单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26681	2024-08-09	Simultaneous single-cell profiling of lineages and cell types in the vertebrate brain 2018-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4103 PMID:29608178	research paper	本文介绍了scGESTALT方法，结合GESTALT的谱系记录能力和单细胞RNA测序的细胞类型识别，用于同时分析脊椎动物大脑发育中的细胞谱系和细胞类型	scGESTALT方法通过可诱导系统在多个时间点编辑条形码，捕捉发育后期阶段的谱系信息，并结合单细胞RNA测序技术	NA	开发一种新的方法来同时分析脊椎动物大脑发育中的细胞谱系和细胞类型	脊椎动物大脑发育中的细胞谱系和细胞类型	digital pathology	NA	CRISPR-Cas9 barcode editing, single-cell RNA sequencing	NA	transcriptome	约60,000个来自幼年斑马鱼大脑的转录组
26682	2024-08-09	Single-Cell Digital Lysates Generated by Phase-Switch Microfluidic Device Reveal Transcriptome Perturbation of Cell Cycle 2018-05-22, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.8b01272 PMID:29589910	研究论文	本文介绍了一种利用相变微流控装置生成单细胞数字裂解液的方法，并应用于构建细胞周期中转录组扰动的分子图谱	提出了“数字裂解液”概念，通过相变微流控平台和下一代测序技术，实现了单细胞转录组的随机采样和多单细胞转录组的排列与平均化	需要确定在每个单细胞研究中需要多少细胞才能得出有意义的结论	研究细胞异质性，并构建细胞周期中转录组扰动的分子图谱	单细胞转录组和细胞周期调控基因	生物技术	NA	下一代测序	NA	转录组数据	多个单细胞
26683	2024-08-09	scmap: projection of single-cell RNA-seq data across data sets 2018-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4644 PMID:29608555	研究论文	本文介绍了一种名为scmap的方法，用于将单细胞RNA测序数据集中的细胞投影到其他实验的细胞类型或单个细胞上	scmap方法的创新之处在于能够跨越不同实验的数据集进行单细胞RNA测序数据的投影	NA	开发一种方法，用于比较不同实验间的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26684	2024-08-09	Retinal Ganglion Cell Diversity and Subtype Specification from Human Pluripotent Stem Cells 2018-04-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.02.010 PMID:29576537	研究论文	本研究探讨了从人类多能干细胞（hPSCs）分化出的视网膜神经节细胞（RGCs）的多样性和亚型特征	首次详细研究了人类RGCs的多样性和亚型，通过单细胞转录组学技术确认了亚型特异性标记的组合表达	NA	研究人类RGCs的多样性和亚型特征	人类视网膜神经节细胞的多样性和亚型	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
26685	2024-08-09	Whole-organism clone tracing using single-cell sequencing 2018-04-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature25969 PMID:29590089	研究论文	本文介绍了一种名为ScarTrace的单细胞测序策略，用于同时量化成年斑马鱼不同器官中数千个细胞的克隆历史和细胞类型	ScarTrace技术能够在单细胞分辨率下同时测量克隆历史和细胞身份，为研究胚胎发育和成年组织中的细胞命运提供了新的方法	NA	研究胚胎前体细胞在成年组织中的命运	斑马鱼的肾脏骨髓、眼睛和大脑中的造血细胞以及胚胎前体细胞的克隆起源	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	数千个来自成年斑马鱼不同器官的细胞
26686	2024-08-09	Comprehensive Identification and Spatial Mapping of Habenular Neuronal Types Using Single-Cell RNA-Seq 2018-04-02, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2018.02.040 PMID:29576475	research paper	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合脑部解剖注册，全面识别并绘制了斑马鱼缰核的神经元类型图谱	首次通过高覆盖率的单细胞转录组数据，识别出斑马鱼缰核的18种神经元类型，并将其标记基因注册到参考图谱上，为解剖和功能研究提供了资源	NA	旨在全面发现并识别脑部细胞类型，以解析神经发育和功能	斑马鱼缰核的神经元类型及其标记基因	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	约13,000个缰核细胞，覆盖率为4倍
26687	2024-08-09	A Fibroblast Is Not a Fibroblast Is Not a Fibroblast 2018-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2017.10.012 PMID:29579454	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究人类皮肤成纤维细胞的异质性及其在纤维化中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示人类皮肤成纤维细胞的主要群体，为理解成纤维细胞异质性和纤维化提供了新的视角	NA	深入理解成纤维细胞的异质性及其在纤维化中的作用	人类皮肤成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
26688	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor Heterogeneity 2018-04, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2018.02.003 PMID:29606308	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术分析肿瘤内部的异质性	利用高吞吐量的单细胞RNA测序技术，提供了分析肿瘤多样性细胞群体的统计能力	NA	探讨肿瘤内部异质性对精准癌症治疗的影响	肿瘤内部的细胞异质性	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
26689	2024-08-09	Principles of Systems Biology, No. 27 2018-03-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.03.007 PMID:29596778	review	本篇文章回顾了系统生物学领域的多个研究主题	NA	NA	回顾系统生物学领域的最新研究进展	蛋白质复合物动态、细胞生存中的噪声促进作用、细胞表面蛋白质的多重检测、单细胞测序、蜜蜂的社会网络、新型合成设备以及控制分节时钟动态	系统生物学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
26690	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals hidden transcriptional variation in malaria parasites 2018-03-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.33105 PMID:29580379	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了疟原虫中隐藏的转录变异	首次广泛应用单细胞RNA测序技术于单细胞生物，揭示了疟原虫生命周期中先前未被发现的离散转录特征	NA	探索疟原虫个体水平的转录变异	疟原虫的转录变异及其与关键表型的关联	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过500个个体疟原虫，包括鼠和人类疟原虫的有性和无性生命周期阶段
26691	2024-08-09	Single-Cell Deconvolution of Fibroblast Heterogeneity in Mouse Pulmonary Fibrosis 2018-03-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.03.010 PMID:29590628	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对小鼠肺纤维化中的成纤维细胞异质性进行了全面分类	首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法，对正常和纤维化肺中的成纤维细胞进行了详细分类和分化轨迹描绘	NA	全面分类肺中的成纤维细胞群体，以增进对纤维化疾病机制的理解	小鼠肺中的成纤维细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	机器学习	转录组	来自未受伤或博来霉素处理的小鼠肺的间充质制备
26692	2024-08-09	Comparison of EpCAMhighCD44+ cancer stem cells with EpCAMhighCD44- tumor cells in colon cancer by single-cell sequencing 2018, Cancer biology & therapy IF:4.4Q2 DOI:10.1080/15384047.2018.1456605 PMID:29580161	研究论文	本研究通过单细胞全基因组测序技术，比较了结肠癌中EpCAM高表达CD44阳性和阴性肿瘤细胞的体细胞拷贝数变异（SCNAs）	首次在单细胞水平上比较了结肠癌中EpCAM高表达CD44阳性和阴性肿瘤干细胞的SCNAs，揭示了它们在SCNAs模式上的相似性和差异性	研究样本量较小，仅涉及两个原发性结肠肿瘤的47个合格单细胞	旨在确定单个肿瘤干细胞（EpCAM高表达CD44阳性）和分化肿瘤细胞（EpCAM高表达CD44阴性）在体细胞拷贝数变异方面的差异	结肠癌中的EpCAM高表达CD44阳性和阴性肿瘤细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞全基因组测序（WGS）	NA	基因组数据	47个合格单细胞
26693	2024-08-09	High-Throughput Single-Cell RNA Sequencing and Data Analysis 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7768-0_15 PMID:29605858	研究论文	本文描述了一种定制的高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议，结合流式细胞术和纳米级机器人系统，并介绍了用于识别细胞亚群和推导分化轨迹的先进数据分析算法	提出了一种结合流式细胞术和纳米级机器人系统的高通量scRNA-seq协议，并开发了用于识别细胞亚群和推导分化轨迹的先进数据分析算法	scRNA-seq由于需要放大少量内源性细胞RNA，导致数据集中存在大量技术噪声，需要特殊的数据过滤和分析	旨在通过单细胞分辨率理解生物系统，揭示传统群体技术无法发现的新见解	单细胞转录组测序技术及其数据分析算法	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
