单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2621	2025-03-23	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4397799/v1 PMID:40092444	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症如何共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞	首次验证了紊乱血流和高胆固醇血症共同作用下的内皮细胞重编程假说，并发现了内皮细胞向免疫样细胞（EndIT）和泡沫细胞（EndFT）的转变	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化形成中的作用机制	小鼠内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色	小鼠模型	单细胞RNA测序数据，免疫组织化学数据	95只小鼠，98,553个单细胞
2622	2025-03-23	ENACT: End-to-End Analysis of Visium High Definition (HD) Data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf094 PMID:40053700	研究论文	本文介绍了一种名为ENACT的端到端分析管道，用于处理Visium高清晰度（HD）数据，以提高空间转录组学研究的细胞分辨率	ENACT管道整合了先进的细胞分割技术与Visium HD转录组学数据，引入了新的bin-to-cell分配方法，提高了单细胞转录估计的准确性	尽管ENACT在合成和真实数据集上进行了验证，但其在更广泛的组织类型和条件下的适用性仍需进一步验证	开发一种能够准确映射转录本到细胞并根据转录数据分配细胞类型的工具，以支持高分辨率的空间转录组学研究	组织切片中的细胞	数字病理学	NA	Visium HD转录组学	NA	转录组数据	数十万细胞的样本
2623	2025-03-23	Single-Cell Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid Identifies Specific Neutrophils during Septic Immunosuppression 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406218 PMID:39887584	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了脓毒症患者支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞景观，揭示了中性粒细胞驱动的肺部免疫抑制程序	首次在脓毒症免疫抑制阶段的中性粒细胞中发现了CXCR2和CD274IL1RN亚群的显著增加，并揭示了从CXCR2到CD274IL1RN中性粒细胞亚群的发展轨迹	研究主要基于支气管肺泡灌洗液的样本，可能无法全面反映全身免疫状态	探索脓毒症免疫抑制阶段的肺部免疫细胞变化及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液样本
2624	2025-03-23	A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08504-8 PMID:39910307	研究论文	本文通过单核测序和空间转录组学技术，生成了人类下丘脑的综合空间细胞转录图谱'HYPOMAP'	首次结合单核测序和空间转录组学技术，生成了人类下丘脑的详细空间细胞转录图谱，并发现了与BMI相关的基因簇和效应基因	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有细胞类型和功能	生成人类下丘脑的综合空间细胞转录图谱，并识别与BMI相关的基因	人类下丘脑细胞	基因组学	代谢紊乱	单核测序，空间转录组学	NA	转录组数据	433,369个人类下丘脑细胞
2625	2025-03-23	Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage 2025-Mar-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204501 PMID:40052482	研究论文	本文通过发育和转录组学证据，揭示了鳞翅目昆虫鳞片的分化源自感觉器官前体细胞（SOP）	首次通过活体成像和单核RNA测序技术，揭示了鳞翅目昆虫鳞片分化的细胞谱系和基因表达模式，并发现了一个新的转录因子pdm3在鳞片分化中的作用	研究主要基于鳞翅目昆虫的早期蛹期翅膀，可能无法完全代表其他发育阶段或物种的鳞片分化机制	探索鳞翅目昆虫鳞片的起源和分化机制	鳞翅目昆虫的鳞片和感觉器官前体细胞（SOP）	发育生物学	NA	活体成像、单核RNA测序	NA	基因表达数据、影像数据	早期蛹期翅膀的细胞样本
2626	2025-03-23	Lymphocyte Subpopulations in the Healthy Human Lacrimal Gland and Their Variations With Age and Sex, Systematic Review 1960-2023 2025-Mar, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70167 PMID:40105662	系统综述	本文通过系统综述和荟萃分析，探讨了健康人类泪腺中淋巴细胞亚群及其随年龄和性别变化的规律	首次系统性地回顾了1960年至2023年间关于健康人类泪腺中淋巴细胞亚群的研究，并进行了荟萃分析	研究中40岁以下个体和女性的代表性不足，且不同研究对泪腺淋巴细胞浸润的定义和量化标准存在较大差异	明确健康人类泪腺中主要淋巴细胞亚群及其随年龄和性别的变化	健康人类泪腺	免疫学	NA	苏木精和伊红染色、免疫组织化学、免疫荧光	NA	文献数据	774名健康个体（其中722名为尸体）
2627	2025-03-23	Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice 2025-Mar, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70276 PMID:40108792	研究论文	本研究探讨了在高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠中，杂合性GAA敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	首次使用空间转录组学分析揭示了高脂饮食对门静脉周围和静脉周围肝细胞基因丰度的影响，并发现杂合性GAA敲除对这些影响无显著改变	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探讨GAA敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠	代谢研究	肥胖和糖尿病	空间转录组学分析	小鼠模型	基因表达数据	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠
2628	2025-03-23	Aberrant Hematopoiesis and CD8+ T-Cell Activation in Thymoma-Associated Pure Red Cell Aplasia 2025-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70046 PMID:40109027	研究论文	本文通过单细胞RNA测序等技术，研究了胸腺瘤相关纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）中的造血异常和CD8+ T细胞激活机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了胸腺瘤相关PRCA患者骨髓中红细胞祖细胞的显著减少和粒细胞-单核细胞祖细胞的增加，并发现CD8+ T细胞激活的增强与炎症性骨髓环境相关	研究样本量较小，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	探讨胸腺瘤相关PRCA的免疫机制，特别是CD8+ T细胞激活对红细胞生成的影响	胸腺瘤相关PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+ T细胞	免疫学	纯红细胞再生障碍性贫血	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、流式细胞术、细胞因子分析	NA	RNA测序数据、流式细胞术数据、细胞因子数据	胸腺瘤相关PRCA患者和健康对照者的骨髓细胞及外周血CD8+ T细胞
2629	2025-03-23	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation 2025-Feb-24, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005 PMID:40118698	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组分析，揭示了颅外动静脉畸形（eAVMs）中细胞谱系的转录异质性	首次在单细胞水平上揭示了eAVMs中内皮细胞、血管周围细胞和免疫细胞的不同状态及其相互作用	样本量较小，仅包括9个eAVMs样本和2个非病变组织样本	生成eAVMs在单细胞水平上的分子信息概览	颅外动静脉畸形（eAVMs）	数字病理学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq），10x Visium空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	9个eAVMs样本和2个非病变组织样本
2630	2025-03-23	Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis 2025-02-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604 PMID:39982975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞转录组及表位测序技术，揭示了多发性硬化症（MS）患者深颈淋巴结（dcLNs）的免疫景观变化，特别是EB病毒（EBV）感染在MS发病机制中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和细胞转录组及表位测序技术，详细描述了MS患者dcLNs的免疫景观，并发现EBV驱动的B细胞失调是MS发病的关键机制	研究样本仅限于新诊断未治疗的MS患者，未涵盖其他阶段或治疗中的患者	探讨多发性硬化症（MS）的发病机制，特别是EB病毒（EBV）感染在其中的作用	新诊断未治疗的多发性硬化症（MS）患者	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序，细胞转录组及表位测序	NA	RNA测序数据，唾液样本	新诊断未治疗的MS患者的深颈淋巴结（dcLNs）样本
2631	2025-03-23	Single-cell RNA-seq reveals disease-specific CD8+ T cell clonal expansion and a high frequency of transcriptionally distinct double-negative T cells in diabetic NOD mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317987 PMID:40106422	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病NOD小鼠中CD8+ T细胞的克隆扩增和转录上独特的双阴性T细胞的高频率存在	首次在单细胞水平上揭示了T1D进展过程中T细胞的克隆扩增和转录特征，并发现了与疾病相关的TCR序列和潜在生物标志物	研究仅限于NOD小鼠模型，未在人类样本中验证	识别与1型糖尿病（T1D）进展相关的T细胞克隆扩增和转录特征	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的T细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NOD小鼠的外周血和胰岛组织
2632	2025-03-23	A single-cell RNA sequencing atlas of the healthy canine lung: a foundation for comparative studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1501603 PMID:40114924	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，构建了健康犬肺组织的细胞图谱，揭示了细胞和分子异质性，并鉴定了46个转录上不同的细胞亚群	首次对健康犬肺组织进行单细胞RNA测序分析，揭示了新的细胞亚群和标记物，并提供了犬肺疾病的分子基础	研究样本仅来自四只犬，样本量较小，可能限制结果的普适性	构建健康犬肺组织的单细胞RNA测序图谱，为犬肺疾病的研究提供分子基础，并促进与人类肺疾病的比较研究	健康犬肺组织	单细胞RNA测序	肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	四只犬的26,278个细胞
2633	2025-03-23	Targeting glycolysis in esophageal squamous cell carcinoma: single-cell and multi-omics insights for risk stratification and personalized therapy 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1559546 PMID:40115255	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多组学方法，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中糖酵解介导的机制，重点关注风险分层和治疗机会	提出了一个基于糖酵解的七基因风险评分模型，用于ESCC患者的风险分层和个性化治疗指导	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨ESCC中糖酵解代谢的作用及其在风险分层和个性化治疗中的应用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、Western blotting	非负矩阵分解（NMF）、Cox回归	RNA测序数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集
2634	2025-03-23	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2024-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.601561 PMID:39005414	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和HCR-FISH分析，揭示了海参再生肠道中细胞群体的分子特征，特别是体腔上皮的多能性	首次利用scRNA-seq和HCR-FISH技术对海参再生肠道的细胞群体进行详细分析，识别出13个不同的细胞簇，并发现体腔上皮具有多能性	研究局限于海参的再生过程，未涉及其他物种或更广泛的再生机制	研究海参再生肠道过程中细胞群体的分子特征及其多能性	海参再生肠道的细胞群体	单细胞测序	NA	scRNA-seq, HCR-FISH	NA	RNA测序数据	NA
2635	2025-03-23	Identification and validation of up-regulated TNFAIP6 in osteoarthritis with type 2 diabetes mellitus 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82985-5 PMID:39733138	研究论文	本研究通过转录组分析探讨了2型糖尿病（T2DM）与骨关节炎（OA）之间的关系，并验证了TNFAIP6在T2DM相关OA中的上调表达	首次在转录水平上研究了T2DM与OA之间的关系，并发现TNFAIP6在T2DM相关OA中的关键作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏更深入的分子机制验证	探讨T2DM与OA之间的分子关联，寻找潜在的诊断和治疗靶点	2型糖尿病（T2DM）和骨关节炎（OA）患者	生物信息学	骨关节炎	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据	大鼠软骨细胞和人类关节软骨样本
2636	2025-03-23	A prognostic molecular signature of hepatic steatosis is spatially heterogeneous and dynamic in human liver 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101871 PMID:39657669	研究论文	本文通过整合临床表型、循环蛋白质组学和组织转录组学，识别了肝脂肪变性的动态功能生物标志物	使用多模态成像和广泛的蛋白质组分析，识别了与肝脂肪变性进展相关的蛋白质，并通过空间转录组学揭示了这些转录本在脂肪变性区域中的差异表达	NA	识别肝脂肪变性的动态功能生物标志物，并探索其在脂肪肝疾病和多系统代谢结果中的关联	人类肝脏	生物医学	脂肪肝	多模态成像、蛋白质组分析、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	NA
2637	2025-03-23	Safety and reactogenicity of a controlled human infection model of sand fly-transmitted cutaneous leishmaniasis 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03146-9 PMID:39095597	研究论文	本文介绍了一项关于沙蝇传播的皮肤利什曼病的受控人类感染模型（CHIM）的安全性和反应原性的研究	首次提供了人类皮肤利什曼病病变中免疫细胞分布和细胞因子/趋化因子表达的综合图谱，揭示了离散的免疫生态位	由于CL和活检程序的结合，疤痕明显	促进疫苗开发，建立沙蝇传播的皮肤利什曼病的受控人类感染模型	14名暴露于L. major感染的Phlebotomus duboscqi的参与者	传染病学	皮肤利什曼病	免疫组织化学和空间转录组学	受控人类感染模型（CHIM）	临床数据	14名参与者
2638	2025-03-23	Neoadjuvant nivolumab or nivolumab plus ipilimumab in early-stage triple-negative breast cancer: a phase 2 adaptive trial 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03249-3 PMID:39284953	研究论文	本研究探讨了在早期三阴性乳腺癌患者中，使用纳武利尤单抗或纳武利尤单抗联合伊匹木单抗进行新辅助免疫治疗的潜在疗效	研究首次在早期三阴性乳腺癌患者中探索了不联合化疗的免疫检查点抑制剂新辅助治疗的疗效，并通过单细胞RNA测序揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征	样本量较小（每组15例患者），且研究仅针对早期三阴性乳腺癌患者，结果可能不适用于其他类型乳腺癌或晚期患者	评估不联合化疗的免疫检查点抑制剂新辅助治疗在早期三阴性乳腺癌患者中的疗效和安全性	早期三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	45例患者（3个队列，每组15例）
2639	2025-03-23	Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-associated platelet bias are evolutionarily conserved 2024-08-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk3469 PMID:39178276	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，研究了人类骨髓造血干细胞（HSCs）的功能和转录谱系偏向性，特别是血小板偏向性HSCs及其在衰老过程中的变化	首次在人类骨髓HSCs中证实了功能和转录谱系偏向性，并发现血小板偏向性HSCs在衰老过程中比例和转录血小板启动水平增加	研究主要基于小鼠模型和人类骨髓HSCs的异种移植，可能不完全反映人类体内HSCs的真实情况	研究人类骨髓HSCs的功能和转录谱系偏向性，特别是血小板偏向性HSCs及其在衰老过程中的变化	人类骨髓造血干细胞（HSCs）	生物医学	血液系统疾病	高通量单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	年轻和年老小鼠的骨髓HSCs
2640	2025-03-23	Timing and location dictate monocyte fate and their transition to tumor-associated macrophages 2024-07-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk3981 PMID:39058763	研究论文	本文探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的来源、演化及其在胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	揭示了单核细胞在肿瘤发展过程中如何分化为具有不同基因表达谱、表型和肿瘤内定位的终末分化TAMs	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究TAMs在PDAC中的来源和演化过程	胰腺导管腺癌（PDAC）中的单核细胞和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学和高维流式细胞术	NA	单细胞转录组数据和高维流式细胞数据	诱导性单核细胞命运映射小鼠和PDAC患者肿瘤样本