单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26381	2024-08-09	Direct chromosome-length haplotyping by single-cell sequencing 2016-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.209841.116 PMID:27646535	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞DNA模板链测序（Strand-seq）方法，用于直接对整个染色体长度的二倍体基因组进行分型	首次提出使用Strand-seq方法直接对整个染色体长度的二倍体基因组进行分型，无需使用代际信息或统计推断	NA	开发一种新的方法来直接绘制每个亲本染色体的独特遗传组成	二倍体基因组的分型和家族中减数分裂重组事件的映射	基因组学	NA	单细胞DNA模板链测序（Strand-seq）	NA	基因组数据	一个HapMap个体（NA12878）和一个家族三重奏
26382	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals that Differentiation and Spatial Signatures Shape Epidermal and Hair Follicle Heterogeneity 2016-09-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2016.08.010 PMID:27641957	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠休止期表皮细胞异质性的转录调控机制	本研究首次在单细胞水平上重建了表皮分化和毛囊近端-远端轴的基因表达程序，并展示了干细胞区室的异质性如何反映这一模型	NA	探讨小鼠表皮及其毛囊细胞异质性的转录调控机制	小鼠休止期表皮及其毛囊细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	1,422个单细胞转录组
26383	2024-08-09	High-throughput single-cell gene-expression profiling with multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization 2016-09-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1612826113 PMID:27625426	研究论文	本文报道了通过改进多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）技术，大幅提高单细胞基因表达分析的通量	通过使用化学切割代替光漂白去除荧光信号、扩大成像视野和采用多色成像等方法，将MERFISH的通量提高了两个数量级	NA	提高基于图像的单细胞转录组学方法的通量	人类细胞的RNA表达	数字病理学	NA	多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）	NA	图像	超过100,000个人类细胞，单次测量最多可达40,000个细胞
26384	2024-08-09	nbCNV: a multi-constrained optimization model for discovering copy number variants in single-cell sequencing data 2016-Sep-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1239-7 PMID:27639558	研究论文	本文开发了一种基于读取深度的方法nbCNV，用于检测单细胞测序数据中的拷贝数变异	nbCNV方法利用稀疏性和平滑性两个约束条件，假设读取信号呈负二项分布，将CNV检测问题转化为二次优化问题，并通过基于经典交替方向最小化方法的有效数值解决方案来解决	NA	开发一种新的方法来检测单细胞测序数据中的拷贝数变异	单细胞测序数据中的拷贝数变异	生物信息学	NA	单细胞测序	二次优化模型	测序数据	NA
26385	2024-08-09	Single-cell transcriptome and epigenomic reprogramming of cardiomyocyte-derived cardiac progenitor cells 2016-09-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2016.79 PMID:27622691	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和全基因组DNA甲基化分析数据，研究了心肌细胞衍生的心脏前体细胞（mCPCs）的表观基因组重编程机制	首次详细描述了mCPCs的表观基因组重编程过程，并展示了其与转录组变化的相关性	NA	理解心肌细胞表观基因组重编程机制，为未来临床治疗设计提供基础	心肌细胞衍生的心脏前体细胞（mCPCs）的表观基因组和转录组变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析，全基因组DNA甲基化分析	NA	转录组数据，甲基化数据	小鼠mCPCs样本
26386	2024-08-09	L1-associated genomic regions are deleted in somatic cells of the healthy human brain 2016-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4388 PMID:27618310	研究论文	本研究使用基于机器学习的单细胞测序方法，发现健康人脑体细胞中L1相关变异（SLAVs）包括L1逆转录转座插入和非逆转录转座依赖的L1相关变异，并证明部分SLAVs是由L1内切酶切割活性产生的体细胞缺失	首次揭示了L1相关基因组区域在健康人脑体细胞中的缺失现象，并发现这些区域是体细胞拷贝数变异的热点，对体细胞嵌合现象有遗传贡献	NA	探究健康人脑中L1相关变异的类型及其对体细胞嵌合现象的影响	健康人脑体细胞中的L1相关变异	基因组学	NA	单细胞测序	机器学习	基因组数据	NA
26387	2024-08-09	Transition states and cell fate decisions in epigenetic landscapes 2016-11, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/nrg.2016.98 PMID:27616569	research paper	本文探讨了Waddington的表观遗传景观在细胞命运决定中的应用，并提出了细胞命运转换的非连续性和随机性观点	提出了细胞命运转换的非连续性和随机性观点，与传统的连续性进展观点不同	NA	探讨表观遗传景观在细胞命运决定中的应用	细胞命运转换的机制	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26388	2024-08-09	CellTree: an R/bioconductor package to infer the hierarchical structure of cell populations from single-cell RNA-seq data 2016-Sep-13, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-016-1175-6 PMID:27620863	研究论文	介绍了一个名为CellTree的R/Bioconductor包，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞群体的层次结构	采用基于文档分析技术的新颖统计方法，生成树结构以展示单细胞样本间的层次关系，并识别潜在的基因组，提供生物学见解	NA	开发一种工具，帮助实验人员基于统计和生物学上合理的算法有效探索和可视化单细胞RNA数据	单细胞RNA测序数据中的细胞群体结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26389	2024-08-09	Advanced Technologies Lead iNto New Reprogramming Routes 2016-09-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.08.014 PMID:27588744	研究论文	两篇最新论文探讨了诱导神经元（iNs）重编程过程中转录动态和表观遗传重塑的新见解	应用单细胞转录组学和基因编辑技术来识别早期iN诱导的途径和绕行路径	NA	探索诱导神经元重编程过程中的转录动态和表观遗传重塑	诱导神经元的重编程过程	NA	NA	单细胞转录组学和基因编辑	NA	转录组数据	NA
26390	2024-08-09	Single-nucleus RNA-seq of differentiating human myoblasts reveals the extent of fate heterogeneity 2016-12-01, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw739 PMID:27566152	研究论文	本研究通过单核RNA测序（snRNA-seq）分析了分化中的人肌原细胞，揭示了命运异质性的程度	本研究采用了单核转录组分析方法，克服了传统单细胞微流控技术在捕获大型多核细胞方面的不足，并发现了单核RNA测序在捕获核富集的长非编码RNA（lncRNAs）和miRNA前体方面的独特优势	NA	研究目的是通过单核RNA测序技术揭示人肌原细胞分化过程中的转录组变化和命运异质性	研究对象是分化中的人肌原细胞及其转录组	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	使用了永生化的人肌原细胞进行单细胞（scRNA-seq）和单核（snRNA-seq）RNA测序分析
26391	2024-08-09	A generic, cost-effective, and scalable cell lineage analysis platform 2016-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.202903.115 PMID:27558250	研究论文	本文介绍了一种集成化的生物化学-计算平台，用于通用的单细胞谱系分析，该平台具有回顾性、成本效益高且可扩展的特点	该平台结合了生物化学和计算方法，能够生成单细胞的谱系树，克服了传统方法依赖低分辨率批量分析或大量单细胞测序的局限	NA	开发一种通用的、成本效益高的、可扩展的单细胞谱系分析平台	单细胞谱系分析	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	从体外培养的树中采集的细胞
26392	2024-08-09	Zika Virus Disrupts Phospho-TBK1 Localization and Mitosis in Human Neuroepithelial Stem Cells and Radial Glia 2016-09-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.08.038 PMID:27568284	研究论文	本文通过单细胞RNA测序等技术，研究了寨卡病毒（ZIKV）感染人神经上皮干细胞（NES）和放射状胶质细胞（RGCs）对神经发育的影响	首次揭示了ZIKV感染导致磷酸化TBK1在细胞分裂期间重新定位和细胞死亡的机制，并发现核苷类似物能抑制ZIKV复制，保护细胞免受ZIKV诱导的pTBK1重新定位和细胞死亡	NA	揭示寨卡病毒感染相关的神经发育缺陷的细胞和分子机制及其潜在治疗方法	人神经上皮干细胞（NES）和放射状胶质细胞（RGCs）	NA	神经发育缺陷	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26393	2024-08-09	A developmental coordinate of pluripotency among mice, monkeys and humans 2016-09-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/nature19096 PMID:27556940	研究论文	本文通过全面的单细胞RNA测序研究了猕猴（Macaca fascicularis）的植入前和植入后胚胎外胚层（EPI）发育过程，探讨了人类和灵长类多能性的发生机制	发现了猕猴EPI在植入后经历主要转录组变化，并稳定维持其转录组超过一周，同时保留独特的多能性基因集并获得'神经分化'特性	NA	探索人类和灵长类多能性的发生机制	猕猴的植入前和植入后胚胎外胚层发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26394	2024-08-09	Disentangling neural cell diversity using single-cell transcriptomics 2016-08-26, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/nn.4366 PMID:27571192	研究论文	本文提供了一个关于使用单细胞基因表达谱技术对神经细胞类型进行分类的概念性和实践性指南	利用高吞吐量的单细胞RNA测序和多重定量RT-PCR技术，系统地将单个神经元分类为具有相似分子特性的组	NA	系统地分类所有哺乳动物神经元，以解构神经系统为其基本组成部分	哺乳动物神经系统中的神经元多样性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百万到数十亿个神经元
26395	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals distinct injury responses in different types of DRG sensory neurons 2016-08-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep31851 PMID:27558660	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了在坐骨神经切断（SNT）后3天的非肽能伤害感受器（NP）、肽能伤害感受器（PEP）和大髓鞘感觉神经元（LM）在控制和损伤条件下的反应	发现了与神经元发育、蛋白质翻译和细胞质运输相关的新的再生相关基因（RAGs），并揭示了不同类型DRG感觉神经元在单个神经元水平上对损伤的独特和持续的转录组反应	NA	研究外周神经损伤后感觉神经元的不同损伤反应	非肽能伤害感受器（NP）、肽能伤害感受器（PEP）和大髓鞘感觉神经元（LM）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
26396	2024-08-09	Comprehensive Classification of Retinal Bipolar Neurons by Single-Cell Transcriptomics 2016-Aug-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.07.054 PMID:27565351	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序和优化的计算方法，对小鼠视网膜双极细胞进行了全面的分子分类	本文发现了两种新的双极细胞类型，其中一种具有非典型的形态和位置	NA	解决生成全面、与传统分类方案协调且无多余细分真实类型的分类学挑战	小鼠视网膜双极细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约25,000个双极细胞
26397	2024-08-09	Detection of high variability in gene expression from single-cell RNA-seq profiling 2016-08-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-2897-6 PMID:27556924	研究论文	本文开发了一种基因表达变异模型（GEVM），利用变异系数（CV）与平均表达水平之间的关系来处理单细胞数据的过度分散，并量化可变表达基因（VEGs）的统计显著性	提出了一个基因表达变异模型（GEVM），用于识别单细胞RNA测序数据中的高度可变基因，并通过模拟和真实数据验证了其鲁棒性	NA	开发一种基因表达变异模型，以识别单细胞RNA测序数据中的高度可变基因	单细胞RNA测序数据中的基因表达变异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因表达变异模型（GEVM）	单细胞RNA测序数据	不同数量的细胞和变异水平的模拟数据，以及两个使用不同单细胞协议的真实scRNA-seq数据集
26398	2024-08-09	C. elegans Stress-Induced Sleep Emerges from the Collective Action of Multiple Neuropeptides 2016-09-26, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2016.07.048 PMID:27546573	研究论文	本文研究了秀丽隐杆线虫（C. elegans）中细胞应激诱导睡眠的遗传机制，发现多个神经肽的集体作用是这一过程的关键	首次系统研究了秀丽隐杆线虫中四种高度富集的神经肽在应激诱导睡眠中的作用，并发现这些神经肽通过集体作用控制睡眠	文章未详细讨论这些神经肽在其他生物或更复杂生物中的作用	探究秀丽隐杆线虫中应激诱导睡眠的遗传基础及其神经肽的调控机制	秀丽隐杆线虫中的神经肽及其在应激诱导睡眠中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及四种神经肽及其突变体和过表达研究
26399	2024-08-09	Identification and functional analysis of long non-coding RNAs in human and mouse early embryos based on single-cell transcriptome data 2016-Sep-20, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.11304 PMID:27542205	研究论文	本研究基于单细胞转录组数据对人和小鼠早期胚胎中的长非编码RNA（lncRNA）进行了全面的鉴定和功能分析	首次展示了lncRNA在人类早期胚胎发育中的动态和功能，特别是在受精和胚胎正常发育中的作用	研究主要基于公共的单细胞RNA测序数据，未涉及实验验证	探讨lncRNA在人类早期胚胎发育中的分子机制	人和小鼠早期胚胎中的lncRNA	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
26400	2024-08-09	Single-cell RNAseq reveals cell adhesion molecule profiles in electrophysiologically defined neurons 2016-08-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1610155113 PMID:27531958	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了电生理定义的中间神经元和投射神经元中细胞粘附分子的表达谱	本文首次识别了两个独立、发育调控的相互作用基因网络，这些基因编码细胞粘附、胞吐和信号转导相关的分子	本文未详细讨论这些基因网络在神经元连接特异性中的具体作用机制	揭示神经元连接的分子逻辑	中间神经元和投射神经元中的细胞粘附分子	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确具体数量