26694	2024-08-09	The impact of single-cell RNA sequencing on understanding the functional organization of the immune system 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/ely003 PMID:29547972	综述	本文讨论了单细胞RNA测序技术在免疫学中的影响和应用	单细胞转录组技术提供了免疫细胞转录状态的高维度评估，成功应用于发现新的免疫细胞类型、揭示造血谱系、识别调控免疫反应的基因模块以及研究淋巴细胞抗原受体多样性	NA	探讨单细胞RNA测序技术在理解免疫系统功能组织中的作用	免疫系统的功能多样性和免疫细胞的协调反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26695	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals the Transcriptional Landscape and Heterogeneity of Aortic Macrophages in Murine Atherosclerosis 2018-06-08, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.117.312509 PMID:29545365	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠动脉粥样硬化中主动脉巨噬细胞的转录组图谱和异质性	首次揭示了动脉粥样硬化中主动脉巨噬细胞和单核细胞衍生树突状细胞的转录组图谱和表型异质性，并识别了先前未被发现的新型巨噬细胞群体及其基因表达特征	NA	应用单细胞RNA测序技术，无偏倚地探究和分类动脉粥样硬化中单个细胞水平的主动脉巨噬细胞异质性	小鼠动脉粥样硬化中的主动脉CD45+细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从低密度脂蛋白受体缺陷（Ldlr-/-）小鼠的非病变（常规饮食）和动脉粥样硬化（11周高脂饮食）主动脉中提取的总主动脉CD45+细胞
26696	2024-08-09	Understanding Alzheimer Disease at the Interface between Genetics and Transcriptomics 2018-06, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2018.02.007 PMID:29573818	研究论文	本文探讨了遗传学和转录组学在理解阿尔茨海默病（AD）中的作用	本文利用转录组学方法，包括二代和三代测序、单细胞测序和生物信息学，揭示了AD风险基因与表达谱之间的关联，并提供了支持AD病理生理途径的证据	由于遗传关联的功能后果难以确定，机制见解和疾病管理的改进仍然有限	旨在通过遗传学和转录组学的综合方法，深入理解阿尔茨海默病	阿尔茨海默病（AD）的遗传和转录组学特征	遗传学	阿尔茨海默病	二代和三代测序、单细胞测序、生物信息学	NA	转录组数据	NA
26697	2024-08-09	Identification of spatial expression trends in single-cell gene expression data 2018-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4634 PMID:29553578	研究论文	本文介绍了一种名为trendsceek的计算分析方法，用于识别单细胞基因表达数据中的空间表达趋势	trendsceek方法基于标记点过程，能够识别具有统计学意义的空间表达趋势基因	NA	开发一种计算分析策略，以处理单细胞分辨率的空间基因表达数据	单细胞基因表达数据中的空间表达趋势	生物信息学	NA	空间转录组学和顺序荧光原位杂交技术	标记点过程	单细胞RNA-seq数据	NA
26698	2024-08-09	The use of single-cell RNA-Seq to understand virus-host interactions 2018-04, Current opinion in virology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.coviro.2018.03.001 PMID:29558678	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术探讨病毒与宿主细胞的相互作用	通过单细胞转录组分析揭示病毒感染下的细胞异质性	NA	理解病毒与宿主细胞的相互作用	病毒感染下的细胞异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26699	2024-08-09	BEARscc determines robustness of single-cell clusters using simulated technical replicates 2018-03-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-03608-y PMID:29567991	研究论文	本文介绍了一种名为BEARscc的工具，该工具利用RNA spike-in控制模拟实验特定的技术重复，以评估单细胞聚类对技术变异的鲁棒性	BEARscc工具通过模拟实验特定的技术重复，提高了单细胞RNA测序实验中细胞的无监督分类和生物学解释	NA	开发一种工具以评估单细胞RNA测序中聚类对技术变异的鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	文本	NA
26700	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals a new dynamical function of transcription factors during embryonic hematopoiesis 2018-03-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.29312 PMID:29555020	研究论文	本研究利用单细胞转录组技术，探讨了调控小鼠胚胎内皮细胞向造血干细胞和祖细胞转化的基因调控网络	发现一组转录因子在表达内皮和造血标记的中间群体中特异性共表达，并揭示了其中一些因子在胚胎造血过程中的动态功能转换	NA	研究基因调控网络在胚胎造血过程中的作用	小鼠胚胎内皮细胞向造血干细胞和祖细胞的转化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA