单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26561	2024-08-09	Medical bioinformatics in melanoma 2018-03, Current opinion in oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1097/CCO.0000000000000428 PMID:29227308	综述	本文综述了下一代测序技术在黑色素瘤生物学、治疗抵抗和新治疗途径方面的应用	通过全基因组测序、全外显子测序和RNA测序重新定义了黑色素瘤的分子分类，揭示了定义临床亚型的独特遗传畸变，并揭示了个体肿瘤中存在的多样性异质性	NA	总结近期全基因组研究，探讨单细胞RNA测序研究以及个性化疫苗方法在黑色素瘤治疗中的应用	黑色素瘤的分子分类、遗传畸变、肿瘤异质性及治疗抵抗	生物信息学	黑色素瘤	下一代测序(NGS), 全基因组测序, 全外显子测序, RNA测序	NA	基因组数据, RNA数据	多个黑色素瘤亚型, 单细胞水平
26562	2024-08-09	Single-Cell RNA-seq Reveals a Subpopulation of Prostate Cancer Cells with Enhanced Cell-Cycle-Related Transcription and Attenuated Androgen Response 2018-02-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-17-1924 PMID:29233929	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了144个经过或未经过雄激素处理的同步化LNCaP前列腺癌细胞的转录组，识别出八个潜在的LNCaP细胞亚群，揭示了前列腺癌细胞对雄激素刺激的先前未被重视的细胞异质性	本研究首次揭示了一个具有干细胞样特征的亚群，该亚群表现出较慢的细胞倍增率、增强的球体形成能力和对有丝分裂抑制剂诱导的G-M阻滞的抵抗性，以及对雄激素受体信号依赖性的降低	NA	研究前列腺癌中存在的少数细胞亚群，这些亚群在雄激素剥夺治疗后可能成为优势克隆	LNCaP前列腺癌细胞的亚群及其对雄激素处理的响应	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	144个单细胞
26563	2024-08-09	Single-cell transcriptome sequencing reveals that cell division cycle 5-like protein is essential for porcine oocyte maturation 2018-02-02, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.M117.809608 PMID:29222335	研究论文	本文通过单细胞转录组测序研究了细胞分裂周期5-样蛋白（CDC5L）在猪卵母细胞成熟中的作用	首次揭示了CDC5L蛋白在猪卵母细胞减数分裂和早期胚胎发育中的潜在新作用	NA	探索BCB测试背后的分子机制，并研究CDC5L蛋白在猪卵母细胞成熟中的作用	猪卵母细胞	分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	BCB阴性和BCB阳性猪卵母细胞
26564	2024-08-09	SIDR: simultaneous isolation and parallel sequencing of genomic DNA and total RNA from single cells 2018-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.223263.117 PMID:29208629	研究论文	本文报道了一种名为SIDR的新方法，用于从单个细胞中同时分离基因组DNA和总RNA，该方法通过低渗裂解保留核膜完整性，并使用抗体偶联的磁性微珠捕获细胞裂解物，实现了高回收率和低交叉污染。	SIDR方法能够同时高效地从单个细胞中分离基因组DNA和总RNA，适用于单细胞水平的基因组和转录组测序分析。	尽管SIDR-seq在捕获拷贝数和单核苷酸变异方面比传统的单细胞RNA测序更准确，但拷贝数变异与相应基因表达水平之间存在正相关关系。	开发一种新技术，用于在单细胞水平上同时分析基因组和转录组，以揭示基因组和转录组的变异及其相关性。	单个细胞中的基因组DNA和总RNA。	基因组学	NA	实时PCR	NA	基因组和转录组数据	单个细胞
26565	2024-08-09	Spatial reconstruction of immune niches by combining photoactivatable reporters and scRNA-seq 2017-12-22, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aao4277 PMID:29217582	研究论文	本文开发了一种名为NICHE-seq的方法，结合光激活荧光报告基因、双光子显微镜和单细胞RNA测序，用于推断细胞和分子组成的微环境	NICHE-seq方法能够高度重现空间组织重建，识别特定微环境的稀有免疫亚群和基因程序	NA	阐明细胞类型及其分子途径的高阶空间组织	免疫细胞网络的高阶组装	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	图像	包括感染的B细胞滤泡中的自然杀伤细胞和脾脏及肿瘤中的不同骨髓状态
26566	2024-08-09	Estimation of immune cell content in tumour tissue using single-cell RNA-seq data 2017-12-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-02289-3 PMID:29230012	研究论文	本文通过数学解卷积方法，利用肿瘤来源的单细胞RNA测序数据中的指示特异性和细胞类型特异的参考基因表达谱（RGEPs），深入分析了如何从批量基因表达数据中推导出实体肿瘤的细胞组成	本文证明了肿瘤来源的RGEPs对于成功解卷积至关重要，而外周血的RGEPs是不够的	NA	预测患者对免疫治疗的反应	实体肿瘤的免疫细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26567	2024-08-09	scRNASeqDB: A Database for RNA-Seq Based Gene Expression Profiles in Human Single Cells 2017-Dec-05, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes8120368 PMID:29206167	research paper	本文介绍了scRNASeqDB数据库，该数据库收集并整理了几乎所有目前可用的人类单细胞转录组数据集，涵盖200种人类细胞系或细胞类型及13,440个样本	scRNASeqDB是首个能够全面收集、整理和比较人类单细胞RNA测序数据表达特征的数据库	NA	构建一个全面的人类单细胞RNA测序数据表达特征数据库	人类单细胞转录组数据集	natural language processing	NA	scRNA-Seq	NA	text	涵盖200种人类细胞系或细胞类型及13,440个样本
26568	2024-08-09	Transcriptional Noise and Somatic Mutations in the Aging Pancreas 2017-12-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2017.11.009 PMID:29211979	研究论文	研究探讨了胰腺β细胞异质性的潜在机制及其功能意义	通过单细胞RNA测序技术揭示了随着年龄增长，胰腺细胞转录噪声增加和体细胞突变积累的现象	NA	探讨胰腺β细胞异质性的机制及其功能意义	人类胰腺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
26569	2024-08-09	High-Resolution Single-Cell Sequencing of Malaria Parasites 2017-12-01, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evx256 PMID:29220419	研究论文	本文介绍了一种高分辨率的单细胞测序方法，用于分析恶性疟原虫的多重感染	通过荧光激活细胞分选和全基因组测序，实现了对恶性疟原虫基因组的高效、近完整捕获	NA	旨在理解恶性疟原虫感染的复杂性	恶性疟原虫的单细胞基因组	基因组学	疟疾	单细胞测序	NA	基因组数据	48个单细胞基因组
26570	2024-08-09	Comparative analysis of single-cell RNA sequencing data from mouse spermatogonial and mesenchymal stem cells to identify differentially expressed genes and transcriptional regulators of germline cells 2018-07, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.26303 PMID:29194616	研究论文	本研究通过比较单细胞RNA测序数据，分析了小鼠精原干细胞和间充质干细胞中差异表达基因及调控生殖细胞转录的因子	本研究首次鉴定了1,584个上调的差异表达基因，并识别了12个基础转录因子和3个序列特异性转录因子，以及两个重要的蛋白质相互作用网络中的蛋白质复合物	NA	揭示精原干细胞生物学的分子机制，并为细胞类型转换方法和生殖细胞的生产提供候选因子	小鼠精原干细胞和间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	12个精原干细胞和16个间充质干细胞
26571	2024-08-09	Cross-platform single cell analysis of kidney development shows stromal cells express Gdnf 2018-02-01, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2017.11.006 PMID:29183737	研究论文	本研究使用三种独立平台（Drop-Seq、Chromium 10x Genomics和Fluidigm C1）进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，研究E14.5小鼠肾脏发育过程中的细胞群体和分子机制	通过一种新的整合监督计算策略，成功地协调和比较了所有三种技术平台的细胞谱，并意外发现间质细胞表达GDNF，这推翻了之前认为的只有肾小管祖细胞是GDNF唯一来源的观点	使用无监督方法ICGS未能识别和确认16种不同细胞群体的存在	研究肾脏发育过程中的细胞群体和分子机制	E14.5小鼠肾脏的单细胞RNA测序分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	E14.5小鼠肾脏样本
26572	2024-08-09	Transcriptional Regulation and Genes Involved in First Lineage Specification During Preimplantation Development 2018, Advances in anatomy, embryology, and cell biology DOI:10.1007/978-3-319-63187-5_4 PMID:29177763	review	本文综述了哺乳动物植入前发育过程中第一谱系指定相关的转录调控机制和关键基因	强调了通过基因组操作、活体成像、单细胞转录组学和功能缺失研究获得的最新见解	NA	探讨哺乳动物植入前发育中第一谱系指定的转录调控和相关基因	转录因子如Oct4、Sox2、Nanog、Cdx2和Eomes在细胞谱系指定中的作用	NA	NA	基因组操作、活体成像、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
26573	2024-08-09	Synaptic and peptidergic connectome of a neurosecretory center in the annelid brain 2017-12-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.26349 PMID:29199953	研究论文	本研究利用透射电子显微镜和基因表达图谱分析了海洋环节动物幼体脑中神经分泌中心的突触和肽能连接组	首次重建了78个神经分泌神经元，并绘制了它们在脑中的突触连接，揭示了神经分泌中心内广泛的肽能信号网络及其与突触脑的连接	NA	理解动物脑中神经分泌中心的功能	神经分泌中心的细胞类型、突触和肽能网络	神经科学	NA	透射电子显微镜、基因表达图谱	NA	单细胞转录组数据	78个神经分泌神经元
26574	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of avian neural crest migration reveals signatures of invasion and molecular transitions 2017-12-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.28415 PMID:29199959	研究论文	本文首次对鸡胚中颅神经嵴细胞迁移的三个进展阶段进行了单细胞转录组分析，并确定了细胞位置与时间特异性转录特征之间的层次关系	发现了神经嵴细胞中最具侵袭性的Trailblazer细胞的新转录特征，并揭示了神经嵴细胞迁移流中的分子多样性和动态变化	基因敲降实验显示对总迁移距离的影响较小，且在体内表达分析中发现了某些盐和胡椒模式	探究神经嵴细胞如何在胚胎中以定向和集体的方式迁移	鸡胚中的颅神经嵴细胞	分子生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约900个基因
26575	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq analysis reveals dynamic trajectories during mouse liver development 2017-Dec-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4342-x PMID:29202695	研究论文	本研究利用无标记单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肝脏发育过程中胎儿肝脏干细胞/祖细胞（LSPCs）的转录组动态变化	采用无标记单细胞RNA测序技术，揭示了LSPCs在发育过程中的动态轨迹，并提供了新的生物标志物评估和预测方法	NA	探究小鼠肝脏发育过程中LSPCs的分化和成熟轨迹	小鼠肝脏发育过程中的LSPCs	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	507个细胞从胚胎第11.5天到出生后第2.5天的七个阶段随机选择，以及52个出生后第3.25天的小鼠肝脏Epcam阳性胆管细胞
26576	2024-08-09	Multimodal profiling of single-cell morphology, electrophysiology, and gene expression using Patch-seq 2017-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.120 PMID:29189773	研究论文	本文介绍了Patch-seq技术，该技术结合了全细胞膜片钳记录、免疫组织化学和单细胞RNA测序，用于全面分析小鼠脑切片中单个神经元的形态学、电生理学和基因表达特征	Patch-seq技术首次实现了对单个神经元的多模态分析，包括形态学、电生理学和基因表达	该技术需要熟练的电生理学家、分子生物学家和生物统计学家的共同努力，且整个过程需要约两周时间	探索神经元之间多维表型变异性的相关性，并在单细胞水平上关联基因表达与表型	小鼠脑切片中的单个神经元	NA	NA	Patch-seq, 全细胞膜片钳记录, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序	NA	形态学数据, 电生理数据, 转录组数据	单个神经元
26577	2024-08-09	Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell population reference data 2017-11-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-01860-2 PMID:29187729	研究论文	本文开发了一个名为“iCpSc”的软件包，用于整合细胞群体RNA测序（cpRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以推断单细胞转录组的生物学分化时间	通过使用匹配的细胞群体数据作为参考，本文提出了一种无偏倚的方法来关联细胞周期检查点与单细胞内部分子计时器，并预测了M期在调控小鼠胚胎干细胞神经分化速度中的作用	NA	研究单细胞RNA测序数据中的细胞分化时间及其调控机制	小鼠胚胎干细胞的神经分化过程	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算模型	RNA测序数据	未具体说明
26578	2024-08-09	Genome-wide segregation of single nucleotide and structural variants into single cancer cells 2017-Nov-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4286-1 PMID:29178827	研究论文	本文介绍了一种新的微流控扩增子策略，用于在单个癌细胞中全面检测单核苷酸和结构变异	该方法通过检测结构变异断点序列而非相对读取深度来推断拷贝数变化，能够重建恶性肿瘤的克隆结构和突变历史	目前的单细胞测序策略在检测所有类型的单核苷酸和结构变异方面能力不足	开发一种能够在单个癌细胞中高效检测所有类别和大小的基因组变异的新方法	单个癌细胞中的单核苷酸和结构变异	数字病理学	白血病	微流控扩增子	NA	基因组数据	来自一名白血病患者的细胞
26579	2024-08-09	[The future of forensic DNA analysis for criminal justice] 2017-Nov, Medecine sciences : M/S DOI:10.1051/medsci/20173311014 PMID:29200395	综述	本文综述了法医DNA分析技术在刑事司法中的应用及其未来发展	介绍了高通量测序和单细胞测序等新技术在法医DNA分析中的应用	传统技术在解释复杂DNA样本（如降解DNA和混合DNA）时存在困难	强调新技术在法医DNA分析中的强大功能，并确保符合现有法国立法	法医DNA分析技术及其在刑事司法中的应用	NA	NA	高通量测序、单细胞测序	NA	DNA	约20个DNA微卫星
26580	2024-08-09	Progress and challenges of sequencing and analyzing circulating tumor cells 2018-10, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-017-9418-5 PMID:29168077	综述	本文综述了循环肿瘤细胞（CTCs）的测序和分析进展及其在临床中的应用	利用下一代测序（NGS）和单细胞测序（SCS）技术，科学家能够获取CTC的完整基因组，并与相应的原发和转移肿瘤进行比较	CTC的基因组和转录组测序相比癌症活检和循环肿瘤DNA测序更为复杂和技术上更具挑战性，包括从白细胞背景中纯化肿瘤细胞、无损收集细胞、获取无偏差的基因组和转录组扩增材料以及准确分析CTC测序数据	探讨CTC测序的生物学和潜在临床应用，以及未来的挑战和展望	循环肿瘤细胞（CTCs）的基因组和转录组	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）、单细胞测序（SCS）	NA	基因组、转录组	NA