单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27585 篇文献，本页显示第 26481 - 26500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26481 | 2024-08-09 |
Single-cell analyses identify distinct and intermediate states of zebrafish pancreatic islet development
2019-06-01, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjy064
PMID:30407522
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了转基因斑马鱼胰腺胰岛在四个胚胎发育阶段的动态变化 | 本文首次详细描述了胰腺胰岛发育过程中的不同状态和分子特征，并识别了具有不同细胞周期阶段的增殖性内分泌前体细胞 | NA | 定义胰腺胰岛发育过程中的特征和分化过程 | 胰腺胰岛细胞的发育轨迹及其调控网络 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从TgBAC(neurod1:EGFP)转基因斑马鱼中分离的单个胰岛细胞 |
| 26482 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing defines genetic heterogeneity in pancreatic cancer precursor lesions
2019-03, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.5194
PMID:30430578
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，分析了胰腺癌前病变——导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs）的遗传异质性 | 首次在单细胞水平上揭示了IPMNs中同一驱动基因内不同突变的频繁共存现象，并提出了多克隆起源或未知的初始事件的可能性 | 研究样本量较小，仅涉及十个IPMNs组织 | 旨在阐明IPMNs在单细胞层面的遗传异质性 | 导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 下一代测序 | NA | 基因组数据 | 十个IPMNs组织中的单细胞 |
| 26483 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Mesenchymal Stem Cells Reveal Age-Related Cellular Subpopulation Depletion and Impaired Regenerative Function
2019-02, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.2934
PMID:30412645
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了人骨髓间充质干细胞在年龄相关性细胞亚群耗竭和再生功能受损中的分子机制 | 发现了年轻供体骨髓间充质干细胞中存在一种独特的静止亚群，该亚群仅在年轻细胞中存在，且与更高的组织再生基因表达相关 | NA | 探究年龄对骨髓间充质干细胞功能的影响及其分子机制 | 人骨髓间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26484 | 2024-08-09 |
Building and Regenerating the Lung Cell by Cell
2019-01-01, Physiological reviews
IF:29.9Q1
DOI:10.1152/physrev.00001.2018
PMID:30427276
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研究论文 | 本文探讨了哺乳动物肺部细胞和分子机制在肺形态发生中的作用 | 利用单细胞RNA测序数据和高分辨率成像技术，揭示了肺部细胞类型的显著异质性及其在肺发育中的基因表达 | NA | 研究肺部细胞多样性、肺形成和功能以及肺器官发生中的细胞和分子途径 | 肺部细胞的多样性、肺形成和功能以及肺器官发生中的细胞和分子途径 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA |
| 26485 | 2024-08-09 |
Spatial Transcriptomics of C. elegans Males and Hermaphrodites Identifies Sex-Specific Differences in Gene Expression Patterns
2018-12-17, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.10.016
PMID:30416013
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研究论文 | 本文利用空间转录组学技术生成了C. elegans雄性和雌雄同体的高分辨率前后基因表达图谱，并开发了计算方法来发现区域和组织特异性基因 | 本文发现了大量性别特异性的基因表达差异，特别是在生殖细胞和精子中，并识别出在雄性生殖道中特异性表达的一组未表征基因，这些基因编码小分泌蛋白，对雄性生育力至关重要 | NA | 为了深入理解驱动细胞和组织特化的遗传程序，需要全面概述基因表达模式 | C. elegans雄性和雌雄同体的基因表达模式 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | C. elegans雄性和雌雄同体 |
| 26486 | 2024-08-09 |
Identity Noise and Adipogenic Traits Characterize Dermal Fibroblast Aging
2018-11-29, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.10.012
PMID:30415840
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研究论文 | 研究探讨了在小鼠皮肤成纤维细胞在生理老化过程中，不同饮食制度对其的影响 | 首次揭示了老化过程中成纤维细胞身份的模糊化及其获得脂肪生成特性的现象 | NA | 探究成纤维细胞在老化过程中的变化及其与系统代谢的关系 | 小鼠皮肤成纤维细胞 | NA | NA | 群体和单细胞转录组学，长期谱系追踪 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26487 | 2024-08-09 |
High-Dimensional Single-Cell Analysis Identifies Organ-Specific Signatures and Conserved NK Cell Subsets in Humans and Mice
2018-11-20, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.009
PMID:30413361
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类和小鼠的NK细胞在不同器官中的异质性 | 首次在单细胞分辨率下识别出人类和小鼠NK细胞在脾脏和血液中的不同亚群，并揭示了跨器官和物种的NK细胞亚群的相似性 | NA | 研究NK细胞在不同器官和物种间的异质性 | 人类和小鼠的NK细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数千个从脾脏和血液中分离的单个细胞 |
| 26488 | 2024-08-09 |
A web server for comparative analysis of single-cell RNA-seq data
2018-11-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07165-2
PMID:30425249
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研究论文 | 本文开发了一个自动化流程，用于下载、处理和注释公开的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，以实现大规模监督性细胞类型鉴定，并通过一个网络服务器scQuery展示其应用。 | 本文扩展了监督神经网络，以获得高效且准确的scRNA-seq数据表示，并展示了监督方法在细胞类型识别上优于非监督方法。 | 目前的细胞特征分析方法主要依赖于少数已知的标记基因，仅限于几种已充分表征的细胞类型。 | 开发一种自动化流程和网络服务器，用于大规模监督性分析scRNA-seq数据，以提高细胞类型鉴定的准确性。 | 公开的scRNA-seq数据集及其在健康和疾病状态下的细胞类型分布比较。 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 神经网络 | scRNA-seq数据 | 超过500个不同研究中的超过300种独特细胞类型 |
| 26489 | 2024-08-09 |
VIPER: variability-preserving imputation for accurate gene expression recovery in single-cell RNA sequencing studies
2018-11-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1575-1
PMID:30419955
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research paper | 开发了一种名为VIPER的方法，用于在单细胞RNA测序研究中填补零值，以促进单细胞水平上的准确转录组定量 | VIPER基于非负稀疏回归模型，能够逐步推断出对感兴趣细胞表达水平最具预测性的稀疏局部邻域细胞集，以进行填补 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序研究中基因表达数据的准确性 | 单细胞RNA测序中的零值填补 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | nonnegative sparse regression models | gene expression data | NA |
| 26490 | 2024-08-09 |
Integrative analysis of single-cell expression data reveals distinct regulatory states in bidirectional promoters
2018-11-10, Epigenetics & chromatin
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s13072-018-0236-7
PMID:30414612
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据与批量ChIP-seq及其他表观遗传学数据，揭示了双向启动子中不同的调控状态 | 本研究首次揭示了双向启动子中先前未被识别的转录状态，并发现了这些状态与基因结构特征、DNA可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和转录因子结合模式之间的关联 | 本研究主要依赖于批量测序数据，未来可能需要开发新的统计方法来解析使用单细胞RNA测序数据的不同批量表观遗传学实验中掩盖的亚细胞群 | 研究双向启动子中细胞如何整合不同的表观遗传信息以驱动基因表达 | 双向启动子中的转录调控状态 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），ChIP-seq | NA | RNA序列，表观遗传学数据 | 人类单细胞RNA测序数据 |
| 26491 | 2024-08-09 |
T-ALL leukemia stem cell 'stemness' is epigenetically controlled by the master regulator SPI1
2018-11-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.38314
PMID:30412053
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了SPI1作为主调节因子在T-ALL白血病干细胞'干细胞性'中的表观遗传调控作用 | 首次发现SPI1在T-ALL白血病干细胞中的特异性表达，并揭示了β-catenin-SPI1-HAVCR2调控环路对LSC'干细胞性'的维持作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚需在人类T-ALL中验证类似的调控机制 | 探究T-ALL白血病干细胞'干细胞性'的关键决定因素 | T-ALL白血病干细胞及其'干细胞性' | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠T-ALL模型 |
| 26492 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA Sequencing of Fluorescently Labeled Mouse Neurons Using Manual Sorting and Double In Vitro Transcription with Absolute Counts Sequencing (DIVA-Seq)
2018-10-26, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/58690
PMID:30417879
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研究论文 | 本文介绍了一种手动收集稀疏荧光标记的单个神经元的方法，并结合体外转录扩增协议，使用独特的分子标识符（UMIs）生成单个mRNA计数，以进行单细胞RNA测序。 | 提出了一种手动收集稀疏荧光标记单个神经元的新方法，并结合体外转录扩增协议，使用UMIs生成单个mRNA计数，提高了单细胞基因检测的效率。 | 该方法需要手动收集神经元，可能不适用于大规模样本的处理。 | 开发一种新的单细胞RNA测序方法，用于分析稀疏标记的神经元群体。 | 稀疏荧光标记的单个神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 从新鲜分离的小鼠脑组织中收集的稀疏荧光标记的单个神经元 |
| 26493 | 2024-08-09 |
A Combinatorial Single-cell Approach to Characterize the Molecular and Immunophenotypic Heterogeneity of Human Stem and Progenitor Populations
2018-10-25, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/57831
PMID:30417863
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研究论文 | 本文描述了一种结合单细胞逆转录定量PCR（RT-qPCR）和FACS指数排序的方法，用于同时表征细胞群体中的分子和免疫表型异质性 | 该方法通过直接指数排序单细胞到裂解缓冲液中，允许cDNA合成和特定目标预扩增在一步骤中进行，并能将随后获得的分子特征与细胞表面标记表达相关联 | NA | 研究目的是开发一种方法，用于敏感测量预选基因的mRNA表达，并有可能开发后续前瞻性分离分子上不同亚群的协议 | 人类干细胞和祖细胞群体的分子和免疫表型异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞逆转录定量PCR（RT-qPCR），FACS指数排序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 26494 | 2024-08-09 |
SPhyR: tumor phylogeny estimation from single-cell sequencing data under loss and error
2018-09-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty589
PMID:30423070
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPhyR的方法，用于从单细胞测序数据中估计肿瘤谱系 | SPhyR采用k-Dollo进化模型，该模型允许一个突变只能获得一次但可以丢失k次，并基于与系统发育多状态完美谱系问题的联系，提出了一种新的组合解特征描述方法 | NA | 理解肿瘤内部异质性的进化机制 | 单细胞测序数据中的肿瘤谱系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | k-Dollo进化模型 | 测序数据 | 模拟数据和一个转移性结直肠癌样本 |
| 26495 | 2024-08-09 |
Computational enhancement of single-cell sequences for inferring tumor evolution
2018-09-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty571
PMID:30423071
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研究论文 | 本文评估了五种方法（OncoNEM, SCG, SCITE, SiFit 和 BEAM）在计算机模拟数据集上的鲁棒性表现，其中 BEAM 是一种利用单细胞数据中内在进化信息的贝叶斯进化感知方法 | 提出了一种新的方法 BEAM，该方法利用单细胞数据中的内在进化信息在分子系统发育框架中提高单细胞序列的质量 | 大多数方法在填补缺失碱基方面具有高准确性，但有效检测和纠正假阳性和假阴性仍然是一个挑战，尤其是在小数据集上 | 评估现有方法和新方法在单细胞序列数据中提高数据质量和生物学推断能力的性能 | 单细胞序列数据中的缺失碱基和错误碱基指定 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | 贝叶斯方法 | 序列数据 | 小数据集和大样本量数据集 |
| 26496 | 2024-08-09 |
The Development of an Effective Bacterial Single-Cell Lysis Method Suitable for Whole Genome Amplification in Microfluidic Platforms
2018-Jul-25, Micromachines
IF:3.0Q2
DOI:10.3390/mi9080367
PMID:30424300
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研究论文 | 本文介绍了一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法 | 提出了一种基于热化学裂解的新协议，能够从革兰氏阳性和革兰氏阴性菌中提取基因组DNA，且不干扰扩增化学 | NA | 开发一种适用于微流控平台的全基因组扩增的有效细菌单细胞裂解方法 | 革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的单细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组DNA | 革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的单细胞，成功率为100% |
| 26497 | 2024-08-09 |
Characterization of sensory neuronal subtypes innervating mouse tongue
2018, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0207069
PMID:30408082
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研究论文 | 本研究基于先前在背根神经节（DRG）神经元中描述的神经元亚型分类，鉴定并表征了支配小鼠舌头的三叉神经节（TG）传入神经元的分子和功能组织 | 本研究首次详细描述了支配小鼠舌头的感觉神经元的亚型，并发现了TG和DRG神经元之间的一些差异 | 需要对所有TG以及DRG神经元进行基于组织类型的单细胞测序以进一步研究 | 鉴定和表征支配小鼠舌头的感觉神经元亚型 | 小鼠舌头的感觉神经元 | NA | NA | 免疫组织化学，单细胞PCR | NA | NA | NA |
| 26498 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression
2019-Apr-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-1955
PMID:30385653
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术分析了胰腺癌前病变在从非侵袭性病变到侵袭性癌症进展过程中的上皮和微环境异质性变化 | 通过单细胞转录组学技术，首次详细揭示了胰腺癌前病变在早期癌变过程中的上皮和微环境异质性变化 | NA | 旨在早期检测胰腺导管腺癌（PDAC）并阐明其前病变分子相关性 | 胰腺导管腺癌的前病变，特别是导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 5,403个细胞，来自2个低级别IPMNs、2个高级别IPMNs和2个PDACs |
| 26499 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq analysis identifies a noncoding interleukin 4 (IL-4) RNA that post-transcriptionally up-regulates IL-4 production in T helper cells
2019-01-04, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA118.004111
PMID:30404921
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠2型辅助T细胞的转录组复杂性，发现了一种非编码的IL-4 RNA，该RNA通过后转录机制上调IL-4的产生 | 首次在单细胞水平上发现了一种非编码的IL-4 RNA，该RNA通过后转录机制调控IL-4蛋白的产生 | NA | 揭示非典型转录本如何通过后转录机制调控其对应典型基因的表达 | 小鼠2型辅助T细胞的转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 26500 | 2024-08-09 |
Gene Signature of the Human Pancreatic ε Cell
2018-12-01, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/en.2018-00833
PMID:30380031
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了从成年非糖尿病供体分离的人胰腺ε细胞的分子特征 | 本研究扩展了关于ε细胞发育过程中重要基因的先前知识，并为探究这种罕见的人胰岛细胞类型的转录组提供了资源 | NA | 探索人胰腺ε细胞的分子特征，特别是涉及细胞功能调控的转录因子、细胞表面受体和代谢途径相关基因 | 人胰腺ε细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从成年非糖尿病供体分离的ε细胞 |