单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26481	2024-08-09	An accurate and robust imputation method scImpute for single-cell RNA-seq data 2018-03-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-03405-7 PMID:29520097	research paper	本文介绍了一种名为scImpute的统计方法，用于准确且稳健地填补单细胞RNA测序数据中的零计数（即dropouts）	scImpute能够自动识别可能的dropouts，并仅对这些值进行填补，不会对其他数据引入新的偏差。此外，scImpute还能检测并排除异常细胞	NA	开发一种有效的方法来恢复被dropouts掩盖的转录组动态	单细胞RNA测序数据中的dropouts	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	涉及人类和小鼠的单细胞RNA测序数据
26482	2024-08-09	Transcriptional Dysregulation in Postnatal Glutamatergic Progenitors Contributes to Closure of the Cortical Neurogenic Period 2018-03-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.02.030 PMID:29514086	研究论文	本研究通过命运图谱方法揭示了在皮质神经发生期关闭后，大量谷氨酸能神经元前体细胞（Glu前体细胞）在出生后前脑中持续存在，并发现这些细胞在出生后表现出转录程序的失调，与mA甲基化的变化相关。	本研究首次详细描述了出生后Glu前体细胞的特性，并识别了促进脑修复的潜在治疗靶点。	NA	研究出生后谷氨酸能神经元前体细胞的特性和转录调控，以及其与脑修复的关系。	出生后皮质谷氨酸能神经元前体细胞及其转录调控。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26483	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals gene expression signatures of breast cancer-associated endothelial cells 2018-Feb-16, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.23760 PMID:29541388	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了乳腺癌组织和缩乳术组织中肿瘤内皮细胞和对照内皮细胞的全局基因表达谱	发现了1302个在两种内皮细胞表型间差异表达的基因，并通过基因集富集分析揭示了与细胞外基质信号通路相关的127个基因	NA	揭示乳腺癌相关内皮细胞的基因表达特征	肿瘤内皮细胞和对照内皮细胞的基因表达	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从乳腺癌组织和缩乳术组织中分离的内皮细胞
26484	2024-08-09	Data Analysis in Single-Cell Transcriptome Sequencing 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7717-8_18 PMID:29536451	research paper	本文主要介绍和讨论了单细胞转录组测序数据中的归一化和聚类分析的研究现状	提出了一个利用单细胞RNA测序发现和验证癌症干细胞的协议	单细胞转录组测序数据分析仍面临许多挑战	促进对细胞功能、疾病进展和治疗反应的理解	单细胞转录组测序数据的归一化和聚类分析	digital pathology	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
26485	2024-08-09	Applications of Single-Cell Sequencing for Multiomics 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7717-8_19 PMID:29536452	综述	本文综述了单细胞测序技术在多组学中的应用及其面临的挑战	单细胞测序技术提供了更高分辨率的细胞差异，并更好地理解了个体细胞在微环境中的生存和适应的遗传和表观遗传机制	单细胞测序由于起始材料量极少、样本损失和污染，以及在样本准备过程中需要大量扩增导致的数据覆盖不均、噪声和量化不准确等问题，使得其执行和下游数据分析更具挑战性	综述当前单细胞测序的策略和挑战，包括单细胞转录组、基因组和表观基因组	单细胞的序列或染色质信息	基因组学	NA	单细胞测序	NA	序列数据	NA
26486	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Human Oocytes: Environment-Driven Metabolic Competition and Compensatory Mechanisms During Oocyte Maturation 2019-02-01, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2017.7151 PMID:29486586	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序探索了人类卵母细胞成熟过程中环境驱动的代谢转变及其补偿机制	首次研究表明体外环境暴露会导致人类卵母细胞成熟期间能量代谢下降，但补偿作用维持其发育能力	NA	阐明人类体外成熟卵母细胞发育潜力的关键步骤中，环境驱动代谢转变的协调机制	人类卵母细胞的成熟过程及其代谢调控	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26487	2024-08-09	Localization of migraine susceptibility genes in human brain by single-cell RNA sequencing 2018-11, Cephalalgia : an international journal of headache IF:5.0Q1 DOI:10.1177/0333102418762476 PMID:29498289	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，定位了人类大脑中与偏头痛易感基因表达相关的特定细胞类型	首次通过单细胞转录组学技术，确定了特定大脑细胞类型中偏头痛易感基因的表达富集	NA	理解偏头痛易感基因在人类大脑特定细胞类型中的表达	偏头痛易感基因在人类大脑中的表达情况	数字病理学	偏头痛	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	2,039个单独的人类大脑细胞
26488	2024-08-09	Isoform-level gene expression patterns in single-cell RNA-sequencing data 2018-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty100 PMID:29490015	研究论文	本研究提出并应用了一种基于混合建模的新方法ISOP，用于在单细胞isoform水平表达数据中表征来自同一基因的isoform对的表达模式	本研究首次关注单细胞水平上的isoform水平表达模式，并提出了ISOP方法来表征这些模式	研究中发现的剩余模式可能是由于转录爆发、drop-out和随机生物异质性的影响	旨在表征单细胞RNA测序数据中的isoform水平表达模式	单细胞RNA测序数据中的isoform对表达模式	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序	混合建模	单细胞isoform水平表达数据	16,562个isoform对来自4,929个基因
26489	2024-08-09	Exponential scaling of single-cell RNA-seq in the past decade 2018-04, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/nprot.2017.149 PMID:29494575	研究论文	本文回顾了过去十年中单细胞RNA测序技术在细胞数量上的指数级增长	强调了技术进步和协议改进对单细胞RNA测序数据增长的推动作用	NA	探讨单细胞RNA测序技术的发展及其在细胞类型多样性研究中的应用	单细胞RNA测序技术及其在细胞类型多样性研究中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大量细胞
26490	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals developmental heterogeneity of blastomeres during major genome activation in bovine embryos 2018-03-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-22248-2 PMID:29511234	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了牛胚胎在主要基因组激活期间卵裂球的发育异质性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了牛胚胎在主要基因组激活阶段的转录组异质性	样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探讨牛胚胎在主要基因组激活阶段的细胞发育异质性	牛胚胎的卵裂球	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	161个卵裂球来自14个体外生产的牛胚胎
26491	2024-08-09	Reconstruction of complex single-cell trajectories using CellRouter 2018-03-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-03214-y PMID:29497036	研究论文	本文介绍了一种名为CellRouter的多功能单细胞分析平台，用于通过流网络探索多维单细胞组学数据中的亚群结构，从而识别复杂的细胞状态转换轨迹	CellRouter能够同时识别新的细胞状态及其转换，揭示控制细胞类型分化的基因表达动态	NA	旨在更好地理解正常发育和疾病中复杂细胞生态系统中的细胞命运转换，以促进细胞工程和改进疗法	单细胞RNA测序数据集中的细胞状态转换轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	流网络	单细胞组学数据	涉及造血干细胞和祖细胞（HSPC）向红细胞、髓系和淋巴系分化的数据集，以及单核细胞和B细胞重编程为HSPC的数据集
26492	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Mouse Dopaminergic Neurons Informs Candidate Gene Selection for Sporadic Parkinson Disease 2018-03-01, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2018.02.001 PMID:29499164	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠脑中多巴胺能神经元在胚胎期和早期新生期的转录组特征，以识别与散发性帕金森病相关的候选基因。	通过单细胞RNA测序技术，首次系统性地分析了小鼠多巴胺能神经元的亚群及其特异性转录组特征，为散发性帕金森病的基因研究提供了新的候选基因和可测试的假设。	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别与散发性帕金森病风险相关的候选基因。	小鼠脑中的多巴胺能神经元及其在胚胎期和早期新生期的转录组特征。	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠脑中多巴胺能神经元的多个亚群
26493	2024-08-09	Novel mutational landscapes and expression signatures of lung squamous cell carcinoma 2018-Jan-26, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.23716 PMID:29484121	研究论文	本研究通过外显子测序和RNA测序分析了16个由致癌物诱导的小鼠肺鳞状细胞癌肿瘤和8个正常小鼠肺组织样本，并在单细胞水平上进行了RNA测序，以深入了解肺鳞状细胞癌的病理生物学。	研究发现了59个在小鼠肺鳞状细胞癌肿瘤中反复突变的癌症基因，并识别出一种表达特征，可作为肺鳞状细胞癌肿瘤的有效分类器和肺癌患者生存结果的强预测因子。	NA	增加对肺鳞状细胞癌病理生物学的理解	肺鳞状细胞癌肿瘤和正常肺组织	数字病理学	肺癌	外显子测序, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	16个肺鳞状细胞癌肿瘤样本和8个正常肺组织样本
26494	2024-08-09	Regulatory Architecture of the LβT2 Gonadotrope Cell Underlying the Response to Gonadotropin-Releasing Hormone 2018, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2018.00034 PMID:29487567	研究论文	本研究整合了LβT2细胞在GnRH刺激下的转录组和全基因组染色质可及性状态，并使用Gel bead-in-Emulsion Drop-seq技术检测了细胞间转录反应的变异性。	首次进行了LβT2细胞的全基因组表观遗传和单细胞转录组学特征研究。	NA	研究LβT2细胞在GnRH刺激下的基因调控机制和单细胞转录组反应变异性。	LβT2小鼠垂体细胞系在GnRH刺激下的表观遗传和转录组学响应。	数字病理学	NA	ATAC-seq, RNA-seq, Gel bead-in-Emulsion Drop-seq	NA	基因组, 转录组	1,992个未处理细胞和1,889个GnRH处理细胞
26495	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Using SINCERA Pipeline 2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-7710-9_15 PMID:29508300	研究论文	本文介绍了SINCERA分析流程，用于处理来自整个器官或已分类细胞的单细胞RNA-Seq数据	SINCERA是一个通用的分析流程，支持识别主要细胞类型、细胞类型特异性基因签名及特定细胞类型的驱动因素	NA	开发计算方法或分析流程以促进大量单细胞RNA-Seq数据分析	单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自整个器官或已分类细胞的单细胞数据
26496	2024-08-09	Bias, robustness and scalability in single-cell differential expression analysis 2018-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4612 PMID:29481549	研究论文	评估了36种方法在单细胞RNA测序数据中差异基因表达分析的表现，并介绍了conquer数据库，该数据库提供了一致处理的、分析就绪的公共单细胞RNA测序数据集。	发现批量RNA测序分析方法在单细胞RNA测序数据分析中并不一定表现更差，并介绍了conquer数据库，简化了方法评估和已发表结果的重分析。	NA	评估不同方法在单细胞差异基因表达分析中的性能。	单细胞RNA测序数据中的差异基因表达。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用了实验和合成数据集
26497	2024-08-09	Pulmonary alveolar type I cell population consists of two distinct subtypes that differ in cell fate 2018-03-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1719474115 PMID:29463737	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肺泡I型细胞（AT1细胞）在成年期的发育和异质性	首次发现成年AT1细胞群体包含两种不同亚型，具有不同的细胞命运	NA	探究AT1细胞在肺发育和再生中的细胞命运机制	肺泡I型细胞（AT1细胞）及其亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用-CreER小鼠模型进行研究
26498	2024-08-09	Rare Cell Detection by Single-Cell RNA Sequencing as Guided by Single-Molecule RNA FISH 2018-Feb-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.01.014 PMID:29454938	研究论文	本文使用单分子RNA荧光原位杂交作为金标准，评估单细胞RNA测序数据在检测稀有细胞表达变异性时的权衡	本文通过量化26个基因的表达分布，发现跨平台估计的一致性随着转录组覆盖度和分析细胞数量的增加而提高	NA	评估单细胞RNA测序在检测稀有细胞表达变异性时的准确性	26个从普遍到稀有表达的基因	基因组学	NA	单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交	NA	基因表达数据	26个基因
26499	2024-08-09	Observation weights unlock bulk RNA-seq tools for zero inflation and single-cell applications 2018-02-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1406-4 PMID:29478411	研究论文	本文介绍了一种基于零膨胀负二项模型的加权策略，用于解锁批量RNA测序差异表达分析管道，以处理零膨胀数据，提高单细胞RNA测序性能	提出了一种新的加权策略，基于零膨胀负二项模型，识别过多的零计数并生成基因和细胞特异性权重，以解锁批量RNA测序差异表达分析管道，适用于零膨胀数据	NA	旨在解决单细胞RNA测序中由于丢弃事件导致的零计数过多问题，提高差异表达分析的性能	单细胞RNA测序数据中的零膨胀问题	基因组学	NA	RNA测序	负二项模型	RNA测序数据	NA
26500	2024-08-09	Single-cell RNA-seq of rheumatoid arthritis synovial tissue using low-cost microfluidic instrumentation 2018-02-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-02659-x PMID:29476078	research paper	本文开发了一种3D打印的低成本液滴微流控控制仪器，并在临床环境中使用该仪器对五名类风湿性关节炎患者的分散滑膜组织进行单细胞转录组分析	开发了一种3D打印的低成本液滴微流控仪器，解决了现有技术成本高和用户友好性不足的问题	NA	旨在解决液滴微流控技术在疾病组织细胞异质性解析中的成本和可操作性问题	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	digital pathology	类风湿性关节炎	single-cell RNA-seq	NA	text	20,387个单细胞