单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 26281 - 26300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26281 | 2024-08-09 |
Early alterations in stem-like/resident T cells, innate and myeloid cells in the bone marrow in preneoplastic gammopathy
2019-04-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.127807
PMID:31013254
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研究论文 | 研究分析了健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者骨髓中的免疫细胞，通过质谱流式细胞术和单细胞转录组分析，揭示了在癌前病变中免疫微环境的早期变化 | 首次详细描述了在癌前病变中先天性和适应性免疫的变化，并提出骨髓驻留T细胞库的耗竭可能与骨髓瘤中免疫监视的丧失有关 | 样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现 | 理解宿主对癌前病变的反应如何在恶性转化期间维持和改变，以预防癌症 | 健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者的骨髓免疫细胞 | 数字病理学 | 骨髓瘤 | 质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名健康捐赠者和26名MGUS/骨髓瘤患者 |
| 26282 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Analyses of Neural Stem Cell Heterogeneity and Contextual Plasticity in a Zebrafish Brain Model of Amyloid Toxicity
2019-04-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.090
PMID:31018142
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学分析了斑马鱼脑部模型中神经干细胞的异质性和环境可塑性，特别是在Aβ42诱导的阿尔茨海默病模型中的表现。 | 首次揭示了在阿尔茨海默病条件下，斑马鱼脑部神经干细胞的异质性和空间组织，以及细胞间通讯通过配体-受体对的改变。 | 研究主要集中在斑马鱼模型上，可能与人类神经干细胞的行为存在差异。 | 探索神经干细胞在阿尔茨海默病模型中的分子基础和可塑性，以及其在再生疗法中的潜在应用。 | 斑马鱼脑部的神经干细胞和神经元，特别是在Aβ42诱导的阿尔茨海默病模型中的表现。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及成年斑马鱼脑部的多个细胞样本 |
| 26283 | 2024-08-09 |
ChimeraMiner: An Improved Chimeric Read Detection Pipeline and Its Application in Single Cell Sequencing
2019-Apr-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms20081953
PMID:31010074
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研究论文 | 本文构建了ChimeraMiner，一个改进的嵌合读取检测管道，用于分析MDA的测序数据并分类嵌合序列 | ChimeraMiner能够发现先前管道遗漏的6,736,168个新型嵌合体，并在相同的硬件条件下显著减少了处理时间 | NA | 提高嵌合读取检测的效率，减少单细胞研究中的错误阳性结构变异 | MDA方法产生的嵌合读取 | 测序技术 | NA | MDA | NA | 测序数据 | 两个数据集（MDA1和MDA2），分别包含773百万和528百万读取对 |
| 26284 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptomics based-MacSpectrum reveals novel macrophage activation signatures in diseases
2019-04-16, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.126453
PMID:30990466
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研究论文 | 本文开发了一种名为MacSpectrum的高分辨率算法平台，用于分析单细胞转录组数据，揭示了脂肪组织巨噬细胞在疾病中的新型激活特征。 | 首次开发了MacSpectrum平台，能够高分辨率地映射巨噬细胞的激活状态，并捕捉其在体外和体内的动态变化。 | NA | 旨在填补现有模型无法精确描述巨噬细胞在体内动态调节特征的知识空白。 | 主要研究脂肪组织巨噬细胞及其在肥胖和糖尿病中的作用。 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了来自骨髓衍生的巨噬细胞的单细胞转录组数据 |
| 26285 | 2024-08-09 |
Leveraging Single-Cell RNA Sequencing Experiments to Model Intratumor Heterogeneity
2019-04, JCO clinical cancer informatics
IF:3.3Q2
DOI:10.1200/CCI.18.00074
PMID:30995123
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序实验来模拟肿瘤内异质性，并提出使用广义多样性指数（GDI）来量化多尺度上的异质性，将其与疾病演变联系起来。 | 本文创新性地使用广义多样性指数（GDI）来量化肿瘤内异质性，这一方法在揭示样本间差异和条件变化时比传统的香农多样性指数更为有效。 | NA | 研究目的是通过单细胞RNA测序数据来量化肿瘤内异质性，并探讨其与疾病演变的关系。 | 研究对象包括健康骨髓捐赠者、急性髓系白血病患者以及肺癌患者的单细胞RNA测序数据。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA） | NA | 基因表达数据 | 研究涉及的数据来自两位健康骨髓捐赠者、两位急性髓系白血病患者（移植前后）、四种预分类的谱系样本以及六位多区域采样的肺癌患者。 |
| 26286 | 2024-08-09 |
Discovery and characterization of variance QTLs in human induced pluripotent stem cells
2019-04, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1008045
PMID:31002671
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研究论文 | 本文通过全基因组方法识别表达变异数量性状位点（vQTLs），使用来自53名约鲁巴个体的诱导多能干细胞（iPSCs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行研究 | 首次在人类诱导多能干细胞中识别出表达变异数量性状位点（vQTLs），并探讨了分散数量性状位点（dQTLs）对表达变异的影响 | 识别出的vQTLs中，部分可以被解释为对平均表达的影响，且需要大量样本才能检测到最强的dQTLs | 理解基因表达变异的遗传控制 | 人类诱导多能干细胞中的基因表达变异 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 53名约鲁巴个体的5,447个单细胞 |
| 26287 | 2024-08-09 |
Stem Cells Heterogeneity
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-030-11096-3_1
PMID:31016591
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review | 本书概述了不同器官在生理和病理条件下干细胞亚型的知识，并讨论了干细胞异质性的可能起源和后果 | 结合荧光和共聚焦显微镜与遗传先进技术，如命运谱系追踪和单细胞RNA测序，显著推进了对干细胞亚群在健康和疾病中多种新功能的发现 | 对干细胞的复杂性和动态性的理解仍然有限 | 深入了解干细胞异质性对组织稳态和疾病的影响 | 不同器官中的干细胞亚型及其在生理和病理条件下的功能 | NA | NA | 荧光显微镜、共聚焦显微镜、命运谱系追踪、单细胞RNA测序 | NA | NA | 超过30个章节 |
| 26288 | 2024-08-09 |
Beyond bulk: a review of single cell transcriptomics methodologies and applications
2019-08, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2019.03.001
PMID:30978643
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综述 | 本文综述了单细胞转录组测序（scRNA-seq）的方法学及其在脑和中枢神经系统（CNS）研究中的应用 | scRNA-seq技术作为神经科学、计算生物学和系统生物学之间的桥梁，提供了对脑和CNS细胞组成的全新无偏见理解 | 单细胞分辨率的基因表达数据通常具有噪声大、稀疏性和高维度的特点，给数据的计算分析带来了挑战 | 综述scRNA-seq的基本样本准备和数据分析流程，并提供分析和可视化这些数据的比较视角 | 脑和中枢神经系统（CNS）的单细胞转录组 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 26289 | 2024-08-09 |
MYRF haploinsufficiency causes 46,XY and 46,XX disorders of sex development: bioinformatics consideration
2019-07-15, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddz066
PMID:30985895
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研究论文 | 本文通过病例对照外显子测序研究，发现MYRF基因中的罕见杂合截短变异在46,XY和46,XX性发育障碍病例中显著富集，表明MYRF可能是这些疾病的致病基因。 | 首次发现MYRF基因在性发育障碍中的致病作用，并通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序数据分析，揭示了MYRF在细胞增殖和迁移中的潜在调控作用。 | 研究样本量较小，且仅限于特定类型的性发育障碍病例，可能影响结果的普遍性。 | 探究MYRF基因在性发育障碍中的作用及其潜在的生物学机制。 | 46,XY和46,XX性发育障碍病例及其相关基因变异。 | 生物信息学 | 性发育障碍 | 外显子测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 26例性发育障碍病例和2625例对照组 |
| 26290 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of T Cells in Crohn's Disease
2019-07, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2018.12.049
PMID:30981784
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26291 | 2024-08-09 |
Spatial transcriptomics coming of age
2019-06, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-019-0129-z
PMID:30980030
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26292 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Human and Mouse Lung Cancers Reveals Conserved Myeloid Populations across Individuals and Species
2019-05-21, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.03.009
PMID:30979687
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人及小鼠肺肿瘤中的肿瘤浸润髓系细胞（TIMs），揭示了跨个体和物种的髓系细胞群体的保守性 | 首次在单细胞水平上揭示了人及小鼠肺肿瘤中TIMs的多样性和保守性，为免疫治疗提供了新的潜在靶点 | 研究主要集中在肺肿瘤中的髓系细胞，其他类型的肿瘤或细胞群体未被涉及 | 确定肺肿瘤中TIMs的景观，并探索其作为免疫治疗靶点的潜力 | 人及小鼠的非小细胞肺癌中的肿瘤浸润髓系细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及多个非小细胞肺癌患者及小鼠样本 |
| 26293 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Uncovers Glial Progenitor Diversity and Cell Fate Determinants during Development and Gliomagenesis
2019-05-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.03.006
PMID:30982771
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研究论文 | 通过应用定向谱系的单细胞转录组学技术，揭示了发育中大脑和胶质瘤发生过程中胶质前体细胞的多样性和细胞命运决定因素 | 发现了胶质前体细胞池的意外多样性及其在脑肿瘤恶性转化中的作用，并确定了Zfp36l1在调节胶质细胞命运决定和控制胶质瘤发生中的关键作用 | NA | 解析发育和肿瘤发生过程中常见和差异胶质前体细胞的动态谱系 | 胶质前体细胞的多样性及其在脑肿瘤恶性转化中的作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26294 | 2024-08-09 |
Evaluating measures of association for single-cell transcriptomics
2019-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0372-4
PMID:30962620
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研究论文 | 本文评估了17种关联度量方法在单细胞转录组学中重建细胞网络、聚类同类型细胞以及将细胞类型特异性转录程序与疾病关联的能力 | 本文首次大规模评估了多种关联度量方法在单细胞转录组学中的表现，并提供了数据驱动的指导 | NA | 探讨单细胞转录组学中识别基因-基因和细胞-细胞关系的最佳关联度量方法 | 单细胞转录组学数据中的基因-基因和细胞-细胞关系 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数千个细胞 |
| 26295 | 2024-08-09 |
Hypoxia tolerance in the Norrin-deficient retina and the chronically hypoxic brain studied at single-cell resolution
2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1821122116
PMID:30988181
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研究论文 | 研究在Norrin缺乏的视网膜和慢性缺氧的大脑中，单细胞分辨率下的缺氧耐受性 | 首次系统地描述了哺乳动物中枢神经系统在慢性缺氧下的细胞类型特异性反应，并揭示了视网膜和大脑在慢性缺氧下基因表达的共享和细胞类型特异性变化 | NA | 探讨Norrin缺乏的视网膜和慢性缺氧大脑在单细胞分辨率下的缺氧耐受性 | Norrin KO小鼠的视网膜和慢性缺氧的大脑 | 数字病理学 | 家族性渗出性视网膜病变 | 单细胞RNA测序，非靶向代谢组学，C-葡萄糖代谢物标记 | NA | 基因表达数据 | Norrin KO小鼠和野生型小鼠的视网膜，以及在低氧环境下饲养一周的小鼠的大脑皮层 |
| 26296 | 2024-08-09 |
A Bayesian mixture model for clustering droplet-based single-cell transcriptomic data from population studies
2019-04-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-09639-3
PMID:30967541
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研究论文 | 本文开发了一种贝叶斯混合模型（BAMM-SC）用于聚类来自多个个体的液滴单细胞转录组数据 | BAMM-SC模型能够处理数据异质性和批次效应，提高了聚类准确性，特别是在个体间存在异质性的情况下 | NA | 开发一种适用于大规模人群单细胞转录组研究的聚类方法 | 液滴单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 贝叶斯混合模型 | 转录组数据 | 数万个来自多个个体的单细胞 |
| 26297 | 2024-08-09 |
Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_1
PMID:30968357
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中分子生物学技术的特点，包括实验室开发的方法 | 介绍了无需转换为可扩增cDNA的直接从RNA扩增第一链cDNA的技术 | 讨论了现有策略的优缺点，但未详细说明新技术在实际应用中的局限性 | 旨在帮助使用单细胞转录组技术的用户理解不同方法的定量性能与其分子特征之间的关系 | 单细胞RNA测序技术及其分子生物学方法 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 26298 | 2024-08-09 |
Nx1-Seq (Well Based Single-Cell Analysis System)
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_4
PMID:30968360
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研究论文 | 本文介绍了新开发的基于孔板的单细胞转录组方法 | 提出了基于孔板的单细胞转录组方法，用于分析细胞分化和细胞异质性的连续变化 | NA | 研究细胞分化和细胞异质性的层次结构 | 单个细胞的多样性和组织微环境 | 生物技术 | NA | 单细胞基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 数百个单细胞 |
| 26299 | 2024-08-09 |
An Informative Approach to Single-Cell Sequencing Analysis
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_6
PMID:30968362
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综述 | 本文综述了单细胞测序分析的多层平台，主要介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并比较了其他单细胞RNA-seq系统，同时描述了处理大型复杂单细胞数据集的计算方法 | 介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并提供了处理稀疏数据集的信息学方法，如插补、批次效应校正、降维和聚类 | 由于单细胞RNA-seq数据深度不足，导致低表达基因的转录组信息严重缺乏，数据解释有时较为困难 | 综述单细胞测序分析的平台和技术，并探讨处理大型复杂单细胞数据集的方法 | 单细胞测序分析的平台和技术，以及处理单细胞数据集的计算方法 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 数据集 | NA |
| 26300 | 2024-08-09 |
scRNAss: a single-cell RNA-seq assembler via imputing dropouts and combing junctions
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz240
PMID:30951147
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRNAss的单细胞RNA测序组装方法，该方法通过填补丢失信息和结合接合策略来重建全长转录本 | scRNAss通过显式策略填补由丢失事件引起的丢失信息，并采用结合策略来推断转录本，显示出对未知新异构体的恢复能力和计算效率 | NA | 开发一种适用于单细胞RNA测序数据的转录本组装方法 | 单细胞RNA测序数据中的全长转录本重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |