单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26341	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing highlights transcription activity of autophagy-related genes during hematopoietic stem cell formation in mouse embryos 2017-Apr-03, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2016.1278093 PMID:28129010	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在小鼠胚胎发育过程中，造血干细胞形成期间自噬相关基因的转录活性动态变化	首次在单细胞水平上探讨了小鼠胚胎发育过程中造血干细胞形成期间自噬相关基因的动态表达	NA	探究自噬在胚胎造血干细胞形成中的作用	小鼠胚胎发育过程中的造血干细胞形成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5个与造血干细胞形成相关的细胞群体
26342	2024-08-09	Single-cell mRNA quantification and differential analysis with Census 2017-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4150 PMID:28114287	研究论文	本文介绍了Census算法，用于将单细胞RNA-seq的相对表达水平转换为相对转录本计数，无需实验中的spike-in对照	Census算法提高了单细胞RNA-seq数据分析的准确性，并启用了新的统计测试来识别发育调控基因	NA	开发和验证一种新的算法，用于改进单细胞基因表达数据的分析	单细胞RNA-seq数据，特别是发育和疾病研究中的数据	生物信息学	NA	RNA-seq	Census算法	基因表达数据	多个发育和疾病研究的单细胞数据
26343	2024-08-09	Xist-dependent imprinted X inactivation and the early developmental consequences of its failure 2017-03, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/nsmb.3365 PMID:28134930	research paper	本研究通过单细胞RNA测序分析早期胚胎，揭示了Xist依赖的印迹X染色体失活及其失败的早期发育后果。	首次发现印迹X染色体失活的启动绝对需要Xist，并揭示了Xist缺乏导致的基因组范围转录失调和胚外途径激活失败。	NA	探究Xist依赖的印迹X染色体失活及其失败的早期发育后果。	小鼠早期胚胎中的Xist依赖性X染色体失活。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	早期胚胎
26344	2024-08-09	Recent progress in single-cell cancer genomics 2017-Feb, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2017.01.002 PMID:28126650	研究论文	本文聚焦于最新的单细胞方法在癌症基因组学中的应用	单细胞分析技术能够揭示传统批量测序无法发现的信息，有助于深入理解癌症的复杂机制	NA	探讨单细胞测序技术在癌症基因组学中的最新进展及其在个性化治疗和非侵入性监测诊断中的应用	单细胞测序技术在癌症基因组学中的应用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
26345	2024-08-09	Transcriptomic and anatomic parcellation of 5-HT3AR expressing cortical interneuron subtypes revealed by single-cell RNA sequencing 2017-01-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14219 PMID:28134272	research paper	本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了表达5-HT3AR的皮质中间神经元亚型的转录组和解剖分区	首次识别出三种主要的Htr3a-GFP+中间神经元分子类型，并揭示了它们在基因表达上的独特发育动态	NA	探究表达5-HT3AR的皮质中间神经元在发育过程中的多样性及其分子机制	表达5-HT3AR的皮质中间神经元	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
26346	2024-08-09	Development of a facile droplet-based single-cell isolation platform for cultivation and genomic analysis in microorganisms 2017-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep41192 PMID:28112223	研究论文	本文开发了一种简便的基于液滴的单细胞分离平台，用于微生物的培养和基因组分析	该平台集成了细胞封装、液滴检查和排序以及芯片到管的毛细管接口，通过低成本的电磁微阀控制液滴排序，简化了单细胞分析的流程	NA	旨在开发一种易于使用且成本低廉的单细胞分离策略，以促进单细胞分析在微生物学研究中的应用	微藻和酵母细胞	生物技术	NA	液滴微流控技术	NA	DNA和RNA	单细胞分离成功率超过90%，单细胞培养成功率80%
26347	2024-08-09	Detecting heterogeneity in single-cell RNA-Seq data by non-negative matrix factorization 2017, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.2888 PMID:28133571	研究论文	本文研究了非负矩阵分解（NMF）方法在分析多种单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据集中的性能	NMF方法在分离相似群组方面比其他无监督聚类方法（如K-means和层次聚类）具有更高的准确性，并能独特地识别表达水平处于中间水平的基因	NA	探索NMF方法在分析单细胞RNA测序数据中的有效性	多种单细胞RNA测序数据集，包括小鼠造血干细胞和人类胶质母细胞瘤数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	多种数据集，具体样本数量未详述
26348	2024-08-09	Scater: pre-processing, quality control, normalization and visualization of single-cell RNA-seq data in R 2017-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btw777 PMID:28088763	研究论文	本文介绍了R/Bioconductor包scater，用于单细胞RNA测序数据的前处理、质量控制、归一化和可视化	scater包提供了一个方便、灵活的工作流程，用于将原始测序读取数据处理成高质量的表达数据集，并提供了一套丰富的单细胞数据绘图工具	NA	开发一个工具，用于简化单细胞RNA测序数据的前处理、质量控制、归一化和可视化过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
26349	2024-08-09	Effective detection of variation in single-cell transcriptomes using MATQ-seq 2017-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4145 PMID:28092691	研究论文	本文介绍了一种名为MATQ-seq的高灵敏度和定量性的单细胞总RNA测序方法，用于有效检测单细胞转录组变异	MATQ-seq方法通过系统地确定技术噪声，能够捕捉单细胞整个转录组之间的真实生物变异	NA	开发和验证一种新的单细胞RNA测序技术，以提高转录变异的检测灵敏度和准确性	单细胞转录组变异	数字病理学	NA	MATQ-seq	NA	RNA序列	单细胞
26350	2024-08-09	UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.209601.116 PMID:28100584	研究论文	本文介绍了UMI-tools软件包，该软件包采用网络方法来处理UMI序列中的错误，以提高定量准确性	引入了网络方法来处理UMI序列中的错误，并展示了在模拟条件和实际数据集中的改进效果	NA	提高使用UMI的高通量测序实验的定量准确性	UMI序列中的错误处理方法	生物信息学	NA	高通量测序	网络方法	序列数据	涉及iCLIP和单细胞RNA-seq数据集
26351	2024-08-09	Single-Cell Multiomics: Multiple Measurements from Single Cells 2017-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2016.12.003 PMID:28089370	综述	本文综述了从单个细胞中并行检测多种分子类型的首批实验方法，并探讨了这些及未来技术带来的挑战与机遇	介绍了从同一单个细胞中同时测量多种分子类型（如RNA、甲基化DNA或开放染色质）的技术	文章主要讨论了现有技术的挑战，未详细说明具体的技术限制	探讨单细胞多组学技术的发展及其在生物学研究中的应用	单个细胞中的多种分子类型	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	单个细胞
26352	2024-08-09	Single-Cell Genomics: Approaches and Utility in Immunology 2017-02, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2016.12.001 PMID:28094102	review	本文综述了单细胞基因组学在免疫学中的应用，特别是通过计算分析单细胞RNA测序数据的方法和应用	单细胞基因组学提供了强大的工具来研究免疫细胞，能够观察到在群体水平上无法解析的罕见和中间细胞状态	免疫学家面临的挑战是如何利用计算将大量的定量数据转化为有意义的免疫学原理、预测模型和治疗策略	综述单细胞RNA测序数据的计算分析方法及其在免疫学中的应用，并强调未来研究的重要方向	单细胞RNA测序数据及其在免疫学中的应用	natural language processing	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	NA
26353	2024-08-09	The impact of microRNAs on transcriptional heterogeneity and gene co-expression across single embryonic stem cells 2017-01-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms14126 PMID:28102192	研究论文	本研究探讨了微小RNA（microRNA）在单个胚胎干细胞中的多目标抑制作用及其对转录异质性和基因共表达的影响	首次揭示了微小RNA在单细胞水平上对多个目标基因的抑制作用及其对细胞群体转录异质性的影响	NA	研究微小RNA如何影响基因共表达和细胞命运	微小RNA在单个胚胎干细胞中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	Dgcr8敲除小鼠胚胎干细胞
26354	2024-08-09	Nematophagous fungus Arthrobotrys oligospora mimics olfactory cues of sex and food to lure its nematode prey 2017-01-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20023 PMID:28098555	研究论文	研究了捕食性真菌Arthrobotrys oligospora如何通过模拟性信息素和食物线索的气味来吸引线虫作为猎物	发现了一种化合物甲基3-甲基-2-丁烯酸酯（MMB），它不仅能模拟食物线索吸引线虫，还能干扰线虫的交配行为，表明MMB可能模拟了性信息素	NA	研究捕食者与猎物共同进化的分子基础	捕食性真菌Arthrobotrys oligospora及其猎物线虫	NA	NA	气相色谱-质谱分析	NA	挥发性代谢物	几种线虫物种
26355	2024-08-09	Erratum to: Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity 2017-01-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1154-x PMID:28100273	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26356	2024-08-09	Random X-chromosome inactivation dynamics in vivo by single-cell RNA sequencing 2017-01-17, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-016-3466-8 PMID:28095777	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了雌性胚胎中随机X染色体失活（rXCI）的动态过程	本文首次在体内环境中研究了rXCI的动态过程，并确定了X染色体基因失活顺序的决定因素	NA	研究雌性哺乳动物体内随机X染色体失活的动态过程	雌性胚胎中的单细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自两个遗传距离较远的鼠种自然杂交的雌性胚胎
26357	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Analysis Defines Heterogeneity and Transcriptional Dynamics in the Adult Neural Stem Cell Lineage 2017-01-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.12.060 PMID:28099854	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，分析了成年神经干细胞（NSCs）群体的分子特征和异质性	本文发现了NSC谱系中存在的罕见中间状态，并验证了其独特的分子特征，同时识别了这些亚群NSCs的潜在表面标记和关键细胞内调控因子	NA	研究成年神经干细胞谱系的异质性和转录动力学	成年哺乳动物大脑中的神经干细胞及其分化细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
26358	2024-08-09	Primary Cell Culture of Live Neurosurgically Resected Aged Adult Human Brain Cells and Single Cell Transcriptomics 2017-01-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2016.12.066 PMID:28099855	研究论文	本文开发了一种基于木瓜蛋白酶辅助程序的培养系统，用于神经外科手术中切除的成人人类脑组织，并进行了单细胞转录组学分析。	首次实现了对活体成人患者脑细胞的单细胞分析，并揭示了细胞类型和患者特异性的转录层次结构。	NA	探索人类中枢神经系统疾病和药物效应，推动个性化精准医学的发展。	成人人类脑细胞及其单细胞转录组学特征。	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	超过300个细胞
26359	2024-08-09	Single-Cell Analysis Reveals a Close Relationship between Differentiating Dopamine and Subthalamic Nucleus Neuronal Lineages 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.10.003 PMID:28094018	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了表达Lmx1a的鼠神经前体细胞的转录组，揭示了多巴胺神经元和丘脑下核神经元分化过程中的紧密关系	本文发现了多巴胺神经元和丘脑下核神经元分化过程中的一种紧密关系，并识别出区分这两种神经元的独特转录因子集	NA	优化帕金森病中脑修复策略的干细胞工程和移植方法	多巴胺神经元和丘脑下核神经元的分化过程	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	鼠神经前体细胞
26360	2024-08-09	A Single-Cell Roadmap of Lineage Bifurcation in Human ESC Models of Embryonic Brain Development 2017-01-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2016.09.011 PMID:28094016	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和克隆分析，揭示了人类胚胎干细胞（hESCs）在早期前脑和中/后脑细胞分化过程中的谱系树和分子信号	本文首次通过单细胞RNA测序和克隆分析，构建了人类胚胎干细胞在脑发育早期的细胞类型谱系树，并揭示了Wnt/β-catenin信号在控制谱系决定中的重要性	NA	研究人类胚胎干细胞在脑发育早期的细胞分化过程	人类胚胎干细胞（hESCs）在早期前脑和中/后脑细胞分化过程中的谱系树和分子信号	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯分析	转录组数据	41种不同的前体细胞、神经元和非神经细胞