单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26341	2024-08-09	Zuo Gui Wan Alters Expression of Energy Metabolism Genes and Prevents Cell Death in High-Glucose Loaded Mouse Embryos 2018, Evidence-based complementary and alternative medicine : eCAM DOI:10.1155/2018/2409471 PMID:30046334	研究论文	本研究探讨了中药方剂左归丸对高糖负荷小鼠胚胎细胞死亡的分子机制	左归丸能够逆转高糖对核糖体途径基因的抑制作用，并通过调节线粒体能量代谢来防止胚胎细胞死亡	NA	理解左归丸对受损葡萄糖耐量（IGT）的分子机制	高糖负荷的2细胞期小鼠胚胎	NA	NA	单细胞RNA测序技术	NA	转录组数据	高糖负荷的2细胞期小鼠胚胎
26342	2024-08-09	Elucidating T Cell Activation-Dependent Mechanisms for Bifurcation of Regulatory and Effector T Cell Differentiation by Multidimensional and Single-Cell Analysis 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.01444 PMID:30061879	研究论文	本研究通过多维度和单细胞分析方法，探讨了T细胞受体（TCR）信号如何调控调节性T细胞（Treg）和效应T细胞（Teff）的分化机制	首次揭示了TCR信号在Treg和Teff分化中的作用机制，并利用单细胞组合CCA方法分析了肿瘤浸润T细胞的未注释单细胞RNA-seq数据	NA	阐明TCR信号下游的激活机制，以及其如何调控Treg和Teff的分化及成熟过程	T细胞亚群的转录组	免疫学	NA	多维度分析方法（CCA）和单细胞组合CCA	NA	RNA-seq数据	来自独立数据集的各种T细胞亚群
26343	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals distinct gene expression patterns in glucose metabolism of human preimplantation embryos 2019-Jan, Reproduction, fertility, and development DOI:10.1071/RD18178 PMID:30017025	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类胚胎植入前阶段葡萄糖代谢相关基因的表达模式	首次在单细胞分辨率下研究了胚胎植入前阶段葡萄糖代谢的动态基因表达谱	NA	探究人类胚胎植入前阶段葡萄糖代谢相关基因的表达调控机制	人类胚胎植入前阶段的葡萄糖代谢相关基因	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	人类胚胎植入前阶段的多个细胞
26344	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis reveals the progression of human osteoarthritis 2019-01, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2017-212863 PMID:30026257	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类骨关节炎的进展过程	发现了七种分子定义的软骨细胞群体，包括三种具有独特功能的新表型，并揭示了软骨祖细胞的新标记	NA	理解人类软骨退化和再生的分子机制，以改进骨关节炎的治疗策略	10名接受膝关节置换手术的骨关节炎患者的1464个软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1464个软骨细胞
26345	2024-08-09	Advancing insights into stem cell niche complexities with next-generation technologies 2018-12, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2018.06.012 PMID:30031324	综述	本文综述了利用下一代技术，如单细胞转录组分析、3D体外培养和4D体内显微镜技术，对成体组织特异性干细胞及其微环境的复杂相互作用的理解进展	利用先进的单细胞转录组分析、3D体外培养和4D体内显微镜技术，深入研究干细胞与其微环境的复杂相互作用	NA	探讨干细胞与其微环境的复杂相互作用，以更好地理解干细胞在组织维持和再生中的作用	成体组织特异性干细胞及其微环境	NA	NA	单细胞转录组分析, 3D体外培养, 4D体内显微镜	NA	转录组数据, 显微图像	NA
26346	2024-08-09	Atherosclerosis in the single-cell era 2018-10, Current opinion in lipidology IF:3.8Q1 DOI:10.1097/MOL.0000000000000537 PMID:30020199	综述	本文综述了在单细胞时代下，利用高参数技术如质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序（scRNAseq）分析免疫细胞在动脉粥样硬化发展中的作用	介绍了通过CyTOF和scRNAseq技术发现的新免疫细胞亚群及其潜在功能	酶消化导致的细胞死亡和scRNAseq转录组深度的限制	探讨免疫细胞在动脉粥样硬化中的作用及新技术在其中的应用	动脉粥样硬化的小鼠动脉壁中的免疫细胞	NA	心血管疾病	质谱流式细胞术（CyTOF）, 单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	细胞	10-30种免疫细胞亚群
26347	2024-08-09	Gene Signature of Proliferating Human Pancreatic α Cells 2018-09-01, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2018-00469 PMID:30010845	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序结合伪时间排序，对人类胰腺α细胞进行了特征描述，并识别出两个主要亚群和一个较小的增殖α细胞群	首次详细描述了人类胰腺α细胞的增殖特征，并识别出与细胞周期调控相关的基因表达模式	NA	揭示人类胰腺α细胞的增殖机制及其基因表达特征	人类胰腺α细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大规模单细胞样本
26348	2024-08-09	Optimal Hypoxia Regulates Human iPSC-Derived Liver Bud Differentiation through Intercellular TGFB Signaling 2018-08-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.06.015 PMID:30033085	研究论文	研究探讨了在人诱导多能干细胞衍生的肝芽模型中，通过细胞间TGFB信号传导，最佳低氧条件对肝细胞分化的影响	首次揭示了低氧通过调节TGFB1和TGFB3的表达，影响肝细胞和胆管细胞标记物的表达，从而促进肝细胞分化	NA	探究低氧条件对肝细胞分化的影响及其机制	人诱导多能干细胞衍生的肝芽	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26349	2024-08-09	Toward Minimal Residual Disease-Directed Therapy in Melanoma 2018-08-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.06.025 PMID:30017245	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了BRAF突变患者来源的异种移植黑色素瘤细胞在接受RAF/MEK抑制剂治疗后的残留疾病生物学特性	本文首次识别出药物耐受的转录状态，并发现神经嵴干细胞（NCSC）转录程序在残留疾病中的作用，以及RXR拮抗剂在延缓耐药发展中的潜力	NA	探讨残留疾病的生物学特性及其在黑色素瘤治疗中的潜在应用	BRAF突变患者来源的异种移植黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个患者来源的异种移植模型和治疗中的患者活检样本
26350	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing: A New Window into Cell Scale Dynamics 2018-08-07, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2018.07.003 PMID:30033145	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序技术在多细胞系统中的应用及其对细胞类型和状态研究的贡献	介绍了高吞吐量的单细胞RNA测序技术，能够同时量化复杂组织中成千上万个细胞内数千个基因的表达水平	NA	研究细胞类型的粒度、细胞状态的定义以及细胞类型沿发育轨迹的转变	单细胞RNA测序技术及其在多细胞系统中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成千上万个细胞
26351	2024-08-09	Unbiased classification of mosquito blood cells by single-cell genomics and high-content imaging 2018-08-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1803062115 PMID:30038005	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、高内涵成像流式细胞术和单分子RNA杂交技术，对疟蚊血细胞进行了深入分析	本文首次展示了血细胞表达了近半的蚊子转录组，提供了前所未有的转录程序视图，并揭示了细胞间标记物的主动转移	NA	研究蚊子血细胞的生物学特性及其在控制病原体感染中的作用	疟蚊血细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、高内涵成像流式细胞术、单分子RNA杂交	NA	RNA	特定子集的血细胞
26352	2024-08-09	Genome-Scale Oscillations in DNA Methylation during Exit from Pluripotency 2018-07-25, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.06.012 PMID:30031774	研究论文	本研究探讨了多能性退出过程中DNA甲基化的基因组尺度振荡现象	首次展示了在多能性退出和分化为体细胞谱系的过程中，DNA甲基化酶DNMT3s和TETs的共表达促进了细胞间DNA甲基化标记的变异性，并发现这种变异性与基因组尺度的DNA甲基化振荡相关	NA	研究多能性退出过程中DNA甲基化的动态变化及其对早期胚胎发育中细胞命运决策的影响	多能性细胞在退出多能性状态并准备分化为体细胞谱系时的DNA甲基化变化	NA	NA	单细胞测序	定量生物物理模型	转录组和表观遗传学数据	NA
26353	2024-08-09	PBMC fixation and processing for Chromium single-cell RNA sequencing 2018-07-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-018-1578-4 PMID:30016977	研究论文	本文介绍了一种使用甲醇固定和新的处理方法来保存人外周血单个核细胞（PBMCs）进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析的方法。	本文首次提出使用甲醇固定PBMCs并成功应用于10× Chromium单细胞RNA测序平台，解决了传统使用活细胞进行单细胞测序时细胞应激和复杂研究设计受限的问题。	NA	开发一种新的细胞固定和处理方法，以提高单细胞实验设计的复杂性和有效性。	人外周血单个核细胞（PBMCs）及其他固定原代细胞类型和细胞系。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
26354	2024-08-09	Single cell transcriptome profiling of retinal ganglion cells identifies cellular subtypes 2018-07-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05134-3 PMID:30018341	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了6225个视网膜神经节细胞，并使用聚类算法将其分为40个亚型	发现了额外的亚型和标记物，并预测了转录因子在指定RGC亚型中的合作	NA	识别视网膜神经节细胞的细胞亚型	视网膜神经节细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	基因表达数据	6225个视网膜神经节细胞
26355	2024-08-09	Differences in Cell Cycle Status Underlie Transcriptional Heterogeneity in the HSC Compartment 2018-07-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.06.057 PMID:30021172	研究论文	本研究通过特征化视黄酸（RA）报告鼠系，进一步解析造血干细胞（HSC）隔室，发现RA-CFP-dim HSCs主要为非增殖状态，并具有更优的植入潜能	首次通过单细胞RNA测序揭示了细胞周期活动是HSC转录异质性的主要驱动因素，并展示了RA-CFP报告鼠系在分离优质HSC中的应用	NA	解析HSC隔室的异质性	造血干细胞（HSCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	超过1,200个HSCs
26356	2024-08-09	Single Cell RNA Sequencing of Rare Immune Cell Populations 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.01553 PMID:30022984	研究论文	本文描述了采用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术研究罕见免疫细胞在其微解剖生态位中的经验	scRNA-Seq技术的发展使得能够识别和表征以往在群体分析中常被忽视的罕见细胞类型，揭示了免疫系统的异质性和可塑性	NA	探索和表征罕见免疫细胞类型及其在免疫系统中的作用	罕见免疫细胞及其微解剖生态位	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	具体样本数量未提及
26357	2024-08-09	netSmooth: Network-smoothing based imputation for single cell RNA-seq 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.13511.3 PMID:29511531	研究论文	本文介绍了一种基于网络扩散的方法netSmooth，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中的基因表达值平滑处理	netSmooth利用基因表达谱的协方差结构先验知识，改善了scRNA-seq实验的聚类结果	NA	旨在解决scRNA-seq实验中的技术偏差问题，如丢失值和高方差	单细胞RNA测序实验中的基因表达数据	数字病理学	NA	RNA-seq	网络扩散模型	基因表达数据	涉及不同细胞群体、时间序列实验和癌症基因组学的scRNA-seq实验
26358	2024-08-09	Comparison of Computational Methods for Imputing Single-Cell RNA-Sequencing Data 2020 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2018.2848633 PMID:29994128	研究论文	本文比较了八种单细胞RNA测序数据插补方法，评估了它们恢复原始真实数据的能力，并分析了它们在细胞类型聚类、差异表达基因检测和谱系轨迹重建中的效果。	本文首次对多种单细胞RNA测序数据插补方法进行了大规模比较和评估。	文中指出没有一种方法在所有情况下都表现最佳，且存在可扩展性、鲁棒性和某些情况下的不可用性等缺陷。	比较和评估不同的单细胞RNA测序数据插补方法。	单细胞RNA测序数据插补方法。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了模拟数据集和真实数据集进行分析
26359	2024-08-09	iS-CellR: a user-friendly tool for analyzing and visualizing single-cell RNA sequencing data 2018-12-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty517 PMID:29982379	研究论文	iS-CellR是一个基于网络的Shiny应用程序，旨在为用户提供友好的单细胞RNA测序数据综合分析平台	iS-CellR通过提供一个易于访问的图形用户界面，使用户无需编程技能即可进行复杂的单细胞RNA测序分析	NA	开发一个用户友好的工具，用于分析和可视化单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Shiny应用程序	数据	NA
26360	2024-08-09	NeuroSystematics and Periodic System of Neurons: Model vs Reference Species at Single-Cell Resolution 2018-08-15, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.8b00100 PMID:29989789	研究论文	本文通过结合现代系统发生基因组学、单细胞测序（scRNA-seq）、机器学习、单细胞蛋白质组学和代谢组学，重建了神经元的进化历史，并提出了神经元系统学的概念。	本文首次提出了神经元系统学（NeuroSystematics）的概念，类似于化学元素周期表，具有预测神经元表型和可塑性的潜力。	NA	研究神经元的进化历史，并提出神经元系统学的概念。	神经元的进化历史和神经元系统学。	机器学习	NA	scRNA-seq	NA	单细胞数据	涉及34个门类的动物