单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26381	2024-08-09	Genome-wide CRISPR Screens in Primary Human T Cells Reveal Key Regulators of Immune Function 2018-12-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.10.024 PMID:30449619	研究论文	本文开发了一种名为SLICE的新方法，用于在人类T细胞中进行全基因组CRISPR筛选，以识别免疫功能的关键调节因子	SLICE方法结合了单导RNA（sgRNA）慢病毒感染和Cas9蛋白电穿孔，使得在初级人类细胞中进行大规模CRISPR筛选成为可能	NA	旨在通过CRISPR技术发现和表征初级细胞中的功能基因靶点，以优化药物开发和细胞疗法设计	人类T细胞	基因编辑	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	全基因组范围内的基因
26382	2024-08-09	Comparative Analysis and Refinement of Human PSC-Derived Kidney Organoid Differentiation with Single-Cell Transcriptomics 2018-12-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.010 PMID:30449713	研究论文	本文通过单细胞转录组学比较分析了两种定向分化协议生成的人类多能干细胞衍生的肾脏类器官，并探讨了其与胎儿和成人肾脏细胞的相似性及改进方法。	通过抑制脑源性神经营养因子（BDNF）及其受体NTRK2的信号通路，显著减少了类器官中的神经元数量，同时不影响肾脏分化，从而改进了类器官的形成。	类器官衍生的细胞类型尚不成熟，且有10%-20%的细胞不属于肾脏细胞。	探讨人类多能干细胞衍生的肾脏类器官与成人肾脏的相似性，并寻找改进类器官分化的方法。	人类多能干细胞衍生的肾脏类器官、胎儿和成人肾脏细胞。	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	83,130个细胞来自65个类器官以及胎儿和成人肾脏细胞
26383	2024-08-09	Tutorial: guidelines for the experimental design of single-cell RNA sequencing studies 2018-12, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0073-y PMID:30446749	教程	本文为单细胞RNA测序研究提供了实验设计的指南	总结了当前的方法学和分析选项，并讨论了它们在不同研究场景中的适用性	NA	促进单细胞RNA测序实验设计中的决策过程	单细胞RNA测序实验设计	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26384	2024-08-09	Immunomodulatory activity of lenvatinib contributes to antitumor activity in the Hepa1-6 hepatocellular carcinoma model 2018-Dec, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.13806 PMID:30447042	研究论文	研究了lenvatinib（一种多靶点酪氨酸激酶抑制剂）及其与抗PD-1抗体联合使用在Hepa1-6小鼠肝细胞癌同基因模型中的抗肿瘤和免疫调节活性	发现lenvatinib在免疫活性小鼠中的抗肿瘤活性比免疫缺陷小鼠更强，并且与抗PD-1抗体联合使用时能进一步提高肿瘤消退率和反应率	需要进一步的临床试验来验证lenvatinib与抗PD-1抗体联合治疗在晚期肝细胞癌中的效果	探讨lenvatinib及其与抗PD-1抗体联合使用在肝细胞癌治疗中的抗肿瘤和免疫调节活性	Hepa1-6小鼠肝细胞癌同基因模型	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	免疫活性小鼠和免疫缺陷小鼠
26385	2024-08-09	Molecular Investigation of the Ciliate Spirostomum semivirescens, with First Transcriptome and New Geographical Records 2018-12, Protist IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.protis.2018.08.001 PMID:30447617	研究论文	对纤毛虫Spirostomum semivirescens进行分子研究，首次生成其转录组并更新地理记录	首次对Spirostomum semivirescens进行分子研究，生成其转录组，并发现其可能处于重新分配TGA终止密码子的早期阶段	NA	研究Spirostomum semivirescens的分子特征及其与环境的关系	纤毛虫Spirostomum semivirescens及其内共生藻类	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自英国和瑞典的Spirostomum semivirescens样本
26386	2024-08-09	Kidney organoids-a new tool for kidney therapeutic development 2018-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2018.07.029 PMID:30466559	研究论文	本文介绍了利用CRISPR/Cas9技术创建肾脏荧光线粒标记物，以监测肾脏类器官的分化过程，并优化成熟度	结合个性化肾脏类器官、基因编辑和单细胞测序技术，有望提高对疾病的理解、改善人类细胞疾病模型、增强预测毒理学，并可能实现“盘中的临床试验”	NA	开发新的肾脏治疗工具	肾脏类器官的分化过程和成熟度优化	数字病理学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞测序	NA	细胞	NA
26387	2024-08-09	Mapping Cellular Reprogramming via Pooled Overexpression Screens with Paired Fitness and Single-Cell RNA-Sequencing Readout 2018-11-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.10.008 PMID:30448000	研究论文	本文通过结合条形码开放阅读框过表达文库与单细胞RNA测序技术，研究了遗传扰动对细胞状态的影响，并构建了遗传共调节网络。	开发了一种名为SEUSS的新技术，通过结合单细胞RNA测序和过表达筛选，实现了对细胞状态和适应性的多维度分析。	NA	研究遗传扰动对细胞状态的影响，并构建遗传共调节网络。	人类多能干细胞（hPSCs）和发育关键的转录因子（TFs）。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个转录因子和基因家族的过表达文库。
26388	2024-08-09	Longitudinal single-cell RNA sequencing of patient-derived primary cells reveals drug-induced infidelity in stem cell hierarchy 2018-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07261-3 PMID:30467425	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了肿瘤细胞中化疗抗性的不同模式	揭示了药物选择下肿瘤细胞通过表观遗传机制转分化的新适应方式，并发现JQ1介导的BRD4抑制能逆转药物诱导的适应性	NA	研究化疗抗性的机制及潜在的治疗策略	患者来源的原代细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
26389	2024-08-09	Defining human cardiac transcription factor hierarchies using integrated single-cell heterogeneity analysis 2018-11-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07333-4 PMID:30464173	研究论文	本文通过综合单细胞异质性分析，定义了人类心脏转录因子层次结构	应用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合转录组和剪接分析，揭示了hiPSC-CMs中的多个不同单细胞群体及其转录调控因子	NA	研究hiPSC-CMs的异质性来源及其与心脏转录调控因子的关系	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）及其在心脏分化过程中的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序，CRISPR基因编辑，ChIP-seq	NA	RNA	超过半打的单细胞群体
26390	2024-08-09	Machine learning based classification of cells into chronological stages using single-cell transcriptomics 2018-11-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-35218-5 PMID:30464314	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的框架GERAS，用于根据单细胞转录组数据将细胞分类到其时间顺序阶段	GERAS框架能够以超过90%的准确率对斑马鱼和人类胰腺细胞的时间顺序阶段进行分类，并显示出对生物和技术噪声的鲁棒性	NA	开发一种新的技术来确定细胞的年龄，以便预防与年龄相关的疾病	斑马鱼和人类胰腺细胞	机器学习	NA	单细胞转录组学	机器学习框架	转录组数据	斑马鱼和人类胰腺细胞的独立单细胞样本
26391	2024-08-09	Seq-ing out the Killers of Mice and Men 2018-11-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.007 PMID:30462994	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠和人类脾脏及血液中的自然杀伤细胞的转录组特征	揭示了组织和物种特异性的转录组特征	NA	探索小鼠和人类自然杀伤细胞的多样性	小鼠和人类的脾脏及血液中的自然杀伤细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26392	2024-08-09	The Molecular Signature of Megakaryocyte-Erythroid Progenitors Reveals a Role for the Cell Cycle in Fate Specification 2018-11-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.084 PMID:30463007	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了人类巨核细胞-红细胞前体（MEPs）的分子特征，揭示了细胞周期在巨核细胞和红细胞分化中的作用	首次揭示了细胞周期调控因子在巨核细胞和红细胞分化中的作用，并通过遗传和药物调控验证了这一发现	NA	探索巨核细胞和红细胞前体分化的分子机制	人类巨核细胞-红细胞前体（MEPs）及其相关前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26393	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Estrogen Signaling Coordinately Augments One-Carbon, Polyamine, and Purine Synthesis in Breast Cancer 2018-11-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.093 PMID:30463022	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了雌激素信号如何协同增强乳腺癌细胞中的一碳代谢、多胺合成和嘌呤合成	首次在单细胞水平上重建了雌激素响应的转录网络，并展示了雌激素刺激下的代谢转换机制	NA	深入理解雌激素受体α在乳腺癌进展中的转录调控机制	雌激素受体α阳性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
26394	2024-08-09	[GSA: Genome Sequence Archive] 2018-Nov-20, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.18-178 PMID:30465538	研究论文	介绍了中国新开发的基因组序列存档库（GSA），该库遵循国际核苷酸序列数据库合作（INSDC）标准，支持多种测序平台的数据存储和共享	GSA是一个新的数据存储库，专门用于原始序列读取，支持多种测序技术，并免费为全球科学界提供服务	NA	推广国家生物信息中心的中国计划，专注于组学数据提交、存储和共享	基因组序列数据	生物信息学	NA	测序技术	NA	序列数据	超过500 TB的数据
26395	2024-08-09	Single cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of cardiac progenitor cell transition states and lineage settlement 2018-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07307-6 PMID:30451828	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和ATAC-seq技术，全面分析了从E7.5到E9.5标记为Nkx2-5和Isl1表达的小鼠心脏前体细胞（CPCs）的转录组和染色质可及性，揭示了心脏前体细胞命运转变的转录和表观遗传调控机制	研究首次揭示了多能Isl1心脏前体细胞在分化前通过一个吸引态，然后分离成不同的发育分支，而Nkx2-5的延长表达使心脏前体细胞向心肌细胞命运单向发展	NA	研究心脏前体细胞命运转变的基因调控网络和表观遗传变化	小鼠心脏前体细胞（CPCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，ATAC-seq	NA	转录组数据，染色质可及性数据	从E7.5到E9.5的小鼠心脏前体细胞
26396	2024-08-09	Publisher Correction: Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific transcriptional signatures at the maternal-foetal interface during pregnancy 2018-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms16219 PMID:30468158	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26397	2024-08-09	Modulation of Drosophila post-feeding physiology and behavior by the neuropeptide leucokinin 2018-11, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1007767 PMID:30457986	研究论文	研究探讨了果蝇后进食生理和行为受神经肽亮氨酸激酶（LK）调控的机制	首次详细描绘了LK神经回路，并发现LK信号在Lk和Lk受体（Lkr）突变体中的缺陷影响了多个协调过程，如压力调节、水平衡、进食、运动活动和代谢率	文章中提到的机制和神经回路的具体作用仍需进一步研究	旨在理解神经肽如何协调复杂的竞争行为	果蝇的后进食生理和行为	神经科学	NA	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	涉及果蝇的Lk和Lkr突变体以及特定敲降Lkr的果蝇
26398	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals Heterogeneity and Drug Response of Human Colorectal Cancer Organoids 2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC.2018.8512784 PMID:30440885	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术探讨了人结直肠癌类器官的转录组特征及其对一线抗癌药物奥沙利铂的反应	首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法揭示了肿瘤类器官中的癌症异质性及其对化疗药物的反应	NA	研究肿瘤类器官是否能重现患者肿瘤中观察到的细胞异质性及其对化疗的反应	人结直肠癌类器官及其对奥沙利铂的反应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
26399	2024-08-09	Identifying progressive gene network perturbation from single-cell RNA-seq data 2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC.2018.8513444 PMID:30441472	研究论文	本文介绍了一种名为PIPER的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别驱动基因调控网络差异的扰动基因	PIPER方法专门为单细胞RNA测序数据设计，能够联合识别多种渐进条件下的基因网络，并通过差异网络分析识别主要调控因子	NA	识别控制发育或疾病的基因调控网络	单细胞RNA测序数据中的渐进基因网络扰动	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
26400	2024-08-09	Single-cell analyses identify distinct and intermediate states of zebrafish pancreatic islet development 2019-06-01, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjy064 PMID:30407522	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了转基因斑马鱼胰腺胰岛在四个胚胎发育阶段的动态变化	本文首次详细描述了胰腺胰岛发育过程中的不同状态和分子特征，并识别了具有不同细胞周期阶段的增殖性内分泌前体细胞	NA	定义胰腺胰岛发育过程中的特征和分化过程	胰腺胰岛细胞的发育轨迹及其调控网络	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从TgBAC(neurod1:EGFP)转基因斑马鱼中分离的单个胰岛细胞