本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2641 | 2025-10-06 |
Semi-supervised contrastive learning variational autoencoder Integrating single-cell multimodal mosaic datasets
2025-Aug-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06239-5
PMID:40759922
|
研究论文 | 提出基于变分自编码器的半监督对比学习框架scGCM,用于整合单细胞多模态镶嵌数据集并消除批次效应 | 开发了灵活的整合框架,专门针对单细胞多模态镶嵌数据(部分模态缺失)的整合问题,结合了半监督对比学习和变分自编码器技术 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 整合单细胞多模态镶嵌数据并消除批次效应 | 单细胞多模态镶嵌数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | 变分自编码器(VAE), 对比学习 | 单细胞多模态组学数据 | 多个数据集(未指定具体样本数量) | NA | 单细胞多模态组学 | NA | NA |
2642 | 2025-10-06 |
Repurposed clindamycin suppresses pyroptosis in tumor-associated macrophages through Inhibition of caspase-1
2025-Aug-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03478-5
PMID:40759978
|
研究论文 | 本研究通过计算生物学方法发现克林霉素可抑制肿瘤相关巨噬细胞中caspase-1活性并减少细胞焦亡 | 开发了结合单细胞转录组学、网络分析和分子对接的新型计算流程,首次发现克林霉素对caspase-1的抑制作用 | 研究主要为体外实验验证,尚未进行体内动物模型验证 | 开发肿瘤相关巨噬细胞免疫调节的药物重定位方法 | 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs),特别是葡萄膜黑色素瘤和多发性骨髓瘤来源的TAMs | 计算生物学 | 葡萄膜黑色素瘤,多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学,网络分析,多标准决策技术,药效团对接模拟,分子对接 | 计算分析流程 | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2643 | 2025-10-06 |
A programmed decline in ribosome levels governs human early neurodevelopment
2025-Aug-04, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01708-8
PMID:40760247
|
研究论文 | 本研究揭示了人类早期神经发育过程中核糖体水平程序性下降的调控机制及其对神经发育障碍的影响 | 首次发现神经上皮分化过程中核糖体水平的程序性下降,并阐明AIRIM/C1orf109变异通过影响特定转录本翻译导致神经发育缺陷的机制 | 研究主要基于人类大脑类器官模型,需要在体内系统中进一步验证 | 探究核糖体生物合成减少如何导致组织和发育特异性神经发育缺陷 | 人类大脑类器官和神经上皮细胞 | 发育生物学 | 神经发育障碍 | 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 单类器官翻译分析 | 人类大脑类器官模型 | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 翻译效率数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2644 | 2025-10-06 |
Identification of IQGAP3 prognostic potential and involvement in immune cell infiltration in LUAD
2025-Aug-04, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02976-8
PMID:40760442
|
研究论文 | 本研究探讨IQGAP3在肺腺癌中的预后价值及其通过RAS-ERK信号通路调控肿瘤进展和免疫细胞浸润的机制 | 首次系统揭示IQGAP3通过激活RAS-ERK信号通路诱导T细胞耗竭并上调PD-L1表达的新机制 | 研究主要基于临床标本和动物模型,需要进一步验证IQGAP3作为治疗靶点的临床转化潜力 | 阐明IQGAP3在肺腺癌进展和肿瘤免疫微环境调控中的作用机制 | 肺腺癌临床标本、LUAD细胞系、C57BL/6小鼠皮下移植瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, CCK-8, 集落形成, EdU掺入, 迁移侵袭实验, RT-qPCR, Western blotting, 多重免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据, 实验数据, 影像数据 | 临床标本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
2645 | 2025-10-06 |
Blocking CXCR4+ CD4+ T cells reprograms Treg-mediated immunosuppression via modulating the Rho-GTPase/NF-κB signaling axis
2025-Aug-04, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01515-8
PMID:40760450
|
研究论文 | 本研究揭示了阻断CXCR4+ CD4+ T细胞通过调节Rho-GTPase/NF-κB信号轴重编程Treg介导的免疫抑制机制 | 首次阐明CXCR4通过调控Rho-GTPase/NF-κB信号轴驱动Treg细胞介导的免疫抑制机制 | NA | 探究CXCR4在调节肿瘤微环境中Treg细胞介导的免疫抑制作用 | CD4+ T细胞、调节性T细胞(Treg)、小鼠宫颈癌模型、人类宫颈癌类器官 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 磷酸化蛋白质组学, ChIP-seq | NA | 转录组数据, 表观遗传数据, 蛋白质组数据, 临床试验数据 | 多个癌症类型的单细胞RNA-seq数据集, 两个临床试验数据集(NCT02826486和NCT04516616) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
2646 | 2025-10-06 |
Identification and validation of ANXA3 and SOCS3 as biomarkers for acute myocardial infarction related to sphingolipid metabolism
2025-Aug-04, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00515-3
PMID:40760666
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和机器学习方法鉴定并验证了ANXA3和SOCS3作为与鞘脂代谢相关的急性心肌梗死生物标志物 | 首次将鞘脂代谢相关基因与急性心肌梗死联系起来,并通过单细胞RNA测序确定了关键细胞类型及其功能 | 研究基于公共数据集,需要进一步实验验证生物标志物的临床实用性 | 探索鞘脂代谢相关基因在急性心肌梗死中的作用,为临床诊断提供支持 | 急性心肌梗死患者基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 人工神经网络, 分子对接, RT-qPCR | 人工神经网络(ANN) | 基因表达数据 | 基于GSE48060和GSE123342两个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
2647 | 2025-10-06 |
Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury
2025-Aug-04, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115414
PMID:40769386
|
研究论文 | 本研究探讨肽基精氨酸脱亚胺酶对脊髓损伤后中性粒细胞功能和长期预后的性别依赖性影响 | 首次描述脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能存在性别差异,并强调临床前研究中纳入两性的重要性 | Padi4基因敲除小鼠的运动功能恢复未观察到变化,组织保护效果存在性别依赖性 | 研究PADs在脊髓损伤后恢复中的作用及性别差异 | 小鼠脊髓损伤模型中的中性粒细胞功能 | 神经科学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq, 基因敲除 | Padi4基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学数据, 行为学数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2648 | 2025-10-06 |
A multi-tissue human knee single-cell atlas identifies that osteoarthritis reduces regenerative tissue stem cells while increasing inflammatory pain macrophages
2025-Aug-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08586-8
PMID:40753276
|
研究论文 | 构建首个膝关节骨关节炎单细胞图谱,揭示多组织分子互作机制 | 创建首个膝关节多组织单细胞图谱,首次系统揭示骨关节炎中组织干细胞减少与炎症性疼痛巨噬细胞增加的关键变化 | NA | 研究骨关节炎在多组织层面的分子互作机制 | 人类膝关节组织(关节软骨、半月板、滑膜、软骨下骨) | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2649 | 2025-10-06 |
Neurobiological subtypes of adolescent depression: a multimodal integration of morphometric similarity network and spatial transcriptomics
2025-Aug-02, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03133-7
PMID:40753308
|
研究论文 | 通过整合形态相似性网络和空间转录组学识别青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制 | 首次将形态相似性网络与空间转录组学相结合,揭示了AMDD的两种神经生物学亚型及其特异性分子通路 | 研究样本量未明确说明,需要进一步验证亚型分类的普适性 | 识别青少年重度抑郁症的神经生物学亚型并解析其分子机制 | 青少年重度抑郁症患者 | 神经科学 | 抑郁症 | 形态相似性网络分析,空间转录组学,HYDRA算法 | NA | 神经影像数据,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2650 | 2025-10-06 |
Predicting Single-Cell Drug Sensitivity Utilizing Adaptive Weighted Features for Multi-Source Domain Adaptation
2025-Aug, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3553126
PMID:40111773
|
研究论文 | 提出一种基于自适应重要性感知表示学习的多源域适应模型scAdaDrug,用于预测单个细胞的药物反应 | 引入即插即用模块生成重要性感知且相互独立的权重,以元素级方式自适应调节源域和目标域之间的潜在表示 | NA | 在单细胞水平预测药物反应,识别肿瘤中的耐药细胞亚群 | 单细胞转录组数据,包括细胞系、患者来源异种移植模型和临床肿瘤患者队列 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞测序 | 多源域适应模型,对抗域适应 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2651 | 2025-10-06 |
Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells
2025-Aug, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029
PMID:40056978
|
研究论文 | 本研究通过靶向清除CCR8+Treg细胞增强树突状细胞介导的细胞毒性T细胞抗肿瘤免疫 | 首次揭示抗CCR8疗法与PD1抑制剂联用通过破坏CCR8+Treg-CCL5+DC相互作用及激活JAK-STAT通路增强抗肿瘤免疫的机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本验证有限 | 评估靶向CCR8+Treg细胞联合PD1抑制剂在非小细胞肺癌中的抗肿瘤疗效及机制 | 非小细胞肺癌小鼠模型及晚期NSCLC临床患者 | 免疫肿瘤学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序, 流式细胞术, 多色免疫荧光, Luminex检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据 | 四种NSCLC荷瘤小鼠模型,治疗第3/7/14/21天动态采样 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
2652 | 2025-10-06 |
Remodelling hypoxic TNBC microenvironment restores antitumor efficacy of Vγ9Vδ2 T cell therapy
2025-Aug, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03045-x
PMID:40437021
|
研究论文 | 本研究通过重塑三阴性乳腺癌缺氧微环境,恢复Vγ9Vδ2 T细胞疗法的抗肿瘤疗效 | 发现TNBC微环境中γδ T细胞的功能异质性,证明通过抑制HIF-1信号通路可逆转其抑制状态 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证 | 探索增强Vγ9Vδ2 T细胞疗法对三阴性乳腺癌疗效的策略 | 三阴性乳腺癌患者、非三阴性乳腺癌患者和健康个体的γδ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 流式细胞术、原子力显微镜、共聚焦激光扫描显微镜、单细胞RNA测序 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据、显微镜图像 | TCGA数据库、公共单细胞RNA-seq数据集和实验小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2653 | 2025-10-06 |
Patterns of intra- and intertumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer
2025-Aug-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI186599
PMID:40493417
|
研究论文 | 本研究通过整合组织原位和测序方法,分析了52例转移性前列腺癌患者的630多个肿瘤样本,揭示了致死性前列腺癌在患者间、转移灶间和细胞水平的表型异质性模式 | 首次系统描绘了转移性前列腺癌在患者个体内和个体间的表型异质性模式,发现了分子亚型异质性与基因组和临床特征的关联 | 样本量相对有限(52例患者),且主要聚焦于致死性前列腺癌,可能不适用于早期疾病 | 定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内异质性的模式、程度和后果 | 52例转移性前列腺癌患者的630多个肿瘤样本 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 单细胞测序,组织原位分析,整合测序方法 | NA | 基因组数据,组织样本,单细胞测序数据 | 52例患者的630多个肿瘤样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
2654 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, and Mendelian randomization to elucidate the role of HLA-DPA1 expression levels and non-classical monocytes in the pathogenesis of idiopathic pulmonary arterial hypertension
2025-Aug, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145284
PMID:40545078
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究和孟德尔随机化分析,阐明HLA-DPA1表达水平和非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病机制中的作用 | 首次将scRNA-seq、GWAS、eQTL和sc-eQTL数据整合分析,识别出与非经典单核细胞特异性相关且与PAH存在因果关系的基因HLA-DPA1 | NA | 阐明特发性肺动脉高压的免疫相关治疗靶点 | 特发性肺动脉高压患者的非经典单核细胞和HLA-DPA1基因 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 表达数量性状位点分析, 单细胞eQTL分析, 批量RNA测序 | 孟德尔随机化 | 基因表达数据, 基因组数据 | 特发性肺动脉高压患者的肺组织和外周血单核细胞转录谱 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
2655 | 2025-10-06 |
Targeting the HNRNPA2B1/HDGF/PTN Axis to Overcome Radioresistance in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Aug, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1089/ars.2024.0808
PMID:40643435
|
研究论文 | 本研究探索HNRNPA2B1/HDGF/PTN信号轴通过调控自噬依赖性铁死亡促进非小细胞肺癌放射抵抗的分子机制 | 首次揭示HNRNPA2B1/HDGF/PTN信号轴通过调控自噬依赖性铁死亡介导非小细胞肺癌放射抵抗的新机制 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,尚未在临床样本中验证 | 揭示非小细胞肺癌放射抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 非小细胞肺癌细胞系和鼠肿瘤模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 流式细胞术, 生化染色, RT-qPCR, Western blot, MeRIP-qPCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 表观遗传修饰数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2656 | 2025-10-06 |
Defining the Ovarian Cancer Precancerous Landscape through Modeling Fallopian Tube Epithelium Reprogramming Driven by Extracellular Vesicles
2025-Aug-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0064
PMID:40689422
|
研究论文 | 本研究通过微流体组织培养平台结合空间转录组和蛋白质组分析,探索卵巢癌来源的小细胞外囊泡对输卵管上皮细胞重编程的影响 | 开发了首个结合空间转录组和蛋白质组读数的微流体组织培养平台,能够同时捕获组织对sEV暴露的短期转录组变化和长期蛋白质组响应 | 研究使用体外培养系统,可能无法完全模拟体内环境;样本规模相对有限 | 阐明卵巢癌前病变的分子机制,特别关注细胞外囊泡驱动的输卵管上皮重编程 | 人输卵管上皮细胞和卵巢癌来源的小细胞外囊泡 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学, 蛋白质组学, 微流体组织培养 | 微流体组织培养模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | 微流体组织培养平台结合空间转录组和蛋白质组读数 |
2657 | 2025-10-06 |
Integrative Single-Cell Analysis Reveals Iron Overload-Induced Senescence and Metabolic Reprogramming in Ovarian Endometriosis-Associated Infertility
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417528
PMID:40693455
|
研究论文 | 通过整合单细胞分析揭示铁过载诱导卵巢子宫内膜异位症相关不孕中的细胞衰老和代谢重编程 | 首次结合单细胞图谱和空间转录组学揭示铁过载在卵巢子宫内膜异位症不孕中的细胞衰老机制 | 研究样本量有限,主要基于小鼠模型和部分人类卵巢样本 | 研究铁过载对卵巢子宫内膜异位症相关不孕患者卵泡功能的影响机制 | 卵巢子宫内膜异位症不孕患者的排卵前卵泡液、铁过载小鼠卵巢、衰老人类卵巢 | 数字病理学 | 卵巢子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞数据, 空间转录组数据 | 卵巢子宫内膜异位症不孕患者卵泡液样本、铁过载小鼠卵巢、衰老人类卵巢样本 | 华大基因 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Stereo-seq | 华大基因Stereo-seq空间转录组技术 |
2658 | 2025-10-06 |
SCENE: Signature Collection for Endometrial Cancer Prognosis
2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70762
PMID:40754672
|
研究论文 | 开发了一个名为SCENE的数据库,用于收集子宫内膜癌转录组特征并与患者预后相关联 | 创建了首个专门针对子宫内膜癌的转录组特征与预后关联数据库,整合了多种RNA类型的特征数据 | 基于文献回顾而非原始实验数据,可能受限于已发表研究的质量和覆盖面 | 改善子宫内膜癌的预后预测准确性 | 子宫内膜癌患者 | 生物信息学 | 子宫内膜癌 | 单细胞转录组分析(scRNA-seq), 文献挖掘 | 数据库系统 | 文本数据, 转录组数据 | 约200项研究,包含700个mRNA特征、60个miRNA特征和150个lncRNA特征 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2659 | 2025-10-06 |
Nanoparticle-Delivered siRNA Targeting NSUN4 Relieves Systemic Lupus Erythematosus through Declining Mitophagy-Mediated CD8+T Cell Exhaustion
2025-Aug, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70311
PMID:40761479
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序发现系统性红斑狼疮中CD7+CD74+ CD8+T细胞亚群扩增,并揭示NSUN4通过调控线粒体自噬促进CD8+T细胞耗竭的机制 | 首次发现CD7+CD74+ CD8+T细胞亚群在SLE中的扩增现象,阐明NSUN4通过m5C修饰调控CD74表达和线粒体自噬的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人体中的治疗效果需要进一步验证 | 探索系统性红斑狼疮中CD8+T细胞耗竭的分子机制并开发治疗策略 | 系统性红斑狼疮患者和SLE小鼠模型 | 表观转录组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序,m5C表观转录组测序,siRNA纳米颗粒递送 | NA | 转录组数据,表观遗传数据 | SLE患者和对照人群的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序,表观转录组测序 | NA | NA |
2660 | 2025-10-06 |
Anatomical Region-Specific Transcriptomic Signatures and the Role of Epithelial Cells in Pterygium Inflammation: A Multi-Omics Analysis
2025-Aug-01, Translational vision science & technology
IF:2.6Q2
DOI:10.1167/tvst.14.8.13
PMID:40772680
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示翼状胬肉不同解剖区域的转录组特征及上皮细胞在炎症中的作用 | 首次区分翼状胬肉主体区和附属区的分子特征,发现上皮细胞在ANPTL、IL1和KLK信号网络中的关键作用 | 样本量较小(6例批量RNA-seq,2例单细胞RNA-seq) | 理解翼状胬肉不同解剖区域的细胞和分子模式差异,重点关注炎症和线粒体能量代谢 | 翼状胬肉患者组织样本 | 生物信息学 | 翼状胬肉 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | 转录组数据 | 6例批量RNA-seq样本,2例单细胞RNA-seq样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |