单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2641	2025-03-10	Single-cell and spatial transcriptome profiling reveal CTHRC1+ fibroblasts promote EMT through WNT5A signaling in colorectal cancer 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06236-5 PMID:40050872	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组分析，揭示了CTHRC1+成纤维细胞通过WNT5A信号促进结直肠癌中的上皮-间质转化（EMT）	首次发现CTHRC1+成纤维细胞作为WNT5A的主要来源，通过上调邻近恶性上皮细胞中的MSLN表达，促进EMT和肿瘤细胞侵袭性	研究中使用的样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探索结直肠癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其与肿瘤细胞的相互作用	结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和恶性上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
2642	2025-03-10	MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf086 PMID:40052440	研究论文	本文介绍了一种名为MAEST的新型图神经网络模型，用于在空间转录组学数据中进行空间域识别	MAEST利用图掩码自编码器进行去噪和表示精炼，并结合图对比学习以防止特征崩溃并增强模型鲁棒性，通过整合一跳和多跳表示，有效捕捉局部和全局空间关系，提高聚类精度	NA	解决现有方法在空间转录组学数据中未能充分利用空间信息的问题，提高空间域识别的准确性和鲁棒性	空间转录组学数据	机器学习	NA	图神经网络	图掩码自编码器	空间转录组学数据	包括人脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎等多种数据集
2643	2025-03-10	Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf082 PMID:40052442	研究论文	本文通过评估肿瘤微环境中的神经浸润程度，揭示了神经系统在癌症恶性功能获得中的关键作用，并提出了癌症相关神经浸润评分（C-Neural score）	提出了癌症相关神经浸润评分（C-Neural score），并揭示了其在癌症进展和预后中的重要作用	研究主要基于RNA-seq数据，未涉及其他类型的数据验证	评估神经系统在癌症恶性功能获得中的作用，并探索其作为癌症标志物的潜力	多种癌症类型的肿瘤微环境	癌症研究	癌症	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	40个批量RNA-seq数据集和55个单细胞RNA测序数据集
2644	2025-03-10	Integrated Analysis to Reveal Heterogeneity of Tumor-Associated Neutrophils in Glioma 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70745 PMID:40052358	研究论文	本研究通过整合分析揭示了胶质瘤中肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的异质性，并开发了一个预后模型	首次系统性地研究了TANs在胶质瘤中的异质性及其作用，并开发了一个基于7个基因的风险评分模型，具有显著的预后价值	研究主要基于RNA-seq数据，缺乏更多临床样本的验证，且体外实验仅验证了部分基因的功能	研究胶质瘤中TANs的异质性及其在预后中的作用，并开发预后模型	胶质瘤中的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, IHC, CCK8, EdU, Transwell, TUNEL	风险评分模型	RNA-seq数据	四个独立数据集中的胶质瘤样本
2645	2025-03-10	Decoding the corneal immune microenvironment in healthy and diabetic mice during corneal wound healing 2025-Feb-27, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.02.010 PMID:40023495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病和健康小鼠角膜在稳态和伤口愈合过程中免疫细胞的转录变化	首次建立了健康和糖尿病小鼠角膜伤口愈合过程中免疫细胞的全面单细胞RNA测序转录组图谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨糖尿病角膜病变（DK）中免疫微环境的变化及其在病理过程中的作用	糖尿病和健康小鼠的角膜免疫细胞	生物信息学	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	糖尿病和健康小鼠的角膜样本
2646	2025-03-10	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025-Feb-05, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	综述	本文探讨了灵长类大脑进化中星形胶质细胞基因表达和基因调控的变化	通过新的技术如诱导多能干细胞和单细胞RNA测序，动态和复杂地理解星形胶质细胞	主要关注灵长类动物，未涉及其他哺乳动物的星形胶质细胞进化	理解星形胶质细胞在灵长类大脑进化中的作用及其在神经系统疾病中的角色	灵长类动物中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2647	2025-03-10	[Explorations about the correlation between biological changes of meninges in periodontitis mice and cognitive impairment via single-cell RNA sequencing] 2024-Jun-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20231102-00234 PMID:38808420	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析牙周炎小鼠脑膜的生物学变化，探讨其与认知障碍之间的潜在关联	首次使用单细胞RNA测序技术研究牙周炎小鼠脑膜的生物学变化及其与认知障碍的关系	样本量较小，仅使用小鼠模型，未涉及人类样本	探讨牙周炎小鼠脑膜生物学变化与认知障碍之间的相关性	牙周炎小鼠的脑膜组织和认知功能	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	30只C57BL/6小鼠（15只对照组，15只实验组）
2648	2025-03-10	Single Cell Analysis of Human Colonoids Exposed to Uranium-Bearing Dust 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13855 PMID:38771937	研究论文	本文研究了铀尘暴露对人类结肠类器官的分子和细胞变化的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了铀尘暴露对结肠上皮细胞的转录组变化和谱系分化的影响	研究仅基于三个生物学上不同的供体的结肠类器官，样本量较小	确定铀尘暴露对结肠的分子和细胞变化	人类结肠类器官	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个生物学上不同的供体的结肠类器官
2649	2025-03-09	Plaque erosion risk and JAK2 V617F variant 2025-Mar-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf114 PMID:40053703	研究论文	本研究探讨了JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	首次明确了JAK2 V617F变异与斑块侵蚀风险之间的显著关联，并通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞在其中的潜在作用机制	研究样本量相对有限，且未涵盖所有可能的CHIP突变类型	探讨JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体	心血管疾病	心肌梗死	数字滴PCR、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体
2650	2025-03-09	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	研究论文	本文介绍了一种名为HIV-1诱导的谱系追踪（HILT）系统，用于在人类化小鼠模型中标记HIV感染的细胞，以检测罕见的潜伏感染细胞	开发了HILT系统，能够在人类化小鼠模型中不可逆地标记HIV感染的细胞，并通过单细胞RNA测序识别不同CD4+ T细胞转录谱系	研究依赖于人类化小鼠模型，可能无法完全模拟人类免疫系统的复杂性	研究HIV在早期ART治疗期间的持久性，特别是在不同T细胞谱系中的持久性	HIV-1感染的人类化小鼠模型中的CD4 T细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	RNA测序数据	免疫缺陷小鼠移植了基因修饰的造血干细胞
2651	2025-03-09	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPRi筛选的3D共培养系统iAssembloids，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	开发了iAssembloids系统，结合CRISPRi筛选技术，揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的分子机制，并探讨了APOE-ε4在阿尔茨海默病中的作用	研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的神经元-胶质细胞相互作用	研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids（3D共培养系统）	基因表达数据	NA
2652	2025-03-09	Targeting Caveolin-1 for enhanced rotator cuff repair: findings from single-cell RNA sequencing 2025-Mar-05, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02359-2 PMID:40044676	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了肩袖损伤组织中细胞亚群的异质性，并评估了Caveolin-1（Cav-1）的调节作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Cav-1在肩袖损伤中的负相关作用及其通过运动或靶向治疗调节的潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索Cav-1在肩袖损伤修复中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肩袖损伤组织中的细胞亚群	生物医学研究	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cav-1敲除和过表达模型	RNA测序数据	动物模型中的肩袖损伤组织
2653	2025-03-09	MCT4: a key player influencing gastric cancer metastasis and participating in the regulation of the metastatic immune microenvironment 2025-Mar-05, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06279-8 PMID:40045374	研究论文	本研究探讨了MCT4在胃癌及其转移中的作用，特别是其对免疫微环境的调节	首次全面利用单细胞测序和外部转录组测序数据库深入分析MCT4对胃癌及其微环境的影响机制，并通过体内外实验验证其功能	研究主要基于实验模型和临床样本，未涉及大规模人群研究，可能限制结果的普适性	阐明MCT4在胃癌发生、发展及转移中的作用及其对免疫微环境的调节机制	胃癌细胞、胃癌肝转移模型、皮下肿瘤模型及临床胃癌患者的肿瘤和正常组织样本	数字病理学	胃癌	单细胞测序、转录组测序、免疫组化、多重免疫荧光	NA	基因表达数据、组织样本	临床胃癌患者的肿瘤和正常组织样本
2654	2025-03-09	Progressive T cell exhaustion and predominance of aging tissue associated macrophages with advancing disease stage in penile squamous cell carcinoma 2025-Mar-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89760-0 PMID:40044748	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞浸润的影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统分析了PSCC肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞浸润的显著影响	样本量较小，仅包括10个PSCC组织样本，可能限制了结果的普遍性	评估PSCC肿瘤免疫微环境在疾病进展和HPV感染状态下的变化，识别晚期PSCC中的潜在免疫逃逸机制	阴茎鳞状细胞癌（PSCC）组织样本	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10个PSCC组织样本，包括阴茎、淋巴结和远处转移部位，其中4个为匹配的阴茎和淋巴结样本
2655	2025-03-09	New mouse models for exploring renal tumor extension into the inferior vena cava 2025-Mar-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07757-x PMID:40044768	研究论文	本研究开发了两种用于探索肾肿瘤延伸至下腔静脉的鼠模型	首次在BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠中开发了两种下腔静脉肿瘤血栓（IVCTT）模型，并使用人类肿瘤细胞系在BALB/c nu/nu小鼠中成功创建了IVCTT模型	NA	阐明肾肿瘤延伸至下腔静脉的发病机制，识别治疗靶点，并筛选有效药物	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠，以及人类肿瘤细胞系	肿瘤学	肾癌	单细胞转录组测序，免疫组织化学，多重免疫组织化学	鼠模型	基因表达数据，组织图像	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠
2656	2025-03-09	Bystander neuronal progenitors in forebrain organoids promote protective antiviral responses 2025-Mar-05, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03381-y PMID:40045355	研究论文	本文研究了神经元间相互作用在介导内在神经元免疫中的作用及其对限制病毒感染的贡献	揭示了在三维前脑类器官中，感染神经元与旁观神经祖细胞之间的抗病毒相互作用由I型干扰素信号介导，并发现了表达独特抗病毒基因的旁观神经祖细胞区域	在二维培养中，这种动态反应未能限制病毒传播	探讨神经元内在免疫反应在介导保护性抗病毒反应中的能力	神经元和神经祖细胞	神经科学	病毒性脑炎	空间转录组学	NA	NA	NA
2657	2025-03-09	Unveiling the key mechanisms of FOLR2+ macrophage-mediated antitumor immunity in breast cancer using integrated single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Mar-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01980-4 PMID:40045365	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合体内外实验，深入探讨了FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	揭示了FOLR2+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8 T细胞，从而在乳腺癌中发挥抗肿瘤免疫作用的新机制	NA	探讨FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	乳腺癌患者的肿瘤组织和FOLR2+巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2658	2025-03-09	Cell-Type Specific miRNA Regulatory Network Responses to ABA Stress Revealed by Time Series Transcriptional Atlases in Arabidopsis 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415083 PMID:39792694	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了拟南芥在ABA胁迫下不同时间点的miRNA调控网络响应，揭示了miRNA在植物发育和应激反应中的动态和细胞类型特异性作用	首次在单细胞水平上构建了ABA诱导的miRNA调控网络，揭示了miRNA在细胞类型特异性响应中的快速动态变化及其在调控网络中的枢纽作用	研究仅限于拟南芥，未涉及其他植物物种	研究miRNA在ABA胁迫下的动态和细胞类型特异性调控网络	拟南芥	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	不同时间点的拟南芥单细胞样本
2659	2025-03-09	Mannose Promotes β-Amyloid Pathology by Regulating BACE1 Glycosylation in Alzheimer's Disease 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409105 PMID:39807036	研究论文	本文探讨了单糖甘露糖在阿尔茨海默病（AD）病理中的作用，发现甘露糖通过调节BACE1的糖基化促进β-淀粉样蛋白（Aβ）的生成，从而加剧AD的病理进展	首次揭示了甘露糖通过调节BACE1的糖基化促进Aβ生成的具体机制，并提出了限制膳食甘露糖摄入作为AD治疗的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	研究甘露糖在阿尔茨海默病病理中的作用及其机制	AD小鼠模型及AD患者的血清样本	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢组数据	AD小鼠及AD患者的血清样本
2660	2025-03-09	Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth 2025-Mar, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02943-4 PMID:39920368	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的分化异质性及其在肿瘤发展中的作用	首次揭示了Prom1+癌细胞在Müllerian腺肉瘤中的分化异质性，并发现E2F1是Prom1谱系去分化的主要转录因子	研究样本量较小，且主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证	研究Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的分化异质性及其在肿瘤发展中的作用	Müllerian腺肉瘤（MA）及其肉瘤过度生长（MASO）的肿瘤组织	生物信息学	子宫肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MASO和配对的正常组织