单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26521	2024-08-09	Detection of HPV E7 Transcription at Single-Cell Resolution in Epidermis 2018-12, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2018.06.169 PMID:29964033	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术检测了表达HPV16 E7基因的小鼠角质形成细胞中HPV16-E7 mRNA的表达	本研究首次在单细胞水平上敏感且特异性地检测到HPV16-E7 mRNA，并发现E7 mRNA拷贝数与E7诱导基因表达增加相关	NA	探讨HPV感染与鳞状细胞癌发展之间的可能联系	表达HPV16 E7基因的小鼠角质形成细胞	数字病理学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	表达HPV16 E7基因的小鼠角质形成细胞
26522	2024-08-09	A novel long noncoding RNA lnc158 promotes the differentiation of mouse neural precursor cells into oligodendrocytes by targeting nuclear factor-IB 2018-09-05, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000001083 PMID:29965871	研究论文	本文报道了一种新的非编码RNA lnc158，通过靶向核因子-IB促进小鼠神经前体细胞向少突胶质细胞的分化	发现了一种新的非编码RNA lnc158，其在神经前体细胞中通过调节NFIB编码基因的转录水平，促进少突胶质细胞的分化	NA	研究非编码RNA在正常少突胶质细胞分化中的作用	非编码RNA lnc158及其在神经前体细胞分化为少突胶质细胞中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠少突胶质细胞
26523	2024-08-09	Gene mutations and clonal architecture in myelodysplastic syndromes and changes upon progression to acute myeloid leukaemia and under treatment 2018-09, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.15461 PMID:29974943	研究论文	本研究通过测序八个患者的骨髓样本，分析了骨髓增生异常综合症（MDS）及其向急性髓系白血病（AML）进展过程中的基因突变和克隆结构变化，以及治疗对其的影响	首次通过单细胞测序证实了不同克隆中相同基因的多个突变，并发现DNA甲基化变化可能与单个患者的进展相关	样本量较小，仅涉及八个患者	理解MDS及其向AML进展的疾病动态，优化治疗方案	MDS患者的基因突变和克隆结构	数字病理学	骨髓增生异常综合症	DNA甲基化分析	NA	基因组数据	八个患者的骨髓样本
26524	2024-08-09	Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment 2018-08-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.05.060 PMID:29961579	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了乳腺癌肿瘤微环境中45,000个免疫细胞的表型多样性	开发了SEQC预处理管道和Biscuit贝叶斯聚类与归一化方法来解决单细胞数据的计算挑战，并分析了T细胞受体（TCR）序列对表型多样性的组合影响	NA	理解癌症进展和免疫治疗反应的机制	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞表型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	45,000个免疫细胞和27,000个额外T细胞
26525	2024-08-09	Recovering Gene Interactions from Single-Cell Data Using Data Diffusion 2018-07-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.05.061 PMID:29961576	研究论文	本文开发了一种名为MAGIC的方法，通过数据扩散在相似细胞间共享信息，以去噪细胞计数矩阵并填补缺失的转录本，从而从单细胞RNA测序数据中恢复基因间的相互作用	提出了MAGIC方法，通过数据扩散技术在相似细胞间共享信息，有效去噪并填补单细胞RNA测序数据中的缺失转录本	NA	解决单细胞RNA测序技术中的技术噪声问题，特别是由于mRNA分子采样不足导致的“dropout”现象，以恢复重要的基因间关系	单细胞RNA测序数据中的基因间相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞计数矩阵	涉及多个生物系统
26526	2024-08-09	Recent Developments in Single-Cell RNA-Seq of Microorganisms 2018-07-17, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2018.06.008 PMID:29958658	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在微生物领域的最新进展，并讨论了当前的挑战和未来方向	单细胞RNA测序技术在微生物领域的应用尚不广泛，主要受限于细胞壁的阻碍和RNA材料的不足	当前单细胞RNA测序技术的检测效率较低，需要进一步的开发或改进	探讨单细胞RNA测序技术在微生物领域的应用，并提出改进方向	微生物的单细胞RNA测序技术	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26527	2024-08-09	Lifelong CMV infection improves immune defense in old mice by broadening the mobilized TCR repertoire against third-party infection 2018-07-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1719451115 PMID:29967140	研究论文	本文探讨了终身感染巨细胞病毒（CMV）对老年小鼠免疫防御的影响，特别是通过扩大动员的TCR库对第三方感染的反应。	研究发现，老年小鼠感染CMV后，其针对模型抗原OVA的CD8 T细胞受体β（TCRβ）库显示出更多样化的克隆型，这些克隆型提供了广泛的抗原肽变体识别能力。	研究主要集中在老年小鼠模型上，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于人类。	探讨CMV感染对老年小鼠免疫防御的影响及其潜在的积极作用。	研究对象包括老年小鼠、CMV感染以及模型抗原OVA。	免疫学	NA	单细胞测序	NA	T细胞受体β（TCRβ）库数据	研究涉及成年、老年对照和老年CMV感染的小鼠群体
26528	2024-08-09	Transcriptional synergy as an emergent property defining cell subpopulation identity enables population shift 2018-07-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05016-8 PMID:29968757	研究论文	本文提出了一种基于转录因子协同作用定义细胞亚群身份的计算平台TransSyn，并展示了其在再生医学中的应用潜力	开发了一种新的计算平台TransSyn，用于识别决定细胞亚群身份的协同转录核心，并预测细胞亚群间的身份转换	NA	开发一种新的计算方法来识别和利用转录因子的协同作用，以定义细胞亚群的身份	细胞亚群的身份及其转录因子协同作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	186个亚群，3786对细胞亚群
26529	2024-08-09	Human in vivo-generated monocyte-derived dendritic cells and macrophages cross-present antigens through a vacuolar pathway 2018-07-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-04985-0 PMID:29967419	研究论文	研究探讨了人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞通过空泡途径交叉呈递抗原的能力	首次证实人体自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞能够通过空泡途径有效交叉呈递抗原	研究仅限于使用腹水中的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞，未涉及其他来源的细胞	探究人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞交叉呈递抗原的机制	人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	腹水中的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞
26530	2024-08-09	AmpUMI: design and analysis of unique molecular identifiers for deep amplicon sequencing 2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty264 PMID:29949956	研究论文	本文介绍了AmpUMI软件工具，用于设计和分析基于UMI的扩增子测序研究	提出了一个模型来确定防止UMI碰撞和减少等位基因畸变所需的最小UMI长度，并开发了AmpUMI软件工具	NA	旨在为扩增子测序实验提供最佳UMI长度设计的指导	扩增子测序实验中的UMI设计和分析	测序技术	NA	扩增子测序	NA	DNA片段	NA
26531	2024-08-09	Scalable preprocessing for sparse scRNA-seq data exploiting prior knowledge 2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty293 PMID:29949988	研究论文	本文介绍了一种名为UNCURL的预处理框架，该框架基于非负矩阵分解，用于处理稀疏的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，能够处理不同的采样分布，扩展到大细胞数量，并能整合先验生物学知识	UNCURL能够处理稀疏的scRNA-seq数据，并能整合先验生物学知识，提高了常见scRNA-seq工具在聚类、可视化和谱系估计方面的性能	NA	开发一种能够处理大规模稀疏scRNA-seq数据并整合先验知识的预处理框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	scRNA-seq数据	130万细胞
26532	2024-08-09	Random forest based similarity learning for single cell RNA sequencing data 2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty260 PMID:29950006	研究论文	本文介绍了一种基于随机森林的方法RAFSIL，用于从单细胞RNA测序数据中学习细胞间的相似性	RAFSIL采用两步法，首先针对单细胞RNA测序数据进行特征构建，然后进行相似性学习，能够适应和扩展，并可用于探索性数据分析任务	NA	开发一种新的方法来准确获取单细胞RNA测序数据中的细胞间相似性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机森林	文本	多个数据集
26533	2024-08-09	A Guide to Single-Cell Transcriptomics in Adult Rodent Brain: The Medium Spiny Neuron Transcriptome Revisited 2018, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2018.00159 PMID:29970990	研究论文	本文分析并简化了从大脑中进行单细胞分离的关键步骤方法，并使用中棘神经元（MSN）作为示例展示了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据。	本文通过标准化单细胞分离的重要步骤，提高了数据的比较性，并通过高分辨率的单细胞测序重新定义了MSN的转录组。	NA	旨在通过单细胞转录组学技术深入理解大脑的细胞复杂性，并标准化单细胞分离技术以提高数据的可比性。	中棘神经元（MSN）及其亚型，特别是表达D1和D2多巴胺受体的MSN亚型。	数字病理学	精神疾病，神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未明确提及
26534	2024-08-09	Deconstructing Adipogenesis Induced by β3-Adrenergic Receptor Activation with Single-Cell Expression Profiling 2018-08-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2018.05.025 PMID:29937373	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了在β3-肾上腺素受体激活下，附睾白色脂肪组织（eWAT）和腹股沟白色脂肪组织（iWAT）中基质/血管细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术全面且无偏地解析了β3-肾上腺素受体激活诱导的脂肪生成过程中基质细胞的异质性，并揭示了不同亚群间的功能交互	NA	探究β3-肾上腺素受体激活对脂肪生成的影响及其机制	附睾和腹股沟白色脂肪组织中的基质/血管细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	超过33,000个基质/血管细胞
26535	2024-08-09	Gene expression distribution deconvolution in single-cell RNA sequencing 2018-07-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1721085115 PMID:29946020	研究论文	本文提出了一种名为DESCEND的方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中解卷积真实的跨细胞基因表达分布，从而改进分布特性的估计，如分散度和非零分数	DESCEND方法能够调整细胞水平的协变量，如细胞大小、细胞周期和批次效应，并通过与RNA FISH数据的比较、数据分割和模拟来评估其噪声模型和估计准确性	NA	开发一种方法来从scRNA-seq数据中准确推断基因表达分布的特性	单细胞RNA测序数据中的基因表达分布	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	基于九个公共数据集
26536	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Dynamic Early Embryonic-like Programs during Chemical Reprogramming 2018-Jul-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.05.025 PMID:29937202	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了化学重编程过程中多个时间点的36,199个单细胞转录组，揭示了从XEN样状态到多能性的动态早期胚胎样程序	首次揭示了化学重编程中早期胚胎样程序的关键作用，并通过精细调节化学处理加速了重编程过程	NA	探索化学重编程过程中分子动力学，特别是多能性获得的分子基础	化学重编程过程中的单细胞转录组	NA	NA	RNA测序	NA	转录组	36,199个单细胞
26537	2024-08-09	A stromal cell population that inhibits adipogenesis in mammalian fat depots 2018-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0226-8 PMID:29925944	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，在小鼠模型中揭示了皮下脂肪组织中基质血管部分的不同亚群的脂肪干细胞和前体细胞，并发现其中一种亚群CD142脂肪生成调节细胞能抑制体内外的脂肪细胞形成。	本研究首次揭示了脂肪生成调节细胞的存在及其在调节脂肪组织可塑性中的潜在重要作用。	研究主要基于小鼠模型，对人类中的功能保守性尚需进一步验证。	探讨脂肪细胞发育和分化的机制及其在肥胖和相关并发症中的作用。	脂肪干细胞和前体细胞，特别是CD142脂肪生成调节细胞。	NA	肥胖，2型糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠皮下脂肪组织样本
26538	2024-08-09	SAVER: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing 2018-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0033-z PMID:29941873	研究论文	本文介绍了一种名为SAVER的单细胞RNA测序（scRNA-seq）基因表达恢复方法	SAVER方法通过跨基因和细胞的信息借用，为所有基因提供准确的表达估计	NA	解决单细胞RNA测序中基因表达量化不准确的问题	单细胞RNA测序数据中的基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
26539	2024-08-09	Early metazoan cell type diversity and the evolution of multicellular gene regulation 2018-07, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-018-0575-6 PMID:29942020	研究论文	本文利用全器官单细胞RNA测序技术，研究了海绵、栉水母和扁形动物等非两侧对称动物的细胞类型特异性转录，揭示了这些生物中细胞类型的多样性和基因调控程序的复杂性	本文首次揭示了扁形动物中多种肽能细胞的存在，并展示了细胞类型多样性与基因调控复杂性之间的关系	NA	研究早期后生动物细胞类型的多样性及其基因调控程序的进化	海绵、栉水母和扁形动物等非两侧对称动物的细胞类型及其基因调控程序	基因调控	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及海绵、栉水母和扁形动物等多个物种
26540	2024-08-09	Single-cell profiling of breast cancer T cells reveals a tissue-resident memory subset associated with improved prognosis 2018-07, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0078-7 PMID:29942092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了乳腺癌中的T细胞，揭示了与改善预后相关的组织驻留记忆T细胞亚群	首次展示了乳腺癌中高数量的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）含有具有组织驻留记忆T细胞特征的CD8 T细胞，并且这些细胞表达高水平的免疫检查点分子和效应蛋白	研究主要集中在早期三阴性乳腺癌，可能需要进一步研究以验证其他乳腺癌亚型的结果	探讨乳腺癌中T细胞亚群的定量和定性差异与患者预后的关系	乳腺癌中的T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	6,311个T细胞