单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26621	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Mouse Glomerulus 2018-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018030238 PMID:29794128	研究论文	本研究使用基于纳米液滴的高通量转录组测序技术，对纯化的野生型小鼠肾小球细胞进行了单细胞转录组分析	首次揭示了健康肾小球细胞群中的细胞异质性，并发现了新的标记基因和亚群	NA	全面表征肾小球细胞的基因表达，并为健康和疾病状态下肾小球功能的单细胞水平解析奠定基础	小鼠肾小球的细胞类型及其基因表达	数字病理学	NA	基于纳米液滴的高通量转录组测序	NA	转录组	近13,000个单细胞
26622	2024-08-09	Interpretable dimensionality reduction of single cell transcriptome data with deep generative models 2018-05-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04368-5 PMID:29784946	研究论文	本文介绍了一种名为scvis的稳健统计模型，用于捕捉和可视化单细胞基因表达数据中的低维结构	scvis模型能够同时保留数据的局部和全局邻域结构，并且对数据点的数量具有鲁棒性，还能学习概率参数映射函数以添加新数据点到现有嵌入中	NA	开发一种新的方法来解释单细胞转录组数据中的结构	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	四组单细胞RNA测序数据
26623	2024-08-09	Transcriptomic Profiling of Zebrafish Hair Cells Using RiboTag 2018, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2018.00047 PMID:29765956	研究论文	本文开发了一种转基因斑马鱼模型，用于评估内耳和侧线毛细胞在其原始组织环境中的翻译组	该模型通过表达GFP和HA标记基因，使得斑马鱼幼体的毛细胞mRNA可以通过免疫沉淀方法富集，从而在不诱导基因表达变化的情况下识别新的毛细胞表达基因	NA	研究斑马鱼毛细胞特异性基因表达的变化	斑马鱼的毛细胞	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	mRNA	NA
26624	2024-08-09	Current and Future Methods for mRNA Analysis: A Drive Toward Single Molecule Sequencing 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7834-2_11 PMID:29767365	综述	本文综述了当前和未来的mRNA分析方法，特别是单分子测序技术的发展	介绍了长读长RNA测序和单细胞RNA测序等新技术，这些技术在从头组装转录组和异构体定量方面具有优势	短读长RNA测序在从头转录组组装和异构体定量方面存在局限性	探讨当前RNA测序技术的现状及其未来发展方向	转录组，包括mRNA和其他非编码RNA	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-Seq）	NA	RNA	NA
26625	2024-08-09	Muscle fiber type diversity revealed by anti-myosin heavy chain antibodies 2018-10, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.14502 PMID:29761627	研究论文	本文通过抗肌球蛋白重链抗体揭示了肌肉纤维类型的多样性	本文利用特定的抗肌球蛋白重链抗体，为定义骨骼肌中的纤维类型、功能特性及其在肌肉疾病中的变化提供了强有力的工具	NA	探讨肌球蛋白重链的不同形式在肌肉纤维类型多样性中的作用	骨骼肌中的纤维类型及其在肌肉疾病中的变化	NA	肌肉疾病	抗体技术	NA	NA	NA
26626	2024-08-09	In silico analysis of single-cell RNA sequencing data from 3 and 7 days old mouse spermatogonial stem cells to identify their differentially expressed genes and transcriptional regulators 2018-09, Journal of cellular biochemistry IF:3.0Q3 DOI:10.1002/jcb.27066 PMID:29749669	研究论文	本研究通过分析3天和7天龄小鼠精原干细胞的单细胞RNA测序数据，识别差异表达基因及其转录调控因子	本研究发现了68个上调基因和203个下调基因，并识别了这些基因的主要转录调控因子，这些因子可能在精原干细胞的发育过程中起关键作用	NA	旨在通过单细胞RNA测序数据分析，识别不同发育阶段小鼠精原干细胞的差异表达基因及其调控因子	3天和7天龄小鼠精原干细胞	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3天和7天龄小鼠精原干细胞
26627	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Meets Lineage Tracing 2018-Aug-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.04.014 PMID:29754780	综述	本文讨论了基于转录组的细胞谱系轨迹预测算法、单细胞遗传谱系追踪以及这些技术在干细胞和癌症研究中的结合应用	近年来，技术的发展使得单细胞转录组学与遗传谱系追踪策略得以结合	单细胞转录组学提供的详细表型信息并不一定能反映遗传关系	重建组织或生物体内细胞间的谱系关系	细胞谱系关系及其在干细胞和癌症研究中的应用	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26628	2024-08-09	Single-cell RNA-seq of human induced pluripotent stem cells reveals cellular heterogeneity and cell state transitions between subpopulations 2018-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.223925.117 PMID:29752298	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了18,787个人类诱导多能干细胞，揭示了细胞异质性和亚群间的细胞状态转换	开发了一种无监督聚类方法，提高了预测准确性和特异性，并创新性地预测了细胞在亚群间的转换	NA	研究人类诱导多能干细胞的细胞异质性和细胞状态转换	人类诱导多能干细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	18,787个人类诱导多能干细胞
26629	2024-08-09	Feasibility and biological rationale of repurposing sunitinib and erlotinib for dengue treatment 2018-07, Antiviral research IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.antiviral.2018.05.001 PMID:29753658	研究论文	研究探讨了使用sunitinib和erlotinib治疗登革热病毒感染的可行性和生物学基础	首次证明了sunitinib和erlotinib组合在登革热病毒感染的小鼠模型中能够持续抑制系统性感染，并揭示了这些药物通过调节AAK1和GAK激酶的表达来发挥抗病毒作用	尽管sunitinib和erlotinib能够延迟但无法阻止免疫缺陷小鼠模型的晚期瘫痪，且这些药物无法穿透血脑屏障	评估sunitinib和erlotinib作为登革热治疗药物的可行性和潜在机制	登革热病毒感染的小鼠和人类原代单核细胞衍生的树突状细胞	NA	登革热	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及登革热病毒感染的小鼠和人类细胞样本
26630	2024-08-09	Transcriptomic analysis of the harvested endothelial cells in a swine model of mechanical thrombectomy 2018-Jul, Neuroradiology IF:2.4Q2 DOI:10.1007/s00234-018-2033-1 PMID:29761220	研究论文	本研究通过机械取栓术（MT）的猪模型，对采集的血管内皮细胞进行转录组分析	首次在机械取栓术的猪模型中，使用单细胞RNA测序技术分析采集的内皮细胞的分子特征	研究仅限于猪模型，尚未在人类临床实践中广泛应用	旨在通过细胞培养和转录组技术，分析机械取栓术中采集的内皮细胞的分子特性	机械取栓术中采集的血管内皮细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	共获得37个包含CD31阳性细胞的样本
26631	2024-08-09	Isolation and genome sequencing of individual circulating tumor cells using hydrogel encapsulation and laser capture microdissection 2018-06-12, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c8lc00184g PMID:29762619	研究论文	本文开发了一种结合生物物理富集和激光捕获显微切割（LCM）的单细胞样品制备和基因组测序流程，用于从循环肿瘤细胞（CTCs）中进行基因组分析	通过在水凝胶矩阵中封装富集的CTC样品，提高了LCM单细胞分离的效率，并兼容下游测序	单细胞测序技术在分离单个CTCs时存在细胞损失和操作困难、耗时的问题	开发一种新的方法来克服CTCs基因型鉴定的挑战，特别是解决白细胞污染和肿瘤细胞亚群异质性的问题	循环肿瘤细胞（CTCs）及其基因组	数字病理学	前列腺癌	激光捕获显微切割（LCM）	NA	基因组数据	单个患者的单个CTCs和无细胞DNA（cfDNA）
26632	2024-08-09	The Polycomb-Dependent Epigenome Controls β Cell Dysfunction, Dedifferentiation, and Diabetes 2018-Jun-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2018.04.013 PMID:29754954	研究论文	本文通过结合深度表观基因组映射和单细胞转录组学，研究了染色质失调在2型糖尿病中的作用	发现了两种染色质状态特征，追踪了小鼠和人类β细胞功能障碍，并表明PRC2失调对疾病有贡献	NA	探索染色质机制在复杂疾病易感性和进展中的作用	2型糖尿病中的染色质失调	表观遗传学	糖尿病	深度表观基因组映射，单细胞转录组学	NA	基因表达数据	小鼠和人类样本
26633	2024-08-09	Single cell transcriptomics in neuroscience: cell classification and beyond 2018-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2018.04.021 PMID:29738987	综述	本文综述了单细胞转录组学在神经科学中细胞分类及其相关应用的研究进展	单细胞转录组学的应用有助于发现不同细胞类型中差异表达的基因，从而深入理解细胞功能并实现对特定细胞类型的访问	NA	探讨单细胞转录组学在神经科学中的应用，特别是细胞分类及其相关研究	神经科学中的细胞分类及其相关研究	自然语言处理	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26634	2024-08-09	Single-cell sequencing reveals the origin and the order of mutation acquisition in T-cell acute lymphoblastic leukemia 2018-06, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-018-0127-8 PMID:29740158	研究论文	本研究利用靶向单细胞测序技术，分析了四例T细胞急性淋巴母细胞白血病（T-ALL）患者的骨髓细胞和CD34CD38多能祖细胞，揭示了T-ALL中突变获取的顺序及其起源	开发了一种基于图的算法来确定突变获取的顺序，并首次展示了T-ALL发展可能始于多能祖细胞	研究样本仅限于四例T-ALL患者，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	探究T细胞急性淋巴母细胞白血病中突变获取的顺序及其起源	T细胞急性淋巴母细胞白血病患者的骨髓细胞和CD34CD38多能祖细胞	数字病理学	血液病	单细胞测序	NA	基因组数据	四例T-ALL患者
26635	2024-08-09	Marsarchaeota are an aerobic archaeal lineage abundant in geothermal iron oxide microbial mats 2018-06, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0163-1 PMID:29760463	研究论文	本文报道了在黄石国家公园的多种热化学环境中的铁氧化物微生物垫中发现并描述了一个新的门级古菌系，命名为'火星古菌（Marsarchaeota）'。	首次发现并描述了火星古菌，这是一种在微氧环境下富集于酸性铁氧化物微生物垫中的古菌，可能参与铁的还原过程。	NA	探索和理解古菌在地球生命树和进化历史中的作用。	火星古菌及其在铁氧化物微生物垫中的生态和生物化学角色。	微生物学	NA	宏基因组学，单细胞测序，富集培养，原位转录分析	NA	基因组数据，转录组数据	多个铁氧化物微生物垫样本
26636	2024-08-09	Parental haplotype-specific single-cell transcriptomics reveal incomplete epigenetic reprogramming in human female germ cells 2018-05-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04215-7 PMID:29760424	研究论文	本文通过结合人类胎儿和母体组织的基因组测序与单细胞RNA测序，研究了人类女性生殖细胞中的不完全表观遗传重编程现象	首次揭示了人类女性生殖细胞中不同阶段的转录和表观遗传重塑的复杂性和细胞间异质性	NA	探究人类女性生殖细胞中表观遗传重编程的过程及其与转录阶段的关系	人类女性生殖细胞的表观遗传重编程和转录活动	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	五名捐赠者的细胞样本
26637	2024-08-09	Functional genetics of early human development 2018-10, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2018.04.005 PMID:29729430	综述	本文综述了利用单细胞测序和基因组编辑技术在人类细胞和胚胎中进行功能遗传学研究的最新进展	结合转录组分析和基因组工程，为人类胚胎中的关键过程如合子基因组激活、谱系指定、X染色体失活及植入后发育提供了新的见解	NA	探讨早期人类发育的遗传基础	早期人类发育的遗传机制	干细胞生物学	先天性疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
26638	2024-08-09	BCseq: accurate single cell RNA-seq quantification with bias correction 2018-08-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gky308 PMID:29718338	research paper	本文提出了一种名为BCseq的稳健模型，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）中准确量化基因表达	BCseq通过数据自适应方式校正scRNA-seq的固有偏差，有效去除技术噪声，并通过加权考虑相似细胞来挽救丢失数据	NA	提高scRNA-seq数据分析的鲁棒性，准确检测差异表达基因和细胞亚型分类	单细胞RNA测序数据中的基因表达量化	digital pathology	NA	scRNA-seq	BCseq	基因表达数据	NA
26639	2024-08-09	Pharmacological effect of human melanocortin-2 receptor accessory protein 2 variants on hypothalamic melanocortin receptors 2018-07, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-018-1596-2 PMID:29704154	研究论文	本文研究了人黑色素皮质素-2受体辅助蛋白2（MRAP2）变体对下丘脑黑色素皮质素受体的影响	首次描述了中枢神经系统中单细胞转录组特征的Mrap2、Mc3r和Mc4r，并提供了MRAP2突变对MC3R信号传导的独特二聚体形成、构象变化和药理作用的证据	NA	探索MRAP2变体如何影响黑色素皮质素信号传导	MRAP2变体对MC3R和MC4R信号传导的影响	NA	肥胖症	RNA测序	NA	RNA	来自两个独立研究的单细胞分辨率的鼠下丘脑RNA测序数据集
26640	2024-08-09	bigSCale: an analytical framework for big-scale single-cell data 2018-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.230771.117 PMID:29724792	研究论文	bigSCale是一个可扩展的分析框架，用于处理大规模单细胞数据集	bigSCale通过使用大样本量来估计噪声的准确数值模型，并采用定向卷积策略处理极大数据集，同时保留单个细胞的转录信息	NA	开发一个能够有效分析大规模单细胞数据集的分析框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞数据	130万细胞