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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2641 | 2025-11-14 |
Analysis of the associations between DNA methylation and clinical features reveals the potential oncogenic effect of CFAP52 in esophageal squamous cell cancer
2025-Nov-10, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03934-4
PMID:41214700
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研究论文 | 本研究通过分析DNA甲基化与临床特征的关联,揭示了CFAP52在食管鳞癌中的潜在致癌作用 | 首次系统揭示DNA甲基化与食管鳞癌性别差异和饮酒习惯的关联,并发现CFAP52作为新的癌基因通过影响花生四烯酸代谢促进肿瘤进展 | 研究主要基于TCGA数据库分析,实验验证主要在细胞水平进行,缺乏体内动物模型验证 | 探索DNA甲基化在食管鳞癌发展中的潜在作用机制 | 食管鳞癌患者组织样本、细胞系和公共数据库数据 | 生物信息学 | 食管鳞癌 | DNA甲基化分析,RNA-seq,单细胞RNA-seq,Western blot,UPLC-MS/MS,免疫组化 | Cox回归分析,共识聚类,CIBERSORTx免疫细胞分析 | 基因组数据,转录组数据,蛋白质数据,代谢组数据 | TCGA ESCA队列数据,多个GEO数据集(GSE53624,GSE160269,GSE203115) | Illumina | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | Seurat软件包用于单细胞RNA-seq数据分析 |
| 2642 | 2025-11-14 |
Identification and validation of stemness-related gene signatures to predict prognosis and immune infiltration in osteosarcoma reveals a critical role for S100A13
2025-Nov-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14939-7
PMID:41206435
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别骨肉瘤中具有高干性特征的肿瘤细胞,建立预后模型并鉴定S100A13为关键基因 | 首次在骨肉瘤中通过单细胞RNA测序识别高干性肿瘤细胞群,并建立基于干性特征的预后模型,发现S100A13在骨肉瘤恶性进展和干性调控中的关键作用 | 研究样本量有限,功能验证仅在MG-63和HOS两种骨肉瘤细胞系中进行 | 探索骨肉瘤细胞干性特征与预后及免疫浸润的关系 | 骨肉瘤患者样本和骨肉瘤细胞系(MG-63和HOS) | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,功能验证实验(集落形成、肿瘤球形成、伤口愈合、Transwell迁移和侵袭实验) | 预后风险评分模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2643 | 2025-11-14 |
Spatial transcriptomics reveals unique inflammatory signatures across all anatomic locations in postoperative Crohn's disease
2025-Nov-08, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf180
PMID:41092315
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了克罗恩病术后患者不同解剖位置共有的炎症特征 | 首次在克罗恩病术后患者的结肠、新末端回肠和吻合口三个解剖位置同时发现共同的炎症转录特征 | 样本来源仅限于PREDICT-OR研究队列,需要更大样本验证 | 探究克罗恩病术后患者胃肠道炎症的分子基础 | 克罗恩病术后患者的结肠、新末端回肠和吻合口活检样本 | 空间转录组学 | 克罗恩病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | PREDICT-OR研究中的患者活检样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium CytAssist system V2.0 |
| 2644 | 2025-11-14 |
Multi-omics Mendelian randomization and single-cell analysis identify novel therapeutic targets for osteosarcopenia
2025-Nov-06, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences
DOI:10.1093/gerona/glaf228
PMID:41071635
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研究论文 | 通过多组学孟德尔随机化和单细胞分析识别骨肌减少症的新型治疗靶点 | 整合多组学孟德尔随机化与单细胞RNA测序技术,首次系统识别骨肌减少症的因果分子靶点 | 需要进一步在特定组织和细胞环境中验证这些靶点的功能 | 识别骨肌减少症的潜在治疗靶点 | 骨肌减少症相关基因和蛋白质 | 生物信息学 | 老年疾病 | 多组学孟德尔随机化,单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | 孟德尔随机化模型 | 基因组,转录组,蛋白质组数据 | 基于eQTLgen、deCODE和Fenland三大数据集的大规模GWAS数据 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | NA | NA |
| 2645 | 2025-11-14 |
Bulk and single-cell RNA sequencing reveal the roles of neutrophils in pediatric Crohn's disease
2025-Nov, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-025-03961-x
PMID:40121337
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研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk RNA测序揭示了中性粒细胞在儿童克罗恩病中的关键作用 | 首次在儿童克罗恩病中系统揭示中性粒细胞比例增加、功能状态改变及其在细胞间通讯中的主导作用 | 研究样本来源仅限于回肠和结肠活检样本,未涉及其他肠道部位 | 探索儿童克罗恩病的分子机制、识别诊断生物标志物和治疗靶点 | 儿童克罗恩病患者的回肠和结肠活检样本 | 生物信息学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2646 | 2025-11-14 |
S100A12 correlates with inflammatory and pain symptoms in patients with chronic prostatitis/chronic pelvic pain syndrome
2025-Nov, The journal of pain
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jpain.2025.105536
PMID:40914239
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研究论文 | 本研究探讨了警报素S100A12作为慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征炎症与神经性疼痛关联的潜在生物标志物 | 首次在CP/CPPS患者中发现S100A12水平显著升高,并证实其与炎症标志物和疼痛评分的相关性,揭示了S100A12在白细胞-神经相互作用中的新机制 | 回顾性病例对照研究设计,样本量相对有限(90例患者),需要更大规模的前瞻性研究验证 | 评估S100A12作为CP/CPPS诊断生物标志物的潜力,并探索其在疼痛机制中的作用 | 90名慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征患者和90名年龄匹配的健康对照 | 生物医学研究 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序,生物标志物分析,统计学分析 | 病例对照研究 | 生物样本数据(精浆、血清、尿液),临床评分数据 | 180名参与者(90名患者和90名对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2647 | 2025-11-14 |
Glycans on non-structural protein 1 prevent premature T-cell mediated dengue virus clearance
2025-Nov, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00311-6
PMID:40962941
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研究论文 | 本研究揭示了登革病毒非结构蛋白1(NS1)上N207位点糖基化通过PD-L1/PD-1轴调控T细胞凋亡的新型免疫逃避机制 | 首次发现NS1蛋白N207位点糖基化通过抑制早期炎症反应和PD-L1/PD-1轴介导的T细胞凋亡来实现免疫逃避 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究登革病毒NS1蛋白糖基化的生物学功能及其在免疫逃避中的作用机制 | 登革病毒NS1蛋白糖基化位点及其对免疫应答的影响 | 病毒免疫学 | 登革热 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 细胞因子检测, 免疫表型分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2648 | 2025-11-14 |
HIF-1α-induced microglia-mediated neuroinflammation is involved in Alzheimer's disease: Evidence from single-cell transcriptomic analysis
2025-Nov, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877251378007
PMID:40971318
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了HIF-1α调控的小胶质细胞亚群在阿尔茨海默病神经炎症中的作用机制 | 识别出具有炎症-血管生成特征的特定小胶质细胞亚群microglia_2,并首次证实HIF-1α是其关键转录调控因子 | 研究主要基于5×FAD小鼠模型,在人类患者中的验证仍需进一步深入 | 探究阿尔茨海默病中小胶质细胞亚群的多样性及其致病活性的调控机制 | AD患者和5×FAD小鼠模型中的小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, SCENIC分析, 伪时间轨迹分析 | NA | 转录组数据 | AD患者和5×FAD小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2649 | 2025-11-14 |
Single-cell RNA sequencing in high-burden viral respiratory infections: Decoding immune cell subsets and immune-related differential gene expression
2025-Nov, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2025.105834
PMID:40998072
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在高负担病毒性呼吸道感染研究中揭示免疫细胞亚群和差异基因表达的最新进展 | 系统总结了scRNA-seq在COVID-19和流感等病毒性呼吸道感染中识别新型免疫细胞亚群和疾病相关生物标志物的创新发现 | 在其他微生物来源的呼吸道感染中应用scRNA-seq的研究仍然有限 | 解析高负担病毒性呼吸道感染的免疫景观和分子机制 | 人类外周血、支气管肺泡灌洗液、小鼠肺组织及外植体样本 | 单细胞组学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2650 | 2025-11-14 |
Transcriptomic profiling of mink spleen infected by Aleutian mink disease virus: Insight into immune response
2025-Nov, Research in veterinary science
IF:2.2Q1
DOI:10.1016/j.rvsc.2025.105842
PMID:41005216
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研究论文 | 本研究通过转录组学分析水貂感染阿留申水貂病毒后的脾脏免疫反应机制 | 首次系统揭示阿留申水貂病毒感染早期脾脏的转录组动态变化,识别出8个直接参与免疫反应的关键差异表达基因 | 研究仅关注脾脏组织,未涉及其他靶器官;采用传统转录组测序而非单细胞测序,可能遗漏细胞异质性信息 | 探究宿主对阿留申水貂病毒感染的免疫应答机制 | 阿留申水貂病毒感染的黑色雄性水貂脾脏组织 | 转录组学 | 病毒性疾病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12只黑色雄性水貂(4组全同胞,每组3只),感染后0、1、2、7天采集脾脏样本 | Illumina | bulk RNA-seq | Illumina TruSeq™ RNA kit, HiScanSQ | Illumina TruSeq™ RNA建库试剂盒,HiScanSQ测序平台,101 bp双端测序 |
| 2651 | 2025-11-14 |
Spatiotemporal gene expression and cellular dynamics of the developing human heart
2025-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02352-6
PMID:41162788
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研究论文 | 通过结合空间和单细胞转录组学技术,揭示了人类早期心脏发育的分子景观和细胞动态 | 首次提供了人类早期心脏发育的高分辨率转录组图谱,揭示了心脏起搏传导系统、心脏瓣膜和房间隔的形成机制,以及心脏间充质细胞的意外多样性 | 研究时间窗口仅限于孕后5.5至14周,可能无法覆盖心脏发育的完整过程 | 探索人类心脏发育过程中的基因表达时空模式和细胞动态 | 人类早期发育心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,成像验证 | NA | 空间转录组数据,单细胞转录组数据,图像数据 | 孕后5.5至14周的人类心脏发育样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2652 | 2025-11-14 |
Single-cell transcriptional decoding of iron deficiency responses in maize root tips
2025-Nov-01, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-025-03649-w
PMID:41175233
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序解析玉米根尖对铁缺乏胁迫的细胞类型特异性响应机制 | 首次在单细胞分辨率构建玉米根尖转录图谱,发现铁缺乏响应通过分布式调控网络协调,其中中柱作为转录调控枢纽整合信号 | 研究仅针对V3阶段初生根,未涵盖其他发育阶段或根区 | 解析玉米根尖对铁缺乏胁迫的细胞类型特异性响应机制 | 玉米根尖细胞 | 植物生物学 | 营养缺乏症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | NA | 基因表达数据 | 15,306个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2653 | 2025-11-14 |
Osteoarthritis year in review 2025: Genetics, genomics, and epigenetics
2025-Nov, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.08.004
PMID:40848985
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综述 | 本文回顾了2024-2025年间骨关节炎在遗传学、基因组学和表观遗传学领域的研究进展 | 整合了迄今最大规模的骨关节炎遗传学研究,并融合了染色质可及性图谱、单细胞RNA测序和空间转录组学等多种方法 | 仅关注顶级风湿病学期刊的出版物,可能遗漏其他重要研究 | 总结骨关节炎在遗传学、基因组学和表观遗传学领域的最新研究进展 | 骨关节炎相关研究文献 | 基因组学 | 骨关节炎 | 文献检索与综述 | NA | 文献数据 | 从2240篇文献中筛选出42篇进行重点讨论 | NA | 染色质可及性图谱,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2654 | 2025-11-14 |
Multi-modal spatial characterization of tumor immune microenvironments identifies targetable inflammatory niches in diffuse large B cell lymphoma
2025-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02353-5
PMID:41120574
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研究论文 | 本研究通过多模态空间技术分析弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤免疫微环境,识别出七个不同的细胞生态位 | 首次结合空间转录组学、蛋白质组学和基因组分析,系统描绘DLBCL肿瘤免疫微环境的细胞生态位结构 | 样本量相对有限(78个肿瘤),且主要关注DLBCL特定亚型 | 揭示弥漫性大B细胞淋巴瘤肿瘤免疫微环境的细胞组成和空间组织结构 | 78个弥漫性大B细胞淋巴瘤肿瘤样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 基因组分析 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 基因组数据 | 78个DLBCL肿瘤样本 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 2655 | 2025-11-14 |
Integrated Multiomics Analysis and Mendelian Randomization Identify SIRT1 as a Pivotal Aging-Associated Gene in Meningioma
2025-Nov, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70072
PMID:41208649
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和孟德尔随机化方法,揭示了SIRT1作为脑膜瘤中与衰老相关的关键基因 | 首次将衰老相关基因与脑膜瘤发病机制联系起来,并通过多种算法和单细胞RNA测序验证了SIRT1的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据集,需要进一步实验验证 | 探索脑膜瘤中与衰老相关的分子机制 | 脑膜瘤组织和健康组织 | 生物信息学 | 脑膜瘤 | 转录组测序,单细胞RNA测序,qRT-PCR,Western blot | LASSO,SVM,MCODE,ssGSEA | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个GEO数据集(GSE43290,GSE54934,GSE77259,GSE183655) | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 2656 | 2025-11-14 |
ProjectSVR: mapping single-cell RNA-seq data to reference atlases by supported vector regression
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf586
PMID:41212590
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研究论文 | 提出基于支持向量回归的单细胞RNA测序数据参考图谱映射方法ProjectSVR | 将参考图谱映射重新定义为多目标回归任务,采用集成支持向量回归方法实现平台无关和集成独立的映射 | 需要依赖构建良好的参考图谱,在参考图谱质量不佳时可能影响映射效果 | 开发单细胞RNA测序数据到参考图谱的映射方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 支持向量回归(SVR) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2657 | 2025-11-14 |
A Review of Regulation of Leaf Margin Development: Integrating Genetic, Hormonal, and Environmental Controls
2025 Nov-Dec, Physiologia plantarum
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/ppl.70627
PMID:41219798
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综述 | 本文综述了叶片边缘发育的调控机制,整合了遗传、激素和环境控制因素 | 整合了发育与环境视角,提供了叶片形态多样性的概念框架,并指出空间转录组学和基因组编辑等新兴工具的应用前景 | 作为综述文章,不包含原始实验数据,主要基于已有研究进行综合分析和讨论 | 探讨叶片边缘发育的调控机制及其在植物适应和作物改良中的潜在应用 | 叶片边缘形态发育过程及相关调控因子 | 植物发育生物学 | NA | 空间转录组学、基因组编辑 | NA | 文献资料 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2658 | 2025-11-14 |
Swimming Through Dendritic Cell Biology: Insights From Fish Models
2025-Nov, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70067
PMID:41222184
|
综述 | 本文总结了鱼类树突状细胞的研究进展,特别关注斑马鱼模型在揭示树突状细胞进化起源和功能多样性方面的价值 | 整合进化免疫学与单细胞转录组学技术,系统揭示鱼类特有树突状细胞群体的进化保守性和物种特异性特征 | 主要依赖斑马鱼模型,其他鱼类树突状细胞研究相对缺乏 | 探索树突状细胞在非哺乳类脊椎动物中的进化发展和免疫功能 | 鱼类树突状细胞,特别是斑马鱼模型中的树突状细胞群体 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2659 | 2025-11-14 |
Distinct Layer 6b transcriptomic subtypes parcellate the cortical mantle
2025-Nov, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102841
PMID:41083138
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、多重荧光原位杂交和单细胞空间转录组学技术,全面表征了大脑皮层第6b层神经元的细胞类型特性、分子异质性和空间分布 | 发现了多个具有独特分子特征的L6b亚型,并首次提供了迄今为止最广泛的L6b亚型空间分布图谱,揭示了L6b亚型在大脑皮层中的拼图式分布模式 | NA | 解析L6b神经元的细胞类型特异性特征和空间组织模式 | 大脑皮层第6b层神经元 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 多重荧光原位杂交, 单细胞空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 450,496个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2660 | 2025-11-14 |
Collection of Human Follicular Fluid, Follicle Somatic Cells, and Immature Oocytes from Individuals Undergoing In Vitro Fertilization
2025-Oct-24, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69122
PMID:41212768
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研究论文 | 本文提出了一种从接受体外受精个体中系统收集和处理卵泡内容物的标准化方案 | 开发了无需酶解剥离的卵丘细胞分离方法,保持转录组完整性;建立了从新鲜卵泡液中制备单细胞悬液用于单细胞RNA测序的逐步方案 | NA | 利用废弃的生殖组织进行人类生育力和生殖生物学的转化研究 | 人类卵巢卵泡内容物,包括卵泡液、卵母细胞、卵丘细胞和体细胞 | 生殖生物学 | 生育障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),体外成熟培养 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |