单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26301	2024-08-09	Spatial transcriptomics: paving the way for tissue-level systems biology 2017-08, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2017.02.004 PMID:28346891	综述	本文综述了空间转录组学技术的最新进展，及其在组织水平系统生物学中的应用	介绍了空间转录组学技术如何帮助解析细胞在组织中的空间分工，从而揭示组织功能优化的设计原理	NA	探讨空间转录组学技术在组织水平系统生物学中的应用	组织中的细胞类型及其空间分工	转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
26302	2024-08-09	Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq 2017-03-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aai8478 PMID:28360267	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了IDH突变型胶质瘤中的遗传、谱系和微环境因素	首次通过大规模单细胞RNA测序数据揭示了IDH突变型胶质瘤中不同肿瘤亚类的遗传和微环境差异	NA	解析IDH突变型胶质瘤中遗传、谱系和微环境的影响	IDH突变型胶质瘤	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	14,226个单细胞RNA测序数据来自16名患者，165名患者的批量RNA测序数据
26303	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies distinct mouse medial ganglionic eminence cell types 2017-03-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/srep45656 PMID:28361918	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）中的两种不同细胞类型	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了小鼠胚胎MGE发育程序，并提出了皮质中间神经元（CINs）的指定机制	未能在MGE前体细胞中识别出可能对应不同CINs前体的细胞	探究小鼠皮质中间神经元多样性的生成机制	小鼠胚胎内侧神经节隆起（MGE）细胞及从胚胎干细胞分化出的MGE样细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠胚胎MGE细胞及MGE样细胞
26304	2024-08-09	CIDR: Ultrafast and accurate clustering through imputation for single-cell RNA-seq data 2017-03-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1188-0 PMID:28351406	研究论文	本文介绍了一种名为CIDR的超快速算法，通过隐式插补和降维方法处理单细胞RNA测序数据中的丢失数据，以提高聚类准确性	CIDR采用了一种新颖且简单的隐式插补方法来减轻单细胞RNA测序数据中丢失数据的影响	NA	开发一种快速且准确的算法用于单细胞RNA测序数据的聚类	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百到数千个细胞的数据集
26305	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Hypothalamic Cell Diversity 2017-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.03.004 PMID:28355573	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠下丘脑的细胞多样性	首次通过单细胞RNA测序定义了下丘脑中11种非神经元和34种神经元细胞群，并揭示了它们独特的转录特征	NA	旨在理解下丘脑的功能及其相关疾病，通过定义细胞组成和细胞类型特异性的转录特征	成年小鼠的下丘脑细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年小鼠的下丘脑样本
26306	2024-08-09	Advanced Methodologies in High-Throughput Sequencing of Immune Repertoires 2017-03, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2016.09.010 PMID:28341036	综述	本文详细概述了用于测序适应性免疫库的高级方法学，特别关注减少测序错误和偏差以及实现高吞吐量配对可变区域的策略	本文介绍了最新的单细胞转录组测序技术，这些技术可以与免疫库整合	NA	探讨高级免疫库测序技术在基础免疫学、生物制药药物发现与开发以及癌症免疫治疗中的应用	适应性免疫库的测序方法和技术	生物信息学	NA	高吞吐量测序	NA	转录组数据	NA
26307	2024-08-09	Identification of unipotent megakaryocyte progenitors in human hematopoiesis 2017-06-22, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2016-09-741611 PMID:28336526	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别出在未成熟造血干细胞和祖细胞群中特异性表达与巨核细胞系相关基因的细胞簇，并将其定义为单能巨核细胞祖细胞（MegP）。	本文首次定义了单能巨核细胞祖细胞（MegP），并发现其在骨髓增生性肿瘤患者中的扩增与Janus激酶2突变的高负担相关。	NA	阐明人类巨核细胞发育途径，并定义纯单能巨核细胞祖细胞。	人类巨核细胞祖细胞及其在正常和恶性造血中的作用。	NA	骨髓增生性肿瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组	未具体说明样本数量
26308	2024-08-09	Obesity Modulates Inflammation and Lipid Metabolism Oocyte Gene Expression: A Single-Cell Transcriptome Perspective 2017-06-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/jc.2016-3524 PMID:28323970	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，比较了超重/肥胖女性与正常体重女性在生育治疗过程中的卵母细胞基因表达谱及卵泡液内容物	首次从单细胞转录组角度探讨肥胖对卵母细胞基因表达的影响，并揭示了肥胖女性卵母细胞中炎症和氧化应激相关基因表达的变化	样本量较小，且仅包括接受生育治疗的女性，可能限制了研究结果的普遍性	比较超重/肥胖女性与正常体重女性在生育治疗过程中的卵母细胞基因表达谱及卵泡液内容物	超重/肥胖女性与正常体重女性的卵母细胞基因表达及卵泡液内容物	NA	NA	单细胞转录组分析，RNA测序	NA	基因表达数据	11名超重/肥胖女性和13名正常体重女性
26309	2024-08-09	Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors 2017-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/ng.3818 PMID:28319088	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析结直肠肿瘤及其微环境的转录异质性，并开发了一种名为参考成分分析（RCA）的算法来提高单细胞转录组聚类的准确性	开发了参考成分分析（RCA）算法，显著提高了单细胞转录组聚类的准确性，并发现了两种不同的癌相关成纤维细胞（CAFs）亚型	NA	阐明人类结直肠肿瘤中的细胞异质性	结直肠肿瘤及其微环境的转录异质性	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	参考成分分析（RCA）	转录组	11个结直肠肿瘤及匹配的正常黏膜样本
26310	2024-08-09	Mechanism for microbial population collapse in a fluctuating resource environment 2017-03-20, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20167058 PMID:28320772	研究论文	研究了微生物群落在波动资源环境中的基因调控机制及其对生态稳定性的影响	发现单一调控突变能防止微生物群落崩溃的现象	研究仅限于特定的硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用	探究微生物群落在波动资源环境中的适应性和稳定性	硫酸盐还原菌和氢消耗菌的相互作用及其基因调控	NA	NA	RNA-seq分析, 蛋白质组学, 微量热法, 单细胞转录组分析	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	多个微生物培养物
26311	2024-08-09	Phylogeny, classification and diversity of Choreotrichia and Oligotrichia (Ciliophora, Spirotrichea) 2017-07, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2017.03.010 PMID:28286224	研究论文	本文通过分析GenBank中的核糖体DNA序列，研究了纤毛原生生物Choreotrichia和Oligotrichia的系统发育、分类和多样性	提出了一个非正式的命名系统用于incertae sedis分类群，并更新了这两个亚纲的分类学分类，包括重新建立的Favellidae科	研究结果表明公共数据库中存在大量同义词和未描述的分类群，提示在使用和贡献这些独特资源时需谨慎	改进Choreotrichia和Oligotrichia亚纲的系统发育推断，并探索其潜在的新多样性	纤毛原生生物Choreotrichia和Oligotrichia亚纲的分类群	NA	NA	单细胞测序	NA	核糖体DNA序列	近4000个rDNA序列
26312	2024-08-09	Single-Cell Transcriptional Analysis 2017-06-12, Annual review of analytical chemistry (Palo Alto, Calif.) DOI:10.1146/annurev-anchem-061516-045228 PMID:28301747	综述	本文综述了单细胞转录组分析技术的发展现状，包括样本制备方法、技术平台和计算分析方法	单细胞转录组分析技术通过高通量测序，已在数百项研究中取得丰硕成果，推动了生物学领域的重大发现	NA	介绍单细胞RNA测序技术的最新进展，并强调设计、执行和解释单细胞RNA测序研究的关键考虑因素	单细胞转录组分析技术及其在生物学研究中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26313	2024-08-09	Dynamics of embryonic stem cell differentiation inferred from single-cell transcriptomics show a series of transitions through discrete cell states 2017-03-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.20487 PMID:28296635	研究论文	本研究利用统计框架分析单细胞转录组数据，推断早期小鼠胚胎干细胞分化的基因表达动态，揭示了跨越九种细胞状态的离散转变	本研究提供了一个框架，从单细胞转录组数据推断分化动态，并构建驱动发育过程中细胞命运决策序列的基因调控网络的预测模型	NA	理解导致多能细胞获得不同细胞命运的基因调控网络的复杂性，并量化分化过程	早期小鼠胚胎干细胞的分化过程及其基因表达动态	基因组学	NA	单细胞转录组学	概率模型	转录组数据	九种细胞状态的单细胞样本
26314	2024-08-09	Planarian Epidermal Stem Cells Respond to Positional Cues to Promote Cell-Type Diversity 2017-03-13, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2017.02.008 PMID:28292427	研究论文	本文研究了扁形虫表皮干细胞如何响应位置信号以促进细胞类型的多样性	首次揭示了扁形虫表皮干细胞在再生过程中通过位置信号激活区域化转录程序，从而促进细胞类型多样性的机制	NA	探究扁形虫再生过程中不同谱系的前体细胞如何形成适当的缺失细胞类型	扁形虫表皮干细胞及其在再生过程中的功能身份获取	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
26315	2024-08-09	Principles of Reconstructing the Subclonal Architecture of Cancers 2017-Aug-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a026625 PMID:28270531	研究论文	本文描述了通过单核苷酸变异（SNVs）或拷贝数变异（CNAs）从批量或单细胞测序数据中重建肿瘤亚克隆结构的原则	应用亚克隆重建方法为肿瘤进化、亚克隆驱动突变、平行进化模式、细胞群体间突变特征差异以及治疗抵抗、扩散和转移的机制提供了关键见解	NA	研究肿瘤亚克隆结构的重建原则及其在理解肿瘤进化和治疗抵抗中的应用	肿瘤的亚克隆结构及其相关的突变和进化模式	数字病理学	癌症	大规模并行测序	NA	测序数据	NA
26316	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals specific RNA editing signatures in the human brain 2017-06, RNA (New York, N.Y.) DOI:10.1261/rna.058271.116 PMID:28258159	研究论文	本文通过分析活体人脑皮质中单细胞的RNA编辑谱，揭示了特定于人脑的RNA编辑特征	首次在单细胞水平上研究了人脑中的RNA编辑，并发现RNA编辑水平在细胞中呈双峰分布，能够区分不同的大脑细胞类型	NA	研究人脑中单细胞的RNA编辑特征	人脑皮质中的单细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	来自活体人脑皮质的多细胞样本
26317	2024-08-09	Visualization and analysis of single-cell RNA-seq data by kernel-based similarity learning 2017-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4207 PMID:28263960	研究论文	本文介绍了通过多核学习（SIMLR）对单细胞RNA测序数据进行相似性度量学习的分析框架和软件，用于降维、聚类和可视化	SIMLR方法在七个已发表的数据集上与最先进的方法进行了基准测试，显示出其可扩展性，并显著提高了聚类性能，同时改善了单细胞测序数据的可视化和可解释性	NA	开发一种新的分析框架和软件，用于从单细胞RNA测序数据中学习相似性度量，以进行数据降维、聚类和可视化	单细胞RNA测序数据	计算机视觉	NA	RNA-seq	多核学习（SIMLR）	RNA测序数据	七个已发表的数据集
26318	2024-08-09	Single-cell transcriptome conservation in cryopreserved cells and tissues 2017-03-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-017-1171-9 PMID:28249587	研究论文	本文描述了一种样本保存方法，该方法能够在活单细胞中维持转录本，使得采样时间和地点与后续处理步骤分离	本文介绍了一种新的样本保存方法，能够在冷冻保存的细胞和组织中保持单细胞转录组的完整性	NA	验证冷冻保存方法对单细胞转录组的影响	单细胞转录组	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过1000个新鲜和冷冻保存的细胞
26319	2024-08-09	Early transcriptional and epigenetic regulation of CD8+ T cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing 2017-04, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/ni.3688 PMID:28218746	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了病毒感染过程中CD8+ T细胞分化的早期转录和表观遗传调控机制	发现了CD8+ T细胞在第一次分裂后显著的转录分化，并识别了控制CD8+ T细胞命运指定的先前未知的分子决定因素	NA	阐明微生物感染过程中CD8+ T细胞分化背后的动态转录变化	CD8+ T细胞在病毒感染过程中的分化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个CD8+ T细胞
26320	2024-08-09	Converting Adult Pancreatic Islet α Cells into β Cells by Targeting Both Dnmt1 and Arx 2017-03-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2017.01.009 PMID:28215845	研究论文	本文研究了在小鼠中通过靶向Dnmt1和Arx将胰腺α细胞转化为β细胞的机制，并探讨了这一转化在人类1型糖尿病中的相关性	首次揭示了通过调控Arx和Dnmt1实现成年胰腺α细胞向β细胞转化的途径	NA	探索胰腺α细胞转化为β细胞的分子机制及其在1型糖尿病治疗中的潜在应用	小鼠和人类的胰腺α细胞	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA