列的相对适应性	NA	NA	单细胞测序	线性判别器	基因组序列	中等数量（约200）
26697	2024-08-09	Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing 2014-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1402030111 PMID:24782542	研究论文	本文介绍了一种在微流控平台上进行的单细胞全转录组测序技术，该技术提高了mRNA检测的灵敏度和测量精度	将单细胞RNA-Seq技术与微流控平台结合，提高了检测灵敏度和实验通量	NA	验证微流控技术在单细胞全转录组分析中的优势	单个小鼠胚胎细胞的转录组	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	文本	94个单细胞文库
26698	2024-08-09	Validation of noise models for single-cell transcriptomics 2014-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.2930 PMID:24747814	研究论文	本文通过单分子荧光原位杂交技术验证了用于校正单细胞转录组学中技术变异性的噪声模型	提出了用于校正单细胞转录组学中采样噪声和全局细胞间测序效率变异的噪声模型	NA	验证噪声模型在单细胞转录组学中的应用	单细胞转录组学中的技术变异性	单细胞转录组学	NA	单分子荧光原位杂交	噪声模型	基因表达数据	小鼠胚胎干细胞
26699	2024-08-09	Reconstructing lineage hierarchies of the distal lung epithelium using single-cell RNA-seq 2014-May-15, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature13173 PMID:24739965	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，重建了小鼠远端肺上皮细胞的分化谱系层次结构	采用微流控单细胞RNA测序技术，避免了传统转录组分析中的集合平均效应，能够直接测量发育中的肺内各种细胞类型及其层次结构	NA	揭示控制肺祖细胞沿不同谱系分化为成熟肺泡细胞类型的机制	小鼠远端肺上皮细胞的分化谱系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	198个单细胞
26700	2024-08-09	The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells 2014-Apr, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.2859 PMID:24658644	研究论文	本文介绍了一种名为Monocle的无监督算法，该算法利用单细胞RNA-Seq数据提高转录组动态的时间分辨率	Monocle算法能够揭示细胞分化过程中的开关样表达变化、连续的基因调控波以及未知的调控因子	NA	定义细胞分化等时间过程的转录动力学	单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	无监督算法	转录组数据	多个时间点的单细胞RNA-Seq数据