单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27057 篇文献，本页显示第 26281 - 26300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26281 | 2024-08-09 |
The use of single-cell RNA-Seq to understand virus-host interactions
2018-04, Current opinion in virology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.coviro.2018.03.001
PMID:29558678
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术探讨病毒与宿主细胞的相互作用 | 通过单细胞转录组分析揭示病毒感染下的细胞异质性 | NA | 理解病毒与宿主细胞的相互作用 | 病毒感染下的细胞异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26282 | 2024-08-09 |
BEARscc determines robustness of single-cell clusters using simulated technical replicates
2018-03-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03608-y
PMID:29567991
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BEARscc的工具，该工具利用RNA spike-in控制模拟实验特定的技术重复，以评估单细胞聚类对技术变异的鲁棒性 | BEARscc工具通过模拟实验特定的技术重复，提高了单细胞RNA测序实验中细胞的无监督分类和生物学解释 | NA | 开发一种工具以评估单细胞RNA测序中聚类对技术变异的鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 文本 | NA |
| 26283 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics reveals a new dynamical function of transcription factors during embryonic hematopoiesis
2018-03-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.29312
PMID:29555020
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组技术，探讨了调控小鼠胚胎内皮细胞向造血干细胞和祖细胞转化的基因调控网络 | 发现一组转录因子在表达内皮和造血标记的中间群体中特异性共表达，并揭示了其中一些因子在胚胎造血过程中的动态功能转换 | NA | 研究基因调控网络在胚胎造血过程中的作用 | 小鼠胚胎内皮细胞向造血干细胞和祖细胞的转化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 26284 | 2024-08-09 |
BALDR: a computational pipeline for paired heavy and light chain immunoglobulin reconstruction in single-cell RNA-seq data
2018-03-20, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-018-0528-3
PMID:29558968
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BALDR的生物信息学管道，用于从Illumina单细胞RNA测序数据中准确重建配对的重链和轻链免疫球蛋白基因序列 | BALDR能够准确识别人类和猕猴流感疫苗及猿猴免疫缺陷病毒疫苗诱导的浆细胞和幼稚及抗原特异性记忆B细胞的克隆型 | NA | 开发一种生物信息学工具，用于从单细胞RNA测序数据中重建免疫球蛋白基因序列 | 人类和猕猴的B细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及人类和猕猴的B细胞 |
| 26285 | 2024-08-09 |
Dynamics of chromatin marks and the role of JMJD3 during pancreatic endocrine cell fate commitment
2018-03-20, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.163162
PMID:29559448
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研究论文 | 研究探讨了胰腺内分泌细胞命运转变过程中染色质标记的动态变化及JMJD3的作用 | 发现了Ngn3高表达细胞中H3K27me3的去除与关键转录因子的激活及增强子的建立有关 | 单细胞RNA测序显示JMJD3的删除并未影响Ngn3高表达细胞的转录组和发育路径 | 揭示胰腺内分泌细胞命运转变的染色质调控机制 | 胰腺前体细胞及Ngn3表达水平不同的细胞 | NA | NA | 表观基因组分析, 转录组分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 26286 | 2024-08-09 |
Multiplexed imaging of high-density libraries of RNAs with MERFISH and expansion microscopy
2018-03-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-22297-7
PMID:29555914
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研究论文 | 本文介绍了一种结合多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）和扩展显微镜技术的方法，以显著提高可测量RNA的总密度 | 该方法通过结合MERFISH和扩展显微镜技术，实现了对高丰度RNA的高密度测量，检测效率接近100% | 目前该方法主要受限于单个RNA分子空间分离信号的准确性，对大量高丰度RNA的多重成像仍具挑战性 | 提高RNA测量的总密度，并扩展MERFISH在生物学问题中的应用 | 高密度RNA库中的RNA种类识别、计数和定位 | 数字病理学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH） | NA | 图像 | 约130种RNA的库，其中包含许多高丰度RNA |
| 26287 | 2024-08-09 |
Integrative single-cell omics analyses reveal epigenetic heterogeneity in mouse embryonic stem cells
2018-03, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006034
PMID:29561833
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研究论文 | 本文通过计算流程分析单细胞甲基组并整合单细胞转录组数据，揭示了小鼠胚胎干细胞中的表观遗传异质性 | 开发了一种新工具来探索单细胞甲基组和转录组，以揭示与胚胎干细胞表观遗传异质性相关的转录调控网络 | NA | 理解胚胎干细胞中表观遗传机制的异质性 | 小鼠胚胎干细胞的表观遗传异质性 | 表观遗传学 | NA | 单细胞甲基组分析 | beta混合模型 | DNA甲基化数据 | NA |
| 26288 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Regulators of Neuronal Migration and Maturation During Brain Development
2018, Journal of experimental neuroscience
DOI:10.1177/1179069518760783
PMID:29551912
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了大脑发育过程中神经迁移和成熟的调控因子 | 发现了DNMT1通过转录调控促进迁移后细胞的神经突复杂性，并首次报道了CCDC184基因在有丝分裂后中间神经元中的高表达及其与细胞粘附相关基因的正相关性 | 研究主要集中在单细胞转录组分析，未涉及更广泛的细胞和分子机制研究 | 探究大脑发育过程中γ-氨基丁酸表达的皮层中间神经元的迁移和成熟的调控机制 | 大脑发育过程中的神经迁移和成熟 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及多种中间神经元的单细胞样本 |
| 26289 | 2024-08-09 |
Recent advances in lineage differentiation from stem cells: hurdles and opportunities?
2018, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.12596.1
PMID:29552337
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research paper | 本文综述了干细胞谱系分化的最新进展，探讨了面临的挑战和机遇 | 利用单细胞转录组学和基因调控网络的计算模型来更好地理解谱系承诺，并推动现代基因编辑方法的发展 | 生成与天然细胞相似的成熟分化细胞仍然具有挑战性 | 探讨干细胞谱系分化的进展及其在人类发育、疾病建模和再生医学中的应用潜力 | 干细胞的谱系分化及其在医学领域的应用 | NA | NA | 单细胞转录组学、基因编辑 | 基因调控网络的计算模型 | 基因表达数据 | NA |
| 26290 | 2024-08-09 |
Placing RNA in context and space - methods for spatially resolved transcriptomics
2019-04, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.14435
PMID:29542254
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综述 | 本文综述了空间分辨转录组学的方法，特别是原位RNA分析技术及其最新进展 | 介绍了更全面和高度多重化的空间分辨转录组学方法的最新发展 | 讨论了这些方法的局限性和挑战 | 旨在更好地理解多细胞生物的细胞和组织功能，需要在其生理、形态和解剖背景和空间中绘制细胞图谱 | 多细胞生物的细胞和组织功能 | NA | NA | 原位RNA分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26291 | 2024-08-09 |
Bone marrow PDGFRα+Sca-1+-enriched mesenchymal stem cells support survival of and antibody production by plasma cells in vitro through IL-6
2018-05-24, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxy018
PMID:29529192
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研究论文 | 研究骨髓中的PDGFRα+Sca-1+富集间充质干细胞如何通过IL-6支持浆细胞的体外存活和抗体产生 | 首次展示了骨髓中的PDGFRα+Sca-1+富集间充质干细胞通过IL-6支持浆细胞的体外存活和抗体产生 | 尚未完全阐明支持浆细胞存活和抗体产生的完整分子机制 | 探究骨髓中的间充质干细胞如何支持浆细胞的存活和抗体产生 | 骨髓中的PDGFRα+Sca-1+富集间充质干细胞和浆细胞 | 免疫学 | NA | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个具有不同基因表达谱的细胞群 |
| 26292 | 2024-08-09 |
Alignment of single-cell trajectories to compare cellular expression dynamics
2018-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4628
PMID:29529018
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研究论文 | 本文介绍了一种名为cellAlign的定量框架，用于比较单细胞轨迹内的表达动力学 | cellAlign框架能够系统地描绘出在单细胞发育轨迹中基因表达程序的时间调控差异 | NA | 开发一种方法来比较单细胞轨迹中的表达动力学 | 单细胞RNA测序和高维细胞仪生成的动态生物过程轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和人类胚胎发育轨迹的样本 |
| 26293 | 2024-08-09 |
A single-cell RNA-seq survey of the developmental landscape of the human prefrontal cortex
2018-03-22, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature25980
PMID:29539641
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了人类前额叶皮层在妊娠8至26周的发育情况，识别了35种子细胞类型，并追踪了这些细胞的发育轨迹 | 揭示了神经前体细胞的新标记基因和中间前体细胞的独特发育特征，并利用单细胞转录组数据分析揭示了调控神经元生成和电路形成的内在发育依赖信号 | NA | 深入了解人类前额叶皮层在早期和中期的发育过程，系统解析前额叶皮层功能的细胞基础和分子调控 | 人类前额叶皮层的发育过程及其细胞类型 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2,300个单细胞 |
| 26294 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq analysis unveils a prevalent epithelial/mesenchymal hybrid state during mouse organogenesis
2018-03-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1416-2
PMID:29540203
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了在小鼠器官发生过程中普遍存在的上皮/间充质混合状态。 | 首次在单细胞分辨率下揭示了不同器官之间的相似性和共同特征，并发现了器官发生过程中上皮细胞具有普遍的间充质特征。 | NA | 探讨哺乳动物胚胎发育过程中器官形成的相似性和细胞异质性。 | 小鼠胚胎的八个器官和组织（前脑、后脑、皮肤、心脏、体节、肺、肝和肠）的1916个单个细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 1916个单个细胞 |
| 26295 | 2024-08-09 |
Defining the Transcriptional Landscape during Cytomegalovirus Latency with Single-Cell RNA Sequencing
2018-03-13, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.00013-18
PMID:29535194
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了人巨细胞病毒（HCMV）潜伏感染期间的转录组景观 | 揭示了潜伏相关基因表达主要反映了晚期裂解病毒程序，而不是高度受限的潜伏相关病毒基因表达程序 | 对HCMV潜伏状态的分子理解仍然有限 | 深入理解HCMV持久性和潜伏机制 | 人巨细胞病毒潜伏感染期间的转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种组织 |
| 26296 | 2024-08-09 |
Erratum for Research Article: "Single-cell RNA-seq and computational analysis using temporal mixture modeling resolves TH1/TFH fate bifurcation in malaria" by T. Lönnberg, V. Svensson, K. R. James, D. Fernandez-Ruiz, I. Sebina, R. Montandon, M. S. F. Soon, L. G. Fogg, A. S. Nair, U. N. Liligeto, M. J. T. Stubbington, L.-H. Ly, F. Otzen Bagger, M. Zwiessele, N. D. Lawrence, F. Souza-Fonseca-Guimaraes, P. T. Bunn, C. R. Engwerda, W. R. Heath, O. Billker, O. Stegle, A. Haque, S. A. Teichmann
2018-03-09, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aat1469
PMID:29523583
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26297 | 2024-08-09 |
An accurate and robust imputation method scImpute for single-cell RNA-seq data
2018-03-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-03405-7
PMID:29520097
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research paper | 本文介绍了一种名为scImpute的统计方法，用于准确且稳健地填补单细胞RNA测序数据中的零计数（即dropouts） | scImpute能够自动识别可能的dropouts，并仅对这些值进行填补，不会对其他数据引入新的偏差。此外，scImpute还能检测并排除异常细胞 | NA | 开发一种有效的方法来恢复被dropouts掩盖的转录组动态 | 单细胞RNA测序数据中的dropouts | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 涉及人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 |
| 26298 | 2024-08-09 |
Transcriptional Dysregulation in Postnatal Glutamatergic Progenitors Contributes to Closure of the Cortical Neurogenic Period
2018-03-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.02.030
PMID:29514086
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研究论文 | 本研究通过命运图谱方法揭示了在皮质神经发生期关闭后，大量谷氨酸能神经元前体细胞（Glu前体细胞）在出生后前脑中持续存在，并发现这些细胞在出生后表现出转录程序的失调，与mA甲基化的变化相关。 | 本研究首次详细描述了出生后Glu前体细胞的特性，并识别了促进脑修复的潜在治疗靶点。 | NA | 研究出生后谷氨酸能神经元前体细胞的特性和转录调控，以及其与脑修复的关系。 | 出生后皮质谷氨酸能神经元前体细胞及其转录调控。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 26299 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals gene expression signatures of breast cancer-associated endothelial cells
2018-Feb-16, Oncotarget
DOI:10.18632/oncotarget.23760
PMID:29541388
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了乳腺癌组织和缩乳术组织中肿瘤内皮细胞和对照内皮细胞的全局基因表达谱 | 发现了1302个在两种内皮细胞表型间差异表达的基因，并通过基因集富集分析揭示了与细胞外基质信号通路相关的127个基因 | NA | 揭示乳腺癌相关内皮细胞的基因表达特征 | 肿瘤内皮细胞和对照内皮细胞的基因表达 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从乳腺癌组织和缩乳术组织中分离的内皮细胞 |
| 26300 | 2024-08-09 |
Data Analysis in Single-Cell Transcriptome Sequencing
2018, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-7717-8_18
PMID:29536451
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research paper | 本文主要介绍和讨论了单细胞转录组测序数据中的归一化和聚类分析的研究现状 | 提出了一个利用单细胞RNA测序发现和验证癌症干细胞的协议 | 单细胞转录组测序数据分析仍面临许多挑战 | 促进对细胞功能、疾病进展和治疗反应的理解 | 单细胞转录组测序数据的归一化和聚类分析 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA |