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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2621 | 2025-10-06 |
Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics
2025-Aug-06, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014
PMID:40482637
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了亨廷顿病R6/2小鼠大脑中区域特异性、时间依赖性和细胞类型特异性的分子调控通路 | 首次将10x Genomics Visium空间转录组学与匹配的单核RNA测序整合应用于亨廷顿病小鼠模型,揭示了时空动态的基因表达变化和细胞特异性调控通路 | 研究仅限于R6/2小鼠模型,结果可能不完全适用于人类亨廷顿病;样本时间点有限,可能遗漏某些关键发育阶段的动态变化 | 探索亨廷顿病发病机制中的分子调控网络和时空动态变化 | R6/2亨廷顿病小鼠模型的大脑组织(出生后第0天、4周和12周) | 空间转录组学 | 亨廷顿病 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 空间基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | R6/2小鼠大脑在三个时间点(P0、4周、12周)的分析 | 10x Genomics | 空间转录组学,单核RNA测序 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台整合单核RNA测序 |
2622 | 2025-10-06 |
Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features
2025-Aug-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.101918
PMID:40767624
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研究论文 | 通过全长单细胞RNA测序识别人类光感受器发育状态及视网膜母细胞瘤相关特征 | 首次使用全长scRNA-seq解析光感受器发育轨迹,发现早期视锥前体细胞特异性表达特征与视网膜母细胞瘤发生相关 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步功能验证 | 解析人类视锥和视杆细胞发育差异及其与视网膜母细胞瘤发生的关系 | 人类光感受器细胞(视锥和视杆细胞) | 单细胞基因组学 | 视网膜母细胞瘤 | 全长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | 全长单细胞RNA测序 |
2623 | 2025-10-06 |
WGCNA and single-cell analysis reveal ferroptosis-related gene signatures for hepatocellular carcinoma prognosis and therapy
2025-Aug-06, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03335-z
PMID:40767898
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研究论文 | 通过WGCNA和单细胞分析揭示铁死亡相关基因在肝细胞癌预后和治疗中的表达特征 | 首次结合WGCNA和单细胞RNA测序技术系统分析铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达异质性及其临床意义 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 研究铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达特征及其与临床预后的关系 | 肝细胞癌患者基因表达数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | WGCNA, 单细胞RNA测序, 生存分析, 功能富集分析 | 基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
2624 | 2025-10-06 |
Aging affects reprogramming of pulmonary capillary endothelial cells after lung injury in male mice
2025-Aug-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62431-4
PMID:40769983
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学比较年轻与老年雄性小鼠肺损伤后的肺毛细血管内皮细胞转录组变化 | 首次利用纵向单细胞RNA测序和空间转录组学揭示衰老对肺毛细血管内皮细胞在肺损伤后重编程过程的影响 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未涉及雌性个体;样本量相对有限 | 探究衰老如何影响肺损伤后组织再生过程及纤维化疾病发展机制 | 年轻与老年雄性小鼠的肺组织及特发性肺纤维化患者样本 | 单细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年雄性小鼠在三个时间点的肺组织样本及患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
2625 | 2025-10-06 |
The role of cellular heterogeneity in thyroid cancer: a multi-modal analysis approach with Mendelian randomization
2025-Aug-06, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03348-8
PMID:40770155
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序方法,探讨炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系,并表征肿瘤微环境中的细胞异质性 | 首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序的多模态分析方法,系统研究甲状腺癌中炎症蛋白基因的因果作用和细胞异质性 | 未明确说明样本量大小,研究结果需要在更大规模的研究中进一步验证 | 研究炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系,并表征甲状腺癌微环境中的细胞组成和分化轨迹 | 甲状腺癌样本和与炎症蛋白表达相关的遗传变异 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序 | 多种MR方法(MR Egger、加权中位数、逆方差加权等) | 遗传变异数据,单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2626 | 2025-10-06 |
Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations
2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02360-2
PMID:40759634
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综述 | 本文综述了癌症干细胞的研究现状、挑战及新兴治疗策略 | 整合单细胞测序、空间转录组学和多组学数据揭示CSC异质性,提出双代谢抑制、合成生物学干预等创新疗法 | 缺乏普适性CSC生物标志物,难以在不影响正常干细胞的前提下靶向CSC | 探讨癌症干细胞特性及开发针对性治疗策略 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学, 多组学整合, CRISPR筛选, AI分析 | 3D类器官模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
2627 | 2025-10-06 |
SGLT2 inhibitors and cardiac fibrosis: A comprehensive review
2025-Aug-05, Current problems in cardiology
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103149
PMID:40769233
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综述 | 本文全面综述了SGLT2抑制剂在心脏纤维化中的作用机制和临床证据 | 系统整合了SGLT2抑制剂在糖尿病和非糖尿病背景下抗心脏纤维化的多效性作用机制 | 主要心血管结局试验中缺乏纤维化特异性终点,且缺乏人体组织学验证 | 探讨SGLT2抑制剂作为心脏纤维化调节剂在不同心血管疾病状态中的作用 | 心脏纤维化病理过程及相关心血管疾病 | NA | 心血管疾病 | 心脏磁共振、血清胶原生物标志物检测、空间转录组学、高分辨率成像 | NA | 实验数据、临床数据、影像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2628 | 2025-10-06 |
The spatial landscape of glial pathology and T cell response in Parkinson's disease substantia nigra
2025-Aug-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62478-3
PMID:40759663
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组技术揭示了帕金森病黑质区T细胞和胶质细胞的病理空间景观 | 首次在帕金森病脑组织中发现CD8+T细胞克隆扩增及其与CD44+星形胶质细胞的空间相关性 | 研究基于死后脑组织样本,无法观察疾病动态过程 | 探究帕金森病中适应性免疫反应在脑内的特征和机制 | 帕金森病患者死后黑质脑组织 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 单核RNA测序, 空间转录组学, T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 帕金森病患者死后脑组织样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, T细胞受体测序 | NA | NA |
2629 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of the PLXNA3 gene on prognosis and immune characteristics in breast cancer
2025-Aug-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13843-1
PMID:40760011
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研究论文 | 通过多组学分析揭示PLXNA3基因在乳腺癌预后和免疫特征中的关键作用 | 首次系统阐明PLXNA3在乳腺癌中的预后价值和免疫调节功能,发现其与抗PD1免疫治疗反应的相关性 | 未明确PLXNA3影响免疫激活状态的具体分子机制 | 探究PLXNA3基因在乳腺癌中的生物学功能和临床意义 | 乳腺癌细胞和肿瘤免疫微环境 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 体外功能实验 | NA | RNA测序数据, 细胞功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
2630 | 2025-10-06 |
OmniCellAgent: Towards AI Co-Scientists for Scientific Discovery in Precision Medicine
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667797
PMID:40766492
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研究论文 | 开发了一个名为OmniCellAgent的智能AI代理,用于促进精准医学领域的自主科学发现 | 首个专门设计的代理AI模型,能够系统整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、累积的生物医学知识和文献检索 | NA | 促进精准医学领域的自主科学发现,帮助非计算专家用户进行单细胞RNA测序数据驱动的生物医学研究 | 患者及家属、临床医生和湿实验室研究人员等非计算专家用户 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型, AI代理 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2631 | 2025-10-06 |
Elucidating prognostic significance of purine metabolism in colorectal cancer through integrating data from transcriptomic, immunohistochemical, and single-cell RNA sequencing analysis
2025-Aug, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70010
PMID:40017120
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研究论文 | 通过整合转录组、免疫组化和单细胞RNA测序数据阐明嘌呤代谢在结直肠癌中的预后意义 | 首次通过免疫组化验证嘌呤代谢作为结直肠癌预后标志物,并整合多种技术方法进行综合分析 | 嘌呤代谢反应具有可逆性,可能影响结果的稳定性 | 评估嘌呤代谢在结直肠癌中的临床相关性 | 结直肠癌患者组织样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组分析,免疫组化,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,单细胞测序数据 | 结直肠癌患者亚群(包括TP53野生型、TP53突变型和微卫星稳定型) | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
2632 | 2025-10-06 |
Human CD4+ T cells regulate peripheral immune responses in rheumatoid arthritis via insulin-like growth factor-like family member 2
2025-Aug, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adr3838
PMID:40749037
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研究论文 | 本研究揭示了人类CD4+ T细胞通过IGFL2调节类风湿关节炎外周免疫反应的机制 | 首次发现灵长类特有的炎症因子IGFL2在人类T外周辅助细胞中的特异性表达及其在RA发病机制中的调节作用 | 研究主要关注类风湿关节炎,结果在其他自身免疫疾病中的普适性需要进一步验证 | 阐明人类CD4+ T细胞在自身免疫疾病中的免疫调节机制 | 类风湿关节炎患者的CD4+ T细胞和单核细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 基因表达数据, 蛋白质水平数据 | 血清阳性类风湿关节炎患者的滑膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2633 | 2025-10-06 |
Unravelling Osteoporosis: Key Genes and Potential Therapies
2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70759
PMID:40764749
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和多组学分析鉴定骨质疏松症的关键基因及潜在治疗靶点 | 首次通过整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和免疫浸润分析系统鉴定FMO4、PSMA4和VEGFA作为骨质疏松症的关键基因,并发现60种潜在治疗化合物 | 基于欧洲人群的GWAS数据可能限制结果在其他人群的普适性,机制验证需要进一步实验研究 | 识别骨质疏松症的致病基因和开发新型治疗策略 | 骨质疏松症相关基因和信号通路 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | GWAS, 孟德尔随机化, scRNA-seq, 转录组分析, 免疫浸润分析, 基因集富集分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | FinnGen联盟GWAS数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2634 | 2025-10-06 |
Integrating Single-Cell Transcriptomics and Machine Learning to Define an ac4C Gene Signature in Lung Adenocarcinoma
2025-Aug, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.70140
PMID:40767620
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习方法,定义了肺腺癌中的ac4C基因特征 | 首次将单细胞转录组学与多种机器学习算法结合,开发了ac4C相关基因特征模型用于肺腺癌预后预测 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 探索ac4C修饰在肺腺癌中的作用并开发预后预测模型 | 肺腺癌患者和相关的转录组数据 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 多种机器学习算法 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 多个独立队列的公共数据库数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2635 | 2025-10-06 |
Single-Cell Sequencing Reveals Circadian Sensitivity of Noise-Induced Hearing Loss Mediated by Macrophage-Driven NLRP3 Inflammasome Activation
2025-Jul-20, Neuroscience bulletin
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12264-025-01440-1
PMID:40684422
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示巨噬细胞驱动的NLRP3炎症小体激活在噪声性听力损失昼夜节律敏感性中的作用机制 | 首次发现噪声性听力损失存在昼夜节律敏感性,并阐明巨噬细胞通过NLRP3炎症小体激活介导这一过程的分子机制 | 研究主要聚焦于巨噬细胞和NLRP3通路,可能忽略其他细胞类型和信号通路的作用 | 探究噪声性听力损失昼夜节律敏感性的分子机制 | 小鼠耳蜗细胞 | 单细胞生物学 | 噪声性听力损失 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 97,043个耳蜗细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2636 | 2025-10-06 |
Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion
2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004
PMID:40685048
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,发现复发性自然流产中蛋白质乳酸化相关生物标志物及其致病机制 | 首次在复发性自然流产中系统研究蛋白质乳酸化作用,发现四个乳酸化相关枢纽基因并揭示S100A11通过p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路调控免疫反应的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外功能验证,缺乏体内实验验证和更大样本的临床验证 | 探索蛋白质乳酸化在复发性自然流产中的生物学功能和致病机制 | 复发性自然流产患者样本数据及滋养层细胞 | 生物信息学 | 复发性自然流产 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习, 免疫浸润分析, 功能实验 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 三个公共数据集(GSE214607, GSE26787, GSE165004) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
2637 | 2025-10-06 |
Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML
2025-Jul-16, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009
PMID:40781032
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞ATAC测序和线粒体DNA突变分析,揭示了急性髓系白血病中疾病驱动的调控异常 | 开发了线粒体单细胞ATAC测序技术(mtscATAC-seq),结合单细胞RNA-seq和机器学习模型,首次系统识别了AML中与复发相关的调控异常和白血病干细胞样克隆 | NA | 解析急性髓系白血病的进展机制并识别预后生物标志物 | 急性髓系白血病细胞 | 单细胞多组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 线粒体DNA追踪, 机器学习建模 | 机器学习模型 | 单细胞染色质可及性数据, 单细胞转录组数据, 线粒体DNA突变数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 线粒体单细胞ATAC测序(mtscATAC-seq) |
2638 | 2025-10-06 |
Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells
2025-Jul, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70021
PMID:40120139
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研究论文 | 本研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞通过促进效应调节性T细胞分化导致卵巢癌免疫抑制和PD-1阻断治疗抵抗的机制 | 首次阐明JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进初始CD4+ T细胞分化为eTregs的具体分子机制,并验证靶向该通路可增强PD-1抗体疗效 | 研究主要聚焦于高级别浆液性卵巢癌,其他类型肿瘤的适用性需进一步验证 | 阐明JAG2+肿瘤相关中性粒细胞在高级别浆液性卵巢癌免疫抑制微环境中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者样本、患者来源肿瘤类器官、荷瘤小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 多重免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序、体外共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学图像 | 304例HGSOC样本(274例组成两个独立队列,30例用于建立PDTOs) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2639 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic applications in orthopedics
2025-Jul, Connective tissue research
IF:2.8Q1
DOI:10.1080/03008207.2025.2501703
PMID:40347072
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综述 | 本文综述空间转录组学在骨科研究中的应用及其对肌肉骨骼组织基因表达模式解析的变革性影响 | 系统评估多种空间转录组技术(10X Visium、10X Xenium、seqFISH+、MERFISH、NanoString GeoMx DSP)在骨科领域的应用现状 | 仅基于29篇已发表文献进行分析,样本数量有限 | 探讨空间转录组学技术在骨科研究中的应用价值和发展前景 | 肌肉骨骼组织(软骨、关节、骨骼、肌腱、韧带和滑膜) | 空间转录组学 | 骨科疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 29篇已发表论文 | 10X Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10X Visium, 10X Xenium, NanoString GeoMx DSP | 10X Visium(22篇论文使用)、10X Xenium、seqFISH+、MERFISH、NanoString GeoMx DSP |
2640 | 2025-10-06 |
Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms
2025-Jul-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06733-7
PMID:40598539
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研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习算法识别肝细胞癌中基质硬度相关的分子亚型 | 整合10种聚类算法和101种机器学习组合构建了包含57个基因的基质硬度相关特征,并发现PPARG是关键基因 | NA | 研究基质硬度在肝细胞癌预后和治疗反应中的作用 | 肝细胞癌患者和多组学数据 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | 机器学习算法组合 | 多组学数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |