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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2621 | 2025-10-06 |
Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition
2024-Dec-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07408-7
PMID:39730911
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研究论文 | 通过基因组尺度代谢建模识别上皮-间质转化过程中的动态代谢脆弱性 | 整合时间序列转录组学、蛋白质组学和单细胞转录组学数据,结合机制性计算模型揭示EMT过程中的时间动态代谢依赖关系 | 研究基于TGF-β刺激的细胞培养模型,可能无法完全反映体内EMT过程的复杂性 | 探索上皮-间质转化过程中的代谢网络重编程机制 | 上皮-间质转化过程中的细胞代谢变化 | 计算生物学 | 肺癌 | 基因组尺度代谢建模,时间序列转录组学,时间序列蛋白质组学,单细胞转录组学,CRISPR-Cas9筛选 | 机制性计算模型 | 转录组数据,蛋白质组数据,单细胞数据 | 多个细胞培养模型的EMT数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
2622 | 2025-10-06 |
Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study
2024-12, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.15946
PMID:39285685
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研究论文 | 本研究探索铜死亡相关基因与代谢功能障碍相关脂肪肝疾病谱系之间的关联 | 首次系统研究铜死亡相关基因在MAFLD不同疾病阶段(包括肝癌)中的表达变化和功能作用 | 样本量相对有限,需要进一步功能验证实验 | 探索铜死亡相关基因在MAFLD疾病进展中的作用机制 | 代谢功能障碍相关脂肪肝疾病患者和MAFLD相关肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 代谢功能障碍相关脂肪肝疾病 | RNA测序,单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | 逻辑回归分析,差异相关性分析 | 基因表达数据,临床数据 | MAFLD患者331例,MAFLD相关HCC患者271例,验证队列656例 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
2623 | 2025-10-06 |
Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis
2024-Dec, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00734-0
PMID:39706866
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研究论文 | 提出一种名为基因信号模式分析(GSPA)的图信号处理方法,用于从单细胞数据中学习基因表征 | 首次系统性地构建了基因嵌入问题,并开发了基于细胞-细胞图上扩散小波字典的基因表征学习方法 | NA | 开发能够从单细胞数据中学习基因表征的计算方法 | 单细胞测序数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序,图信号处理 | GSPA(基因信号模式分析) | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2624 | 2025-10-06 |
[Ionizing radiation-induced damage (IRD) to and repair mechanisms of the male reproductive system: Report of testicular function changes in a case of IRD]
2024-Aug, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology
PMID:40778793
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研究论文 | 研究电离辐射对睾丸结构和功能的损伤机制及L-肉碱的干预效果 | 首次结合单细胞转录组测序与动物模型验证,揭示电离辐射通过干扰Leydig细胞和巨噬细胞的脂代谢通路导致生殖损伤 | 仅基于单个病例报告和小鼠模型,样本量有限 | 探究电离辐射对男性生殖系统的损伤机制及防治策略 | 人类睾丸组织和小鼠模型 | 生殖医学 | 生殖系统疾病 | 单细胞转录组测序, 辐射剂量模拟, 精液分析, 激素检测, 电子显微镜 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据, 精液样本, 激素水平数据, 电子显微镜图像 | 1例人类病例+小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2625 | 2025-10-06 |
Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression
2024-01-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44210-1
PMID:38191471
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示前列腺癌进展中不同间充质细胞状态的关键作用 | 首次在跨物种水平系统鉴定前列腺癌间质细胞亚群,发现晚期小鼠疾病与人类骨转移的间质特征相似性,并建立超越Gleason评分的转移预测基因标签 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 解析前列腺癌肿瘤微环境中间充质细胞的分子特征及其在癌症进展中的作用 | 基因工程小鼠模型和人类前列腺癌样本中的间充质细胞 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 四个基因工程小鼠模型及对应人类肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2626 | 2025-10-06 |
Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression
2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.29.534769
PMID:37034687
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析前列腺癌间质细胞状态及其在癌症进展中的作用 | 识别了8个转录和功能不同的基质细胞群体,建立了能预测前列腺癌转移进展的基因特征 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究前列腺癌进展中基质-上皮细胞相互作用的分子机制 | 基因工程小鼠模型和人类前列腺癌样本中的间质细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 4种基因工程小鼠模型及其野生型对照,以及具有相似基因型的人类肿瘤 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2627 | 2025-10-06 |
Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning
2022-01-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02581-y
PMID:35101061
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研究论文 | 开发了一种名为tricycle的R/Bioconductor软件包,通过迁移学习实现细胞周期位置的通用预测 | 利用细胞周期生物学特性、周期性函数主成分分析的数学特性和迁移学习,克服了数据集依赖嵌入的学习限制 | NA | 从单细胞RNA-seq数据高分辨率推断细胞周期位置 | 细胞周期 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 迁移学习,主成分分析 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2628 | 2025-10-06 |
Single cell analyses of the HIV reservoir in the CNS and CSF: recent insights and implications
2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000958
PMID:40742782
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综述 | 本综述重点介绍了单细胞组学技术在解析HIV在中枢神经系统和脑脊液中病毒储存库的最新进展 | 应用多种单细胞组学技术揭示HIV在中枢神经系统中的持续存在机制和细胞特异性特征 | NA | 探讨单细胞技术对HIV中枢神经系统储存库研究的推动作用 | HIV感染者的尸检脑组织和脑脊液样本 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, ATAC-seq, CITE-seq, AIRR-seq, 多组学平台, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组, 表观基因组, 空间转录组 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
2629 | 2025-08-08 |
Single-cell sequencing technologies: a multiomics toolbox for investigating HIV-1 persistence
2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000966
PMID:40772512
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2630 | 2025-10-06 |
HDGF derived from Müller cells enhances the activation of microglia in diabetic retinopathy
2025-Aug-25, Journal of biomedical research
IF:2.2Q3
DOI:10.7555/JBR.38.20240386
PMID:40770862
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研究论文 | 本研究揭示了Müller细胞来源的HDGF在糖尿病视网膜病变中通过激活小胶质细胞促进炎症反应的作用机制 | 首次发现HDGF在糖尿病视网膜病变中主要由Müller细胞产生并靶向作用于小胶质细胞,阐明了HDGF-整合素β2-NCL信号轴在介导小胶质细胞过度活化中的新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,尚未在人类临床样本中充分验证 | 探究HDGF在糖尿病视网膜病变炎症反应中的具体作用机制 | 糖尿病视网膜病变患者房水样本、Müller细胞、小胶质细胞、糖尿病小鼠模型 | 眼科疾病分子机制研究 | 糖尿病视网膜病变 | ELISA, qPCR, western blot, 荧光免疫染色, 单细胞RNA测序分析 | NA | 分子生物学数据, 单细胞测序数据, 免疫荧光图像 | 未明确说明具体样本数量,包括患者房水、细胞培养和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2631 | 2025-10-06 |
Coordinated regulation of self-renewal and cell cycle during human lympho-myeloid lineage restriction
2025-Aug-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024026936
PMID:40258184
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研究论文 | 本研究开发了支持早期B淋巴细胞分化的培养系统,揭示了人类淋巴-髓系限制过程中自我更新能力丧失与细胞周期加速的协调调控机制 | 开发了新型培养系统支持早期人类淋巴样分化,首次发现B淋巴细胞和中性粒细胞/单核细胞谱系限制过程中伴随共享的细胞周期加速和转录异质性 | 研究主要基于脐带血CD34+细胞,可能不适用于其他来源的造血干细胞 | 阐明人类淋巴-髓系谱系限制过程中的生物学和分子变化 | 人类脐带血CD34+细胞及其分化的B淋巴细胞、中性粒细胞/单核细胞和树突状细胞前体 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析,克隆培养系统 | NA | 转录组数据 | 人类脐带血CD34+细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2632 | 2025-10-06 |
Insight into pericytes in glioblastoma angiogenesis: In vivo tracking by two-photon microscopy and proteomic profiling
2025-Aug-07, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.70073
PMID:40772404
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研究论文 | 本研究通过双光子显微镜活体追踪和蛋白质组学分析,揭示了胶质母细胞瘤中周细胞在血管生成中的时空动态和分子重编程 | 首次结合活体成像和蛋白质组学技术,系统揭示了周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的时空动态和分子重编程机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究胶质母细胞瘤中周细胞的时空动态和分子变化在肿瘤血管生成中的作用 | PDGFRβ阳性周细胞、胶质母细胞瘤血管系统 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 双光子显微镜、LC-MS/MS蛋白质组学、单细胞RNA测序、流式细胞分选 | 转基因小鼠模型 | 图像、蛋白质组数据、基因表达数据 | 转基因小鼠模型,FACS分选的Pdgfrb+细胞 | NA | 蛋白质组学,单细胞RNA测序 | LC-MS/MS | 液相色谱-串联质谱分析 |
2633 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals potential novel insights into appendage-patterning and joint-development in a spider
2025-Aug-07, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.70069
PMID:40772585
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研究论文 | 通过单细胞测序技术分析蜘蛛胚胎中与附肢模式和关节发育相关的细胞簇及其标记基因 | 发现了参与节肢动物关节发育的新遗传因子(dysf、spz3、svp)并在远缘螯肢动物中验证其进化起源 | 研究结果主要基于基因表达模式分析,功能验证实验尚不充分 | 探索节肢动物附肢模式和关节发育的遗传机制 | 蜘蛛Parasteatoda tepidariorum胚胎和收割者Phalangium opilio的直系同源基因 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 蜘蛛胚胎细胞簇 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2634 | 2025-10-06 |
N-Oxide-Driven Heme-Activatable Biomolecule Labeling for Visualization of Labile Heme in Living Cells and Mouse Brain
2025-Aug-06, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c04990
PMID:40720736
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研究论文 | 开发了一种基于N-氧化物驱动血红素激活的生物分子标记策略,用于活细胞和小鼠脑中不稳定血红素的可视化检测 | 首次报道了N-氧化物驱动的不稳定血红素激活探针,能够在活体系统中实现选择性标记和检测 | NA | 开发新型化学探针以研究不稳定血红素在生理和病理过程中的作用 | 不稳定血红素(原卟啉IX与铁离子复合物) | 化学生物学 | NA | 荧光成像、3D组织可视化、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 图像、蛋白质组数据、转录组数据 | 活细胞和小鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
2635 | 2025-10-06 |
Unveiling the Role of Sdc4+ Monocytes in NASH: A Single-Cell RNA Sequencing Study
2025-Aug-06, Immunological investigations
IF:2.9Q3
DOI:10.1080/08820139.2025.2544180
PMID:40768295
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究揭示了Sdc4+单核细胞在非酒精性脂肪性肝炎中的作用机制 | 首次在单细胞水平揭示NASH中单核细胞亚群的异质性和功能转化,发现Sdc4+单核细胞的特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究单核细胞在非酒精性脂肪性肝炎发病机制中的作用 | NASH小鼠和患者的肝脏非实质细胞,特别是单核细胞亚群 | 单细胞组学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序, 转染, 共培养, 免疫荧光, qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | NASH和对照小鼠的肝脏非实质细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2636 | 2025-10-06 |
Regulatory KIR+CD8+ T cells are elevated during human pregnancy
2025-Aug-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adm7697
PMID:40768597
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研究论文 | 本研究探讨了KIR+CD8+ T细胞在人类妊娠期间作为调节性细胞亚群的作用机制 | 首次发现KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间频率升高,特别是在携带男性胎儿的孕妇中,并证实其能抑制母体对胎儿特异性抗原的免疫反应 | 研究样本主要来自外周血和早期妊娠蜕膜组织,需要更多样本验证临床关联性 | 探究KIR+CD8+ T细胞在母胎免疫耐受中的作用机制 | 孕妇外周血和蜕膜组织中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序, 体外细胞培养实验 | NA | 基因表达数据, 细胞频率数据 | 孕妇外周血和早期妊娠蜕膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2637 | 2025-10-06 |
Function of chemokines in embryo implantation
2025-Aug-06, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.07.092
PMID:40769846
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综述 | 本文综述了趋化因子在胚胎植入过程中通过调节免疫微环境维持母胎免疫稳态的核心作用 | 系统整合了趋化因子网络在胚胎植入关键过程中的调控机制,并强调单细胞测序等新技术在解码趋化因子介导调控中的应用 | 作为综述文章,未涉及原始实验研究,主要基于现有文献综合分析 | 探讨趋化因子在胚胎植入过程中的功能机制 | 胚胎植入过程中的趋化因子网络和免疫微环境 | 生殖免疫学 | 生殖系统疾病 | 单细胞测序、微流控、人工智能 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2638 | 2025-10-06 |
A Large-Scale Single-Cell Atlas Reveals the Peripheral Immune Panorama of Bacterial Pneumonia
2025-Aug-04, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202501-0217OC
PMID:40758632
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研究论文 | 通过大规模单细胞转录组图谱揭示细菌性肺炎外周免疫细胞的重塑特征 | 首次构建细菌性肺炎的大规模外周血单细胞图谱,揭示不同疾病严重程度下的免疫细胞组成变化和分子机制 | 样本量相对有限(100例),未涉及组织局部免疫反应 | 解析细菌性肺炎的免疫发病机制和疾病严重程度的驱动因素 | 100例受试者(39例重症肺炎,31例轻症肺炎,30例健康对照)的外周血免疫细胞 | 单细胞组学 | 细菌性肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 100例人外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2639 | 2025-10-06 |
Multi-omics prediction of axillary treatment response and tumour microenvironment alterations in lymph node-positive luminal breast cancer
2025-Aug-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07877-6
PMID:40759637
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研究论文 | 本研究开发了一种多组学模型用于预测淋巴结阳性luminal乳腺癌患者新辅助化疗后的腋窝治疗反应 | 首次结合影像组学、临床病理特征和单细胞RNA测序构建多组学预测模型,并探索了肿瘤免疫微环境与治疗反应的关系 | 回顾性研究设计,样本量有限(仅5名患者的14个样本),需要更大规模的前瞻性验证 | 预测luminal乳腺癌患者新辅助化疗后的病理淋巴结完全缓解状态,以减少不必要的腋窝手术 | 淋巴结阳性的luminal乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,影像组学分析 | 多组学预测模型 | 影像数据,临床数据,病理数据,单细胞RNA测序数据 | 两个中心的回顾性数据,包含5名患者的14个单细胞测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2640 | 2025-10-06 |
Optimized summary-statistic-based single-cell eQTL meta-analysis
2025-Aug-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-08808-3
PMID:40759673
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研究论文 | 本文比较了不同策略并为跨单细胞RNA测序数据集的eQTL加权荟萃分析提供最佳实践建议 | 提出了针对单细胞eQTL研究的联邦加权荟萃分析方法,解决了基因型数据共享隐私限制和技术差异问题 | 单细胞研究样本量有限,不同数据集存在mRNA捕获效率、实验方案和测序策略的技术差异 | 提高检测细胞类型特异性表达数量性状位点(eQTLs)的统计功效 | 跨多个单细胞RNA测序数据集的eQTL汇总统计量 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权荟萃分析模型 | 基因表达数据、基因型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |