单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27271 篇文献，本页显示第 2621 - 2640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2621 | 2025-03-06 |
Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome analysis in bladder cancer: Current status and future perspectives
2025 Jan-Mar, Bladder cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1177/23523735251322017
PMID:40034247
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在膀胱癌研究中的应用现状及未来展望 | 整合scRNA-seq和ST技术，深入分析膀胱癌的细胞异质性、基因表达及细胞间相互作用，揭示了肿瘤微环境的作用机制 | 技术限制和获取难度是未来临床应用需要解决的主要挑战 | 探讨scRNA-seq和ST在膀胱癌研究中的应用，以揭示肿瘤异质性和微环境的作用机制 | 膀胱癌 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2622 | 2025-03-06 |
The role of macrophages in liver metastasis: mechanisms and therapeutic prospects
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1542197
PMID:40034694
|
综述 | 本文探讨了巨噬细胞在肝转移中的作用机制及其治疗前景 | 深入分析了巨噬细胞在肿瘤微环境中的多种作用机制，特别是M2型巨噬细胞在促进肿瘤细胞血管生成和免疫抑制中的作用，并探讨了单细胞测序技术在探索新治疗靶点中的应用 | 未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持 | 研究巨噬细胞在肝转移中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力 | 巨噬细胞、肿瘤微环境中的其他免疫细胞、肿瘤细胞 | 肿瘤学 | 肝转移 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 2623 | 2025-03-06 |
WCSGNet: a graph neural network approach using weighted cell-specific networks for cell-type annotation in scRNA-seq
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1553352
PMID:40034748
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于图神经网络的算法WCSGNet，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释，利用加权细胞特异性网络来提高分类准确性 | WCSGNet首次利用加权细胞特异性网络（WCSNs）来捕捉单个细胞内的独特基因相互作用模式，从而提高了细胞类型分类的准确性 | 尽管WCSGNet在多种数据集上表现出色，但其在处理不平衡数据集时的优势仍需进一步验证 | 开发一种新的算法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图神经网络（GNN） | 基因表达数据 | 多种数据集 |
| 2624 | 2025-03-06 |
Deciphering ovarian cancer heterogeneity through spatial transcriptomics, single-cell profiling, and copy number variations
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0317115
PMID:40036264
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学、单细胞分析和拷贝数变异，深入解析了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的异质性 | 结合单细胞转录组和空间转录组数据，揭示了HGSOC肿瘤异质性的多层次机制，并识别了MDK-NCL配体-受体对在肿瘤细胞增殖中的关键作用 | 样本量较小，仅涉及8名HGSOC患者，可能限制结果的普适性 | 解析HGSOC肿瘤异质性的机制，探索潜在的治疗靶点 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、拷贝数变异分析 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 8名HGSOC患者的5个单细胞转录组和8个空间转录组样本 |
| 2625 | 2025-03-06 |
Weighted Gene Coexpression Network Analysis Identifies Neutrophil-Related Molecular Subtypes and Their Clinical Significance in Gastric Cancer
2025, Cancer management and research
IF:2.5Q3
DOI:10.2147/CMAR.S500215
PMID:40040634
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析，识别了与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型及其临床意义 | 识别了两种与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型，并揭示了三个新的关键基因（VIM、RBMS1和RGS2）与胃癌预后的高度相关性 | 研究依赖于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性 | 提高胃癌患者的预后，通过更准确的分子分型系统 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（hdWGCNA） | 随机生存森林分析 | RNA测序数据 | NA |
| 2626 | 2025-03-06 |
New hopes and challenges in targeted therapy and immunotherapy for primary central nervous system lymphoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1438001
PMID:40040699
|
综述 | 本文综述了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）在靶向治疗和免疫治疗方面的最新进展，讨论了这些治疗方法的疗效和挑战，并对未来治疗策略的发展进行了展望 | 本文通过基因测序、转录组测序和单细胞测序等技术揭示了PCNSL的发病机制和耐药性，并提出了新的治疗靶点和药物，如小分子靶向药物、免疫调节药物、免疫检查点抑制剂和CAR-T细胞疗法 | 尽管新的治疗策略为PCNSL患者带来了希望，但仍需进一步研究以验证其长期疗效和安全性 | 探讨PCNSL的靶向治疗和免疫治疗的最新进展及其疗效和挑战 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者，特别是复发/难治性（R/R）PCNSL患者 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 基因测序、转录组测序、单细胞测序 | NA | 基因数据、转录组数据、单细胞数据 | NA |
| 2627 | 2025-03-06 |
Integrative Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Plasma Cell Related Genes and Constructs a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S509749
PMID:40040881
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）数据，识别了与肝细胞癌（HCC）发展相关的浆细胞相关基因，并构建了一个预后模型 | 首次通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据，识别出浆细胞作为HCC发展的关键细胞群，并构建了一个基于浆细胞相关基因的八基因预后模型 | 研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证 | 识别与HCC发展相关的关键细胞群及其机制，并构建预后模型以指导临床治疗 | 肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境（TIME） | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq） | 预后模型 | RNA测序数据 | 正常组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，内部和外部数据集 |
| 2628 | 2025-03-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the impaired epidermal differentiation and pathological microenvironment in diabetic foot ulcer
2025, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkae065
PMID:40040959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制 | 首次在单细胞水平上全面分析了DFU中表皮分化受损的潜在机制，并识别了两种可能在表皮稳态受损中起关键作用的角质形成细胞亚型 | 研究样本量有限，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性 | 探索糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制 | 人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微镜结合RNA测序（LCM-seq）、多重免疫组化 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织样本 |
| 2629 | 2025-03-06 |
Identification of cancer-associated fibroblast signature genes for prognostic prediction in colorectal cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1476092
PMID:40041860
|
研究论文 | 本研究旨在鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与CAFs相关的差异表达基因，并建立了一个高精度的预后预测模型 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制 | 鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型 | 结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qRT-PCR | LASSO算法 | RNA测序数据 | 来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本 |
| 2630 | 2025-03-06 |
scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf072
PMID:40036721
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scMitoMut的创新R包，用于在单细胞水平上准确识别与线粒体谱系相关的突变 | scMitoMut利用统计方法，基于beta-二项分布为每个细胞中的每个位点的突变分配质量q值，提高了谱系相关突变检测的灵敏度和精确度 | NA | 开发一个工具来精确识别单细胞中线粒体谱系相关的突变，以促进发育、肿瘤和干细胞生物学中的谱系追踪 | 单细胞DNA测序数据、单细胞转座酶可及染色质（scATAC）测序数据和10× Genomics单细胞多组学数据集 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞DNA测序、scATAC测序、10× Genomics单细胞多组学测序 | NA | 单细胞测序数据 | 混合细胞系单细胞DNA测序数据集、人类结直肠癌scATAC数据集、血液或脑组织细胞的10× Genomics多组学数据集 |
| 2631 | 2025-03-06 |
ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage
2024-11-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-78115-w
PMID:39562637
|
研究论文 | 本研究探讨了ETV2-RIG1级联在ETV2介导的细胞重编程中的作用，揭示了ETV2通过直接激活RIG1基因表达促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制 | 首次揭示了ETV2通过直接激活RIG1基因表达来促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制 | 研究主要基于小鼠胚胎成纤维细胞，尚未在人类细胞中进行验证 | 探讨ETV2介导的成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制 | 小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs） | 细胞生物学 | 缺血性心脏病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）、电泳迁移率变动分析（EMSA） | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs） |
| 2632 | 2025-03-06 |
Single-Cell Profiling Uncovers Evolutionary Divergence of Hypocretin/Orexin Neuronal Subpopulations
2024-Sep-04, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0095-24.2024
PMID:39122556
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了斑马鱼下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧 | 首次在斑马鱼中通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧 | 研究主要集中于斑马鱼和小鼠，未涉及其他脊椎动物，可能限制了结果的普适性 | 揭示下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧 | 成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），高分辨率成像 | NA | RNA测序数据，成像数据 | 成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元 |
| 2633 | 2025-03-06 |
HyperCell: Advancing Cell Type Classification with Hyperdimensional Computing
2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782122
PMID:40039180
|
研究论文 | 本文提出了一种利用超维计算提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类准确性的新方法 | 采用超维计算技术，特别是QuantHD方法进行高维超向量编码和迭代训练，以提高细胞类型分类的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | QuantHD | 基因表达数据 | 多样化的数据集 |
| 2634 | 2025-03-06 |
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024-06, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00474-4
PMID:39215134
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明了调控血管平滑肌细胞（VSMC）增殖的分子决定因素 | 发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了TIMP1通过CD74介导的STAT3信号反馈促进VSMC增殖的机制 | 研究主要基于体外实验和计算分析，需要进一步的体内实验验证 | 阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制，以寻找血管疾病的潜在治疗靶点 | 血管平滑肌细胞（VSMC） | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学，表观遗传分析 | 基因调控网络 | 基因表达数据，表观遗传数据 | NA |
| 2635 | 2025-03-06 |
Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma
2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society
IF:2.1Q2
DOI:10.1002/jor.25757
PMID:38047487
|
研究论文 | 本研究构建并验证了一个与NAD+代谢相关的新型风险模型，用于骨肉瘤的预后预测 | 通过结合生物信息学分析和体外实验验证，首次揭示了NAD代谢相关基因在骨肉瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其对预后的影响 | 研究主要依赖于公开数据库的数据，且体外实验的样本量可能有限 | 探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联 | 骨肉瘤患者 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | Cox分析、共识聚类、主成分分析、t-SNE、UMAP、基因集富集分析、基因集变异分析、Lasso分析、生存和ROC曲线、Nomogram、免疫相关分析、药物敏感性分析、单细胞RNA测序分析 | 风险模型和Nomogram | 基因表达数据 | 从TARGET和GEO数据库获取的骨肉瘤数据 |
| 2636 | 2025-03-06 |
The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1498031
PMID:39640482
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和临床数据，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）的表观遗传调控全景，并构建了一个基于机器学习的预后预测模型 | 首次在单细胞分辨率下全面描绘了PDAC的表观遗传调控全景，并构建了一个基于17个表观遗传基因的机器学习预后模型，该模型在预测1年、3年和5年生存率方面表现出色（AUC >0.7） | 研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据异质性和偏差 | 探索表观遗传调控在PDAC进展和药物反应中的作用，并构建一个预后预测模型 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、Lasso、随机生存森林 | 机器学习模型 | RNA测序数据、临床数据 | 多个公共数据库中的数据，具体样本数量未明确 |
| 2637 | 2025-03-06 |
Construction of a circRNA- lincRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA regulatory network identifies genes and pathways linked to goat fertility
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1195480
PMID:37547465
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞转录组，构建了ceRNA调控网络，并鉴定了与山羊生育力相关的基因和通路 | 首次利用单细胞RNA测序技术比较了高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞转录组，并构建了ceRNA调控网络，鉴定了与生育力相关的关键基因和通路 | 研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，样本量相对较小，且仅限于Ji'ning Gray山羊 | 研究山羊生育力的遗传基础，特别是通过转录组分析揭示与生育力相关的基因和通路 | 高生育力和低生育力的Ji'ning Gray山羊的颗粒细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 30个样本（15个高生育力山羊和15个低生育力山羊） |
| 2638 | 2025-03-06 |
Interactions in CSF1-Driven Tenosynovial Giant Cell Tumors
2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1898
PMID:36007098
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究了CSF1驱动的腱鞘巨细胞瘤（TGCT）中的细胞相互作用 | 使用scRNA-seq技术首次在TGCT中识别出两种复发性肿瘤细胞群，并发现这些细胞与正常滑膜细胞高度相似，且不表达CSF1R | 样本量较小，仅分析了3个TGCT和2个骨巨细胞瘤（GCTB）样本 | 研究TGCT中肿瘤细胞与旁观者巨噬细胞之间的相互作用 | 腱鞘巨细胞瘤（TGCT）和骨巨细胞瘤（GCTB）样本 | 数字病理学 | 腱鞘巨细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、长读长RNA测序、免疫荧光和免疫组化（IHC） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 18,788个单细胞，来自3个TGCT和2个GCTB样本 |
| 2639 | 2025-03-06 |
Sphingolipids control dermal fibroblast heterogeneity
2022-04-15, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abh1623
PMID:35420948
|
研究论文 | 本文通过高分辨率质谱成像与单细胞转录组学结合，测量了人类皮肤成纤维细胞的脂质组和转录组，揭示了脂质代谢途径的细胞间差异对皮肤结构组织中的细胞状态的影响 | 首次揭示了脂质代谢途径的细胞间差异在细胞状态确定中的作用，特别是鞘脂代谢重编程驱动细胞状态转变 | 研究仅限于皮肤成纤维细胞，未涉及其他细胞类型或组织 | 研究脂质代谢途径的细胞间差异对细胞状态的影响 | 人类皮肤成纤维细胞 | 细胞生物学 | NA | 高分辨率质谱成像，单细胞转录组学 | NA | 脂质组数据，转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2640 | 2025-03-05 |
Mitigation of ischemia/reperfusion injury via selenium nanoparticles: Suppression of STAT1 to inhibit cardiomyocyte oxidative stress and inflammation
2025-Jul, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本文提出了一种通过静脉注射球形硒纳米颗粒（SeNPs）来缓解心肌梗死后缺血/再灌注损伤（I/RI）的策略 | 使用模板法合成的球形SeNPs具有显著的抗氧化和抗炎特性，能够破坏STAT1-ROS循环，从而保护线粒体呼吸并抑制caspase介导的心肌细胞凋亡 | NA | 研究目的是通过SeNPs缓解心肌梗死后缺血/再灌注损伤 | 心肌细胞和巨噬细胞 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |