单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26481	2024-08-09	Single-Cell Analysis of Quiescent HIV Infection Reveals Host Transcriptional Profiles that Regulate Proviral Latency 2018-10-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.020 PMID:30282021	研究论文	本研究利用单细胞分析方法探讨了HIV潜伏感染的机制及其与宿主转录组的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了HIV下调与特定细胞基因表达的关联，并发现潜伏感染更频繁地发生在表达幼稚和中心记忆T细胞标志物的细胞中	NA	深入理解建立或维持HIV潜伏库的机制，以指导消除持续感染的方法	HIV潜伏感染的细胞模型及其与宿主转录组的关系	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26482	2024-08-09	The origin-of-cell harboring cancer-driving mutations in human glioblastoma 2018-Oct, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:30269745	研究论文	本研究通过多种测序技术在三重匹配样本中识别了神经干细胞（NSCs）在人类胶质母细胞瘤（GBM）中的克隆关系，提供了NSCs作为GBM驱动突变起源细胞的直接证据	首次直接证明了人类SVZ中的神经干细胞（NSCs）是GBM驱动突变的起源细胞	NA	确定人类胶质母细胞瘤（GBM）中驱动突变的起源细胞，以理解GBM的本质并开发有效的治疗靶点	人类胶质母细胞瘤（GBM）及其起源细胞	数字病理学	脑癌	测序技术	NA	组织样本	三重匹配样本（肿瘤-自由SVZ、肿瘤和正常组织）来自人类患者
26483	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris 2018-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0590-4 PMID:30283141	研究论文	本文介绍了来自模式生物小鼠的单细胞转录组数据集，包含来自20个器官和组织的超过10万个细胞	这些数据为细胞生物学提供了一个新的资源，揭示了在未充分表征的细胞群体中的基因表达，并允许直接和受控地比较跨组织共享细胞类型的基因表达	NA	构建一个转录组细胞生物学的图谱	小鼠的20个器官和组织的单细胞转录组数据	单细胞测序	NA	微流控液滴3'-端计数和基于荧光激活细胞分选的全长转录本分析	NA	转录组数据	超过10万个细胞
26484	2024-08-09	Single-Cell Profiling Identifies Key Pathways Expressed by iPSCs Cultured in Different Commercial Media 2018-Sep-28, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.08.016 PMID:30267684	研究论文	本研究评估了在自动平台上使用StemFlex和TeSR-E8培养基维持的人类诱导多能干细胞（iPSCs）的多能性，并通过单细胞转录组分析揭示了不同培养基中iPSCs的关键通路表达。	通过单细胞RNA测序分析，揭示了在不同商业培养基中培养的iPSCs的分子特征，并比较了两种培养基中的细胞亚群结构。	NA	评估不同商业培养基中iPSCs的多能性，并分析其转录组表达。	人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其在不同培养基中的表达特征。	生物技术	NA	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	四个样本，包括两个不同的iPSC系，每个系在两种培养基中培养。
26485	2024-08-09	Lineage dynamics of murine pancreatic development at single-cell resolution 2018-09-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06176-3 PMID:30254276	研究论文	研究使用单细胞RNA测序、免疫荧光、原位杂交和遗传谱系追踪技术，分析了小鼠胰腺发育过程中上皮和间质细胞的类型及其动态变化	发现了先前未被充分认识的发育中间质细胞的异质性，并重建了胰腺间皮和间质细胞类型之间的潜在谱系关系；在胰腺上皮中，发现了一个先前未描述的内分泌前体细胞群，以及在人类胎儿组织和人类胚胎干细胞中类似的细胞群	NA	揭示小鼠胰腺发育过程中的细胞谱系动态	小鼠胰腺的上皮和间质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26486	2024-08-09	Neonatally imprinted stromal cell subsets induce tolerogenic dendritic cells in mesenteric lymph nodes 2018-09-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06423-7 PMID:30254319	研究论文	本文探讨了新生儿期印记的间质细胞亚群在肠系膜淋巴结中诱导耐受性树突状细胞的作用	研究发现新生儿期印记过程在肠系膜淋巴结间质细胞中已经发生，并使其对生命后期的炎症扰动具有抵抗力	NA	研究肠系膜淋巴结在诱导外周耐受性中的作用及其机制	肠系膜淋巴结间质细胞和树突状细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肠系膜淋巴结和皮肤引流淋巴结的间质细胞亚群
26487	2024-08-09	Dissecting the Global Dynamic Molecular Profiles of Human Fetal Kidney Development by Single-Cell RNA Sequencing 2018-09-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.08.056 PMID:30257215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析了超过3,000个人类胎儿肾脏细胞，揭示了胎儿肾脏发育的动态分子特征	首次全面分析了人类胎儿肾脏发育的基因表达谱，并识别了两种前体细胞亚型以及关键的转录调控因子和信号通路	NA	探索人类胎儿肾脏发育的分子基础和调控事件	人类胎儿肾脏细胞	数字病理学	先天性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过3,000个人类胎儿肾脏细胞
26488	2024-08-09	Effects of 3D culturing conditions on the transcriptomic profile of stem-cell-derived neurons 2018-Jul, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-018-0219-9 PMID:30271673	研究论文	研究了3D培养条件对干细胞衍生神经元转录组特征的影响	开发了一种快速生成3D神经元和星形胶质细胞共培养的方法，并使用单细胞测序展示了工程化组织能重现人脑细胞类型的转录模式	NA	探究3D培养条件对神经元转录组特征的影响，并为脑疾病开发可行的3D神经组织模型	干细胞衍生神经元的转录组特征	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组	NA
26489	2024-08-09	Regulatory network characterization in development: challenges and opportunities 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15271.1 PMID:30271577	综述	本文综述了胚胎发育和干细胞分化过程中基因调控网络（GRNs）的构建及其在谱系决定中的基本机制	随着单细胞RNA测序技术的发展，揭示发育和干细胞过程中的GRNs面临新的挑战和前所未有的机遇	目前对于动态发育调控的可靠GRN注释知识，尤其是揭示组织干细胞复杂时空结构的知识仍然不足	探讨基因调控网络在早期哺乳动物发育和胚胎发生中细胞类型特化过程中的调控本质	胚胎发育和干细胞分化过程中的基因调控网络	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
26490	2024-08-09	A Review of Matched-pairs Feature Selection Methods for Gene Expression Data Analysis 2018, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2018.02.005 PMID:30275937	综述	本文综述了针对基因表达数据分析的匹配对特征选择方法	介绍了专门为匹配对数据设计的特征选择方法（MPFS），并比较了其在实际数据集上的性能	匹配对特征选择方法尚未成熟发展	旨在引导和全面展示匹配对特征选择方法，使读者能够轻松理解其特点并选择合适的方法进行分析	基因表达数据分析中的特征选择方法	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个真实数据集
26491	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of the Adult Mouse Kidney: From Molecular Cataloging of Cell Types to Disease-Associated Predictions 2019-01, American journal of kidney diseases : the official journal of the National Kidney Foundation IF:9.4Q1 DOI:10.1053/j.ajkd.2018.07.002 PMID:30241960	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26492	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals dynamic transcriptome profiling in human early neural differentiation 2018-11-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giy117 PMID:30239706	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类早期神经分化过程中动态的转录组特征	本研究首次识别了在神经分化各阶段对中枢神经系统谱系承诺贡献最大的亚群，并鉴定了潜在的新型转录因子	NA	探究神经谱系中细胞命运决定和亚群特化的调控网络	人类早期神经分化过程中的单细胞转录组	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六个连续的重编程和神经分化时间点的单细胞
26493	2024-08-09	Reproducibility of Molecular Phenotypes after Long-Term Differentiation to Human iPSC-Derived Neurons: A Multi-Site Omics Study 2018-10-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.08.013 PMID:30245212	研究论文	本研究通过在五个不同实验室重复相同的长期神经分化协议，评估了人iPSC衍生的神经元的分子表型的可重复性。	本研究揭示了实验室间基因表达差异的低可重复性，并通过因子分析识别了影响可重复性的主要因素，如传代效应和前体储存。	研究发现了实验室间的低可重复性，表明在不同实验环境下实施相同协议时存在系统性偏差。	旨在建立长期神经分化协议的可重复性，并识别影响实验结果一致性的关键因素。	研究对象为两个相同的iPSC细胞系，通过长期神经分化后在不同实验室进行分子和细胞水平的比较。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个iPSC细胞系在五个不同实验室进行重复实验
26494	2024-08-09	Regulatory cocktail for dopaminergic neurons in a protovertebrate identified by whole-embryo single-cell transcriptomics 2018-10-01, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.317669.118 PMID:30228204	研究论文	本文通过全胚胎单细胞RNA测序技术，识别了原脊椎动物中多巴胺能神经元的调控混合物	本文首次通过功能操作和单细胞RNA测序技术，识别了特定细胞身份的调控混合物	NA	识别原脊椎动物中多巴胺能神经元的调控机制	原脊椎动物的中枢神经系统中的多巴胺能神经元	NA	NA	RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
26495	2024-08-09	Identifying core biological processes distinguishing human eye tissues with precise systems-level gene expression analyses and weighted correlation networks 2018-10-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddy239 PMID:30239781	研究论文	本研究整合了公开的健康人眼组织RNA-seq数据集及其他数十种组织数据，通过差异表达、聚类和基因本体论富集工具分析了不同眼组织（角膜、视网膜、视网膜色素上皮-脉络膜复合体）与其他人体组织的生物学过程和泛表达关系，并构建了首个人类加权基因相关网络以突出已知的生物途径和眼基因疾病富集。	首次构建了人类加权基因相关网络，并整合了小鼠视网膜的单细胞RNA-seq数据进行验证和发现。	NA	旨在识别区分人眼组织的核心生物学过程，并通过精确的系统级基因表达分析和加权相关网络进行研究。	人眼组织的基因表达模式及其与其他人体组织的比较。	基因表达分析	NA	RNA-seq	加权基因相关网络	基因表达数据	包含多个健康人眼组织及数十种其他组织的RNA-seq数据集，以及小鼠视网膜的单细胞RNA-seq数据。
26496	2024-08-09	Chronic infection stunts macrophage heterogeneity and disrupts immune-mediated myogenesis 2018-09-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121549 PMID:30232283	研究论文	研究慢性感染如何影响巨噬细胞的异质性和免疫介导的肌生成	首次探讨了慢性感染环境下骨骼肌修复过程中巨噬细胞异质性的变化及其对组织修复功能的影响	研究使用了特定的cardiotoxin损伤模型，可能不完全代表所有慢性感染情况	探讨慢性感染对骨骼肌修复过程中免疫反应的影响	骨骼肌在慢性感染环境下的修复过程及其免疫机制	免疫学	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞和基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
26497	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveal that PD-1 mediates immune tolerance by regulating proliferation of regulatory T cells 2018-09-20, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0581-y PMID:30236153	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究，揭示了PD-1通过调节调节性T细胞的增殖来介导免疫耐受的机制。	首次展示了PD-1在调节性T细胞增殖中的作用，以及其在移植耐受中的关键角色。	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探究PD-1在调节性T细胞增殖中的作用及其在移植耐受中的机制。	调节性T细胞（Treg）在移植排斥和耐受中的功能和机制。	免疫学	移植排斥	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12,964个内植CD4+ T细胞
26498	2024-08-09	Transcriptomic but not genomic variability confers phenotype of breast cancer stem cells 2018-09-19, Cancer communications (London, England) DOI:10.1186/s40880-018-0326-8 PMID:30231942	研究论文	本研究旨在探讨基因组突变是否有助于获得乳腺癌干细胞样表型，并研究乳腺癌干细胞的遗传和转录特征	发现转录组变异性而非基因组突变是区分乳腺癌干细胞与非乳腺癌干细胞的关键因素，并鉴定出74个乳腺癌干细胞标记物	NA	探讨基因组突变对乳腺癌干细胞表型的影响，并研究其遗传和转录特征	乳腺癌干细胞	数字病理学	乳腺癌	全基因组测序，目标深度DNA测序，RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	涉及大量细胞和单细胞样本
26499	2024-08-09	Genetic and scRNA-seq Analysis Reveals Distinct Cell Populations that Contribute to Salivary Gland Development and Maintenance 2018-09-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-32343-z PMID:30232460	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和体内遗传谱系追踪技术，详细描绘了小鼠下颌下腺在胚胎发育和成年期的基底和肌上皮细胞群体的细胞命运轨迹和分支点	本研究揭示了p63和α-平滑肌肌动蛋白（SMA）作为基底和肌上皮细胞谱系的可靠标记，并展示了这两种细胞类型在形态发生和成年期维持不同细胞谱系的独特命运	NA	研究下颌下腺发育和维持中不同细胞群体的动态和复杂性，并探讨其在干细胞和祖细胞层次中的分化潜能	小鼠下颌下腺的基底和肌上皮细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26500	2024-08-09	Aging alters the epigenetic asymmetry of HSC division 2018-09, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.2003389 PMID:30235201	研究论文	研究揭示了随着年龄增长，造血干细胞（HSCs）分裂的表观遗传不对称性变化及其机制	通过综合分析单细胞3D共聚焦成像、单细胞移植、单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq），展示了HSC分裂结果与分裂前极性状态的强关联	NA	探讨年龄对造血干细胞分裂表观遗传不对称性的影响	造血干细胞（HSCs）的分裂极性和表观遗传调控	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）	数学模型	单细胞数据	NA