单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26621	2024-08-09	DIMM-SC: a Dirichlet mixture model for clustering droplet-based single cell transcriptomic data 2018-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx490 PMID:29036318	研究论文	本文开发了一种名为DIMM-SC的Dirichlet混合模型，用于聚类基于液滴的单细胞转录组数据	DIMM-SC模型能够显式地建模scRNA-Seq实验中的UMI计数数据，并通过Dirichlet混合先验表征不同细胞簇之间的变异	NA	开发一种新的统计方法和计算工具，用于分析基于液滴的单细胞转录组数据	基于液滴的单细胞转录组数据	生物信息学	系统性硬化症	scRNA-Seq	Dirichlet混合模型	转录组数据	数千个单细胞
26622	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals a distinct transcriptome signature of aneuploid hematopoietic cells 2017-12-21, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2017-08-803353 PMID:29030335	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了来自健康供体和骨髓衰竭患者的骨髓中的造血干细胞和祖细胞，以揭示非整倍体造血细胞的转录组特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了非整倍体细胞与二倍体细胞在转录组水平上的差异，并探讨了染色体增减对细胞功能的影响	研究样本量有限，且仅包括健康供体和骨髓衰竭患者，可能限制了结果的普遍性	探讨非整倍体细胞在转录组水平上的特征及其对细胞功能的影响	健康供体和骨髓衰竭患者的骨髓中的造血干细胞和祖细胞	数字病理学	骨髓衰竭	单细胞RNA测序	NA	转录组	共分析了391个对照细胞和588个患者细胞
26623	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals developmental heterogeneity among early lymphoid progenitors 2017-12-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.201797105 PMID:29030486	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了早期淋巴祖细胞的发育异质性	本文首次识别了一个新的亚群，作为B细胞定向分化的直接前体，并揭示了B220CD117CD19NK1.1祖细胞在单细胞水平上的异质性	NA	研究早期淋巴祖细胞的发育异质性及其潜在的细胞分化关系	B220CD117CD19NK1.1未定型的造血祖细胞及其亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个B220CD117CD19NK1.1祖细胞及其亚群的单细胞
26624	2024-08-09	Pathologic Stimulus Determines Lineage Commitment of Cardiac C-kit+ Cells 2017-Dec-12, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.117.030137 PMID:29021323	研究论文	研究不同病理刺激对心脏c-kit+细胞谱系分化的影响	首次揭示了不同病理刺激对心脏c-kit+细胞最终命运的影响，并发现p53在c-kit+细胞向心肌细胞分化中的关键作用	心肌细胞从c-kit+细胞形成的总体速率仍低于临床相关水平	探讨不同病理刺激对心脏c-kit+细胞谱系分化的影响	心脏c-kit+细胞	NA	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	心脏CD45-c-kit+细胞
26625	2024-08-09	Accounting for technical noise in differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data 2017-Nov-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx754 PMID:29036714	研究论文	本文提出了一种名为TASC的统计框架，用于在单细胞RNA测序数据中考虑细胞间的技术差异，以准确估计基因的生物学变异并检测差异表达基因	TASC框架采用经验贝叶斯方法，通过使用外部RNA spike-ins可靠地建模细胞特异性dropout率和放大偏差，并能调整协变量以进一步消除细胞大小和细胞周期差异带来的混杂影响	NA	开发一种方法来调整单细胞RNA测序数据中的技术噪声，以提高差异表达分析的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的技术噪声和差异表达基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	分层混合模型	RNA测序数据	NA
26626	2024-08-09	Single-cell gene expression analysis reveals regulators of distinct cell subpopulations among developing human neurons 2017-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.223313.117 PMID:29030469	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了发育中的人类神经元的基因表达，揭示了神经前体细胞亚型的调控机制	本研究采用无监督的高分辨率策略，识别细胞发育的分支点，追踪亚群的随机转录动力学，阐明调控网络，并发现关键调控因子	NA	揭示个体人类神经前体细胞分化为成熟神经元的随机动力学和调控机制	发育中的人类神经元及其神经前体细胞亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
26627	2024-08-09	Single-cell sequencing data reveal widespread recurrence and loss of mutational hits in the life histories of tumors 2017-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.220707.117 PMID:29030470	研究论文	本文通过单细胞测序数据，揭示了肿瘤生命史中广泛存在的突变复发和丢失现象	开发了一种严格的统计框架，用于测试无限位点假设，并发现多个单细胞测序数据集中存在同一基因组位置多次突变的情况	仅基于12个单细胞测序数据集进行分析，可能需要更多数据以验证结果的普遍性	评估无限位点假设的有效性，并探索更复杂的模型以量化肿瘤内异质性	人类癌症的单细胞测序数据	数字病理学	NA	单细胞测序	统计框架	基因组数据	12个单细胞测序数据集
26628	2024-08-09	powsimR: power analysis for bulk and single cell RNA-seq experiments 2017-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx435 PMID:29036287	研究论文	PowsimR 是一个灵活的工具，用于模拟和评估批量及单细胞 RNA-seq 数据中的差异表达，适用于事前和事后功效分析	PowsimR 提供了对批量和单细胞 RNA-seq 数据进行差异表达模拟和评估的功能，这在现有工具中较为少见	NA	优化 RNA-seq 实验设计并评估和比较检测差异表达基因的能力	批量和单细胞 RNA-seq 数据中的差异表达	RNA 测序	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq 数据	NA
26629	2024-08-09	The Role of Chromatin Density in Cell Population Heterogeneity during Stem Cell Differentiation 2017-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-13731-3 PMID:29042584	研究论文	本研究结合三维染色体构象（Hi-C）和单细胞RNA测序数据，通过离散随机模拟探索染色质重塑在发育过程中决定基因表达异质性的作用	本研究展示了染色质重塑如何通过折叠成不同的拓扑域来决定基因表达分布，并假设分化过程中局部DNA密度的增加会因染色质的拥挤效应而加剧转录爆发	NA	探索染色质重塑在发育过程中决定基因表达异质性的作用	染色质重塑和基因表达异质性	生物信息学	NA	Hi-C, 单细胞RNA测序	离散随机模拟	3D构象数据, 测序数据	NA
26630	2024-08-09	Detecting Activated Cell Populations Using Single-Cell RNA-Seq 2017-Oct-11, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2017.09.026 PMID:29024657	研究论文	本文开发了一种名为Act-seq的技术，用于检测单细胞RNA测序中的活性细胞群，并揭示了特定细胞类型的分子分类和应激反应	Act-seq技术减少了传统细胞分离过程中人为诱导的转录扰动，能够准确检测基线转录谱和行为/经验驱动活动引起的急性转录变化	NA	开发新技术以准确检测单细胞RNA测序中的活性细胞群	特定细胞类型的分子分类和应激反应	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种细胞类型
26631	2024-08-09	Temporal Tracking of Microglia Activation in Neurodegeneration at Single-Cell Resolution 2017-Oct-10, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.09.039 PMID:29020624	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，追踪了在小鼠严重神经退行性模型中，与阿尔茨海默病类似表型的海马体中分离出的超过1600个单个微胶质细胞的转录组，并在多个时间点进行了分析。	发现了两种分子上不同的反应性微胶质细胞表型，分别以I型和II型干扰素反应基因的共调控模块为特征，并揭示了微胶质细胞对神经退行性反应的先前未观察到的异质性。	NA	研究微胶质细胞在神经退行性疾病中的激活过程。	微胶质细胞在神经退行性疾病中的反应和转录程序。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过1600个单个微胶质细胞
26632	2024-08-09	SEQUENCING BRAIN CELLS 2017-10-01, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/000114600 PMID:29048266	评论	文章讨论了单细胞测序技术在人类大脑细胞类型分类中的应用潜力	NA	NA	探讨单细胞测序技术在解决人类大脑细胞类型分类挑战中的应用	人类大脑中的不同细胞类型	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
26633	2024-08-09	Dissecting human gliomas by single-cell RNA sequencing 2018-01-10, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/nox126 PMID:29016805	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术在临床胶质瘤样本中的应用，重点介绍了RNA表达谱分析	提供了对胶质瘤生物学、肿瘤异质性、癌细胞谱系、癌症干细胞程序、肿瘤微环境和胶质瘤分类的新见解	NA	探讨单细胞分析技术在胶质瘤研究中的应用	人胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	临床胶质瘤样本
26634	2024-08-09	SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering 2017-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4463 PMID:28991892	研究论文	本文介绍了SCENIC方法，用于从单细胞RNA测序数据中同时重建基因调控网络和识别细胞状态	SCENIC方法通过cis-调控分析指导转录因子和细胞状态的识别，为理解细胞异质性提供了新的生物学见解	NA	开发一种计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络并识别细胞状态	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络和细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自肿瘤和大脑的单细胞数据集
26635	2024-08-09	Molecular architecture underlying fluid absorption by the developing inner ear 2017-10-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26851 PMID:28994389	研究论文	本文研究了小鼠内淋巴囊在SLC26A4依赖性方式下吸收液体的过程，并通过单细胞RNA测序分析了内淋巴囊中两种不同类型的分化细胞	首次揭示了内淋巴囊中两种分化细胞的转录组特征，并提出了NaCl重吸收的分子机制	NA	探讨内淋巴囊液体吸收的分子机制及其与听力损失的关系	小鼠内淋巴囊的液体吸收机制及分化细胞类型	NA	听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26636	2024-08-09	Mouse embryonic stem cells can differentiate via multiple paths to the same state 2017-10-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26945 PMID:28990928	research paper	本文通过单细胞RNA测序比较了两种运动神经元分化协议，探讨直接编程与胚胎分化的关系。	发现直接编程路径在分化过程中出现了一个新的过渡状态，该状态具有特定的基因表达特征，并与标准路径最终达到相同的运动神经元状态。	NA	研究直接编程与胚胎分化在细胞分化过程中的关系。	小鼠胚胎干细胞的运动神经元分化。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26637	2024-08-09	SEGtool: a specifically expressed gene detection tool and applications in human tissue and single-cell sequencing data 2018-11-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbx074 PMID:28981576	研究论文	本文介绍了一种名为SEGtool的工具，用于从RNA测序数据中自动和自适应地检测特定表达基因（SEGs）	SEGtool基于模糊c均值、Jaccard指数和贪婪退火方法，能够忽略数据分布，优于主要为微阵列数据开发的现有工具	NA	研究特定表达基因的识别，以探索基因功能、生物发育、疾病机制和生物标志物的发现	人类组织和单细胞测序数据中的特定表达基因	生物信息学	NA	RNA测序	模糊c均值、Jaccard指数、贪婪退火方法	RNA-seq数据、单细胞测序数据	在Genotype-Tissue Expression (GTEx)人类组织数据集中检测到3181个SEGs，以及在胚胎细胞的单细胞测序数据中识别出多个SEGs
26638	2024-08-09	VDJdb: a curated database of T-cell receptor sequences with known antigen specificity 2018-01-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx760 PMID:28977646	研究论文	本文介绍了VDJdb数据库，该数据库收集并整合了已知抗原特异性的T细胞受体序列，为T细胞受体谱数据注释提供了一个通用平台	VDJdb数据库整合了已发表的T细胞特异性检测结果，将抗原特异性与T细胞受体序列相结合，为T细胞受体谱数据注释提供了一个多功能工具	NA	旨在解码T细胞受体基因序列中包含的抗原特异性，以加深对适应性免疫系统的理解，并推动转化医学领域的发展	T细胞受体序列及其抗原特异性	生物信息学	NA	免疫谱系测序技术（RepSeq），单细胞RNA测序技术	NA	序列数据	大量从供体样本中获得的T细胞受体序列
26639	2024-08-09	Functional genomics of stromal cells in chronic inflammatory diseases 2018-Jan, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000000455 PMID:28984647	综述	本文综述了利用功能基因组学和单细胞技术研究慢性炎症疾病中基质细胞的最新进展	采用高维策略如mRNA测序、质谱流式细胞术和荧光激活细胞分选，提供了对类风湿关节炎、炎症性肠病和癌症中病变组织的详细视图	NA	探讨基质细胞在慢性炎症疾病中的功能和病理作用	基质细胞，包括成纤维细胞、内皮细胞、周细胞和间充质前体细胞	功能基因组学	炎症性疾病	mRNA测序、质谱流式细胞术、荧光激活细胞分选	NA	单细胞RNA-seq	大量患者组织样本
26640	2024-08-09	Linnorm: improved statistical analysis for single cell RNA-seq expression data 2017-Dec-15, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx828 PMID:28981748	研究论文	Linnorm是一种新的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和转换方法，旨在去除技术噪声并同时保留生物变异，从而改进现有的统计方法	Linnorm在速度、技术噪声去除和细胞异质性保留方面显示出优势，能改进现有方法在发现新亚型、细胞伪时间排序、聚类分析等方面的应用	NA	开发和评估一种新的scRNA-seq数据标准化和转换方法Linnorm	scRNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用真实的scRNA-seq数据进行比较