单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 26281 - 26300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26281 | 2024-08-09 |
Barcode identification for single cell genomics
2019-Jan-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2612-0
PMID:30654736
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研究论文 | 本文介绍了一种通过遍历循环化的条形码k-mer的de Bruijn图来识别和错误校正条形码的方法 | 该方法通过循环化条形码序列，即使在k的大小相对于条形码序列长度较大时，也能产生无错误的k-mer，从而提高了单细胞转录组估计的准确性 | NA | 提高单细胞测序实验中条形码识别和错误校正的准确性 | 单细胞测序实验中的条形码 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | de Bruijn图 | DNA条形码 | NA |
| 26282 | 2024-08-09 |
Single-Cell Library Preparation of iPSC-Derived Neural Stem Cells
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9007-8_10
PMID:30656626
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研究论文 | 本文描述了一种用于捕获和处理单细胞转录组以进行RNA测序的协议 | 利用单细胞RNA-seq技术识别异质细胞群，测量随机基因表达并识别高度可变基因 | NA | 识别与发育或疾病进展相关的关键通路 | iPSC衍生的神经干细胞的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组 | NA |
| 26283 | 2024-08-09 |
Bioinformatics Analysis of Single-Cell RNA-Seq Raw Data from iPSC-Derived Neural Stem Cells
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9007-8_11
PMID:30656627
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研究论文 | 本文描述了一种用于单细胞RNA测序原始数据的基本生物信息学分析流程 | 提供了从原始测序数据开始的质量检查、参考基因组索引创建、序列比对及转录本丰度量化的详细步骤 | NA | 开发和描述单细胞RNA测序数据的基本生物信息学分析方法 | 由iPSC衍生的神经干细胞的单细胞RNA测序原始数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 未具体说明样本数量 |
| 26284 | 2024-08-09 |
Deterministic column subset selection for single-cell RNA-Seq
2019, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0210571
PMID:30682053
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research paper | 本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据分析中的确定性列子集选择（DCSS）方法，该方法在保留原始矩阵的非负性和稀疏性结构的同时，避免了传统方法如主成分分析（PCA）和阈值方法的缺陷。 | 提出了新的DCSS光谱界限，并展示了其在scRNA-Seq数据分析中的有效性。 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据的分析方法，提高数据可视化和细胞类型识别的准确性。 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分析。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 确定性列子集选择（DCSS） | 基因表达数据 | 两项scRNA-Seq实验的数据 |
| 26285 | 2024-08-09 |
Comparison of SureSelect and Nextera Exome Capture Performance in Single-Cell Sequencing
2018, Human heredity
IF:1.1Q4
DOI:10.1159/000490506
PMID:30669152
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研究论文 | 本研究比较了Agilent SureSelectXT Target Enrichment System与Nextera rapid capture在单细胞全外显子测序中的性能 | 首次详细比较了两种不同外显子捕获试剂盒在单细胞全外显子测序中的性能 | 研究样本数量有限，仅基于12个高产量细胞进行分析 | 评估不同外显子捕获试剂盒在单细胞全外显子测序中的性能 | 从黑色素瘤样本中分离的192个单细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞全外显子测序 | NA | DNA | 192个单细胞 |
| 26286 | 2024-08-09 |
ClusterMap: compare multiple single cell RNA-Seq datasets across different experimental conditions
2019-09-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz024
PMID:30649203
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ClusterMap的方法和流程，用于比较不同生物条件下多个单细胞RNA测序数据集 | ClusterMap通过层次聚类标记基因的方法匹配不同样本中的细胞亚型，并引入纯度树切割方法和可分离性度量来量化匹配质量和总结亚群变化 | NA | 开发一种有效的方法来比较不同条件下多个单细胞RNA测序数据集，以理解生物过程和亚群水平的潜在机制 | 单细胞RNA测序数据集在不同生物条件下的比较 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次聚类 | RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 26287 | 2024-08-09 |
Single-cell expression noise and gene-body methylation in Arabidopsis thaliana
2019-08, Heredity
IF:3.1Q2
DOI:10.1038/s41437-018-0181-z
PMID:30651589
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研究论文 | 研究探讨了拟南芥中基因体甲基化（gbM）与单细胞表达噪声之间的关系 | 首次在拟南芥中研究gbM与表达噪声的关联，并发现gbM基因在单细胞样本中表达更一致 | 分析协方差后发现，考虑其他基因组特征时，gbM与表达噪声的关联消失 | 探究gbM是否与拟南芥中降低表达噪声有关 | 拟南芥中的基因体甲基化及其对表达噪声的影响 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 根静止中心细胞的单细胞样本 |
| 26288 | 2024-08-09 |
The Myeloid Cell Compartment-Cell by Cell
2019-04-26, Annual review of immunology
IF:26.9Q1
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研究论文 | 本文重新审视了髓系细胞的细胞谱系、激活、分化和组织特异性功能模型，并探讨了单细胞基因组学在理解这些细胞复杂性和异质性中的应用。 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了髓系细胞在炎症条件下比预期更大的异质性，并提出了对髓系细胞全面理解的新步骤。 | 髓系细胞在稳态和疾病中的巨大可塑性和异质性尚未完全理解。 | 旨在全面理解健康和疾病状态下髓系细胞的特性。 | 髓系细胞，包括单核细胞、树突状细胞、组织巨噬细胞和粒细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | NA |
| 26289 | 2024-08-09 |
Understanding antimicrobial discovery and resistance from a metagenomic and metatranscriptomic perspective: advances and applications
2019-04, Environmental microbiology reports
IF:3.6Q2
DOI:10.1111/1758-2229.12735
PMID:30637962
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研究论文 | 本文探讨了从宏基因组学和宏转录组学角度理解抗菌药物发现和耐药性的进展与应用 | 文章介绍了宏基因组学和宏转录组学在发现抗生素和检测抗生素耐药基因方面的新应用 | 存在准确分箱、偏斜的抗生素耐药基因数据库、检测低丰度和等位变异抗生素耐药基因以及有效表征可移动元件的挑战 | 旨在通过宏基因组学和宏转录组学技术，深入理解抗生素耐药基因的来源、分布及其在环境中的影响 | 研究对象包括抗生素耐药基因、抗生素生产者以及人类活动对抗生素耐药基因选择和传播的影响 | 宏基因组学 | NA | 宏基因组学、宏转录组学、长读长测序、单细胞测序、染色体构象捕获、DNA甲基化分箱 | 深度学习 | 基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 26290 | 2024-08-09 |
No Cell Left Unturned: Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm Heterogeneity
2019-04-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3877
PMID:30642914
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，描述了导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）进展为侵袭性癌症过程中上皮细胞、免疫细胞和间质细胞的动态景观 | 首次全面描述IPMN进展过程中细胞生态系统的动态变化 | NA | 研究IPMN进展为侵袭性癌症的细胞生态系统特征 | 导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）中的上皮细胞、免疫细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 26291 | 2024-08-09 |
Conditional deletion of Des1 in the mouse retina does not impair the visual cycle in cones
2019-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.201802493R
PMID:30645148
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研究论文 | 研究评估了候选视黄醇异构酶Des1在视网膜中的作用，特别是其在视锥细胞视觉色素再生中的功能 | 通过条件性敲除方法，研究了Des1在视网膜Müller细胞中的表达对视锥细胞功能的影响 | 研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类或其他物种 | 评估Des1在视锥细胞视觉循环中的生理贡献 | 视锥细胞和Müller细胞中的Des1表达 | NA | NA | 条件性基因敲除，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了Floxed Des1小鼠与Pdgfrα-Cre小鼠交配后代进行研究 |
| 26292 | 2024-08-09 |
West Nile Virus-Inclusive Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity in the Type I Interferon Response within Single Cells
2019-03-15, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/JVI.01778-18
PMID:30626670
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研究论文 | 本研究使用包含西尼罗河病毒的单细胞RNA测序技术，揭示了单细胞内I型干扰素反应的异质性 | 首次采用包含西尼罗河病毒的单细胞RNA测序技术，深入研究了单细胞层面的I型干扰素反应异质性 | 研究主要集中在单细胞层面的转录变化，未涉及细胞间相互作用及更广泛的生理效应 | 探讨西尼罗河病毒感染后单细胞层面的I型干扰素反应异质性 | 西尼罗河病毒感染的单细胞 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 26293 | 2024-08-09 |
Exploiting single-cell RNA sequencing data to link alternative splicing and cancer heterogeneity: A computational approach
2019-03, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2018.12.015
PMID:30633986
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研究论文 | 本研究利用公开的单细胞和批量RNA测序数据，探索乳腺癌细胞中的基因、转录本丰度和剪接事件，以揭示剪接机制在定义肿瘤异质性的重要性 | 本研究通过从基因表达的平均方法到转录本丰度/剪接事件的详细分析，强调了剪接机制在定义肿瘤异质性的重要性，并展示了基因转录本表达研究如何帮助识别合适的体外模型 | NA | 研究旨在通过分析单细胞RNA测序数据中的替代剪接事件，揭示癌症异质性的分子机制 | 乳腺癌细胞的单细胞和批量RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 乳腺癌原发性肿瘤和永生化细胞系的单细胞和批量RNA测序数据 |
| 26294 | 2024-08-09 |
Differential NOVA2-Mediated Splicing in Excitatory and Inhibitory Neurons Regulates Cortical Development and Cerebellar Function
2019-02-20, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2018.12.019
PMID:30638744
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研究论文 | 研究通过开发NOVA2 cTag-CLIP技术，分析了小鼠大脑中不同神经元群体的RNA结合蛋白（RBP）-RNA图谱，揭示了NOVA2在兴奋性和抑制性神经元中对选择性剪接（AS）的不同调控作用及其对皮质发育和小脑功能的影响 | 开发了NOVA2 cTag-CLIP技术，用于生成功能性RBP-RNA图谱，并揭示了NOVA2在不同神经元类型中对选择性剪接的差异调控 | NA | 研究RNA结合蛋白在不同细胞类型中的遗传多样性调控 | 小鼠大脑中的兴奋性和抑制性神经元 | NA | NA | NOVA2 cTag-CLIP, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠大脑中的不同神经元群体 |
| 26295 | 2024-08-09 |
Structurally Conserved Primate LncRNAs Are Transiently Expressed during Human Cortical Differentiation and Influence Cell-Type-Specific Genes
2019-02-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2018.12.006
PMID:30639214
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研究论文 | 本文通过生成来自人类、黑猩猩、猩猩和猕猴的多能干细胞的大脑皮层类器官，并对其转录组进行每周时间点的测序，以比较分析，发现并研究了结构上保守的长非编码RNA（lncRNA）在人类皮层分化中的表达及其对细胞类型特异性基因的影响。 | 本研究首次系统地比较了多种灵长类动物大脑皮层类器官的转录组，发现了大量结构上保守的lncRNA，并揭示了这些lncRNA在特定细胞类型中的瞬时表达及其对基因调控的影响。 | 研究主要集中在实验室条件下生成的类器官，可能与真实大脑环境存在差异；此外，研究样本仅限于几种灵长类动物，可能无法完全代表所有灵长类动物的特征。 | 探索灵长类动物大脑皮层扩张的分子机制，特别是长非编码RNA在其中的作用。 | 人类、黑猩猩、猩猩和猕猴的大脑皮层类器官及其转录组。 | 分子生物学 | NA | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 2,975个人类多外显子lncRNA，其中2,472个在至少一个其他物种中结构保守，920个在所有物种中保守。 |
| 26296 | 2024-08-09 |
Reference-based analysis of lung single-cell sequencing reveals a transitional profibrotic macrophage
2019-02, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-018-0276-y
PMID:30643263
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化中的巨噬细胞异质性，并发现了一种与纤维化相关的过渡性巨噬细胞亚群 | 本文首次在体内研究了特定巨噬细胞亚群在支持纤维化中的作用，并开发了一种新的计算框架SingleR，用于通过参考大量转录组来注释单细胞RNA测序数据 | NA | 研究肺纤维化中巨噬细胞的异质性及其在纤维化过程中的作用 | 博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 小鼠模型及特发性肺纤维化患者样本 |
| 26297 | 2024-08-09 |
Hedgehog signaling patterns the oral-aboral axis of the mandibular arch
2019-01-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.40315
PMID:30638444
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序和原位基因表达分析，揭示了刺猬信号通路和Bmp4在鼠胚胎下颌弓的口背轴上的互补激活模式 | 首次详细描述了刺猬信号通路在下颌弓口背轴模式化中的作用，并揭示了其通过Foxf1/2转录因子指定口侧命运的机制 | NA | 探讨脊椎动物下颌发育中口背轴模式化的分子机制 | 鼠胚胎下颌弓中的神经嵴来源的间充质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 原位分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 26298 | 2024-08-09 |
Dosage sensitivity of X-linked genes in human embryonic single cells
2019-Jan-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-019-5432-8
PMID:30642250
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研究论文 | 本文通过重新分析基于RNA测序的人类胚胎单细胞转录组数据集，探讨了X连锁基因在人类胚胎单细胞中的剂量敏感性 | 发现X连锁基因在男性细胞中并未两倍上调，而在女性细胞中逐渐减少至两倍，这与Ohno的假设相矛盾 | 研究仅基于RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证 | 验证X连锁基因在人类胚胎单细胞中的剂量敏感性，并探讨Ohno假设的有效性 | 人类胚胎单细胞中的X连锁基因表达 | NA | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多个胚胎阶段的单细胞样本 |
| 26299 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic analysis of mouse neocortical development
2019-01-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-08079-9
PMID:30635555
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠新皮质发育过程中的细胞和分子过程 | 首次在单细胞水平上揭示了小鼠新皮质发育过程中的细胞类型多样性及其在神经发育过程中的作用 | NA | 深入理解哺乳动物大脑皮质发育过程中的细胞和分子机制 | 小鼠新皮质在胚胎期和出生后的细胞类型及其功能状态 | 数字病理学 | 神经精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠新皮质在胚胎期14.5天和出生后的样本 |
| 26300 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of Regional Differences in Adult V-SVZ Neural Stem Cell Lineages
2019-01-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.12.044
PMID:30625322
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研究论文 | 本研究通过大规模单细胞RNA测序，分析了成年小鼠V-SVZ区域神经干细胞谱系的分子图谱，揭示了区域和性别差异以及神经发生和少突胶质发生的倾向性 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了侧壁和隔壁星形胶质细胞在神经发生和少突胶质发生方面的谱系潜能偏倚，并识别了标记神经发生和少突胶质细胞谱系进展关键时间步骤的转录因子共表达模块 | NA | 探讨成年大脑中神经发生和少突胶质发生的功能性空间多样性及其分子相关性 | 成年小鼠V-SVZ区域的神经干细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自雄性和雌性小鼠的V-SVZ区域细胞 |