单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 26601 - 26620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26601 | 2024-08-09 |
bigSCale: an analytical framework for big-scale single-cell data
2018-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.230771.117
PMID:29724792
|
研究论文 | bigSCale是一个可扩展的分析框架，用于处理大规模单细胞数据集 | bigSCale通过使用大样本量来估计噪声的准确数值模型，并采用定向卷积策略处理极大数据集，同时保留单个细胞的转录信息 | NA | 开发一个能够有效分析大规模单细胞数据集的分析框架 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞数据 | 130万细胞 |
| 26602 | 2024-08-09 |
Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation
2018-05-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.03.074
PMID:29706549
|
研究论文 | 本文通过收集10种免疫表型定义的人类造血细胞类型的单细胞染色质可及性数据，构建了人类造血分化的染色质可及性景观，并结合单细胞RNA测序数据，探索了复杂的调控动态。 | 本文首次在单细胞水平上整合了染色质可及性和RNA测序数据，揭示了人类造血分化过程中的调控变异和分化轨迹。 | NA | 研究人类造血分化过程中的细胞调控变异和分化轨迹。 | 人类造血细胞类型的单细胞染色质可及性和RNA测序数据。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞染色质可及性数据 | 10种免疫表型定义的人类造血细胞类型 |
| 26603 | 2024-08-09 |
Evolution of pallium, hippocampus, and cortical cell types revealed by single-cell transcriptomics in reptiles
2018-05-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aar4237
PMID:29724907
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研究论文 | 本研究通过大规模单细胞mRNA测序构建了两种爬行动物大脑皮层的基因表达图谱，探讨了哺乳动物大脑皮层神经元和区域的进化过程。 | 研究揭示了哺乳动物新皮层各层的神经元类型是由祖先基因调控程序的多样化产生的，而爬行动物皮层GABA能神经元的多样性表明，已知的哺乳动物中间神经元类别在所有羊膜动物的共同祖先中已经存在。 | NA | 探讨哺乳动物大脑皮层神经元和区域的进化过程 | 爬行动物的大脑皮层 | 数字病理学 | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种爬行动物的大脑皮层样本 |
| 26604 | 2024-08-09 |
Parabiosis and single-cell RNA sequencing reveal a limited contribution of monocytes to myofibroblasts in kidney fibrosis
2018-05-03, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.99561
PMID:29720573
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研究论文 | 研究通过诱导遗传命运追踪和共生模型，结合单细胞RNA测序技术，探讨了肾纤维化中肌成纤维细胞的来源 | 首次通过共生模型和单细胞RNA测序技术证实了循环中的单核细胞对肾肌成纤维细胞的贡献有限，并揭示了其通过旁分泌而非直接机制参与肾纤维化 | 研究仅限于共生模型和单细胞RNA测序技术，未涉及其他模型或技术 | 探讨肾纤维化中肌成纤维细胞的细胞来源 | 肾纤维化中的肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 26605 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics and Fate Mapping of Ependymal Cells Reveals an Absence of Neural Stem Cell Function
2018-05-03, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.03.063
PMID:29727663
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和命运图谱技术研究了室管膜细胞，发现其缺乏神经干细胞功能 | 开发了一种转基因系统，用于在室管膜-室下带区域中靶向标记室管膜细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了室管膜细胞的分子特征 | 研究主要集中在体外和体内的神经干细胞或前体细胞刺激环境中，未涉及其他可能的环境因素 | 探究室管膜细胞是否具有神经干细胞功能 | 室管膜细胞及其在神经干细胞生态位中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 26606 | 2024-08-09 |
Efficient Generation of CA3 Neurons from Human Pluripotent Stem Cells Enables Modeling of Hippocampal Connectivity In Vitro
2018-05-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.04.009
PMID:29727680
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研究论文 | 本文报道了一种从人诱导多能干细胞（hiPSCs）高效生成CA3神经元的综合分化方法，该方法能够模拟体外海马连接 | 首次展示了hiPSCs衍生的CA3神经元与齿状回（DG）神经元之间的突触连接，并揭示了精神分裂症患者hiPSCs中CA3神经元的活动缺陷 | NA | 研究人神经连接模型，并探索精神分裂症中海马功能障碍的机制 | 人诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的CA3神经元和齿状回（DG）神经元 | 数字病理学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA序列 | 精神分裂症患者衍生的hiPSCs |
| 26607 | 2024-08-09 |
Blastocyst-like structures generated solely from stem cells
2018-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0051-0
PMID:29720634
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研究论文 | 本文报道了滋养层和胚胎干细胞在体外协作形成形态学和转录上类似于胚胎发育第3.5天的囊胚结构，称为囊胚样体 | 首次展示了胚胎细胞通过BMP4/Nodal-KLF6轴精细调节滋养层上皮形态发生，并维持滋养层细胞的增殖和自我更新 | 囊胚样体不支持真正胚胎的发育 | 探究干细胞如何协作形成类似囊胚的结构及其在胚胎发育中的作用 | 滋养层和胚胎干细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 26608 | 2024-08-09 |
beachmat: A Bioconductor C++ API for accessing high-throughput biological data from a variety of R matrix types
2018-05, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006135
PMID:29723188
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为beachmat的C++接口，用于从各种R矩阵类型中访问高通量生物数据 | beachmat接口使得包开发者能够编写与密集、稀疏和文件支持矩阵等兼容的高效C++代码 | NA | 解决现有计算基础设施在处理大规模数据时的挑战 | 高通量生物数据矩阵的访问和分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 矩阵数据 | 使用模拟和真实的单细胞RNA测序数据进行评估 |
| 26609 | 2024-08-09 |
Two-phase differential expression analysis for single cell RNA-seq
2018-10-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty329
PMID:29688282
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SC2P的方法，用于单细胞RNA测序数据的二相差异表达分析 | SC2P方法能够识别基因表达的阶段，并区分两种形式的转录调控：阶段转换和幅度调整 | NA | 开发一种新的计算方法，以更好地分析单细胞RNA测序数据中的差异表达 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达调控 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 26610 | 2024-08-09 |
Dual signaling of Wamide myoinhibitory peptides through a peptide-gated channel and a GPCR in Platynereis
2018-10, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.201800274R
PMID:29688813
|
研究论文 | 本文描述了一种具有双重信号传导模式的神经肽系统，通过肽门控离子通道和GPCR进行信号传导 | 发现了Wamide肌抑制肽通过肽门控离子通道和GPCR的双重信号传导模式，表明肽门控通道在动物中的多样性和分布比先前认识的更广泛 | NA | 研究神经肽信号传导的复杂性 | 海洋环节动物Platynereis dumerilii中的Wamide肌抑制肽及其受体 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | 肽门控离子通道（MGIC）和GPCR | 转录组数据 | NA |
| 26611 | 2024-08-09 |
TRUmiCount: correctly counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers
2018-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty283
PMID:29672674
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研究论文 | 本文介绍了TRUmiCount算法，用于校正使用下一代测序（NGS）计数分子时由于PCR扩增偏差和测序过程中分子丢失导致的错误 | TRUmiCount算法基于PCR扩增和测序的机制模型，能够校正分子计数中的低估和高估错误，无需校准实验或内参 | NA | 提高基于NGS的实验方法（如RNA-Seq）中分子计数的准确性 | PCR扩增偏差和测序过程中分子丢失导致的分子计数错误 | 生物信息学 | NA | NGS, RNA-Seq | NA | 序列数据 | NA |
| 26612 | 2024-08-09 |
DEsingle for detecting three types of differential expression in single-cell RNA-seq data
2018-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty332
PMID:29688277
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研究论文 | 本文开发了一个名为DEsingle的R包，用于在单细胞RNA测序数据中检测三种类型的差异表达基因 | DEsingle采用零膨胀负二项模型来估计真实零和丢失零的比例，并定义和检测三种类型的差异表达基因，提高了检测的准确性 | NA | 开发一种新的方法来区分单细胞RNA测序数据中的真实零和丢失零，并准确检测差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项模型 | RNA测序数据 | NA |
| 26613 | 2024-08-09 |
SigEMD: A powerful method for differential gene expression analysis in single-cell RNA sequencing data
2018-08-01, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2018.04.017
PMID:29702224
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研究论文 | 本文提出了一种名为SigEMD的新方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析 | SigEMD结合了数据插补方法、逻辑回归模型和基于地球移动距离的非参数方法，以精确高效地识别差异表达基因，并通过基因互作网络信息调整最终的差异表达基因状态，减少假阳性 | NA | 开发新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归模型 | RNA测序数据 | NA |
| 26614 | 2024-08-09 |
Neuronal atlas of the dorsal horn defines its architecture and links sensory input to transcriptional cell types
2018-06, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-018-0141-1
PMID:29686262
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术对小鼠脊髓背角的感觉神经元进行分类，揭示了其分子亚型和层级结构 | 首次系统地对脊髓背角的神经元进行分子分类，并将其与解剖结构和感觉刺激响应联系起来 | NA | 揭示脊髓背角神经元的分子亚型及其在感觉处理中的作用 | 小鼠脊髓背角的感觉神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 15种抑制性和15种兴奋性神经元分子亚型 |
| 26615 | 2024-08-09 |
Whole-kidney single-cell transcriptomics identifies new cell types
2018-06, Nature reviews. Nephrology
DOI:10.1038/s41581-018-0013-7
PMID:29695753
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26616 | 2024-08-09 |
The dynamics of gene expression in vertebrate embryogenesis at single-cell resolution
2018-06-01, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aar5780
PMID:29700227
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，分析了从受精卵激活到早期器官形成阶段的蛙胚胎发育过程，揭示了脊椎动物发育中的细胞状态和分化路径 | 本文通过整合蛙和斑马鱼的发育数据，揭示了脊椎动物早期发育基因表达程序的保守性和差异性，并重新评估了神经嵴发育模型 | NA | 研究脊椎动物胚胎发育过程中的基因表达动态 | 蛙和斑马鱼的胚胎发育 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 蛙和斑马鱼的胚胎样本 |
| 26617 | 2024-08-09 |
Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo
2018-06-01, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aar4362
PMID:29700229
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research paper | 本文利用单细胞RNA测序技术对斑马鱼胚胎发育初期的超过92,000个细胞进行基因表达图谱和细胞谱系分析 | 开发了一种基于转座子的条形码技术（TracerSeq）来重建单细胞谱系历史，并验证了细胞命运在细胞状态景观中的限制性 | NA | 探索脊椎动物发育和疾病的系统性研究 | 斑马鱼胚胎的细胞分化层次 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | graph-based approach | 细胞数据 | 超过92,000个细胞 |
| 26618 | 2024-08-09 |
Cell type transcriptome atlas for the planarian Schmidtea mediterranea
2018-05-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaq1736
PMID:29674431
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，为再生扁形虫Schmidtea mediterranea的所有细胞类型生成了转录组图谱 | 本文首次为扁形虫的所有细胞类型定义了转录组，并揭示了许多先前未知的细胞类型及干细胞与分化细胞之间的过渡状态 | NA | 识别多种生物所有细胞类型的转录组，为后生生物学研究提供有力方法 | 扁形虫Schmidtea mediterranea的所有细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 66,783个细胞 |
| 26619 | 2024-08-09 |
Cell type atlas and lineage tree of a whole complex animal by single-cell transcriptomics
2018-05-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaq1723
PMID:29674432
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，构建了一个完整的复杂动物细胞类型图谱和谱系树 | 结合扰动实验、基因表达分析和计算方法预测细胞状态变化，成功将所有主要细胞类型置于一个单一的谱系树上，连接所有细胞到一个单一的干细胞区室 | NA | 揭示成熟和前体细胞类型，并探索再生过程中的关键细胞类型 | 扁虫物种中的成年动物细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26620 | 2024-08-09 |
Dissociable Structural and Functional Hippocampal Outputs via Distinct Subiculum Cell Classes
2018-05-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.03.031
PMID:29681453
|
research paper | 本文通过群体和单细胞RNA测序，揭示了海马体背侧下托中存在两种空间相邻的亚区域，这些区域在锥体细胞基因表达、长程输入、局部连接、投射目标和电生理特性上存在显著差异，并利用基因表达差异进行神经元沉默，展示了这些区域在空间工作记忆中的不同贡献。 | 首次详细描述了海马体背侧下托中两种不同亚区域的结构和功能特性，并通过基因表达差异进行神经元沉默实验，证明了这些区域在行为层面的不同作用。 | NA | 识别、描绘和操纵海马体背侧下托中假定的并行架构，以理解其功能多样性。 | 海马体背侧下托的结构和功能特性。 | NA | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |