单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26401	2024-08-09	VASC: Dimension Reduction and Visualization of Single-cell RNA-seq Data by Deep Variational Autoencoder 2018-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2018.08.003 PMID:30576740	研究论文	本文提出了一种基于深度变分自编码器的单细胞RNA测序数据降维和可视化方法（VASC）	VASC能够显式建模dropout事件，并找到原始数据的非线性层次特征表示	NA	研究单细胞RNA测序数据的降维和可视化	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	RNA测序数据	超过20个数据集
26402	2024-08-09	Technical Advances in Single-Cell RNA Sequencing and Applications in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2018.00582 PMID:30581771	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在正常和恶性造血中的最新进展及其应用	scRNA-seq技术的发展改变了我们对许多生物现象的理解，包括器官发育和癌症发生	NA	旨在进一步理解造血层次结构，并阐明个性化治疗和精准医学方法在临床治疗血液恶性肿瘤中的应用	正常和恶性造血细胞	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
26403	2024-08-09	Single-nucleus and single-cell transcriptomes compared in matched cortical cell types 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0209648 PMID:30586455	研究论文	本文比较了单核和单细胞转录组在匹配的皮质细胞类型中的应用	证明了单核RNA测序（snRNA-seq）在分析复杂组织转录组时相较于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的优势，包括更少的细胞偏倚覆盖、不受细胞分离导致的转录伪影影响，以及可应用于冷冻存档样本	NA	比较单核和单细胞转录组在识别细胞类型方面的效果	小鼠视觉皮质的细胞类型	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠视觉皮质样本
26404	2024-08-09	Optimal Gene Filtering for Single-Cell data (OGFSC)-a gene filtering algorithm for single-cell RNA-seq data 2019-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty1016 PMID:30535000	研究论文	本文提出了一种名为Optimal Gene Filtering for Single-Cell data (OGFSC)的新算法，用于构建基于基因表达水平和相应方差的阈值曲线，以有效减少单细胞RNA-seq数据中的技术噪声	OGFSC算法通过构建基于基因表达水平和方差的阈值曲线，避免了传统固定阈值方法导致的过度严格或不足严格错误	NA	旨在提高单细胞RNA-seq数据中差异表达基因和细胞群的精确识别	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	多个模拟和已发表的实验数据集
26405	2024-08-09	DensityPath: an algorithm to visualize and reconstruct cell state-transition path on density landscape for single-cell RNA sequencing data 2019-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty1009 PMID:30535348	研究论文	提出了一种名为DensityPath的算法，用于在单细胞RNA测序数据的密度景观上可视化和重建细胞状态转换路径	DensityPath算法通过采用弹性嵌入的非线性降维方法，揭示数据内在结构，并从单细胞多模态密度景观中提取高密度水平集簇的拓扑特征，重建细胞状态转换的最优路径	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中细胞发育轨迹的可视化和重建问题	单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	弹性嵌入	单细胞RNA测序数据	NA
26406	2024-08-09	Hypermutagenesis in untreated adult gliomas due to inherited mismatch mutations 2019-06-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.32054 PMID:30536544	研究论文	研究未治疗的成人胶质瘤中由于遗传性错配修复突变导致的超突变现象	首次识别出未经治疗成人胶质瘤中存在的新生超突变表型，并探讨了自发和治疗诱导的超突变进化	NA	揭示未治疗成人胶质瘤中超突变过程的新理解，并为胶质瘤治疗的免疫疗法提供临床意义	未经治疗和治疗后的超突变胶质瘤	数字病理学	脑瘤	全外显子测序（WES），全转录组测序（WTS），单细胞测序（SCS）	NA	基因组数据	涉及未经治疗和治疗后的超突变胶质瘤样本
26407	2024-08-09	Deconstructing Retinal Organoids: Single Cell RNA-Seq Reveals the Cellular Components of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Retina 2019-05, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.2963 PMID:30548510	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了从人类胚胎干细胞衍生的视网膜类器官在三个分化时间点的细胞组成	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了视网膜类器官中关键细胞类型的有序生成过程	NA	探究视网膜类器官的细胞生物学特性及其相互作用	人类胚胎干细胞衍生的视网膜类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个时间点的视网膜类器官样本
26408	2024-08-09	Network Inference from Single-Cell Transcriptomic Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-8882-2_10 PMID:30547403	研究论文	本文探讨了利用单细胞转录组数据进行网络推断的优势和方法	利用单细胞转录组数据可以识别更复杂的非线性基因依赖关系，并推断特定条件下的调控网络	NA	研究如何利用单细胞转录组数据增强基因调控网络的推断	单细胞转录组数据中的基因依赖关系和调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	大量单细胞样本
26409	2024-08-09	Better Being Single? Omics Improves Kidney Organoids 2019, Nephron IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000496009 PMID:30554217	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术比较分析了两种肾脏类器官分化协议，并基于这些数据开发了一种新的分化协议以减少非肾脏细胞类型	开发了一种新的分化协议，旨在减少非肾脏细胞类型，同时不影响类器官上皮细胞的功能	文章指出，现有的分化协议未能产生纯净或全面的肾脏细胞，且存在非肾脏细胞类型的污染	比较不同肾脏类器官分化协议，并改进其功能	人类肾脏类器官及其分化协议	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及两种肾脏类器官分化协议的数据
26410	2024-08-09	Simultaneous multiplexed amplicon sequencing and transcriptome profiling in single cells 2019-01, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0259-9 PMID:30559431	研究论文	描述了一种名为DART-seq的技术，该技术能够在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析	DART-seq技术具有多功能性，能够在单细胞中同时进行多重扩增子测序和转录组分析	NA	开发和应用DART-seq技术，以在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析	非A尾的片段dsRNA病毒转录本和感染细胞的转录组，以及B淋巴细胞的天然配对可变区域重链和轻链扩增子和转录组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	单细胞
26411	2024-08-09	Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution 2019-01, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-018-0290-x PMID:30559489	观点	本文探讨了单细胞和单分子表观基因组技术在揭示基因组调控和动态方面的最新进展	介绍了这些技术如何用于识别新的基因调控模式，并强调了表观基因组技术在理解细胞多样性和发现基因调控机制中的重要性	NA	探讨单细胞和单分子表观基因组技术在基因调控研究中的应用	单细胞和单分子表观基因组技术	表观基因组学	NA	单细胞和单分子表观基因组技术	NA	表观基因组数据	NA
26412	2024-08-09	Virus-inclusive single-cell RNA sequencing reveals the molecular signature of progression to severe dengue 2018-12-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1813819115 PMID:30530648	研究论文	本研究利用病毒包含的单细胞RNA测序技术，分析了登革热患者和健康对照者的外周血单个核细胞的转录组，以揭示登革热严重进展的分子特征	首次采用病毒包含的单细胞RNA测序技术，分析了登革热患者外周血单个核细胞中的病毒RNA，并识别了与严重登革热进展相关的特定免疫细胞亚型和基因表达模式	研究样本量较小，仅包括六名登革热患者和四名健康对照者	揭示登革热病毒感染导致严重并发症的分子机制，并寻找预测严重登革热进展的生物标志物	登革热病毒感染的外周血单个核细胞	数字病理学	登革热	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六名登革热患者和四名健康对照者的外周血单个核细胞
26413	2024-08-09	High-affinity allergen-specific human antibodies cloned from single IgE B cell transcriptomes 2018-12-14, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aau2599 PMID:30545888	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了食物过敏个体的单个IgE B细胞的基因表达和剪接模式	发现了IgE抗体在无关个体中经历相同基因重排的趋同进化现象，并获得了对花生过敏原Ara h 2和Ara h 3的高亲和力和意外交叉反应性	NA	揭示IgE B细胞转录组学特性并促进对该抗体类的生化分析	食物过敏个体的单个IgE B细胞	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自食物过敏个体的单个IgE B细胞
26414	2024-08-09	MISC: missing imputation for single-cell RNA sequencing data 2018-12-14, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0638-y PMID:30547798	研究论文	本文提出了一种名为MISC的新模型，用于解决单细胞RNA测序数据中高比例缺失值的问题	MISC模型采用混合机器学习方法，通过二分类问题转换和回归模型来恢复缺失数据，提高了细胞类型分类的准确性	NA	旨在准确恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	慢性髓性白血病	单细胞RNA测序	混合机器学习模型	RNA-seq表达矩阵	慢性髓性白血病数据、小鼠大脑初级体感皮层和海马CA1区域细胞数据
26415	2024-08-09	Heterogeneous Responses of Hematopoietic Stem Cells to Inflammatory Stimuli Are Altered with Age 2018-12-11, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.056 PMID:30540934	研究论文	研究探讨了长期造血干细胞（LT-HSCs）在炎症刺激下对年龄的异质性反应	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）识别了在老年LT-HSCs中普遍存在的一种偏向髓系的LT-HSC亚群（mLT-HSCs），并鉴定了CD61作为mLT-HSCs的标记物	NA	研究LT-HSCs在不同年龄下对炎症刺激的反应差异及其分子机制	长期造血干细胞（LT-HSCs）及其在不同年龄下的功能变化	NA	髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
26416	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling of Mouse and hESC-Derived Pancreatic Progenitors 2018-12-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.11.008 PMID:30540962	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了来自Neurog3-Cre; Rosa26胚胎的小鼠胚胎日15.5和18.5的胰腺细胞以及hESC衍生的GFP+细胞，以研究胰腺内分泌前体细胞的特征	本研究首次详细描述了小鼠和hESC衍生的内分泌前体细胞的单细胞转录组特征，并揭示了与前体细胞、内分泌细胞或先前未描述的细胞状态相关的标记物	NA	研究旨在通过深入了解β细胞在胚胎发育过程中的形成机制，以改进hESC分化为功能性β样细胞的协议	研究对象包括小鼠胚胎胰腺细胞和hESC衍生的内分泌前体细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	共分析了6,905个小鼠胚胎日15.5的胰腺细胞、6,626个小鼠胚胎日18.5的胰腺细胞和4,462个hESC衍生的GFP+细胞
26417	2024-08-09	An integrated enrichment system to facilitate isolation and molecular characterization of single cancer cells from whole blood 2018-12, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23599 PMID:30549400	研究论文	本文介绍了一种集成富集系统，用于从全血中高效分离和分子表征单个癌细胞	该系统结合了磁性分离器和声学微流控聚焦芯片，实现了与荧光激活细胞分选（FACS™）和单细胞测序的在线富集，提高了癌细胞的回收率和下游分析的兼容性	目前仅在体外实验中验证了该系统的有效性，尚未在临床样本中进行广泛验证	开发一种高效的方法来分离和表征循环肿瘤细胞（CTCs），以支持个性化医疗和癌症诊断	循环肿瘤细胞（CTCs）及其在全血中的分离和分子表征	数字病理学	前列腺癌	单细胞mRNA测序	NA	细胞	体外实验中使用了掺入的外周血中的前列腺癌细胞
26418	2024-08-09	Insights Into Local Orbital Immunity: Evidence for the Involvement of the Th17 Cell Pathway in Thyroid-Associated Ophthalmopathy 2019-05-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/jc.2018-01626 PMID:30517642	研究论文	本研究探讨了甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联，并发现Th17细胞途径在TAO中的重要作用。	首次揭示了TAO眼眶微环境中Th17和Th2细胞反应的增加，以及CD34+眼眶成纤维细胞在促进Th17细胞表型中的作用。	NA	研究甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联。	TAO和对照组的眼眶结缔组织。	NA	甲状腺相关眼病	单细胞测序、多色流式细胞术、共培养实验和western blotting	NA	细胞	TAO和对照组的眼眶结缔组织样本
26419	2024-08-09	GABA promotes β-cell proliferation, but does not overcome impaired glucose homeostasis associated with diet-induced obesity 2019-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201801397R PMID:30509117	研究论文	本研究探讨了γ-氨基丁酸（GABA）对健康和糖耐量受损/肥胖小鼠β细胞的影响，发现GABA能增加β细胞数量，但对高脂饮食诱导的胰岛素抵抗和糖耐量受损无改善作用。	本研究首次揭示了GABA在单细胞水平上对β细胞增殖的影响，并发现GABA处理后β细胞中特定基因表达的变化。	研究未探讨GABA对β细胞功能长期影响的机制，且样本量较小。	探讨GABA对β细胞增殖及糖代谢的影响。	健康和糖耐量受损/肥胖小鼠的β细胞。	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
26420	2024-08-09	Mesenchymal Precursor Cells in Adult Nerves Contribute to Mammalian Tissue Repair and Regeneration 2019-02-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.024 PMID:30503141	研究论文	本文提供了证据，表明受伤的外周神经提供了间充质前体细胞的储备，这些细胞可以直接参与小鼠指尖再生和皮肤修复	本文首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，识别出在正常和受伤的成年神经中转录上不同的间充质细胞群，包括具有间充质前体细胞特征的神经嵴来源的细胞	NA	研究外周神经在调节组织修复和再生中的作用	间充质前体细胞在成年神经中的作用及其对组织修复和再生的贡献	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA