单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2621	2025-03-11	Integrated Single-Cell Transcriptome and eQTL Analyses Reveal the Role of PZP in Aging and Chronic Kidney Disease 2025-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.70015 PMID:40058366	研究论文	本研究通过单细胞转录组和eQTL分析，探讨了PZP在衰老和慢性肾病（CKD）中的作用	首次揭示了CD8+中央记忆T细胞及其相关基因表达在衰老与CKD相互作用中的角色，并发现PZP作为关键遗传因素在CKD进展和衰老中的作用	研究样本主要来源于外周血，可能无法完全反映肾脏局部免疫细胞的变化	探索衰老与慢性肾病之间的遗传机制	年轻对照组、老年个体和CKD患者的外周血样本	生物信息学	慢性肾病	单细胞RNA测序、eQTL分析、孟德尔随机化分析	NA	RNA测序数据、基因组数据	来自UK Biobank和FinnGen等基因组队列的数据
2622	2025-03-11	HBx/DTL Positive Feedback Loop Promotes HBV-Related Hepatocellular Carcinoma Progression 2025-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70284 PMID:40062428	研究论文	本研究探讨了HBV相关肝细胞癌（HCC）中HBx/DTL正反馈环路的作用及其对癌症进展的促进机制	揭示了HBx通过结合DTL启动子区域增强其转录，进而促进HCC细胞增殖和细胞周期进程的新机制，并发现DTL通过与Cullin4-RING泛素连接酶（CRL4s）相互作用稳定HBx，减少其泛素介导的降解	研究主要基于体外实验和裸鼠模型，未涉及人类临床试验，可能限制了结果的直接临床应用	探索HBV相关HCC的发病机制，特别是HBx/DTL正反馈环路在癌症进展中的作用	HBV阳性HCC样本、裸鼠模型	癌症研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot分析、染色质免疫共沉淀-qPCR、Cut&Tag	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	HBV阳性HCC样本、裸鼠模型
2623	2025-03-11	Unique Cell Type-Specific Signaling Patterns Define Cholesteatoma 2025-Feb-24, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004455 PMID:40062383	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术识别了胆脂瘤中的细胞类型和信号通路，并与正常鼓膜进行比较	利用单细胞RNA测序技术揭示了胆脂瘤中独特的细胞类型特异性信号模式，为药物治疗提供了潜在靶点	研究主要基于计算机模拟的细胞研究，缺乏临床试验验证	识别驱动胆脂瘤的细胞类型和信号通路，以改善该疾病的治疗策略	人类胆脂瘤标本和正常鼓膜	数字病理	胆脂瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CellChat算法	RNA测序数据	人类胆脂瘤标本和已发表的正常鼓膜单细胞RNA测序数据
2624	2025-03-11	STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.636505 PMID:40027655	研究论文	本文提出了一种名为STEAM的空间转录组学评估算法和指标，用于评估聚类性能的一致性和可靠性	STEAM通过机器学习分类和预测方法，结合空间邻近性和基因表达模式，提供了一个用户友好的计算框架，用于评估聚类结果的稳健性和可重复性	由于缺乏真实标签，验证聚类一致性和可重复性仍然具有挑战性	开发一个计算评估框架，以严格且无偏见地评估空间转录组学数据的聚类性能	空间转录组学数据	空间生物学	NA	机器学习分类和预测方法	NA	空间转录组学和蛋白质组学数据	多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率
2625	2025-03-11	Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638195 PMID:40027720	研究论文	本文介绍了一种名为SIID的算法，用于从不同空间转录组学技术的数据中重建潜在的基因表达矩阵	SIID算法通过空间对齐和联合非负因子分解模型，能够准确估算缺失的基因表达并从混合的空间转录组数据中推断细胞类型的基因表达特征	NA	整合不同空间转录组学技术的数据，以克服单个技术的局限性，实现未测量基因的表达估算和低空间分辨率技术的混合表达解卷积	人类乳腺癌和结肠癌组织的10x Xenium-Visium配对数据	数字病理学	乳腺癌, 结肠癌	空间转录组学技术	联合非负因子分解模型	基因表达数据	NA
2626	2025-03-11	Identification and Pharmacological Targeting of Treatment-Resistant, Stem-like Breast Cancer Cells for Combination Therapy 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.08.562798 PMID:38798673	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，识别并药理学靶向治疗耐药、干细胞样乳腺癌细胞，用于联合治疗	利用单细胞RNA测序和CROP-seq实验验证，识别出能够逆转化疗耐药性癌症干细胞样细胞转录状态的药物，并发现阿苯达唑与紫杉醇的联合使用具有显著协同效应	研究样本量较小，仅涉及七名转移性乳腺癌患者	开发基于机制的联合疗法，靶向互补的肿瘤亚群	乳腺癌患者中的癌症干细胞样细胞	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, CROP-seq	NA	RNA测序数据	七名转移性乳腺癌患者
2627	2025-03-11	Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.590597 PMID:38746128	研究论文	本文介绍了一种名为SCOTCH的计算方法套件，用于通过长读长单细胞RNA测序在异构体水平上表征基因表达	SCOTCH方法利用长读长的独特优势，通过动态阈值和读长映射分数的子外显子识别策略，精确对齐读长到已知异构体并发现新异构体，解决了长读长单细胞数据中常见的模糊映射挑战	NA	开发一种新的计算方法来更准确地分析单细胞转录组复杂性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	长读长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2628	2025-03-11	ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost 2024-Dec, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2024.127912 PMID:39326350	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了β-葡聚糖训练如何通过调节肠道Th17细胞功能来减轻细菌感染引起的肠道炎症	提出了训练免疫激活调节肠道Th17细胞功能的新概念，为维持肠道稳态提供了新的策略	研究仅限于大菱鲆这一种鱼类，未在其他物种中验证	探究鱼类肠道免疫细胞在细菌感染中维持肠道稳态的细胞机制	大菱鲆（Scophthalmus maximus）的肠道免疫细胞	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
2629	2025-03-11	Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400334 PMID:39601528	研究论文	本研究探讨了年龄相关的细胞外基质（ECM）硬化如何通过TRAIL途径影响肌肉干细胞（MuSC）的分化	揭示了年龄相关ECM硬化通过TRAIL途径影响肌肉干细胞分化的机制，并发现了一个与年龄相关的纤维化群体	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究年龄和/或ECM刚度对肌肉干细胞分化的分子变化的影响	年轻和年老的肌肉干细胞（MuSC）	细胞生物学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	年轻和年老的肌肉干细胞在不同刚度基质上的培养
2630	2025-03-11	Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates 2024-Apr, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062 PMID:38368736	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了六种捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组特征，揭示了其基因组进化与捕食能力的关系	首次使用单细胞测序技术分析捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组，揭示了与捕食能力相关的基因家族扩展和全基因组复制事件	研究仅基于转录组数据，缺乏基因组数据的直接验证	探讨Litostomatea纤毛虫捕食能力的遗传基础及其进化机制	六种捕食性Litostomatea纤毛虫	基因组学	NA	单细胞测序技术	NA	转录组数据	六种捕食性Litostomatea纤毛虫
2631	2025-03-11	Reciprocal regulation of SIRT1 and AMPK by Ginsenoside compound K impedes the conversion from plasma cells to mitigate for podocyte injury in MRL/lpr mice in a B cell-specific manner 2024-Mar, Journal of ginseng research IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.jgr.2023.11.006 PMID:38465215	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过调节SIRT1和AMPK在MRL/lpr小鼠中抑制B细胞向浆细胞转化，从而减轻肾小球足细胞损伤的机制	揭示了CK通过激活B细胞特异性SIRT1和AMPK，阻碍肾B细胞向浆细胞转化，从而减轻系统性炎症和免疫复合物沉积的创新机制	研究仅限于MRL/lpr小鼠模型，未在人类患者中进行验证	探讨CK在狼疮性肾炎（LN）中通过调节B细胞亚群减轻肾小球足细胞损伤的机制	MRL/lpr小鼠	生物医学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、代谢组学分析、免疫印迹和免疫荧光检测	NA	RNA测序数据、代谢物数据、免疫印迹和免疫荧光图像	雌性MRL/lpr小鼠
2632	2025-03-11	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的逐步协议，适用于生成高质量的单细胞多组学数据集	提供了从鼠类和人类胸腺以及鼠类骨骼和骨髓中分离基质细胞的详细步骤，并讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未明确提及研究的局限性	研究造血器官中基质细胞的分离方法，以生成高质量的单细胞多组学数据集	鼠类和人类的胸腺、鼠类的骨骼和骨髓	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本数量
2633	2025-03-11	Early clinical outcomes and molecular smooth muscle cell phenotyping using a prophylactic aortic arch replacement strategy in Loeys-Dietz syndrome 2023-11, The Journal of thoracic and cardiovascular surgery IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jtcvs.2023.07.023 PMID:37500053	研究论文	本研究评估了在Loeys-Dietz综合征患者中预防性主动脉弓置换策略的临床风险和血流动力学后果，并表征了Loeys-Dietz综合征动脉瘤和正常大小下游主动脉的平滑肌细胞表型	首次在Loeys-Dietz综合征患者中结合预防性主动脉弓置换和保留瓣膜的主动脉根部置换手术，并通过单细胞RNA测序和四维磁共振成像技术详细分析了平滑肌细胞表型和血流动力学变化	样本量较小（Loeys-Dietz综合征患者n=8），且随访时间较短（中位随访时间为2年）	评估预防性主动脉弓置换策略在Loeys-Dietz综合征中的临床效果和血流动力学影响，并研究平滑肌细胞表型的变化	Loeys-Dietz综合征患者（n=8）、Marfan综合征患者（n=5）和无主动脉病变的对照组患者（n=5）	心血管疾病	Loeys-Dietz综合征	四维磁共振成像、单细胞RNA测序	NA	影像数据、RNA测序数据	Loeys-Dietz综合征患者8人，Marfan综合征患者5人，无主动脉病变的对照组5人
2634	2025-03-10	Paradoxical Effect of Myosteatosis on the Immune Checkpoint Inhibitor Response in Metastatic Renal Cell Carcinoma 2025-Apr, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13758 PMID:40052383	研究论文	本研究探讨了转移性肾细胞癌（mRCC）患者在接受一线免疫检查点抑制剂（ICI）治疗前低骨骼肌质量（LSMM）和肌脂肪变性的预后影响	首次结合单细胞RNA测序技术，比较了肌脂肪变性患者与非肌脂肪变性患者的免疫微环境差异，揭示了肌脂肪变性对PD-1抑制剂联合CTLA-4抑制剂和PD-1抑制剂联合TKI治疗的不同影响	样本量较小（90例患者），且为回顾性研究，可能存在选择偏倚	探讨肌脂肪变性和低骨骼肌质量对mRCC患者接受ICI治疗预后的影响	90例接受ICI治疗的mRCC患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	90例mRCC患者
2635	2025-03-10	Engineered mesenchymal stromal cells with bispecific polyvalent peptides suppress excessive neutrophil infiltration and boost therapy 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7387 PMID:40053594	研究论文	本文通过工程化改造间充质基质细胞（MSCs），利用双特异性多价肽抑制过度中性粒细胞浸润，提升治疗效果	利用DNA自组装技术将P-选择素和E-选择素靶向肽组装成双特异性多价结构，改造MSCs以提高其归巢效率并抑制中性粒细胞浸润	研究仅在急性肝衰竭小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索通过改造MSCs来抑制过度中性粒细胞浸润，以治疗炎症性疾病和组织损伤	间充质基质细胞（MSCs）和中性粒细胞	细胞工程	肝病	DNA自组装技术	NA	单细胞RNA测序数据	急性肝衰竭小鼠模型
2636	2025-03-10	Genetically encoded tension heterogeneity sculpts cardiac trabeculation 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads2998 PMID:40053597	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、基因编码生物传感器和全活体成像技术，研究了心肌细胞命运决定的机制，特别是心肌壁中心肌细胞的分层和心肌小梁的形成	揭示了心肌细胞命运决定的内在机制，特别是通过PI3K活性和Arp2/3复合物的招募，驱动细胞分层，并通过Notch信号通路调控邻近心肌细胞的张力，从而形成心肌模式	未提及具体样本量或实验条件的限制	研究心肌细胞命运决定的机制，特别是心肌壁中心肌细胞的分层和心肌小梁的形成	心肌细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、基因编码生物传感器、全活体成像	NA	基因表达数据、活体成像数据	NA
2637	2025-03-10	Endothelial senescence induced by PAI-1 promotes endometrial fibrosis 2025-Mar-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02377-0 PMID:40050610	研究论文	本文研究了PAI-1诱导的内皮细胞衰老如何促进子宫内膜纤维化	通过单细胞测序和实验验证，揭示了PAI-1在子宫内膜纤维化中的作用机制，并提出了抑制PAI-1作为治疗子宫内膜纤维化的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨子宫内膜纤维化的病理机制及潜在治疗方法	子宫内膜纤维化患者和小鼠模型	生物医学	子宫内膜纤维化	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	IUA患者和小鼠模型
2638	2025-03-10	Exploring the active ingredients and potential mechanisms of Pingchan granules in Parkinson's disease treatment through network pharmacology and transcriptomics 2025-Mar-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91344-x PMID:40050654	研究论文	本文通过网络药理学和转录组学探讨了平颤颗粒在帕金森病治疗中的活性成分及其潜在机制	首次系统地识别了平颤颗粒的96个抗帕金森病靶点，并通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析和随机森林模型揭示了SLC6A3和SRC作为核心靶点，进一步通过分子对接和单细胞测序验证了其主要活性成分dauricine的作用机制	研究主要基于计算和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨平颤颗粒在帕金森病治疗中的分子机制	帕金森病患者和相关的分子靶点	网络药理学	帕金森病	网络药理学、转录组学、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、随机森林模型、分子对接、单细胞测序	随机森林模型	转录组数据、单细胞测序数据	NA
2639	2025-03-10	TRain: T-cell receptor automated immunoinformatics 2025-Mar-06, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06074-8 PMID:40050726	研究论文	本文介绍了一个名为TRain的Python工具，旨在简化从T细胞受体（TCR）序列到预测的3D TCRpMHC复合物的过程	TRain工具通过自动化流程整合了现有的TCR建模和对接工具，减少了从序列到3D结构预测的复杂步骤	依赖于现有的TCR建模和对接工具，可能受限于这些工具的准确性和性能	开发一个自动化工具，简化TCR序列到3D TCRpMHC复合物的预测过程	T细胞受体（TCR）和肽-MHC复合物（pMHC）	生物信息学	NA	单细胞测序、RosettaDock对接工具	NA	序列数据、结构数据	NA
2640	2025-03-10	Unveiling ac4C modification pattern: a prospective target for improving the response to immunotherapeutic strategies in melanoma 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06297-6 PMID:40050821	研究论文	本研究通过整合单细胞测序数据和转录组学数据，识别了与黑色素瘤进展相关的ac4C mRNA修饰模式，并开发了一个acRG相关签名（acRGS），用于预测黑色素瘤患者的总体生存和对免疫治疗的敏感性	首次揭示了ac4C mRNA修饰模式在黑色素瘤中的临床意义，并开发了一个优于现有120个签名的acRGS，用于预测患者生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认acRGS的临床应用价值	探讨ac4C mRNA修饰模式对黑色素瘤临床结果的影响，并开发预测工具	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序，转录组学	机器学习算法	测序数据，转录组数据	四个外部数据集