单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26301	2024-08-09	Kidney and organoid single-cell transcriptomics: the end of the beginning 2020-02, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-018-4177-y PMID:30607565	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肾脏发育和疾病中的应用及其最新进展	揭示了细胞间未预见的细胞谱系关系，定义了肾脏类器官中非目标细胞类型的存在，并展示了人类肾脏同种异体移植中多样化的炎症反应	NA	总结单细胞RNA测序技术在肾脏领域的快速进展，并概述其未来发展方向	肾脏类器官、发育中的小鼠和人类肾脏、成年肾脏及肾脏癌	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个scRNA-seq数据集
26302	2024-08-09	Single-cell RNA-seq interpretations using evolutionary multiobjective ensemble pruning 2019-08-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty1056 PMID:30596898	研究论文	本文提出了一种进化多目标集成剪枝算法（EMEP），用于解决单细胞RNA测序数据分析中的实验噪声、数值不稳定、高维度和计算可扩展性等问题	EMEP算法通过无监督降维和多目标优化，动态选择合适的聚类结果，提高了细胞类型发现的性能	NA	开发一种新的计算方法，以克服现有单细胞RNA测序数据分析方法的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	进化多目标优化	基因表达数据	55个模拟数据集和7个真实单细胞RNA测序数据集，包括一个大规模数据集，包含3005个细胞和4412个基因
26303	2024-08-09	Challenges in unsupervised clustering of single-cell RNA-seq data 2019-05, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-018-0088-9 PMID:30617341	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据无监督聚类所面临的挑战	NA	NA	探讨单细胞RNA测序数据无监督聚类的计算难题及其生物学解释和注释的困难	单细胞RNA测序数据的无监督聚类	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
26304	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq of follicular lymphoma reveals malignant B-cell types and coexpression of T-cell immune checkpoints 2019-03-07, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2018-08-862292 PMID:30591526	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了来自6个原发性滤泡性淋巴瘤肿瘤的34,188个细胞的转录组，揭示了恶性B细胞类型及其与T细胞免疫检查点的共表达模式	首次通过单细胞RNA测序揭示了滤泡性淋巴瘤中恶性B细胞的亚克隆多样性及其与T细胞免疫检查点的共表达模式	研究仅限于6个原发性滤泡性淋巴瘤肿瘤，样本量较小，可能影响结果的普遍性	解析滤泡性B细胞淋巴瘤的转录网络，并探索肿瘤微环境中免疫调节的基因网络	滤泡性淋巴瘤中的恶性B细胞及其与T细胞免疫检查点的共表达模式	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	34,188个细胞来自6个原发性滤泡性淋巴瘤肿瘤
26305	2024-08-09	High-throughput single-molecule RNA imaging analysis reveals heterogeneous responses of cardiomyocytes to hemodynamic overload 2019-03, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2018.12.018 PMID:30611794	研究论文	本文通过高吞吐量的单分子RNA成像分析方法，研究了心肌细胞对血流动力学超负荷的异质性反应	开发了一种新的图像分析流程，实现了单细胞水平基因表达的自动和无偏量化	NA	探究心肌细胞在血流动力学超负荷下的基因表达变化	心肌细胞在血流动力学超负荷下的反应	数字病理学	心血管疾病	单细胞定量PCR (sc-qPCR), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单分子荧光原位杂交 (smFISH)	NA	图像	来自压力超负荷小鼠心脏的心肌细胞和横截面，早期肥大阶段（2周，TAC2W）和晚期心衰阶段（8周，TAC8W）
26306	2024-08-09	Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma 2019-02-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.043 PMID:30595452	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了25名黑色素瘤患者肿瘤内CD4和CD8 T细胞的行为，发现CD8 T细胞从早期效应“过渡”状态持续进展到功能失调状态，并揭示了功能失调的T细胞是肿瘤内主要的增殖性免疫细胞。	首次揭示了CD8 T细胞在人类黑色素瘤中的动态分化和增殖行为，并指出先前被定义为耗竭的CD8 T细胞实际上是一个高度增殖、克隆和动态分化的细胞群体。	研究样本仅限于25名黑色素瘤患者，可能限制了结果的普遍性。	探究人类黑色素瘤中肿瘤免疫细胞的组成及其对免疫疗法反应的影响。	黑色素瘤患者的肿瘤内CD4和CD8 T细胞。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	25名黑色素瘤患者
26307	2024-08-09	Developmental Heterogeneity of Microglia and Brain Myeloid Cells Revealed by Deep Single-Cell RNA Sequencing 2019-01-16, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.12.006 PMID:30606613	研究论文	本研究利用深度单细胞RNA测序技术揭示了小胶质细胞和脑髓样细胞在不同发育阶段的异质性	发现了与增殖区域相关的小胶质细胞（PAM）子集，该子集在发育中的白质中主要存在，并具有与退行性疾病相关小胶质细胞（DAM）相似的基因特征	NA	探讨小胶质细胞在不同发育阶段和成年期的功能是否由不同子集执行	小胶质细胞和相关髓样细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	胚胎、早期新生和成年小鼠脑的多个区域的小胶质细胞和相关髓样细胞
26308	2024-08-09	A Genome-wide Framework for Mapping Gene Regulation via Cellular Genetic Screens 2019-01-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.029 PMID:30612741	研究论文	本文提出了一种基于表达数量性状位点（eQTL）的框架，通过CRISPR/Cas9介导的扰动和单细胞RNA测序，大规模映射增强子-基因对	该研究通过引入随机组合的CRISPR/Cas9扰动，结合单细胞RNA测序技术，成功映射了大量增强子-基因对，为解析人类基因组中的顺式调控景观提供了新方法	研究主要集中在常见变异和连锁不平衡的范围内，可能无法涵盖所有类型的基因调控元素	旨在开发一种新的方法来大规模映射增强子-基因调控相互作用	研究对象包括5,920个候选增强子和254,974个单细胞转录组	基因组学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因组数据, 转录组数据	5,920个候选增强子, 254,974个单细胞转录组
26309	2024-08-09	Genomic encoding of transcriptional burst kinetics 2019-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0836-1 PMID:30602787	研究论文	本文利用等位基因敏感的单细胞RNA测序技术，研究了小鼠和人类基因组中转录爆发的频率和大小，并揭示了增强子和核心启动子元素对转录爆发动力学的影响	首次使用等位基因敏感的单细胞RNA测序技术，全面分析了内源性基因的转录爆发频率和大小，并发现了增强子和核心启动子元素在转录爆发动力学中的协同作用	NA	探究哺乳动物基因表达中的转录爆发动力学，并确定增强子和核心启动子元素在其中的作用	小鼠和人类基因组中的转录爆发频率和大小	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠和人类基因组
26310	2024-08-09	Identification of cancer subtypes from single-cell RNA-seq data using a consensus clustering method 2018-Dec-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-018-0433-z PMID:30598115	研究论文	本文介绍了一种共识聚类框架conCluster，用于从单细胞RNA测序数据中识别癌症亚型	conCluster通过集成策略融合多个基本分区以达成共识聚类，能更准确地检测癌症亚型	NA	研究旨在通过单细胞RNA测序数据识别癌症亚型	人类癌症的细胞异质性及其分子特征	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	共识聚类	基因表达数据	涉及多个真实的癌症scRNA-seq数据集
26311	2024-08-09	Single-Cell Ssequencing in Cancer: Recent Applications to Immunogenomics and Multi-omics Tools 2018-Dec, Genomics & informatics DOI:10.5808/GI.2018.16.4.e17 PMID:30602078	综述	本文综述了单细胞测序技术在癌症研究中的最新应用，特别是在免疫基因组学和多组学工具方面	单细胞多组学方法的应用突破了传统批量测序方法在数据分辨率上的限制，提供了对肿瘤进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗的更细致理解	NA	探讨单细胞多组学方法在肿瘤研究中的应用及其在免疫治疗领域的最新发现	癌症肿瘤的异质性及其进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据	NA
26312	2024-08-09	Comparison of clustering tools in R for medium-sized 10x Genomics single-cell RNA-sequencing data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15809.2 PMID:30228881	研究论文	本文比较了R语言中多种聚类工具对中等规模的10x Genomics单细胞RNA测序数据的性能	首次系统地评估了多种聚类方法在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的准确性、运行时间和鲁棒性	研究结果表明不同方法的聚类结果差异较大，选择合适的聚类工具对数据解读至关重要	评估不同聚类工具在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的性能	10x Genomics单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类方法	基因表达数据	包括一个黄金标准数据集和多个白银标准数据集
26313	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of the Pancreatic Islets--a Promise Not yet Fulfilled? 2019-03-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2018.11.016 PMID:30581120	研究论文	本文综述了过去三年中单细胞RNA测序技术在胰腺胰岛细胞研究中的应用及其进展	单细胞RNA测序技术首次实现了对罕见内分泌细胞类型的转录定义，如生长激素释放肽产生的ɛ细胞	关于细胞类型特异性基因表达变化在2型糖尿病中的结论可能需要在大样本量可用时重新审视	探讨单细胞RNA测序技术在胰腺胰岛细胞类型鉴定和疾病状态下的应用	胰腺胰岛细胞，特别是α细胞和β细胞及其在疾病中的变化	数字病理学	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠和人的胰腺胰岛细胞
26314	2024-08-09	The genomic organization and expression pattern of the low-affinity Fc gamma receptors (FcγR) in the Göttingen minipig 2019-02, Immunogenetics IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s00251-018-01099-1 PMID:30564855	研究论文	本文研究了Göttingen小型猪中低亲和力Fcγ受体（FcγR）的基因组结构和表达模式	首次在Göttingen小型猪中鉴定出新的FcγRIIa基因，并分析了其在血小板上的表达	文章未提及具体的局限性	探讨Göttingen小型猪中Fcγ受体的基因组结构和表达模式，以促进其在治疗性抗体预临床研究中的应用	Göttingen小型猪的Fcγ受体基因及其表达模式	生物医学研究	NA	基因组分析、测序、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA序列数据	涉及Göttingen小型猪的外周血单核细胞（PBMCs）和全血样本
26315	2024-08-09	Tumor Suppressor PTEN Regulates Negatively Sertoli Cell Proliferation, Testis Size, and Sperm Production In Vivo 2019-02-01, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2018-00892 PMID:30576429	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型，探讨了IGFs在睾丸中的来源及其通过IGF/PTEN/PI3K途径促进未成熟Sertoli细胞增殖的机制	首次揭示了IGFs在睾丸间质类固醇生成前体细胞中的表达，并通过PTEN基因敲除小鼠模型验证了IGF/PTEN/PI3K途径在未成熟Sertoli细胞增殖中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明IGFs在睾丸中的来源及其通过IGF/PTEN/PI3K途径促进未成熟Sertoli细胞增殖的机制	未成熟Sertoli细胞的增殖、睾丸大小和精子产量	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA	小鼠胚胎睾丸细胞
26316	2024-08-09	Tissue Resident CCR2- and CCR2+ Cardiac Macrophages Differentially Orchestrate Monocyte Recruitment and Fate Specification Following Myocardial Injury 2019-01-18, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.314028 PMID:30582448	研究论文	本文研究了心肌损伤后组织驻留的CCR2-和CCR2+心脏巨噬细胞如何不同地调控单核细胞的招募和命运指定	首次揭示了组织驻留的CCR2+和CCR2-巨噬细胞在心肌损伤后对单核细胞招募和命运指定的不同调控机制	NA	测试组织驻留的CCR2-和CCR2+巨噬细胞在心肌损伤后对单核细胞招募和命运指定的不同调控作用的假设	组织驻留的CCR2-和CCR2+心脏巨噬细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	使用多种小鼠模型进行研究
26317	2024-08-09	Identification of Embryonic Neural Plate Border Stem Cells and Their Generation by Direct Reprogramming from Adult Human Blood Cells 2019-01-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.11.015 PMID:30581079	研究论文	本文报道了通过异位表达四个神经转录因子，将成人人类成纤维细胞和血液细胞直接重编程为诱导的神经板边界干细胞（iNBSCs），并探讨了其在再生医学中的应用潜力	首次报道了通过直接重编程技术生成人类iNBSCs，并展示了其在模拟人类疼痛综合症和再生医学中的应用	NA	探索神经发育机制并为再生医学提供神经干细胞来源	成人人类成纤维细胞和血液细胞，以及人类多能干细胞	再生医学	NA	直接重编程技术，单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
26318	2024-08-09	Metabolic heterogeneity underlies reciprocal fates of TH17 cell stemness and plasticity 2019-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0806-7 PMID:30568299	研究论文	本文研究了T17细胞在自身免疫性疾病模型中的代谢异质性及其对细胞命运的影响	首次揭示了T17细胞中存在具有干细胞样特征的亚群和具有高代谢活性的亚群，并阐明了mTORC1信号通路在调控T17细胞命运决策中的关键作用	NA	探讨T17细胞在慢性炎症条件下的异质性及其对自身免疫性疾病的贡献	T17细胞的代谢异质性和细胞命运	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26319	2024-08-09	A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction 2019-01, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0254-1 PMID:30573817	研究论文	本文介绍了一种用于评估单细胞RNA测序批次效应校正的用户友好、稳健且敏感的k近邻批次效应测试（kBET）	提出了一个量化批次效应的kBET方法，用于评估批次回归和归一化方法的效果，并区分细胞类型特异性个体间变异与细胞群体相对比例的变化	NA	评估单细胞RNA测序中的批次效应校正方法	单细胞RNA测序数据中的批次效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	k近邻批次效应测试（kBET）	单细胞转录组数据	外周血单个核细胞（PBMCs）来自健康捐赠者
26320	2024-08-09	SCOPE-Seq: a scalable technology for linking live cell imaging and single-cell RNA sequencing 2018-12-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1607-x PMID:30583733	研究论文	本文介绍了一种名为SCOPE-Seq的新技术，通过结合微流控技术和光学可解码珠，实现了活细胞成像与单细胞RNA测序的链接	SCOPE-Seq技术首次实现了活细胞表型分析与单细胞测序的结合，提高了测量的准确性和可扩展性	NA	验证SCOPE-Seq技术在结合活细胞成像与单细胞RNA测序中的准确性和可扩展性	活细胞和单细胞RNA	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	微流控技术	图像和RNA序列	NA