单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2621	2025-03-26	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3 I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤（CCMs）的发病机制及治疗	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，模拟人类CCMs的单等位基因突变，并揭示了PI3K信号通路在CCMs形成中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究脑海绵状血管瘤的发病机制及探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型及Map3k3I441M; Ptenfl/fl小鼠模型	病理学	脑海绵状血管瘤	磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠模型	影像数据、基因表达数据	未明确说明具体数量，但涉及多种基因型小鼠
2622	2024-11-07	Metabolic reprogramming landscape of pan-cancer by single-cell transcriptome data integration 2025-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.10.026 PMID:39500689	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2623	2025-03-26	SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis 2025-Mar-25, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf085 PMID:40128799	研究论文	本研究探讨了转录因子SOX2在脉络丛发育和肿瘤形成中的作用	揭示了SOX2通过调控LMX1A和LMX1B的表达维持祖细胞特性，在脉络丛肿瘤形成中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索脉络丛肿瘤的分子机制和潜在治疗靶点	脉络丛肿瘤（包括CPP和CPC）	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，包括小鼠模型和人类肿瘤样本
2624	2025-03-26	Mesenchymal stem cells and fibroblasts contribute to microvascular proliferation in glioblastoma and are correlated with immunosuppression and poor outcome 2025-Mar-25, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了间充质干细胞和成纤维细胞在胶质母细胞瘤微血管增殖中的作用，并发现了PDGFRB作为驱动基因的角色	样本量较小（16例患者样本），且仅针对胶质母细胞瘤	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的血管/血管周围基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
2625	2025-03-26	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Mar-24, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前PFOS暴露对子代大鼠肺发育和功能的影响，结合形态学、功能学和单细胞测序分析	首次结合单细胞RNA测序技术揭示PFOS暴露对肺细胞组成和分子反应的详细影响，并识别出Fam111a和Stk35基因在PFOS诱导的肺损伤和修复过程中的作用	研究仅在大鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	探究PFOS暴露对肺发育的细胞和分子机制	子代大鼠的肺组织	环境毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	不同剂量组(0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/day)的孕鼠及其子代，在出生后0、4、14、21和60天进行分析
2626	2025-03-26	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-Mar-24, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过遗传捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	揭示了脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息，并发现了控制急性疼痛的共享前馈抑制机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的适用性	探索脊髓神经回路对伤害性信息的编码机制	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	遗传捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、行为数据	成年小鼠
2627	2025-03-26	Dissecting endothelial cell heterogeneity with new tools 2025-Mar-23, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00223-3 PMID:40121354	综述	本文综述了当前对内皮细胞异质性的理解，包括器官内和器官间的异质性，并探讨了新技术如单细胞RNA测序和血管类器官在研究中的应用	整合单细胞RNA测序与高通量测序技术，探索内皮细胞异质性在表观遗传水平和空间分辨背景下的表现，以及利用血管类器官研究人类内皮细胞异质性	未提及具体实验数据或样本量的限制	深入理解内皮细胞异质性及其对人类血管疾病的影响	血管内皮细胞	生物医学	血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高通量测序, 血管类器官	NA	转录组数据	NA
2628	2025-03-26	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data to characterize the heterogeneity of glycan-lipid metabolism polarization in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06347-z PMID:40121455	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究肝细胞癌中糖脂代谢极化的异质性	首次识别出两种异质性代谢亚型（糖-HCC和脂-HCC），并开发了基因特征、放射组学、CEUS和血清生物标志物用于亚型确定	未提及具体样本量限制或技术局限性	揭示肝细胞癌的代谢异质性并开发临床转化策略	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、放射组学、CEUS	NA	RNA测序数据、影像数据、血清生物标志物	内部队列和公共HCC队列（具体数量未提及）
2629	2025-03-26	Single-cell RNA sequencing reveals a new mechanism of endothelial cell heterogeneity and healing in diabetic foot ulcers 2025-Mar-22, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00628-9 PMID:40121493	研究论文	利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡患者皮肤细胞异质性和内皮细胞转录组特征，揭示其与溃疡愈合和进展相关的关键细胞群和基因	发现内皮细胞在糖尿病足溃疡中的转录组差异，特别是与炎症反应和血管生成相关的信号通路，并验证了SH3BGRL3基因在高糖条件下对内皮细胞增殖、迁移和血管生成能力的促进作用	NA	揭示糖尿病足溃疡的发病机制，为开发新的治疗策略提供科学依据	糖尿病足溃疡患者的皮肤细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2630	2025-03-26	Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514 PMID:39700012	研究论文	介绍了一种名为Festem的协议，用于直接选择细胞类型标记基因以进行单细胞RNA测序数据的聚类分析	Festem方法通过期望最大化测试直接选择细胞类型标记基因，简化了下游单细胞RNA测序数据的聚类过程	NA	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型标记基因	生物信息学	NA	scRNA-seq	Festem	基因表达数据	NA
2631	2025-03-26	Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521 PMID:39708325	研究论文	介绍了一种使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案	将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域，并详细描述了生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱的计算工作流程	未提及具体的实验样本数量或验证结果	开发一种高效高分辨率的空间转录组学方法，以揭示健康和疾病中的分子机制	任何组织，包括临床样本	空间转录组学	NA	Open-ST, Illumina流动池重新利用	NA	分子图谱, 组织学数据	NA
2632	2025-03-26	Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608 PMID:39879360	研究论文	提出了一种使用加权集成方法（WEST）增强空间转录组学算法稳健性和准确性的协议	使用集成技术提升现有算法的稳健性和准确性，通过相似性矩阵识别空间域并获得新的嵌入	未提及具体实验验证结果或与其他方法的比较	提升空间转录组学算法的稳健性和准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	加权集成方法（WEST）	基因表达数据	NA
2633	2025-03-26	Protocol for interpretable and context-specific single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103670 PMID:40042970	研究论文	提出一种从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息的协议	使用PLIER算法从批量RNA测序数据中提取单细胞特征，并训练名为CLIER的模型	临床使用受限，因为单细胞测序成本高且数据复杂	从批量RNA测序数据中提取单细胞相关信息	批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	PLIER, CLIER	RNA测序数据	NA
2634	2025-03-26	Roles of TLR4 in macrophage immunity and macrophage-pulmonary vascular/lymphatic endothelial cell interactions in sepsis 2025-Mar-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07921-3 PMID:40119011	研究论文	本研究探讨了TLR4在脓毒症中调节巨噬细胞免疫和代谢的作用，及其对巨噬细胞与肺血管/淋巴管内皮细胞相互作用的影响	揭示了TLR4通过多种途径在内皮功能障碍中的作用，包括巨噬细胞TLR4介导的炎症损伤和内皮TLR4对脂多糖诱导损伤的直接敏感化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	深入探索TLR4在脓毒症中调节巨噬细胞免疫和代谢的作用，及其对巨噬细胞与内皮细胞相互作用的影响	巨噬细胞、肺血管内皮细胞(ECs)、淋巴管内皮细胞(LECs)	免疫学	脓毒症、急性肺损伤(ALI)	单细胞RNA测序、实验验证	TLR4敲除小鼠模型	基因表达数据	TLR4敲除小鼠
2635	2025-03-26	B cells and energy metabolism in HER2-positive DCIS: insights into breast cancer progression from spatial-omics analyses 2025-Mar-21, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01990-2 PMID:40119362	research paper	研究通过空间转录组学分析HER2阳性DCIS和浸润性乳腺癌的基因表达谱与免疫微环境的关系，探讨B细胞在乳腺癌进展中的潜在保护作用	首次发现B细胞在HER2阳性DCIS导管周围富集，并揭示癌细胞能量代谢基因表达与B细胞丰度的正相关性	研究样本仅限于HER2阳性DCIS和伴随DCIS的浸润性肿瘤，未涵盖其他亚型	探究HER2阳性DCIS向浸润性乳腺癌进展的分子机制	HER2阳性DCIS和伴随DCIS的浸润性乳腺癌组织	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomic data	未明确说明样本数量（HER2阳性DCIS和浸润性乳腺癌组织）
2636	2025-03-26	scVAEDer: integrating deep diffusion models and variational autoencoders for single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03519-4 PMID:40119479	研究论文	介绍了一种结合变分自编码器和深度扩散模型的深度学习模型scVAEDer，用于单细胞转录组数据的降维分析	结合变分自编码器和深度扩散模型，学习既能保留全局结构又能捕捉局部变化的低维表示	未提及具体性能比较或计算资源需求	改进单细胞数据的降维表示以提升下游分析效果	单细胞转录组数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAE（变分自编码器）与深度扩散模型结合	基因表达数据	NA
2637	2025-03-26	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2025-Mar-18, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3023 PMID:40101158	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）的基因表达，揭示了肿瘤内克隆异质性与细胞状态变化的关系	首次在DCIS中应用单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤内克隆异质性与细胞状态变化的复杂关系，并发现基底膜基因的持续转录与侵袭性乳腺癌的转变相关	研究样本量有限，且仅针对DCIS和匹配的正常乳腺组织，未涵盖其他类型的乳腺癌	识别DCIS中导致侵袭性乳腺癌的事件	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	DCIS病变和匹配的正常乳腺组织样本
2638	2025-03-26	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Mar-18, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	本文研究了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的直接调控作用，并鉴定了8个KMT2D直接靶向的基因	研究仅限于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明KMT2D在牙釉质发育过程中的分子机制	KMT2D基因及其在牙釉质发育中的作用	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据、组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
2639	2025-03-26	Identification of RCC2 as a Risk Gene Associated With Basal Cell Carcinoma and Experimental Validation 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70082 PMID:40129067	研究论文	通过多组学分析和体外实验验证，识别出与基底细胞癌风险相关的RCC2基因	首次通过孟德尔随机化研究和多组学分析识别出RCC2基因与基底细胞癌风险相关，并通过体外实验验证其功能	研究主要基于体外细胞实验，尚未进行体内或临床试验验证	探索基底细胞癌的新遗传风险因素和潜在治疗靶点	基底细胞癌相关基因和A431细胞系	生物信息学	皮肤癌	GWAS、eQTL、mQTL、pQTL、单细胞转录组分析	孟德尔随机化分析	多组学数据（基因组、转录组、表观基因组）	GEO数据库中的转录组数据和A431细胞系
2640	2025-03-26	TM4SF1 overexpression in tumor-associated endothelial cells promotes microvascular invasion in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1526177 PMID:40123905	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）在肝细胞癌（HCC）微血管侵犯（MVI）中的作用，并发现TM4SF1的高表达通过影响上皮-间质转化（EMT）促进MVI	首次揭示了TM4SF1在TECs中的高表达通过调控EMT促进HCC的微血管侵犯，为HCC治疗提供了新的潜在靶点	样本量较小（仅3例MVI和2例非MVI患者），且未进行体内功能验证实验	探究肿瘤相关内皮细胞在肝细胞癌微血管侵犯中的分子机制	肝细胞癌患者的肿瘤相关内皮细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、病理标本数据	3例MVI和2例非MVI患者的scRNA-seq数据，5个ST数据集，4例HCC术后病理标本