单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26341	2024-08-09	An integrated enrichment system to facilitate isolation and molecular characterization of single cancer cells from whole blood 2018-12, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23599 PMID:30549400	研究论文	本文介绍了一种集成富集系统，用于从全血中高效分离和分子表征单个癌细胞	该系统结合了磁性分离器和声学微流控聚焦芯片，实现了与荧光激活细胞分选（FACS™）和单细胞测序的在线富集，提高了癌细胞的回收率和下游分析的兼容性	目前仅在体外实验中验证了该系统的有效性，尚未在临床样本中进行广泛验证	开发一种高效的方法来分离和表征循环肿瘤细胞（CTCs），以支持个性化医疗和癌症诊断	循环肿瘤细胞（CTCs）及其在全血中的分离和分子表征	数字病理学	前列腺癌	单细胞mRNA测序	NA	细胞	体外实验中使用了掺入的外周血中的前列腺癌细胞
26342	2024-08-09	Insights Into Local Orbital Immunity: Evidence for the Involvement of the Th17 Cell Pathway in Thyroid-Associated Ophthalmopathy 2019-05-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/jc.2018-01626 PMID:30517642	研究论文	本研究探讨了甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联，并发现Th17细胞途径在TAO中的重要作用。	首次揭示了TAO眼眶微环境中Th17和Th2细胞反应的增加，以及CD34+眼眶成纤维细胞在促进Th17细胞表型中的作用。	NA	研究甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联。	TAO和对照组的眼眶结缔组织。	NA	甲状腺相关眼病	单细胞测序、多色流式细胞术、共培养实验和western blotting	NA	细胞	TAO和对照组的眼眶结缔组织样本
26343	2024-08-09	GABA promotes β-cell proliferation, but does not overcome impaired glucose homeostasis associated with diet-induced obesity 2019-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201801397R PMID:30509117	研究论文	本研究探讨了γ-氨基丁酸（GABA）对健康和糖耐量受损/肥胖小鼠β细胞的影响，发现GABA能增加β细胞数量，但对高脂饮食诱导的胰岛素抵抗和糖耐量受损无改善作用。	本研究首次揭示了GABA在单细胞水平上对β细胞增殖的影响，并发现GABA处理后β细胞中特定基因表达的变化。	研究未探讨GABA对β细胞功能长期影响的机制，且样本量较小。	探讨GABA对β细胞增殖及糖代谢的影响。	健康和糖耐量受损/肥胖小鼠的β细胞。	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
26344	2024-08-09	Mesenchymal Precursor Cells in Adult Nerves Contribute to Mammalian Tissue Repair and Regeneration 2019-02-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.024 PMID:30503141	研究论文	本文提供了证据，表明受伤的外周神经提供了间充质前体细胞的储备，这些细胞可以直接参与小鼠指尖再生和皮肤修复	本文首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，识别出在正常和受伤的成年神经中转录上不同的间充质细胞群，包括具有间充质前体细胞特征的神经嵴来源的细胞	NA	研究外周神经在调节组织修复和再生中的作用	间充质前体细胞在成年神经中的作用及其对组织修复和再生的贡献	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26345	2024-08-09	High-throughput single-cell transcriptomics on organoids 2019-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2018.11.002 PMID:30504008	研究论文	本文探讨了在类器官系统中使用高通量单细胞转录组学技术进行高分辨率分析的方法	结合单细胞基因组学和类器官技术，为个性化医疗带来深远影响	NA	分析和操控人类发育，生成疾病特定模型	从人类干细胞培养的三维组织（类器官）	单细胞基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	RNA	涉及大脑、肠道、肝脏和肾脏等组织的类器官细胞
26346	2024-08-09	Single-cell sequencing in ovarian cancer: a new frontier in precision medicine 2019-02, Current opinion in obstetrics & gynecology IF:2.2Q2 DOI:10.1097/GCO.0000000000000516 PMID:30507625	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据在指导卵巢癌治疗决策中的进展、应用和挑战	单细胞测序技术提供了表征卵巢癌肿瘤组织异质性的手段，并有机会确定影响临床结果的关键分子特性	大多数研究使用的是批量样本，导致数据代表所有细胞的平均值	提高对肿瘤细胞异质性的理解，以指导个性化癌症治疗	卵巢癌的单细胞RNA测序数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
26347	2024-08-09	Autocrine regulation of mesenchymal progenitor cell fates orchestrates tooth eruption 2019-01-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1810200115 PMID:30509999	研究论文	本文研究了牙囊中的间充质祖细胞在牙齿萌发过程中的自分泌调节机制	揭示了PTHrP-PPR自分泌信号如何维持牙囊中间充质祖细胞的生理细胞命运，以建立功能性牙周附着装置并协调牙齿萌发	NA	探讨牙囊中间充质祖细胞的身份及其如何受PTHrP-PPR信号调控	牙囊中的间充质祖细胞及其在牙齿萌发中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了tamoxifen-inducible小鼠进行细胞谱系分析
26348	2024-08-09	Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis 2019-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018090912 PMID:30510133	研究论文	本文比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在成年小鼠肾脏中的应用，特别是在纤维化肾脏中的表现	snRNA-seq在成年肾脏中实现了与scRNA-seq相当的基因检测，同时具有减少分离偏差、兼容冷冻样本、消除分离诱导的转录应激反应等优势	NA	探讨单核RNA测序在成年肾脏研究中的优势，特别是在纤维化肾脏中的应用	成年小鼠肾脏，特别是纤维化肾脏	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA序列	总共生成了11,391个转录组
26349	2024-08-09	Myelodysplastic syndrome progression to acute myeloid leukemia at the stem cell level 2019-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0267-4 PMID:30510255	研究论文	研究探讨了骨髓增生异常综合征（MDS）向急性髓系白血病（AML）进展过程中干细胞水平的变化	通过靶向深度测序结合单细胞测序，揭示了MDS阶段干细胞具有更高的亚克隆复杂性，并含有大量与衰老相关的变异	NA	确定MDS向AML进展的细胞起源和机制	MDS进展至AML患者的纵向样本中的高度分馏干细胞群体	数字病理学	骨髓增生异常综合征	靶向深度测序，单细胞测序	NA	细胞	MDS进展至AML患者的纵向样本
26350	2024-08-09	Visualizing and Interpreting Single-Cell Gene Expression Datasets with Similarity Weighted Nonnegative Embedding 2018-12-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.10.015 PMID:30528274	研究论文	本文介绍了一种名为相似性加权非负嵌入（SWNE）的新方法，用于可视化和解释单细胞基因表达数据集	SWNE方法通过非负矩阵分解将基因表达矩阵分解为生物学相关因子，并在2D可视化中嵌入细胞、基因和因子，同时使用相似性矩阵平滑嵌入，从而增强了数据集的解释性	NA	开发一种新的方法来可视化和解释单细胞基因表达数据集，以更好地理解细胞类型和发育轨迹	单细胞基因表达数据集，特别是造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	相似性加权非负嵌入（SWNE）	基因表达数据	造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据
26351	2024-08-09	Spatial Analysis of Single Fiber Cells of the Developing Ocular Lens Reveals Regulated Heterogeneity of Gene Expression 2018-Dec-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.11.024 PMID:30508719	研究论文	研究了发育中的眼晶状体中单个纤维细胞的空间转录组学，揭示了基因表达的调控异质性	首次在单细胞水平上研究了17种已知晶体蛋白和77种非晶体蛋白基因在不同分化阶段的表达	NA	探究基因活性与眼晶状体纤维细胞形态之间的关系	眼晶状体中的单个纤维细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	来自三个不同分化状态/区域的单个纤维细胞
26352	2024-08-09	Extensive cellular heterogeneity of X inactivation revealed by single-cell allele-specific expression in human fibroblasts 2018-12-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1806811115 PMID:30510006	研究论文	本文通过结合深度单细胞RNA测序和全基因组测序，研究了人类成纤维细胞中X染色体失活（XCI）的单细胞分辨率下的等位基因特异性表达	本文开发了一种新方法来识别和排除细胞双联体，并发现了一种新的XCI细胞异质性，即“失活”细胞和“逃逸”细胞	NA	研究X染色体失活（XCI）在单细胞水平上的细胞异质性	人类成纤维细胞和淋巴母细胞单细胞	NA	NA	单细胞RNA测序，全基因组测序	NA	基因表达数据	935个成纤维细胞和48个淋巴母细胞单细胞，来自五个女性个体
26353	2024-08-09	Human bone marrow assessment by single-cell RNA sequencing, mass cytometry, and flow cytometry 2018-12-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.124928 PMID:30518681	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术对人类骨髓细胞进行了综合评估	首次证明了这些单细胞分析技术在多样本人群样本中交叉验证和重复识别生物变异的能力	技术重复性较好，但生物重复性存在变异	评估单细胞分析技术在人类骨髓细胞中的应用	人类骨髓细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术	NA	单细胞RNA数据	20名健康成年捐赠者
26354	2024-08-09	Human Intestinal Organoids Maintain Self-Renewal Capacity and Cellular Diversity in Niche-Inspired Culture Condition 2018-12-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.11.016 PMID:30526881	研究论文	本文研究了在特定培养条件下维持人类肠道类器官自我更新能力和细胞多样性的方法	通过结合胰岛素样生长因子1（IGF-1）和成纤维细胞生长因子2（FGF-2），提高了人类肠道干细胞的克隆能力和CRISPR基因编辑效率，并实现了长期培养多种肠道类器官	NA	探索维持人类肠道类器官细胞多样性和自我更新能力的培养条件	人类肠道类器官及其细胞多样性和自我更新能力	NA	NA	CRISPR-基因编辑技术，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	包括人类和小鼠的小肠类器官
26355	2024-08-09	Single-cell mutation identification via phylogenetic inference 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07627-7 PMID:30514897	研究论文	本文开发了一种新的方法SCIΦ，通过利用细胞间的进化关系，在单个肿瘤细胞中进行突变检测，并估计这些细胞的肿瘤系统发育	SCIΦ方法能够联合调用单个细胞中的突变并估计肿瘤系统发育，即使在高丢失率和缺失数据的情况下也能可靠地调用突变	NA	重建肿瘤进化是识别适当癌症治疗的关键方面	单个肿瘤细胞中的突变检测和肿瘤系统发育估计	数字病理学	乳腺癌，急性淋巴细胞白血病	单细胞测序	Markov Chain Monte Carlo	基因组数据	包括乳腺癌和急性淋巴细胞白血病的真实世界数据集
26356	2024-08-09	Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07582-3 PMID:30514914	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌相关成纤维细胞（CAFs）的三个不同亚群，并探讨了它们在肿瘤微环境中的空间分布和功能差异	首次通过单细胞RNA测序技术定义了乳腺癌相关成纤维细胞的三个不同亚群，并揭示了它们的不同起源和功能	研究主要基于遗传工程小鼠模型和实验模型，需要进一步在人类肿瘤中验证	揭示乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其功能	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	768个间充质细胞的转录组
26357	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Mouse Olfactory Bulb Reveals Cellular Heterogeneity and Activity-Dependent Molecular Census of Adult-Born Neurons 2018-12-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.034 PMID:30517858	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和计算模型研究小鼠嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的活动依赖性分子普查	揭示了嗅球中不同神经元和非神经元细胞类型的转录异质性，并分析了成年新生中间神经元成熟过程中的分子变化	NA	研究嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的发育	小鼠嗅球中的神经元和非神经元细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	基因表达数据	NA
26358	2024-08-09	Deep generative modeling for single-cell transcriptomics 2018-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0229-2 PMID:30504886	研究论文	介绍了一种用于单细胞转录组学的深度生成模型scVI，该模型利用随机优化和深度神经网络来整合相似细胞和基因的信息，并近似表达值的分布，同时考虑批次效应和有限敏感性	引入了单细胞变分推断（scVI）框架，这是一个可扩展的、用于单细胞基因表达概率表示和分析的工具	NA	开发一种能够处理单细胞转录组数据中技术噪声和偏差的模型	单细胞转录组数据	机器学习	NA	深度神经网络	深度生成模型	基因表达数据	NA
26359	2024-08-09	Inflammatory Cytokine TNFα Promotes the Long-Term Expansion of Primary Hepatocytes in 3D Culture 2018-11-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.012 PMID:30500539	研究论文	本文研究了炎症细胞因子TNFα在3D培养中促进原代肝细胞长期扩增的作用	首次展示了TNFα在体外3D培养中促进肝细胞长期扩增的能力，并实现了对受伤肝脏的显著再殖	NA	探究炎症细胞因子TNFα在3D培养中对肝细胞扩增的影响	原代肝细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26360	2024-08-09	Exploiting antigen receptor information to quantify index switching in single-cell transcriptome sequencing experiments 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0208484 PMID:30517183	研究论文	本文利用免疫细胞上抗原受体的多样性和高度细胞特异性表达，量化了单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	采用排除扩增（ExAmp）与HiSeq 3000/HiSeq 4000/HiSeq X测序系统的图案化流动池技术相结合，量化了索引切换的发生率	未检测到某些索引比其他索引更容易切换的一致模式，表明索引切换是一个随机过程	量化单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	单细胞RNA-seq数据中的索引切换	下一代测序	NA	单细胞RNA测序	NA	序列数据	55个不同孔的数据